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- EMDB-52730: NEDD1-bound native vertebrate gamma-tubulin ring complex from Xen... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52730
タイトルNEDD1-bound native vertebrate gamma-tubulin ring complex from Xenopus laevis
マップデータLocal resolution-filtered map of the NEDD1-bound native vertebrate gamma-tubulin ring complex from Xenopus laevis
試料
  • 複合体: Tetramer of NEDD1 bound to the gamma-tubulin ring complex
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component 3 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component 6
    • タンパク質・ペプチド: Actin, cytoplasmic 1
    • タンパク質・ペプチド: NEDD1 gamma-tubulin ring complex targeting factor L homeolog
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin gamma-1 chain
    • タンパク質・ペプチド: Mitotic-spindle organizing protein 1
キーワードcytoskeleton / microtubule / microtubule nucleation / complex / template / cap / gamma-tubulin / gamma-tubulin ring complex / cell cycle / nedd1 / neural precursor cell-expressed developmentally down-regulated 1
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule minus-end binding / microtubule nucleation by interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex localization / microtubule nucleator activity / polar microtubule / interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex / gamma-tubulin ring complex / mitotic spindle microtubule / meiotic spindle organization ...microtubule minus-end binding / microtubule nucleation by interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex localization / microtubule nucleator activity / polar microtubule / interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex / gamma-tubulin ring complex / mitotic spindle microtubule / meiotic spindle organization / dense body / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / mitotic sister chromatid segregation / mitotic spindle assembly / spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / centriole / tubulin binding / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / spindle / spindle pole / mitotic cell cycle / actin cytoskeleton / microtubule / cytoskeleton / hydrolase activity / ciliary basal body / focal adhesion / centrosome / GTP binding / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Mitotic-spindle organizing protein 1 / Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated / Gamma-tubulin complex component 6, N-terminal / Gamma-tubulin complex component 6 N-terminus / Gamma tubulin / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein ...: / Mitotic-spindle organizing protein 1 / Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated / Gamma-tubulin complex component 6, N-terminal / Gamma-tubulin complex component 6 N-terminus / Gamma tubulin / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Actin / Actin family / Actin / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / ATPase, nucleotide binding domain / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-tubulin complex component / NEDD1 gamma-tubulin ring complex targeting factor L homeolog / Gamma-tubulin complex component / Gamma-tubulin complex component 6 / Gamma-tubulin complex component 3 homolog / Actin, cytoplasmic 1 / Tubulin gamma-1 chain / Mitotic-spindle organizing protein 1 / Gamma-tubulin complex component
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Vermeulen BJA / Pfeffer S
資金援助 ドイツ, 7件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)DFG Schi 295/4-4 ドイツ
German Research Foundation (DFG)DFG Schi 295/11-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)DFG PF 963/1-4 ドイツ
German Research Foundation (DFG)DFG PF 963/4-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 35/1314-1 FUGG ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 35/1503-1 FUGG ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 35/1134-1 FUGG ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural mechanisms for centrosomal recruitment and organization of the microtubule nucleator γ-TuRC.
著者: Qi Gao / Florian W Hofer / Sebastian Filbeck / Bram J A Vermeulen / Martin Würtz / Annett Neuner / Charlotte Kaplan / Maja Zezlina / Cornelia Sala / Hyesu Shin / Oliver J Gruss / Elmar ...著者: Qi Gao / Florian W Hofer / Sebastian Filbeck / Bram J A Vermeulen / Martin Würtz / Annett Neuner / Charlotte Kaplan / Maja Zezlina / Cornelia Sala / Hyesu Shin / Oliver J Gruss / Elmar Schiebel / Stefan Pfeffer /
要旨: The γ-tubulin ring complex (γ-TuRC) acts as a structural template for microtubule formation at centrosomes, associating with two main compartments: the pericentriolar material and the centriole ...The γ-tubulin ring complex (γ-TuRC) acts as a structural template for microtubule formation at centrosomes, associating with two main compartments: the pericentriolar material and the centriole lumen. In the pericentriolar material, the γ-TuRC is involved in microtubule organization, while the function of the centriole lumenal pool remains unclear. The conformational landscape of the γ-TuRC, which is crucial for its activity, and its centrosomal anchoring mechanisms, which determine γ-TuRC activity and turnover, are not understood. Using cryo-electron tomography, we analyze γ-TuRCs in human cells and purified centrosomes. Pericentriolar γ-TuRCs simultaneously associate with the essential adapter NEDD1 and the microcephaly protein CDK5RAP2. NEDD1 forms a tetrameric structure at the γ-TuRC base through interactions with four GCP3/MZT1 modules and GCP5/6-specific extensions, while multiple copies of CDK5RAP2 engage the γ-TuRC in two distinct binding patterns to promote γ-TuRC closure and activation. In the centriole lumen, the microtubule branching factor Augmin tethers a condensed cluster of γ-TuRCs to the centriole wall with defined directional orientation. Centriole-lumenal γ-TuRC-Augmin is protected from degradation during interphase and released in mitosis to aid chromosome alignment. This study provides a unique view on γ-TuRC structure and molecular organization at centrosomes and identifies an important cellular function of centriole-lumenal γ-TuRCs.
履歴
登録2025年2月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月19日-
マップ公開2025年3月19日-
更新2025年3月26日-
現状2025年3月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52730.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52730.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local resolution-filtered map of the NEDD1-bound native vertebrate gamma-tubulin ring complex from Xenopus laevis
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.43 Å/pix.
x 384 pix.
= 547.853 Å		1.43 Å/pix.
x 384 pix.
= 547.853 Å		1.43 Å/pix.
x 384 pix.
= 547.853 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4267 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0217
最小 - 最大-0.15211141 - 0.2761342
平均 (標準偏差)0.0001769711 (±0.00459369)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 547.8528 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: OccuPy-weighted local resolution-filtered map of the NEDD1-bound native...

