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- EMDB-52525: High resolution cryo-EM structure of human complex III in mitochondria -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52525
タイトルHigh resolution cryo-EM structure of human complex III in mitochondria
マップデータ
試料
  • 細胞: Complex III
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • リガンド: x 9種
キーワードHuman mitochondria / respirasome complex / cytochrome bc1 complex / CoQH2-cytochrome c reductase / complex III / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex III assembly / Complex III assembly / Complex III assembly / Complex III assembly / Complex III assembly / response to D-galactosamine / Complex III assembly / Complex III assembly / Complex III assembly / Complex III assembly ...Complex III assembly / Complex III assembly / Complex III assembly / Complex III assembly / Complex III assembly / response to D-galactosamine / Complex III assembly / Complex III assembly / Complex III assembly / Complex III assembly / response to mercury ion / subthalamus development / pons development / Respiratory electron transport / response to cobalamin / cerebellar Purkinje cell layer development / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / pyramidal neuron development / response to alkaloid / cellular respiration / thalamus development / Mitochondrial protein import / respiratory chain complex / respiratory chain complex III / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / response to glucagon / quinol-cytochrome-c reductase activity / response to copper ion / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / hypothalamus development / midbrain development / electron transport coupled proton transport / animal organ regeneration / response to hyperoxia / response to cadmium ion / Mitochondrial protein degradation / aerobic respiration / response to activity / respiratory electron transport chain / generation of precursor metabolites and energy / hippocampus development / response to calcium ion / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / response to toxic substance / response to ethanol / response to hypoxia / oxidoreductase activity / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / response to xenobiotic stimulus / heme binding / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily ...Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.52 Å
データ登録者Nguyen MD / Khajawa A / Rorbach J
資金援助 スウェーデン, 1件
OrganizationGrant number国
Knut and Alice Wallenberg Foundation023405053 スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for late maturation steps of mitochondrial respiratory chain complex IV within the human respirasome
著者: Nguyen MD / Khajawa A / Rorbach J
履歴
登録2025年1月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月12日-
マップ公開2025年11月12日-
更新2025年11月12日-
現状2025年11月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52525.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52525.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.88 Å/pix.
x 480 pix.
= 420. Å		0.88 Å/pix.
x 480 pix.
= 420. Å		0.88 Å/pix.
x 480 pix.
= 420. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.875 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.54
最小 - 最大-14.749911000000001 - 37.643245999999998
平均 (標準偏差)-0.000000000002809 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 420.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_52525_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_52525_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Complex III

全体名称: Complex III
要素
  • 細胞: Complex III
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
  • リガンド: UBIQUINONE-10
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

+
超分子 #1: Complex III

超分子名称: Complex III / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.922376 KDa
配列文字列:
MGREFGNLTR MRHVISYSLS PFEQRAYPHV FTKGIPNVLR RIRESFFRVV PQFVVFYLIY TWGTEEFERS KRKNPAAYEN DK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

+
分子 #2: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.704971 KDa
配列文字列: MLSVASRSGP FAPVLSATSR GVAGALRPLV QATVPATPEQ PVLDLKRPFL SRESLSGQAV RRPLVASVGL NVPASVCYSH TDIKVPDFS EYRRLEVLDS TKSSRESSEA RKGFSYLVTG VTTVGVAYAA KNAVTQFVSS MSASADVLAL AKIEIKLSDI P EGKNMAFK ...文字列:
MLSVASRSGP FAPVLSATSR GVAGALRPLV QATVPATPEQ PVLDLKRPFL SRESLSGQAV RRPLVASVGL NVPASVCYSH TDIKVPDFS EYRRLEVLDS TKSSRESSEA RKGFSYLVTG VTTVGVAYAA KNAVTQFVSS MSASADVLAL AKIEIKLSDI P EGKNMAFK WRGKPLFVRH RTQKEIEQEA AVELSQLRDP QHDLDRVKKP EWVILIGVCT HLGCVPIANA GDFGGYYCPC HG SHYDASG RIRLGPAPLN LEVPTYEFTS DDMVIVG

