[日本語] English
万見
- EMDB-52728: Spoke 12-14 of the NEDD1-bound native vertebrate gamma-tubulin ri... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52728
タイトルSpoke 12-14 of the NEDD1-bound native vertebrate gamma-tubulin ring complex from Xenopus laevis
マップデータLocal resolution-filtered map after focused refinement of spoke 12-14 of the NEDD1-bound native vertebrate gamma-tubulin ring complex from Xenopus laevis
試料
  • 複合体: Tetramer of NEDD1 bound to the gamma-tubulin ring complex
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component 2
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component 3
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component 4
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component 6
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component 5
    • タンパク質・ペプチド: Mitotic-spindle organizing protein 1
キーワードcytoskeleton / microtubule / microtubule nucleation / complex / template / cap / gamma-tubulin / gamma-tubulin ring complex / cell cycle / nedd1 / neural precursor cell-expressed developmentally down-regulated 1
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule minus-end binding / microtubule nucleation by interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex localization / interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex / gamma-tubulin ring complex / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / mitotic spindle assembly / spindle assembly ...microtubule minus-end binding / microtubule nucleation by interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex localization / interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex / gamma-tubulin ring complex / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / mitotic spindle assembly / spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / meiotic cell cycle / spindle / spindle pole / mitotic cell cycle / microtubule / centrosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitotic-spindle organizing protein 1 / Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated / Gamma-tubulin complex component 6, N-terminal / Gamma-tubulin complex component 6 N-terminus / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-tubulin complex component / Gamma-tubulin complex component / Gamma-tubulin complex component 6 / Gamma-tubulin complex component 3 homolog / Mitotic-spindle organizing protein 1 / Gamma-tubulin complex component
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Vermeulen BJA / Pfeffer S
資金援助 ドイツ, 7件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)DFG Schi 295/4-4 ドイツ
German Research Foundation (DFG)DFG Schi 295/11-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)DFG PF 963/1-4 ドイツ
German Research Foundation (DFG)DFG PF 963/4-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 35/1314-1 FUGG ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 35/1503-1 FUGG ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 35/1134-1 FUGG ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural mechanisms for centrosomal recruitment and organization of the microtubule nucleator γ-TuRC.
著者: Qi Gao / Florian W Hofer / Sebastian Filbeck / Bram J A Vermeulen / Martin Würtz / Annett Neuner / Charlotte Kaplan / Maja Zezlina / Cornelia Sala / Hyesu Shin / Oliver J Gruss / Elmar ...著者: Qi Gao / Florian W Hofer / Sebastian Filbeck / Bram J A Vermeulen / Martin Würtz / Annett Neuner / Charlotte Kaplan / Maja Zezlina / Cornelia Sala / Hyesu Shin / Oliver J Gruss / Elmar Schiebel / Stefan Pfeffer /
要旨: The γ-tubulin ring complex (γ-TuRC) acts as a structural template for microtubule formation at centrosomes, associating with two main compartments: the pericentriolar material and the centriole ...The γ-tubulin ring complex (γ-TuRC) acts as a structural template for microtubule formation at centrosomes, associating with two main compartments: the pericentriolar material and the centriole lumen. In the pericentriolar material, the γ-TuRC is involved in microtubule organization, while the function of the centriole lumenal pool remains unclear. The conformational landscape of the γ-TuRC, which is crucial for its activity, and its centrosomal anchoring mechanisms, which determine γ-TuRC activity and turnover, are not understood. Using cryo-electron tomography, we analyze γ-TuRCs in human cells and purified centrosomes. Pericentriolar γ-TuRCs simultaneously associate with the essential adapter NEDD1 and the microcephaly protein CDK5RAP2. NEDD1 forms a tetrameric structure at the γ-TuRC base through interactions with four GCP3/MZT1 modules and GCP5/6-specific extensions, while multiple copies of CDK5RAP2 engage the γ-TuRC in two distinct binding patterns to promote γ-TuRC closure and activation. In the centriole lumen, the microtubule branching factor Augmin tethers a condensed cluster of γ-TuRCs to the centriole wall with defined directional orientation. Centriole-lumenal γ-TuRC-Augmin is protected from degradation during interphase and released in mitosis to aid chromosome alignment. This study provides a unique view on γ-TuRC structure and molecular organization at centrosomes and identifies an important cellular function of centriole-lumenal γ-TuRCs.
履歴
登録2025年2月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月19日-
マップ公開2025年3月19日-
更新2025年3月26日-
現状2025年3月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_52728.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52728.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local resolution-filtered map after focused refinement of spoke 12-14 of the NEDD1-bound native vertebrate gamma-tubulin ring complex from Xenopus laevis
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.43 Å/pix.
x 384 pix.
= 547.853 Å		1.43 Å/pix.
x 384 pix.
= 547.853 Å		1.43 Å/pix.
x 384 pix.
= 547.853 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4267 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0189
最小 - 最大-0.039360806 - 0.06378242
平均 (標準偏差)0.00004477852 (±0.0018414725)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 547.8528 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half map 2 for the focused refinement of...