ファイルemd_52730_additional_1.map
注釈OccuPy-weighted local resolution-filtered map of the NEDD1-bound native vertebrate gamma-tubulin ring complex from Xenopus laevis
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 of the NEDD1-bound native vertebrate...

ファイルemd_52730_half_map_1.map
注釈Half map 1 of the NEDD1-bound native vertebrate gamma-tubulin ring complex from Xenopus laevis
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 of the NEDD1-bound native vertebrate...

ファイルemd_52730_half_map_2.map
注釈Half map 2 of the NEDD1-bound native vertebrate gamma-tubulin ring complex from Xenopus laevis
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tetramer of NEDD1 bound to the gamma-tubulin ring complex

全体名称: Tetramer of NEDD1 bound to the gamma-tubulin ring complex
要素
  • 複合体: Tetramer of NEDD1 bound to the gamma-tubulin ring complex
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component 3 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-tubulin complex component 6
    • タンパク質・ペプチド: Actin, cytoplasmic 1
    • タンパク質・ペプチド: NEDD1 gamma-tubulin ring complex targeting factor L homeolog
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin gamma-1 chain
    • タンパク質・ペプチド: Mitotic-spindle organizing protein 1

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超分子 #1: Tetramer of NEDD1 bound to the gamma-tubulin ring complex

超分子名称: Tetramer of NEDD1 bound to the gamma-tubulin ring complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

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分子 #1: Gamma-tubulin complex component

