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- EMDB-52917: CryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52917
タイトルCryoEM structure of bacterial transcription intermediate complex mediated by activator PspF containing nifH promoter DNA containing mismatch from -11 to -8 - conformation 3
マップデータ
試料
  • 複合体: Subtracted refinement map of conformation 1 of PspF(1-275)-sigma54 bound to nifH DNA (-28 to +35) containing mismatch from -11 to -8.
    • タンパク質・ペプチド: x 6種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 3種
キーワードsigma factor / transcription / complex / AAA+ / DNA-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to stress / DNA-binding transcription activator activity / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding ...regulation of cellular response to stress / DNA-binding transcription activator activity / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / nucleotidyltransferase activity / DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription elongation factor complex / transcription antitermination / cell motility / DNA-templated transcription initiation / protein-DNA complex / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / response to heat / protein-containing complex assembly / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription activator PspF / Sigma-54 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor 54, core-binding domain / RNA polymerase sigma factor 54, DNA-binding / RNA polymerase sigma-54 factor, core-binding domain superfamily / Sigma-54 factor, Activator interacting domain (AID) / Sigma-54, DNA binding domain / Sigma-54 factor, core binding domain / Sigma-54 factors family signature 2. / Sigma-54 factors family profile. ...Transcription activator PspF / Sigma-54 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor 54, core-binding domain / RNA polymerase sigma factor 54, DNA-binding / RNA polymerase sigma-54 factor, core-binding domain superfamily / Sigma-54 factor, Activator interacting domain (AID) / Sigma-54, DNA binding domain / Sigma-54 factor, core binding domain / Sigma-54 factors family signature 2. / Sigma-54 factors family profile. / RNA polymerase sigma factor 54 / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / Homeobox-like domain superfamily / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase sigma-54 factor / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / Psp operon transcriptional activator
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å
データ登録者Gao F / Zhang X
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Subunit specialization in AAA+ proteins and substrate unfolding during transcription complex remodeling.
著者: Forson Gao / Fuzhou Ye / Martin Buck / Xiaodong Zhang /
要旨: Bacterial RNA polymerase (RNAP) is a multisubunit enzyme that copies DNA into RNA in a process known as transcription. Bacteria use σ factors to recruit RNAP to promoter regions of genes that need ...Bacterial RNA polymerase (RNAP) is a multisubunit enzyme that copies DNA into RNA in a process known as transcription. Bacteria use σ factors to recruit RNAP to promoter regions of genes that need to be transcribed, with 60% bacteria containing at least one specialized σ factor, σ. σ recruits RNAP to promoters of genes associated with stress responses and forms a stable closed complex that does not spontaneously isomerize to the open state where promoter DNA is melted out and competent for transcription. The σ-mediated open complex formation requires specific AAA+ proteins (TPases ssociated with diverse cellular ctivities) known as bacterial enhancer-binding proteins (bEBPs). We have now obtained structures of new intermediate states of bEBP-bound complexes during transcription initiation, which elucidate the mechanism of DNA melting driven by ATPase activity of bEBPs and suggest a mechanistic model that couples the Adenosine triphosphate (ATP) hydrolysis cycle within the bEBP hexamer with σ unfolding. Our data reveal that bEBP forms a nonplanar hexamer with the hydrolysis-ready subunit located at the furthest/highest point of the spiral hexamer relative to the RNAP. ATP hydrolysis induces conformational changes in bEBP that drives a vectoral transiting of the regulatory N terminus of σ into the bEBP hexamer central pore causing the partial unfolding of σ, while forming specific bEBP contacts with promoter DNA. Furthermore, our data suggest a mechanism of the bEBP AAA+ protein that is distinct from the hand-over-hand mechanism proposed for many other AAA+ proteins, highlighting the versatile mechanisms utilized by the large protein family.
履歴
登録2025年2月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月9日-
マップ公開2025年4月9日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52917.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52917.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 85.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 282 pix.
= 310.2 Å		1.1 Å/pix.
x 282 pix.
= 310.2 Å		1.1 Å/pix.
x 282 pix.
= 310.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0296
最小 - 最大-0.07228783 - 0.17303835
平均 (標準偏差)0.0007675515 (±0.006317162)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-1-1-1
サイズ282282282
Spacing282282282
セルA=B=C: 310.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Subtracted refinement map of conformation 1 of PspF(1-275)-sigma5...