ファイルemd_52728_half_map_1.map
注釈Half map 2 for the focused refinement of spoke 12-14 of the NEDD1-bound native vertebrate gamma-tubulin ring complex from Xenopus laevis
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 1 for the focused refinement of...

ファイルemd_52728_half_map_2.map
注釈Half map 1 for the focused refinement of spoke 12-14 of the NEDD1-bound native vertebrate gamma-tubulin ring complex from Xenopus laevis
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Tetramer of NEDD1 bound to the gamma-tubulin ring complex

全体名称: Tetramer of NEDD1 bound to the gamma-tubulin ring complex
要素
  • 複合体: Tetramer of NEDD1 bound to the gamma-tubulin ring complex
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component 2
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component 3
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component 4
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component 6
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component 5
    • タンパク質・ペプチド: Mitotic-spindle organizing protein 1

-
超分子 #1: Tetramer of NEDD1 bound to the gamma-tubulin ring complex

超分子名称: Tetramer of NEDD1 bound to the gamma-tubulin ring complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

-
分子 #1: Gamma-tubulin complex component 2

分子名称: Gamma-tubulin complex component 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
配列文字列: MSEFRIHHDV NELISLLHVF GLEGADVYID LLQKNRTPYV TTSVSTHSAK VKIAEFSRTP DDFLKKYEE LKSKNTRNLD PLVYLLSKLI EDKETLQYLQ QNAKDKAELA TSSVTSVSLP I APNTSKIS MQELEELRRQ LETATVAVSC SHQPVEVLRK FLRDKLNKKH ...文字列:
MSEFRIHHDV NELISLLHVF GLEGADVYID LLQKNRTPYV TTSVSTHSAK VKIAEFSRTP DDFLKKYEE LKSKNTRNLD PLVYLLSKLI EDKETLQYLQ QNAKDKAELA TSSVTSVSLP I APNTSKIS MQELEELRRQ LETATVAVSC SHQPVEVLRK FLRDKLNKKH TGHPVPVFPS WV YERPALT GDFMSFSNPS TDVTVSIGTL PLPSQETCLV EDLLYILIGV DGRYISVQPL VGR QSRSFS VEQNLDSSVK ELVNRILPVA TNYSTVTRFV EENSSFEYGQ VNHALGAAMR TLGK EYMIL ISQLEHLQRQ GLLSLQKLWF YIQPTLRTME VLASIATSLN KGECFGGATL SLLHD RTFG YTGDSQAQEL CLYLTKAASA PYFDILERWI YRGIINDPYS EFMVEEHELQ KEKIQE DYN DKYWDQRYTI VQQQIPSFLQ KVADKILSTG KYLNVVRECG HDVTCPDAKE ITYTLKE QA YVERIEKAYN YASKVLLDFL MEEEELVAHL RSIKHYFLMD QGDFFVHFMD LTEEELKK P VDDIIPTRLE ALLELALRMS TANTDPFKDD LKIELMPHDL ITQLLRVLAI ETHQEKALI NSDPTELALS GLESFSFDYI VKWPLSLIIN RKALTRYQML FRHMFYCKHV ERLLCNVWIS NKTAKQFSL HSAKWFAGAF TLRQRMLNFV QNIQYYMMFE VMEPTWHILE KNLKSASNID D VLSHHTSF LDNCLKDCML TNPELLKIFS KLMSVCVMFT NCLQRFTQSM QVQTEMEHLT LE HGTMMGP PTQCERTEEA LKKKLTSKYL EEHIDKFPSS FGFESTINNF DSNFSAHLMD LLD KLSMYS TSDCEHSMIN IIYRLDFNGF YTERLKQLSS ERNQKSAPLL GPAQHAVSTK