分子名称: Gamma-tubulin complex component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 103.468312 KDa
配列文字列: MSEFRIHHDV NELISLLHVF GLEGADVYID LLQKNRTPYV TTSVSTHSAK VKIAEFSRTP DDFLKKYEEL KSKNTRNLDP LVYLLSKLI EDKETLQYLQ QNAKDKAELA TSSVTSVSLP IAPNTSKISM QELEELRRQL ETATVAVSCS HQPVEVLRKF L RDKLNKKH ...文字列:
MSEFRIHHDV NELISLLHVF GLEGADVYID LLQKNRTPYV TTSVSTHSAK VKIAEFSRTP DDFLKKYEEL KSKNTRNLDP LVYLLSKLI EDKETLQYLQ QNAKDKAELA TSSVTSVSLP IAPNTSKISM QELEELRRQL ETATVAVSCS HQPVEVLRKF L RDKLNKKH TGHPVPVFPS WVYERPALTG DFMSFSNPST DVTVSIGTLP LPSQETCLVE DLLYILIGVD GRYISVQPLV GR QSRSFSV EQNLDSSVKE LVNRILPVAT NYSTVTRFVE ENSSFEYGQV NHALGAAMRT LGKEYMILIS QLEHLQRQGL LSL QKLWFY IQPTLRTMEV LASIATSLNK GECFGGATLS LLHDRTFGYT GDSQAQELCL YLTKAASAPY FDILERWIYR GIIN DPYSE FMVEEHELQK EKIQEDYNDK YWDQRYTIVQ QQIPSFLQKV ADKILSTGKY LNVVRECGHD VTCPDAKEIT YTLKE QAYV ERIEKAYNYA SKVLLDFLME EEELVAHLRS IKHYFLMDQG DFFVHFMDLT EEELKKPVDD IIPTRLEALL ELALRM STA NTDPFKDDLK IELMPHDLIT QLLRVLAIET HQEKALINSD PTELALSGLE SFSFDYIVKW PLSLIINRKA LTRYQML FR HMFYCKHVER LLCNVWISNK TAKQFSLHSA KWFAGAFTLR QRMLNFVQNI QYYMMFEVME PTWHILEKNL KSASNIDD V LSHHTSFLDN CLKDCMLTNP ELLKIFSKLM SVCVMFTNCL QRFTQSMQVQ TEMEHLTLEH GTMMGPPTQC ERTEEALKK KLTSKYLEEH IDKFPSSFGF ESTINNFDSN FSAHLMDLLD KLSMYSTSDC EHSMINIIYR LDFNGFYTER LKQLSSERNQ KSAPLLGPA QHAVSTK

UniProtKB: Gamma-tubulin complex component

+
分子 #2: Gamma-tubulin complex component 3 homolog

分子名称: Gamma-tubulin complex component 3 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 103.789352 KDa
配列文字列: MAVPDQKSPN VLLQNLCCRI LGKGEADVAQ QFQYAVRVIG SNFAPTVERD EFLVTEKIKK EFVRQRREAD GALFSELHRK LQSQGVLKN RWSILYLLLS LSEDPRKQPN KTSSFAALFA QALPRDAHST PYYYARPQSL PLSYQDRNVQ CAQNAASIGS S GISSIGMY ...文字列:
MAVPDQKSPN VLLQNLCCRI LGKGEADVAQ QFQYAVRVIG SNFAPTVERD EFLVTEKIKK EFVRQRREAD GALFSELHRK LQSQGVLKN RWSILYLLLS LSEDPRKQPN KTSSFAALFA QALPRDAHST PYYYARPQSL PLSYQDRNVQ CAQNAASIGS S GISSIGMY ALNGPTPQSI IQGQSNQTPN MGDALRQQLG SRLAWTLAAG QQPSQQSTTT KGLPNTVSRN VPRTRREGDS SG SVEITET SLVRDLLYVF QGIDGKFVKM CNSENCYKVD GKVAVSKSLK DITSKLSELG WLHNKIKKYT DQRSLDRAFG LVG QSFCAA LHQELKEYYR LLSVLHSQLQ VEDDQGVNLG VESSLTLRRL LVWTFDPKIR LKTLAALVDH CQGRKGGELA SAVH AYTKT GDPYMRSLVQ HILGLVAYPI LNFLYRWIYD GELEDTYHEF FVASDPVVKT DRLWHDKYSL RKSMIPSFMT MDQSR KVLL IGKSINFLHQ VCHDQTPASK AMAVGKSAES PKDAAELFTD LENAFQTKID AAYFDTSKYL LDVLNKNYNL LEHMQA MRR YLLLGQGDFI RHLMDLLKPE LVRPATTLYQ HNLTGILETA VRATNAQFDN PEILKRLDVR LLEVSPGDTG WDVFSLD YH VDGPIATVFT RECMSHYLRV FNFLWRAKRM EYILTDIWKG HMCNAKLLKG MPELSGVLHQ CHILASEMVH FIHQMQYY I TFEVLECSWD ELWNKVLKAQ DLDHIIAAHD VFLDTIISRC LLDSESRALL NQLRAVFDQI IEFQNAQDAL YRAALEELQ QRLQFEERKK ERESEGEWGV TAAEEDVENK RIQEFQESIP KMRSQLRILT HFYQGIVQQF LVLLTTSTDE SLRFLSFRLD FNEHYKARE PRLRVSMGTR GRRSFHV