全体名称: Subtracted refinement map of conformation 1 of PspF(1-275)-sigma54 bound to nifH DNA (-28 to +35) containing mismatch from -11 to -8.
要素
  • 複合体: Subtracted refinement map of conformation 1 of PspF(1-275)-sigma54 bound to nifH DNA (-28 to +35) containing mismatch from -11 to -8.
    • タンパク質・ペプチド: Psp operon transcriptional activator
    • DNA: DNA (34-MER)
    • DNA: DNA (34-MER)
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma-54 factor
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ALUMINUM FLUORIDE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Subtracted refinement map of conformation 1 of PspF(1-275)-sigma5...

超分子名称: Subtracted refinement map of conformation 1 of PspF(1-275)-sigma54 bound to nifH DNA (-28 to +35) containing mismatch from -11 to -8.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

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分子 #1: Psp operon transcriptional activator

分子名称: Psp operon transcriptional activator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 31.01643 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: MAEYKDNLLG EANSFLEVLE QVSHLAPLDK PVLIIGERGT GKELIASRLH YLSSRWQGPF ISLNCAALNE NLLDSELFGH EAGAFTGAQ KRHPGRFERA DGGTLFLDEL ATAPMMVQEK LLRVIEYGEL ERVGGSQPLQ VNVRLVCATN ADLPAMVNEG T FRADLLDR ...文字列:
MAEYKDNLLG EANSFLEVLE QVSHLAPLDK PVLIIGERGT GKELIASRLH YLSSRWQGPF ISLNCAALNE NLLDSELFGH EAGAFTGAQ KRHPGRFERA DGGTLFLDEL ATAPMMVQEK LLRVIEYGEL ERVGGSQPLQ VNVRLVCATN ADLPAMVNEG T FRADLLDR LAFDVVQLPP LRERESDIML MAEYFAIQMC REIKLPLFPG FTERARETLL NYRWPGNIRE LKNVVERSVY RH GTSDYPL DDIIIDPFKR RPPEDAIAVS ETTSLPTL

UniProtKB: Psp operon transcriptional activator

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分子 #4: RNA polymerase sigma-54 factor

分子名称: RNA polymerase sigma-54 factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
分子量理論値: 53.978656 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: MKQGLQLRLS QQLAMTPQLQ QAIRLLQLST LELQQELQQA LESNPLLEQT DLHDEVEAKE VEDRESLDTV DALEQKEMPD ELPLDASWD EIYTAGTPSG NGVDYQDDEL PVYQGETTQT LQDYLMWQVE LTPFTDTDRA IATSIVDAVD DTGYLTIQIE D IVDSIGDD ...文字列:
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UniProtKB: RNA polymerase sigma-54 factor

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分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 36.55868 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: MQGSVTEFLK PRLVDIEQVS STHAKVTLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVTEVE IDGVLHEYST KEGVQEDILE ILLNLKGLA VRVQGKDEVI LTLNKSGIGP VTAADITHDG DVEIVKPQHV ICHLTDENAS ISMRIKVQRG RGYVPASTRI H SEEDERPI ...文字列:
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UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

