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- EMDB-52441: Focused refined map of SPT6-Pol II stalk in the EC-DSIF-PAF-SPT6-... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-52441
タイトルFocused refined map of SPT6-Pol II stalk in the EC-DSIF-PAF-SPT6-RECQL5 complex
マップデータSharpened focused refined map of SPT6-stalk
試料
  • 複合体: Pol II-DSIF-PAF-SPT6-RECQL5 complex
    • タンパク質・ペプチド: SPT6
    • タンパク質・ペプチド: RPB4
    • タンパク質・ペプチド: RPB7
キーワードtranscription elongation / DNA helicase / transcription-coupled repair / RNA polymerase II / TRANSCRIPTION
生物種Homo sapiens (ヒト) / Sus scrofa domesticus (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zhang L / Zhang S
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/30 英国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structural basis of RECQL5-induced RNA polymerase II transcription braking and subsequent reactivation.
著者: Luojia Zhang / Yuliya Gordiyenko / Tomos Morgan / Catarina Franco / Ana Tufegdžić Vidaković / Suyang Zhang /
要旨: Abnormally fast transcription elongation can lead to detrimental consequences such as transcription-replication collisions, altered alternative splicing patterns and genome instability. Therefore, ...Abnormally fast transcription elongation can lead to detrimental consequences such as transcription-replication collisions, altered alternative splicing patterns and genome instability. Therefore, elongating RNA polymerase II (Pol II) requires mechanisms to slow its progression, yet the molecular basis of transcription braking remains unclear. RECQL5 is a DNA helicase that functions as a general elongation factor by slowing down Pol II. Here we report cryo-electron microscopy structures of human RECQL5 bound to multiple transcription elongation complexes. Combined with biochemical analysis, we identify an α-helix of RECQL5 responsible for binding Pol II and slowdown of transcription elongation. We further reveal that the transcription-coupled DNA repair (TCR) complex allows Pol II to overcome RECQL5-induced transcription braking through concerted actions of its translocase activity and competition with RECQL5 for engaging Pol II. Additionally, RECQL5 inhibits TCR-mediated Pol II ubiquitination to prevent activation of the DNA repair pathway. Our results suggest a model in which RECQL5 and the TCR complex coordinately regulate transcription elongation rates to ensure transcription efficiency while maintaining genome stability.
履歴
登録2024年12月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_52441.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_52441.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened focused refined map of SPT6-stalk
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 293.616 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 293.616 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 293.616 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8156 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-1.3480711 - 2.1948388
平均 (標準偏差)0.00050192827 (±0.039900996)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 293.616 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_52441_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Non-sharpened focused refined map of SPT6-stalk, resampled onto...

ファイルemd_52441_additional_1.map
注釈Non-sharpened focused refined map of SPT6-stalk, resampled onto the overall map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map for the focused refined map of SPT6-stalk

ファイルemd_52441_half_map_1.map
注釈Half map for the focused refined map of SPT6-stalk
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map for the focused refined map of SPT6-stalk

ファイルemd_52441_half_map_2.map
注釈Half map for the focused refined map of SPT6-stalk
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pol II-DSIF-PAF-SPT6-RECQL5 complex

全体名称: Pol II-DSIF-PAF-SPT6-RECQL5 complex
要素
  • 複合体: Pol II-DSIF-PAF-SPT6-RECQL5 complex
    • タンパク質・ペプチド: SPT6
    • タンパク質・ペプチド: RPB4
    • タンパク質・ペプチド: RPB7

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超分子 #1: Pol II-DSIF-PAF-SPT6-RECQL5 complex

超分子名称: Pol II-DSIF-PAF-SPT6-RECQL5 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: SPT6

