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万見
- EMDB-5352: Structure of a type III secretion needle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5352
タイトルStructure of a type III secretion needle
マップデータThis is an reconstruction of the type III secretion needle
試料
  • 試料: Shigella needle
  • タンパク質・ペプチド: MxiH
キーワードtype III secretion system / needle / helical filament
機能・相同性
機能・相同性情報


type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / cell surface / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Type III secretion, needle-protein-like / Type III secretion, needle-protein-like superfamily / Type III secretion needle MxiH, YscF, SsaG, EprI, PscF, EscF / Type III secretion system, needle protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Type 3 secretion system needle filament protein / MxiH
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.7 Å
データ登録者Fujii T / Cheung M / Blanco A / Kato T / Blocker AJ / Namba K
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012
タイトル: Structure of a type III secretion needle at 7-Å resolution provides insights into its assembly and signaling mechanisms.
著者: Takashi Fujii / Martin Cheung / Amandine Blanco / Takayuki Kato / Ariel J Blocker / Keiichi Namba /
要旨: Type III secretion systems of Gram-negative bacteria form injection devices that deliver effector proteins into eukaryotic cells during infection. They span both bacterial membranes and the ...Type III secretion systems of Gram-negative bacteria form injection devices that deliver effector proteins into eukaryotic cells during infection. They span both bacterial membranes and the extracellular space to connect with the host cell plasma membrane. Their extracellular portion is a needle-like, hollow tube that serves as a secretion conduit for effector proteins. The needle of Shigella flexneri is approximately 50-nm long and 7-nm thick and is made by the helical assembly of one protein, MxiH. We provide a 7-Å resolution 3D image reconstruction of the Shigella needle by electron cryomicroscopy, which resolves α-helices and a β-hairpin that has never been observed in the crystal and solution structures of needle proteins, including MxiH. An atomic model of the needle based on the 3D-density map, in comparison with that of the bacterial-flagellar filament, provides insights into how such a thin tubular structure is stably assembled by intricate intermolecular interactions. The map also illuminates how the needle-length control protein functions as a ruler within the central channel during export of MxiH for assembly at the distal end of the needle, and how the secretion-activation signal may be transduced through a conformational change of the needle upon host-cell contact.
履歴
登録2011年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年11月28日-
マップ公開2012年2月20日-
更新2012年3月6日-
現状2012年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 6.76
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 6.76
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j0r
  • 表面レベル: 6.76
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3j0r
  • 表面レベル: 6.76
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2mme
  • 表面レベル: 6.76
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2mme
  • 表面レベル: 6.76
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5352_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5352.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is an reconstruction of the type III secretion needle
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.68 Å/pix.
x 100 pix.
= 168. Å		1.68 Å/pix.
x 100 pix.
= 168. Å		1.68 Å/pix.
x 100 pix.
= 168. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.68 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.76 / ムービー #1: 6.76
最小 - 最大-11.36894798 - 22.53497505
平均 (標準偏差)0.10644222 (±2.6820209)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-50-50-50
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 168.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.681.681.68
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z168.000168.000168.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-50-50-50
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-11.36922.5350.106

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Shigella needle

全体名称: Shigella needle
要素
  • 試料: Shigella needle
  • タンパク質・ペプチド: MxiH

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超分子 #1000: Shigella needle

超分子名称: Shigella needle / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: helical assembly of MxiH / Number unique components: 1

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分子 #1: MxiH

分子名称: MxiH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: MxiH / 組換発現: Yes / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM Tris, pH 7.4, 150 mM NaCl, 2mM MgSO4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: Blot for 3.5 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
温度最低: 50 K / 最高: 60 K / 平均: 50 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: JEOL Omega filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 10.0 eV
日付2008年7月2日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 330 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 89285 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.6 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: top entry / 試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.30 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 64.06 °
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER
CTF補正詳細: CTFFIND3 Each particle

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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