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分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 150.820875 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: MVYSYTEKKR IRKDFGKRPQ VLDVPYLLSI QLDSFQKFIE QDPEGQYGLE AAFRSVFPIQ SYSGNSELQY VSYRLGEPVF DVQECQIRG VTYSAPLRVK LRLVIYEREA PEGTVKDIKE QEVYMGEIPL MTDNGTFVIN GTERVIVSQL HRSPGVFFDS D KGKTHSSG ...文字列:
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UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 152.415719 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列: MKDLLKFLKA QTKTEEFDAI KIALASPDMI RSWSFGEVKK PETINYRTFK PERDGLFCAR IFGPVKDYEC LCGKYKRLKH RGVICEKCG VEVTQTKVRR ERMGHIELAS PTAHIWFLKS LPSRIGLLLD MPLRDIERVL YFESYVVIEG GMTNLERQQI L TEEQYLDA ...文字列:
MKDLLKFLKA QTKTEEFDAI KIALASPDMI RSWSFGEVKK PETINYRTFK PERDGLFCAR IFGPVKDYEC LCGKYKRLKH RGVICEKCG VEVTQTKVRR ERMGHIELAS PTAHIWFLKS LPSRIGLLLD MPLRDIERVL YFESYVVIEG GMTNLERQQI L TEEQYLDA LEEFGDEFDA KMGAEAIQAL LKSMDLEQEC EQLREELNET NSETKRKKLT KRIKLLEAFV QSGNKPEWMI LT VLPVLPP DLRPLVPLDG GRFATSDLND LYRRVINRNN RLKRLLDLAA PDIIVRNEKR MLQEAVDALL DNGRRGRAIT GSN KRPLKS LADMIKGKQG RFRQNLLGKR VDYSGRSVIT VGPYLRLHQC GLPKKMALEL FKPFIYGKLE LRGLATTIKA AKKM VEREE AVVWDILDEV IREHPVLLNR APTLHRLGIQ AFEPVLIEGK AIQLHPLVCA AYNADFDGDQ MAVHVPLTLE AQLEA RALM MSTNNILSPA NGEPIIVPSQ DVVLGLYYMT RDCVNAKGEG MVLTGPKEAE RLYRSGLASL HARVKVRITE YEKDAN GEL VAKTSLKDTT VGRAILWMIV PKGLPYSIVN QALGKKAISK MLNTCYRILG LKPTVIFADQ IMYTGFAYAA RSGASVG ID DMVIPEKKHE IISEAEAEVA EIQEQFQSGL VTAGERYNKV IDIWAAANDR VSKAMMDNLQ TETVINRDGQ EEKQVSFN S IYMMADSGAR GSAAQIRQLA GMRGLMAKPD GSIIETPITA NFREGLNVLQ YFISTHGARK GLADTALKTA NSGYLTRRL VDVAQDLVVT EDDCGTHEGI MMTPVIEGGD VKEPLRDRVL GRVTAEDVLK PGTADILVPR NTLLHEQWCD LLEENSVDAV KVRSVVSCD TDFGVCAHCY GRDLARGHII NKGEAIGVIA AQSIGEPGTQ LTMRTFHIGG AASRAAAESS IQVKNKGSIK L SNVKSVVN SSGKLVITSR NTELKLIDEF GRTKESYKVP YGAVLAKGDG EQVAGGETVA NWDPHTMPVI TEVSGFVRFT DM IDGQTIT RQTDELTGLS SLVVLDSAER TAGGKDLRPA LKIVDAQGND VLIPGTDMPA QYFLPGKAIV QLEDGVQISS GDT LARIPQ ESGGTKDITG GLPRVADLFE ARRPKEPAIL AEISGIVSFG KETKGKRRLV ITPVDGSDPY EEMIPKWRQL NVFE GERVE RGDVISDGPE APHDILRLRG VHAVTRYIVN EVQDVYRLQG VKINDKHIEV IVRQMLRKAT IVNAGSSDFL EGEQV EYSR VKIANRELEA NGKVGATYSR DLLGITKASL ATESFISAAS FQETTRVLTE AAVAGKRDEL RGLKENVIVG RLIPAG TGY AYHQDRMRRR AAG

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 10.249547 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
配列文字列:
MARVTVQDAV EKIGNRFDLV LVAARRARQM QVGGKDPLVP EENDKTTVIA LREIEEGLIN NQILDVRERQ EQQEQEAAEL QAVTAIAEG RR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #2: DNA (34-MER)

分子名称: DNA (34-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 10.420691 KDa
配列文字列:
(DA)(DG)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DG) (DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT) (DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DC)(DA) (DG)(DC)(DC)(DC)(DT)

+
分子 #3: DNA (34-MER)

分子名称: DNA (34-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 10.50074 KDa
配列文字列:
(DA)(DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DC) (DC)(DG)(DT)(DC)(DT)

+
分子 #9: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 5 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #10: ALUMINUM FLUORIDE

分子名称: ALUMINUM FLUORIDE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 5 / 式: AF3
分子量理論値: 83.977 Da
Chemical component information

ChemComp-AF3:
ALUMINUM FLUORIDE

+
分子 #11: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 5 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

14171

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 詳細: chimeric map - Resolution is for consensus map / 使用した粒子像数: 25426
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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