UniProtKB: Gamma-tubulin complex component

-
分子 #2: Gamma-tubulin complex component 3

分子名称: Gamma-tubulin complex component 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
配列文字列: MAVPDQKSPN VLLQNLCCRI LGKGEADVAQ QFQYAVRVIG SNFAPTVERD EFLVTEKIKK EFVRQRREA DGALFSELHR KLQSQGVLKN RWSILYLLLS LSEDPRKQPN KTSSFAALFA Q ALPRDAHS TPYYYARPQS LPLSYQDRNV QCAQNAASIG SSGISSIGMY ...文字列:
MAVPDQKSPN VLLQNLCCRI LGKGEADVAQ QFQYAVRVIG SNFAPTVERD EFLVTEKIKK EFVRQRREA DGALFSELHR KLQSQGVLKN RWSILYLLLS LSEDPRKQPN KTSSFAALFA Q ALPRDAHS TPYYYARPQS LPLSYQDRNV QCAQNAASIG SSGISSIGMY ALNGPTPQSI IQ GQSNQTP NMGDALRQQL GSRLAWTLAA GQQPSQQSTT TKGLPNTVSR NVPRTRREGD SSG SVEITE TSLVRDLLYV FQGIDGKFVK MCNSENCYKV DGKVAVSKSL KDITSKLSEL GWLH NKIKK YTDQRSLDRA FGLVGQSFCA ALHQELKEYY RLLSVLHSQL QVEDDQGVNL GVESS LTLR RLLVWTFDPK IRLKTLAALV DHCQGRKGGE LASAVHAYTK TGDPYMRSLV QHILGL VAY PILNFLYRWI YDGELEDTYH EFFVASDPVV KTDRLWHDKY SLRKSMIPSF MTMDQSR KV LLIGKSINFL HQVCHDQTPA SKAMAVGKSA ESPKDAAELF TDLENAFQTK IDAAYFDT S KYLLDVLNKN YNLLEHMQAM RRYLLLGQGD FIRHLMDLLK PELVRPATTL YQHNLTGIL ETAVRATNAQ FDNPEILKRL DVRLLEVSPG DTGWDVFSLD YHVDGPIATV FTRECMSHYL RVFNFLWRA KRMEYILTDI WKGHMCNAKL LKGMPELSGV LHQCHILASE MVHFIHQMQY Y ITFEVLEC SWDELWNKVL KAQDLDHIIA AHDVFLDTII SRCLLDSESR ALLNQLRAVF DQ IIEFQNA QDALYRAALE ELQQRLQFEE RKKERESEGE WGVTAAEEDV ENKRIQEFQE SIP KMRSQL RILTHFYQGI VQQFLVLLTT STDESLRFLS FRLDFNEHYK AREPRLRVSM GTRG RRSFH V

UniProtKB: Gamma-tubulin complex component 3 homolog

-
分子 #3: Gamma-tubulin complex component 4

分子名称: Gamma-tubulin complex component 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
配列文字列: MIHELLLALS GYPGSIFTWN KRTGLQVSQD IPFLHPGETS VLNRLCKLGT DYIRFTEFIE QYTGHVQQQ DHHPSQQGQV GLHGIYLRAF CRGLDSILQP YRQALLDLEQ EFLADPHLSI S HINYSLDQ FHLLFPSIMV VVEQIKSQKI HGCQILETVY KHSCGGLPPV ...文字列:
MIHELLLALS GYPGSIFTWN KRTGLQVSQD IPFLHPGETS VLNRLCKLGT DYIRFTEFIE QYTGHVQQQ DHHPSQQGQV GLHGIYLRAF CRGLDSILQP YRQALLDLEQ EFLADPHLSI S HINYSLDQ FHLLFPSIMV VVEQIKSQKI HGCQILETVY KHSCGGLPPV RSALEKTLAV CH GVMYKQL SAWMLHGLLL DQYEEFFVRQ GSSSGNLAAA FEEEEDDLGI GGLTGKQLRE LQD LRLIEE ENMLAPSLKQ FSLRAEMLPS YIPVRVAEKI LFVGESVQMF ENQNVNMSRT GSIL KNQED TFAAELHRLK QQPLFSLVDF ESVLDRIRST VAEHLWKLMV EESDLLGQLK IIKDF YLLG RGELFQAFID VAQNMLKTPP TAVTEHDVNV AFQLSAHKVL LDDDNLLPLL NLTIDY HGK EHKDTSQPRE GPFRDMSPRE APTSGWAALG LSYKVQWPLH ILFTPAVLEK YNVVFKY LL SVRRVQSELQ HCWALQMQRK HLESNKTDAI KWRLQNHMAF LVDNLQYYLQ VDVLESQF S QLLQQINSTR DFESIRLAHD HFLSNLLAQS FILLKPVFHC LNEILELCHS FCSLVSQNL GPLDERGAGQ LDILVKGFSC QSSLLFRILS SVRNHQINPD LAQLLLRLDY NKYYTQAGGT LGSFGL