UniProtKB: Gamma-tubulin complex component 3 homolog

+
分子 #3: Gamma-tubulin complex component

分子名称: Gamma-tubulin complex component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 76.122961 KDa
配列文字列: MIHELLLALS GYPGSIFTWN KRTGLQVSQD IPFLHPGETS VLNRLCKLGT DYIRFTEFIE QYTGHVQQQD HHPSQQGQVG LHGIYLRAF CRGLDSILQP YRQALLDLEQ EFLADPHLSI SHINYSLDQF HLLFPSIMVV VEQIKSQKIH GCQILETVYK H SCGGLPPV ...文字列:
MIHELLLALS GYPGSIFTWN KRTGLQVSQD IPFLHPGETS VLNRLCKLGT DYIRFTEFIE QYTGHVQQQD HHPSQQGQVG LHGIYLRAF CRGLDSILQP YRQALLDLEQ EFLADPHLSI SHINYSLDQF HLLFPSIMVV VEQIKSQKIH GCQILETVYK H SCGGLPPV RSALEKTLAV CHGVMYKQLS AWMLHGLLLD QYEEFFVRQG SSSGNLAAAF EEEEDDLGIG GLTGKQLREL QD LRLIEEE NMLAPSLKQF SLRAEMLPSY IPVRVAEKIL FVGESVQMFE NQNVNMSRTG SILKNQEDTF AAELHRLKQQ PLF SLVDFE SVLDRIRSTV AEHLWKLMVE ESDLLGQLKI IKDFYLLGRG ELFQAFIDVA QNMLKTPPTA VTEHDVNVAF QLSA HKVLL DDDNLLPLLN LTIDYHGKEH KDTSQPREGP FRDMSPREAP TSGWAALGLS YKVQWPLHIL FTPAVLEKYN VVFKY LLSV RRVQSELQHC WALQMQRKHL ESNKTDAIKW RLQNHMAFLV DNLQYYLQVD VLESQFSQLL QQINSTRDFE SIRLAH DHF LSNLLAQSFI LLKPVFHCLN EILELCHSFC SLVSQNLGPL DERGAGQLDI LVKGFSCQSS LLFRILSSVR NHQINPD LA QLLLRLDYNK YYTQAGGTLG SFGL