分子名称: SPT6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
配列文字列: SNAMSDFVES EAEESEEEYN DEGEVVPRVT KKFVEEEDDD EEEEEENLDD QDEQGNLKGF INDDDDEDEG EEDEGSDSGD SEDDVGHKKR KRTSFDDRLE DDDFDLIEEN LGVKVKRGQK YRRVKKMSDD EDDDEEEYGK EEHEKEAIAE EIFQDGEGEE GQEAMEAPMA ...文字列:
SNAMSDFVES EAEESEEEYN DEGEVVPRVT KKFVEEEDDD EEEEEENLDD QDEQGNLKGF INDDDDEDEG EEDEGSDSGD SEDDVGHKKR KRTSFDDRLE DDDFDLIEEN LGVKVKRGQK YRRVKKMSDD EDDDEEEYGK EEHEKEAIAE EIFQDGEGEE GQEAMEAPMA PPEEEEEDDE ESDIDDFIVD DDGQPLKKPK WRKKLPGYTD AALQEAQEIF GVDFDYDEFE KYNEYDEELE EEYEYEDDEA EGEIRVRPKK TTKKRVSRRS IFEMYEPSEL ESSHLTDQDN EIRATDLPER FQLRSIPVKG AEDDELEEEA DWIYRNAFAT PTISLQESCD YLDRGQPASS FSRKGPSTIQ KIKEALGFMR NQHFEVPFIA FYRKEYVEPE LHINDLWRVW QWDEKWTQLR IRKENLTRLF EKMQAYQYEQ ISADPDKPLA DGIRALDTTD MERLKDVQSM DELKDVYNHF LLYYGRDIPK MQNAAKASRK KLKRVREEGD EEGEGDEAED EEQRGPELKQ ASRRDMYTIC QSAGLDGLAK KFGLTPEQFG ENLRDSYQRH ETEQFPAEPL ELAKDYVCSQ FPTPEAVLEG ARYMVALQIA REPLVRQVLR QTFQERAKLN ITPTKKGRKD VDEAHYAYSF KYLKNKPVKE LRDDQFLKIC LAEDEGLLTT DISIDLKGVE GYGNDQTYFE EIKQFYYRDE FSHQVQEWNR QRTMAIERAL QQFLYVQMAK ELKNKLLAEA KEYVIKACSR KLYNWLRVAP YRPDQQVEED DDFMDENQGK GIRVLGIAFS SARDHPVFCA LVNGEGEVTD FLRLPHFTKR RTAWREEERE KKAQDIETLK KFLLNKKPHV VTVAGENRDA QMLIEDVKRI VHELDQGQQL SSIGVELVDN ELAILYMNSK KSEAEFRDYP PVLRQAVSLA RRIQDPLIEF AQVCSSDEDI LCLKFHPLQE HVVKEELLNA LYCEFINRVN EVGVDVNRAI AHPYSQALIQ YVCGLGPRKG THLLKILKQN NTRLESRTQL VTMCHMGPKV FMNCAGFLKI DTASLGDSTD SYIEVLDGSR VHPETYEWAR KMAVDALEYD ESAEDANPAG ALEEILENPE RLKDLDLDAF AEELERQGYG DKHITLYDIR AELSCRYKDL RTAYRSPNTE EIFNMLTKET PETFYIGKLI ICNVTGIAHR RPQGESYDQA IRNDETGLWQ CPFCQQDNFP ELSEVWNHFD SGSCPGQAIG VKTRLDNGVT GFIPTKFLSD KVVKRPEERV KVGMTVHCRI MKIDIEKFSA DLTCRTSDLM DRNNEWKLPK DTYYDFDAEA ADHKQEEDMK RKQQRTTYIK RVIAHPSFHN INFKQAEKMM ETMDQGDVII RPSSKGENHL TVTWKVSDGI YQHVDVREEG KENAFSLGAT LWINSEEFED LDEIVARYVQ PMASFARDLL NHKYYQDCSG GDRKKLEELL IKTKKEKPTF IPYFICACKE LPGKFLLGYQ PRGKPRIEYV TVTPEGFRYR GQIFPTVNGL FRWFKDHYQD PVPGITPSSS SRTRTPASIN ATPANINLAD LTRAVNALPQ NMTSQMFSAI AAVTGQGQNP NATPAQWASS QYGYGGSGGG SSAYHVFPTP AQQPVATPLM TPSYSYTTPS QPITTPQYHQ LQASTTPQSA QAQPQPSSSS RQRQQQPKSN SHAAIDWGKM AEQWLQEKEA ERRKQKQRLT PRPSPSPMIE STPMSIAGDA TPLLDEMDR

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分子 #2: RPB4

分子名称: RPB4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa domesticus (ブタ)
配列文字列:
MAAGGSDPRA GDVEEDASQL IFPKEFETAE TLLNSEVHML LEHRKQQNES AEDEQELSEV FMKTLNYTAR FSRFKNRETI ASVRSLLLQK KLHKFELACL ANLCPETAEE SKALIPSLEG RFEDEELQQI LDDIQTKRSF QY

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分子 #3: RPB7

分子名称: RPB7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MFYHISLEHE ILLHPRYFGP NLLNTVKQKL FTEVEGTCTG KYGFVIAVTT IDNIGAGVIQ PGRGFVLYPV KYKAIVFRPF KGEVVDAVVT QVNKVGLFTE IGPMSCFISR HSIPSEMEFD PNSNPPCYKT MDEDIVIQQD DEIRLKIVGT RVDKNDIFAI GSLMDDYLGL VS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM KCl, 4 mM MgCl2, 1 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.25
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 71964 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7b0y

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 314016
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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