UniProtKB: Gamma-tubulin complex component

-
分子 #4: Gamma-tubulin complex component 6

分子名称: Gamma-tubulin complex component 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
配列文字列: MDSITKLFGD LCESHMVGFP WRTALNSRKH SKNRTKQTLK KLAYDTLFVH LFQDEARKLQ PNCTRLPVK NKIIMLSFNL RICGMSSEAD RLEELVEYLE QSNGIQISDL HAVLELLVEL S GTGPPQLL PPKRDYFKNN KYVGRNVKYQ GYDYYDVQVF EADLGTTVAY ...文字列:
MDSITKLFGD LCESHMVGFP WRTALNSRKH SKNRTKQTLK KLAYDTLFVH LFQDEARKLQ PNCTRLPVK NKIIMLSFNL RICGMSSEAD RLEELVEYLE QSNGIQISDL HAVLELLVEL S GTGPPQLL PPKRDYFKNN KYVGRNVKYQ GYDYYDVQVF EADLGTTVAY QELEISTTIQ RT LQIMEAA PGTGLPALSF FSQNDLSTDK FEKETRGSLF GALVHSRTND MDIKLDMPPV PEN ADLSGL AIKVPQSIDQ SEDEGFQSAS NMTPDSQSEP SMTPDIDVWE AVLTYGPSKR RCWE RIGCP PGKREEPYVT EAGREAFDKL YKLHEGGLQI LSATTLQPQL VLLEETDLVK AVLNV LIGV VSSTFSYNQA LQSFAVKQGV YISGTSPDNV SSLLTQVAEY GTYYTRLSHF SLLTVL DSS HSNGLVFQAF TSGLRKYLQY YRACVLSTPA SLTLLTISFL FRKLGRQLRY LAELCCI GT LVTSATRGIS TAFPTGVKLL SYLYKEALEN SSNENYPVLL SLLKTSCEPY TRFIYDWV Y SGVFRDVCGE FMIQVNEDYL GFRDKRYWTH GYVLISKEVE DCVPVFLKHV ANEIYICGK TINLLKLCCP KHYICWSDIP VPRISVTFSL EELKEMEKDC AVYVARMERI ARHSCISKEQ KALQTEIAR QELIIQARET TEKVFETFKD RKLAEKLSLD TKKRELFQKL KDQYEKEQER R LTTKQEEA DDDFSYAREI RDREKRLKAL EEELELKTRQ ELIEHYSRLS EEATRKEQRA LW KLQRHKL ETIRLKFFLE EQKRMQDLVA NFPVDICEEN LGVLPDGEIS HQTDNTNDAG LGN IENEKS VPEQHALHNN NDEVYTAQNC ISKSESLCVD VTLPTENVHS QTSNASVLGV PSFD SNLCT PDVDIIDFLP TLPSENQEVA VVQSLVDDAL ISIGSDLNTD TKDKESLCAL KSDLQ ESST GSEYDFKTIL KPIACTQVSQ GHIKIGEYSS NVQPARPRWS THGHSSDSNI KIGNYV SDI NVHQPKHSQH GHSSDSNINI SDHMSDVEPR LPRLNLHGHI STGHIKVGEY ASDVEPS TP RHSVHGHASQ GNIKIGENVS DVKLSRPRWN IHGHVSDANI KIGENTSEIA PLRPRWNI H GHASQSHIKI GELVSDIEPS QPRRTPFGHP SQSSIPIGDQ PVEKYAQKSE SEVHSSNST IQHLLYSNIP DKNKDTGGTL TDSPVPVPDQ GNSNDDTEKR SSTLEQRVQA ADSVCDGEAS PNTAQSLPC MSDTLDFGTN GEENVGNDDH TWEKQQEYLK GLAEKYCLEK YQDSYELMSH P PVLHLYSN VMPNRFSFPT DSDIKSATDE TTVQLIELLS LPVLMKYSVT APMVSHVYLV NK AIVDYYF VELKMERHFE AMRHFLLMED GEFAQSLSDM LFEKLGSGQT PSELLNPLVL NSI LNKALQ YSLHGDSSLA SNLTFALKYL PEVFTPTAPD ALSCLELKYK VDWPLNIVIT DTCM NKYSR IFSFLLQLKH MVWTLRDVWF HLKRTALVNQ ASNSVQYRQL QLYRHEMQHF VKVIQ GYIA NQILHVTWCE FRNKLSAVSN LEEIYKTHAD YLNKALFRGL LTEKAAPLMN IIHSIF SLI LKFRLQLISQ SWICDTGKQM AVHPNFGLMQ QSYNTFKYYS DFLFEVVSKL VNRGYQP HL EDFLLRINFN SYYKQS