UniProtKB: Gamma-tubulin complex component

+
分子 #4: Gamma-tubulin complex component

分子名称: Gamma-tubulin complex component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 117.577633 KDa
配列文字列: MAHWTRFERD QEGDIKKLVS LMSGIQDDQD GNFQQALQFA WSNFRFHRYL DVSSHTVLRT LEGIFEKLVV HSDLEKAESW KRLTEEFLL LPLPNTEGTK TDSHFAVLSL LLCLSDSPSN HDYTEKPRKK ENDEQEPFDW GKYLREGEDI EFSPDADTPE W SEASEEED ...文字列:
MAHWTRFERD QEGDIKKLVS LMSGIQDDQD GNFQQALQFA WSNFRFHRYL DVSSHTVLRT LEGIFEKLVV HSDLEKAESW KRLTEEFLL LPLPNTEGTK TDSHFAVLSL LLCLSDSPSN HDYTEKPRKK ENDEQEPFDW GKYLREGEDI EFSPDADTPE W SEASEEED AQEPPSREDS GIQVDRTPLE DPEKKGAPPL VSWKVGEPDA RSWLEQHIVH QYWTSRAPRF SHSSHLHSNL SA IWDQHLY TTDPLYTPDD KTIVTETQVI RETLWLLSGV KKLLIFQLND GKVNVRNDII VTHMTQNCLR SVLEQIAAYG QVV FRLQKF IDEITGHGSE VPLPGTLPTA KKTTEAPFRT YQAFMWALYK YFISFKEELT EIEKCIINKD ETVTLAIVLD KLAP RLAQL KVLHRVFSTG IAEVPPDTRN VVRASHLLNT LYKAILDYDN VGEASEQTVS LLFCLWVETV RPYLEIVDEW IVHGN LFDP AKEFIIQRNK DVPFNHRDFW YATYTLYSVS EKTENEDKMS DNASASSGSD QAPAGRQHTM VSFLKPVLKQ IIMAGK SMQ LLKNLKCRTA LQQDSSRDSD RKSLYTLFLE SVQSRLQHGN DSVPDIITEQ QVNKLSLIKM QSIVAKHLEL DEVHDPL LA INFVRLYLEQ SDFLETFTCN EVCVDRSSES VTCQSFELTL RSCLYPHIGK QYLECCGNLM YTLKKDYRLV EYLQAMRN F FLLEAGDTMY DFYTPIFDKI REKEPWLNLS YLNVQIQEAV GQRYPDDSTR LSVSFESVDL AKKKLPVHTL DGLILSYKV PWPVDIVISS ECQKIYNQVF LLLLLIKWAK YSLDVLQFNE LGNASENEST KEGATVEPFP LPPLTSPSEP KGQQIHRMFL LRVKLMHFV NSLHNYLMTR ILHSTGLEFQ HQVEEAKDLD QLIKIHYRYL STIHDRCLLR EKVSSVKEAI MKVLNVVLMF A DRWHAGLG AWKKESIVKM ESDFTNCHKF LVKVLNKAVC RGSFPHLESL ALSLMAGMEQ S

UniProtKB: Gamma-tubulin complex component

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分子 #5: Gamma-tubulin complex component 6

