EMDB-54242: Cryo-tomogram of FIB-milled Tetrahymena cell

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-54242

タイトル

Cryo-tomogram of FIB-milled Tetrahymena cell

マップデータ

試料

細胞: Tetrahymena thermophile

キーワード

centriole / basal body / centrosome / STRUCTURAL PROTEIN

生物種

Tetrahymena thermophila (真核生物)

手法

電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法

データ登録者

Cai B / Xu JW / Luo L / Aarts E / Leitner A / Ishikawa T / Beltro P / Pilhofer M / Wieczorek M

資金援助

スイス, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and assembly of the A-C linker connecting microtubule triplets in centrioles
著者: Cai B / Xu JW / Luo L / Aarts E / Leitner A / Ishikawa T / Beltro P / Pilhofer M / Wieczorek M

履歴

登録	2025年7月2日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年9月17日	-
マップ公開	2025年9月17日	-
更新	2025年9月17日	-
現状	2025年9月17日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_54242.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_54242.map.gz	710.2 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-54242-v30.xml emd-54242.xml	11.5 KB 11.5 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_54242.png	52.9 KB
Filedesc metadata	emd-54242.cif.gz	3.8 KB
その他	emd_54242_additional_1.map.gz	2 GB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-54242 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-54242	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_54242_validation.pdf.gz	485.4 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_54242_full_validation.pdf.gz	484.9 KB	表示
XML形式データ	emd_54242_validation.xml.gz	3.7 KB	表示
CIF形式データ	emd_54242_validation.cif.gz	4.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-54242 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-54242	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	53467C 53471C 53975C 53977C 53978C 53979C 53980C 53981C 53982C 53983C 53984C 53985C 53986C 53987C 54008C 54049C 54239C 54240C 54241C 54243C 54244C 9qzcC 9qzfC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_54242.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	18.04 Å/pix. x 400 pix. = 7216. Å	18.04 Å/pix. x 1440 pix. = 25977.602 Å	18.04 Å/pix. x 1024 pix. = 18472.961 Å
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 18.04 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

最小 - 最大	-1069.0 - 942.0
平均 (標準偏差)	9.802237999999999 (±49.719574000000001)

対称性

空間群: 1

詳細

-
追加マップ: demonised tomogram

ファイル

emd_54242_additional_1.map

注釈

demonised tomogram

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Tetrahymena thermophile

全体	名称: Tetrahymena thermophile
要素	細胞: Tetrahymena thermophile

-
超分子 #1: Tetrahymena thermophile

超分子	名称: Tetrahymena thermophile / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	電子線トモグラフィー法
試料の集合状態	cell

-
試料調製

緩衝液	pH: 7
凍結	凍結剤: ETHANE-PROPANE
切片作成	集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.05 / 集束イオンビーム - 時間: 1500 / 集束イオンビーム - 温度: 123 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 4000 / 集束イオンビーム - 最終厚さ: 200 集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Zeiss Crossbeam 550. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k) 平均電子線量: 3.17 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 41
CTF補正	タイプ: NONE

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
追加マップ: demonised tomogram

-
試料の構成要素

-
全体 : Tetrahymena thermophile

-
超分子 #1: Tetrahymena thermophile

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

-
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-EMDBアーカイブ

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-マップ

画像のコントロールX

-添付データ

-追加マップ: demonised tomogram

-試料の構成要素

-全体 : Tetrahymena thermophile

-超分子 #1: Tetrahymena thermophile

-実験情報

-構造解析

-試料調製

-電子顕微鏡法

-画像解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
追加マップ: demonised tomogram

-
試料の構成要素

-
全体 : Tetrahymena thermophile

-
超分子 #1: Tetrahymena thermophile

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

-
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)