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

+
分子 #3: Cytochrome b-c1 complex subunit 9

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.320495 KDa
配列文字列:
MAAATLTSKL YSLLFRRTST FALTIIVGVM FFERAFDQGA DAIYDHINEG KLWKHIKHKY ENK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 9

+
分子 #4: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.753787 KDa
配列文字列:
MGLEDEQKML TESGDPEEEE EEEEELVDPL TTVREQCEQL EKCVKARERL ELCDERVSSR SHTEEDCTEE LFDFLHARDH CVAHKLFNN LK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial

+
分子 #5: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.554477 KDa
配列文字列:
MAGKQAVSAS GKWLDGIRKW YYNAAGFNKL GLMRDDTIYE DEDVKEAIRR LPENLYNDRM FRIKRALDLN LKHQILPKEQ WTKYEEENF YLEPYLKEVI RERKEREEWA KK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

+
分子 #6: Cytochrome b-c1 complex subunit 10

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.577658 KDa
配列文字列:
MVTRFLGPRY RELVKNWVPT AYTWGAVGAV GLVWATDWRL ILDWVPYING KFKKDN

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 10

+
分子 #7: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.469 KDa
配列文字列: MAAAAASLRG VVLGPRGAGL PGARARGLLC SARPGQLPLR TPQAVALSSK SGLSRGRKVM LSALGMLAAG GAGLAMALHS AVSASDLEL HPPSYPWSHR GLLSSLDHTS IRRGFQVYKQ VCASCHSMDF VAYRHLVGVC YTEDEAKELA AEVEVQDGPN E DGEMFMRP ...文字列:
MAAAAASLRG VVLGPRGAGL PGARARGLLC SARPGQLPLR TPQAVALSSK SGLSRGRKVM LSALGMLAAG GAGLAMALHS AVSASDLEL HPPSYPWSHR GLLSSLDHTS IRRGFQVYKQ VCASCHSMDF VAYRHLVGVC YTEDEAKELA AEVEVQDGPN E DGEMFMRP GKLFDYFPKP YPNSEAARAA NNGALPPDLS YIVRARHGGE DYVFSLLTGY CEPPTGVSLR EGLYFNPYFP GQ AIAMAPP IYTDVLEFDD GTPATMSQIA KDVCTFLRWA SEPEHDHRKR MGLKMLMMMA LLVPLVYTIK RHKWSVLKSR KLA YRPPK

UniProtKB: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

+
分子 #8: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.745285 KDa
配列文字列: MTPMRKTNPL MKLINHSFID LPTPSNISAW WNFGSLLGAC LILQITTGLF LAMHYSPDAS TAFSSIAHIT RDVNYGWIIR YLHANGASM FFICLFLHIG RGLYYGSFLY SETWNIGIIL LLATMATAFM GYVLPWGQMS FWGATVITNL LSAIPYIGTD L VQWIWGGY ...文字列:
MTPMRKTNPL MKLINHSFID LPTPSNISAW WNFGSLLGAC LILQITTGLF LAMHYSPDAS TAFSSIAHIT RDVNYGWIIR YLHANGASM FFICLFLHIG RGLYYGSFLY SETWNIGIIL LLATMATAFM GYVLPWGQMS FWGATVITNL LSAIPYIGTD L VQWIWGGY SVDSPTLTRF FTFHFILPFI IAALATLHLL FLHETGSNNP LGITSHSDKI TFHPYYTIKD ALGLLLFLLS LM TLTLFSP DLLGDPDNYT LANPLNTPPH IKPEWYFLFA YTILRSVPNK LGGVLALLLS ILILAMIPIL HMSKQQSMMF RPL SQSLYW LLAADLLILT WIGGQPVSYP FTIIGQVASV LYFTTILILM PTISLIENKM LKWA