分子名称: Gamma-tubulin complex component 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 193.069141 KDa
配列文字列: MDSITKLFGD LCESHMVGFP WRTALNSRKH SKNRTKQTLK KLAYDTLFVH LFQDEARKLQ PNCTRLPVKN KIIMLSFNLR ICGMSSEAD RLEELVEYLE QSNGIQISDL HAVLELLVEL SGTGPPQLLP PKRDYFKNNK YVGRNVKYQG YDYYDVQVFE A DLGTTVAY ...文字列:
MDSITKLFGD LCESHMVGFP WRTALNSRKH SKNRTKQTLK KLAYDTLFVH LFQDEARKLQ PNCTRLPVKN KIIMLSFNLR ICGMSSEAD RLEELVEYLE QSNGIQISDL HAVLELLVEL SGTGPPQLLP PKRDYFKNNK YVGRNVKYQG YDYYDVQVFE A DLGTTVAY QELEISTTIQ RTLQIMEAAP GTGLPALSFF SQNDLSTDKF EKETRGSLFG ALVHSRTNDM DIKLDMPPVP EN ADLSGLA IKVPQSIDQS EDEGFQSASN MTPDSQSEPS MTPDIDVWEA VLTYGPSKRR CWERIGCPPG KREEPYVTEA GRE AFDKLY KLHEGGLQIL SATTLQPQLV LLEETDLVKA VLNVLIGVVS STFSYNQALQ SFAVKQGVYI SGTSPDNVSS LLTQ VAEYG TYYTRLSHFS LLTVLDSSHS NGLVFQAFTS GLRKYLQYYR ACVLSTPASL TLLTISFLFR KLGRQLRYLA ELCCI GTLV TSATRGISTA FPTGVKLLSY LYKEALENSS NENYPVLLSL LKTSCEPYTR FIYDWVYSGV FRDVCGEFMI QVNEDY LGF RDKRYWTHGY VLISKEVEDC VPVFLKHVAN EIYICGKTIN LLKLCCPKHY ICWSDIPVPR ISVTFSLEEL KEMEKDC AV YVARMERIAR HSCISKEQKA LQTEIARQEL IIQARETTEK VFETFKDRKL AEKLSLDTKK RELFQKLKDQ YEKEQERR L TTKQEEADDD FSYAREIRDR EKRLKALEEE LELKTRQELI EHYSRLSEEA TRKEQRALWK LQRHKLETIR LKFFLEEQK RMQDLVANFP VDICEENLGV LPDGEISHQT DNTNDAGLGN IENEKSVPEQ HALHNNNDEV YTAQNCISKS ESLCVDVTLP TENVHSQTS NASVLGVPSF DSNLCTPDVD IIDFLPTLPS ENQEVAVVQS LVDDALISIG SDLNTDTKDK ESLCALKSDL Q ESSTGSEY DFKTILKPIA CTQVSQGHIK IGEYSSNVQP ARPRWSTHGH SSDSNIKIGN YVSDINVHQP KHSQHGHSSD SN INISDHM SDVEPRLPRL NLHGHISTGH IKVGEYASDV EPSTPRHSVH GHASQGNIKI GENVSDVKLS RPRWNIHGHV SDA NIKIGE NTSEIAPLRP RWNIHGHASQ SHIKIGELVS DIEPSQPRRT PFGHPSQSSI PIGDQPVEKY AQKSESEVHS SNST IQHLL YSNIPDKNKD TGGTLTDSPV PVPDQGNSND DTEKRSSTLE QRVQAADSVC DGEASPNTAQ SLPCMSDTLD FGTNG EENV GNDDHTWEKQ QEYLKGLAEK YCLEKYQDSY ELMSHPPVLH LYSNVMPNRF SFPTDSDIKS ATDETTVQLI ELLSLP VLM KYSVTAPMVS HVYLVNKAIV DYYFVELKME RHFEAMRHFL LMEDGEFAQS LSDMLFEKLG SGQTPSELLN PLVLNSI LN KALQYSLHGD SSLASNLTFA LKYLPEVFTP TAPDALSCLE LKYKVDWPLN IVITDTCMNK YSRIFSFLLQ LKHMVWTL R DVWFHLKRTA LVNQASNSVQ YRQLQLYRHE MQHFVKVIQG YIANQILHVT WCEFRNKLSA VSNLEEIYKT HADYLNKAL FRGLLTEKAA PLMNIIHSIF SLILKFRLQL ISQSWICDTG KQMAVHPNFG LMQQSYNTFK YYSDFLFEVV SKLVNRGYQP HLEDFLLRI NFNSYYKQS

UniProtKB: Gamma-tubulin complex component 6

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分子 #6: Actin, cytoplasmic 1

分子名称: Actin, cytoplasmic 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 41.812684 KDa
配列文字列: MEDDIAALVV DNGSGMCKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IEHGIVTNWD DMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPVLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNT PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVMDSGDGV T HTVPIYEG ...文字列:
MEDDIAALVV DNGSGMCKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IEHGIVTNWD DMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPVLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNT PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVMDSGDGV T HTVPIYEG YALPHAILRL DLAGRDLTDY LMKILTERGY SFTTTAEREI VRDIKEKLCY VALDFEQEMA TAASSSSLEK SY ELPDGQV ITIGNERFRC PEALFQPSFL GMESCGIHET TYNSIMKCDV DIRKDLYANT VLSGGTTMYP GIADRMQKEI TAL APSTMK IKIIAPPERK YSVWIGGSIL ASLSTFQQMW ISKQEYDESG PSIVHRKCF

UniProtKB: Actin, cytoplasmic 1

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分子 #7: NEDD1 gamma-tubulin ring complex targeting factor L homeolog