UniProtKB: Gamma-tubulin complex component 6

-
分子 #5: Gamma-tubulin complex component 5

分子名称: Gamma-tubulin complex component 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
配列文字列: MAHWTRFERD QEGDIKKLVS LMSGIQDDQD GNFQQALQFA WSNFRFHRYL DVSSHTVLRT LEGIFEKLV VHSDLEKAES WKRLTEEFLL LPLPNTEGTK TDSHFAVLSL LLCLSDSPSN H DYTEKPRK KENDEQEPFD WGKYLREGED IEFSPDADTP EWSEASEEED ...文字列:
MAHWTRFERD QEGDIKKLVS LMSGIQDDQD GNFQQALQFA WSNFRFHRYL DVSSHTVLRT LEGIFEKLV VHSDLEKAES WKRLTEEFLL LPLPNTEGTK TDSHFAVLSL LLCLSDSPSN H DYTEKPRK KENDEQEPFD WGKYLREGED IEFSPDADTP EWSEASEEED AQEPPSREDS GI QVDRTPL EDPEKKGAPP LVSWKVGEPD ARSWLEQHIV HQYWTSRAPR FSHSSHLHSN LSA IWDQHL YTTDPLYTPD DKTIVTETQV IRETLWLLSG VKKLLIFQLN DGKVNVRNDI IVTH MTQNC LRSVLEQIAA YGQVVFRLQK FIDEITGHGS EVPLPGTLPT AKKTTEAPFR TYQAF MWAL YKYFISFKEE LTEIEKCIIN KDETVTLAIV LDKLAPRLAQ LKVLHRVFST GIAEVP PDT RNVVRASHLL NTLYKAILDY DNVGEASEQT VSLLFCLWVE TVRPYLEIVD EWIVHGN LF DPAKEFIIQR NKDVPFNHRD FWYATYTLYS VSEKTENEDK MSDNASASSG SDQAPAGR Q HTMVSFLKPV LKQIIMAGKS MQLLKNLKCR TALQQDSSRD SDRKSLYTLF LESVQSRLQ HGNDSVPDII TEQQVNKLSL IKMQSIVAKH LELDEVHDPL LAINFVRLYL EQSDFLETFT CNEVCVDRS SESVTCQSFE LTLRSCLYPH IGKQYLECCG NLMYTLKKDY RLVEYLQAMR N FFLLEAGD TMYDFYTPIF DKIREKEPWL NLSYLNVQIQ EAVGQRYPDD STRLSVSFES VD LAKKKLP VHTLDGLILS YKVPWPVDIV ISSECQKIYN QVFLLLLLIK WAKYSLDVLQ FNE LGNASE NESTKEGATV EPFPLPPLTS PSEPKGQQIH RMFLLRVKLM HFVNSLHNYL MTRI LHSTG LEFQHQVEEA KDLDQLIKIH YRYLSTIHDR CLLREKVSSV KEAIMKVLNV VLMFA DRWH AGLGAWKKES IVKMESDFTN CHKFLVKVLN KAVCRGSFPH LESLALSLMA GMEQS

UniProtKB: Gamma-tubulin complex component

-
分子 #6: Mitotic-spindle organizing protein 1

分子名称: Mitotic-spindle organizing protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
配列文字列:
MANASGNMSA VRETMDVLLE ISRLLNTGLD METLSICVRL CEQGINPEAL SSVIKELRRA SDTLKASES TAS

UniProtKB: Mitotic-spindle organizing protein 1

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 51.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

10491


詳細: The reference contains no density for the NEDD1/N-GCP/MZT1 grapnel and density for the GRIP2 domains and gamma-tubulins at spokes 5 and 6 was removed
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 82813
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る