UniProtKB: Cytochrome b

+
分子 #9: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 48.495809 KDa
配列文字列: MKLLTRAGSF SRFYSLKVAP KVKATAAPAG APPQPQDLEF TKLPNGLVIA SLENYSPVSR IGLFIKAGSR YEDFSNLGTT HLLRLTSSL TTKGASSFKI TRGIEAVGGK LSVTATRENM AYTVECLRGD VDILMEFLLN VTTAPEFRRW EVADLQPQLK I DKAVAFQN ...文字列:
MKLLTRAGSF SRFYSLKVAP KVKATAAPAG APPQPQDLEF TKLPNGLVIA SLENYSPVSR IGLFIKAGSR YEDFSNLGTT HLLRLTSSL TTKGASSFKI TRGIEAVGGK LSVTATRENM AYTVECLRGD VDILMEFLLN VTTAPEFRRW EVADLQPQLK I DKAVAFQN PQTHVIENLH AAAYRNALAN PLYCPDYRIG KVTSEELHYF VQNHFTSARM ALIGLGVSHP VLKQVAEQFL NM RGGLGLS GAKANYRGGE IREQNGDSLV HAAFVAESAV AGSAEANAFS VLQHVLGAGP HVKRGSNTTS HLHQAVAKAT QQP FDVSAF NASYSDSGLF GIYTISQATA AGDVIKAAYN QVKTIAQGNL SNTDVQAAKN KLKAGYLMSV ESSECFLEEV GSQA LVAGS YMPPSTVLQQ IDSVANADII NAAKKFVSGQ KSMAASGNLG HTPFVDEL

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

+
分子 #10: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.704652 KDa
配列文字列: MAASVVCRAA TAGAQVLLRA RRSPALLRTP ALRSTATFAQ ALQFVPETQV SLLDNGLRVA SEQSSQPTCT VGVWIDVGSR FETEKNNGA GYFLEHLAFK GTKNRPGSAL EKEVESMGAH LNAYSTREHT AYYIKALSKD LPKAVELLGD IVQNCSLEDS Q IEKERDVI ...文字列:
MAASVVCRAA TAGAQVLLRA RRSPALLRTP ALRSTATFAQ ALQFVPETQV SLLDNGLRVA SEQSSQPTCT VGVWIDVGSR FETEKNNGA GYFLEHLAFK GTKNRPGSAL EKEVESMGAH LNAYSTREHT AYYIKALSKD LPKAVELLGD IVQNCSLEDS Q IEKERDVI LREMQENDAS MRDVVFNYLH ATAFQGTPLA QAVEGPSENV RKLSRADLTE YLSTHYKAPR MVLAAAGGVE HQ QLLDLAQ KHLGGIPWTY AEDAVPTLTP CRFTGSEIRH RDDALPFAHV AIAVEGPGWA SPDNVALQVA NAIIGHYDCT YGG GVHLSS PLASGAVANK LCQSFQTFSI CYAETGLLGA HFVCDRMKID DMMFVLQGQW MRLCTSATES EVARGKNILR NALV SHLDG TTPVCEDIGR SLLTYGRRIP LAEWESRIAE VDASVVREIC SKYIYDQCPA VAGYGPIEQL PDYNRIRSGM FWLRF

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

+
分子 #11: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 9 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #12: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 6 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / リン脂質*YM

+
分子 #13: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #14: (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,...

分子名称: (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL
タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: PLX
分子量理論値: 767.132 Da
Chemical component information

ChemComp-PLX:
(9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL / リン脂質*YM

+
分子 #15: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #16: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #17: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

分子名称: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: PEE
分子量理論値: 744.034 Da
Chemical component information

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

+
分子 #18: UBIQUINONE-10

分子名称: UBIQUINONE-10 / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 4 / 式: U10
分子量理論値: 863.343 Da
Chemical component information

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10

+
分子 #19: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMKClpotassium chloride
25.0 mMC8H18N2O4SHepes
20.0 mMMg(CH3COO)2Magnesium acetate
0.01 %C47H88O22LMNG

詳細: 25 mM HEPES-KOH pH=7.5, 50 mM KCl, 20 mM Mg(OAc)2, 0.01% (v/v) LMNG, 0.001 % cardiolipin, 0.001 % GD, 0.1mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 17476 / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5xte

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 213731
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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