分子名称: NEDD1 gamma-tubulin ring complex targeting factor L homeolog
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 73.215234 KDa
配列文字列: MESRGGGGRV RLPGTTMQDN IRFVSAGDDV KIWDYSSMTT VEQFNPHSAS HPVSSLCWSS NNHFLVTASG SGDKIVVSSC KSKPVPLLE LAEGKKQTCV NLNSSSQYVV SGGLDNTVNI WDLKSKRLHR SLKDHKDEVT CVTFNANDCY VASGSMSGEI I LHNVTTNL ...文字列:
MESRGGGGRV RLPGTTMQDN IRFVSAGDDV KIWDYSSMTT VEQFNPHSAS HPVSSLCWSS NNHFLVTASG SGDKIVVSSC KSKPVPLLE LAEGKKQTCV NLNSSSQYVV SGGLDNTVNI WDLKSKRLHR SLKDHKDEVT CVTFNANDCY VASGSMSGEI I LHNVTTNL SSTPFGHGSS QPIRHLKYSY VKKSLLGTVS DSGSVTLWDA NSQNPYHVFE SAHKAPASGI CFSPVNDLLL VT VGLDKRI ICYDVSSKIL LQTVVAESPL TAVDFMPDGA TLAVGSSRGK IYLYDLRMLS SPVKTVSAHK TSVQCIQFQH SNI YKSSKG PSSKSSILST AVNKKPSTKT AAGGTQSANI TKDLPPSAIS SLPQPVMPVD SKVLRVNDDK SGFPRSTSLD IIPS KETDF AKTSDYKSID SFGRSSLGDI FSPVRDDASH FRGAEDLSCK GNDLDYLPQF STIPSSRRNP VGANTQGIHG SPLHL IIES PIKEEDESQD SELKTRKPQL LKQDFRESSS KPASVDQNNL NNSPINSVTR TPEAIEKTGH QILSQLKSDV PAHGTK IAS PKVAATMSTQ LASSLSEKIA DTLASDRTGA PLTAIQINFI KNMIEETLDD FREACHRDIV NLQVEMIKQF HIQSSEI QM LLERYSLNES LVSEIEKLRE ENKRLRANF

UniProtKB: NEDD1 gamma-tubulin ring complex targeting factor L homeolog

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分子 #8: Tubulin gamma-1 chain

分子名称: Tubulin gamma-1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 51.226719 KDa
配列文字列: MPREIITLQL GQCGNQIGFE FWKQLCAEHG ISPEGIVEEF ATEGTDRKDV FFYQADDEHY IPRAVLLDLE PRVIHSILNS PYANLYNPE NIYLSEHGGG AGNNWASGFS QGEKIHEDIF DIIDREADGS DSLEGFVLCH SIAGGTGSGL GSYLLERLND R YPKKLVQT ...文字列:
MPREIITLQL GQCGNQIGFE FWKQLCAEHG ISPEGIVEEF ATEGTDRKDV FFYQADDEHY IPRAVLLDLE PRVIHSILNS PYANLYNPE NIYLSEHGGG AGNNWASGFS QGEKIHEDIF DIIDREADGS DSLEGFVLCH SIAGGTGSGL GSYLLERLND R YPKKLVQT YSVFPNQDEM SHVVVQPYNS LLTLKRLTQN ADCVVVLDNT ALNRIATDRL HIQNPSFSQI NQLVSTIMSA ST TTLRYPG YMNNDLIGLI ASLIPTPRLH FLMTGYTPLT TDQSVASVRK TTVLDVMRRL LQPKNVMVST GRDRQTNHCY IAI LNIIQG EVDPTQVHKS LQRIRERKLA NFIPWGPASI QVALSRKSPY LPSAHRVSGL MMANHTNISS LFERTCRQYD KLRK REAFL EQFRKEDIFK DNFDELDNSR EIVQQLIDEY HAATRPDYIS WGTQDK

UniProtKB: Tubulin gamma-1 chain

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分子 #9: Mitotic-spindle organizing protein 1

分子名称: Mitotic-spindle organizing protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 7.749854 KDa
配列文字列:
MANASGNMSA VRETMDVLLE ISRLLNTGLD METLSICVRL CEQGINPEAL SSVIKELRRA SDTLKASEST AS

UniProtKB: Mitotic-spindle organizing protein 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 51.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

10491


詳細: The reference contains no density for the NEDD1/N-GCP/MZT1 grapnel and density for the GRIP2 domains and gamma-tubulins at spokes 5 and 6 was removed
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 299022
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9i8n:
NEDD1-bound native vertebrate gamma-tubulin ring complex from Xenopus laevis

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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