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万見
- EMDB-5163: PsV-S -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5163
タイトルPsV-S
マップデータPsV-S
試料
  • 試料: PsV-S
  • ウイルス: Penicillium stoloniferum virus S (ウイルス)
キーワードdsRNA virus / modeling
機能・相同性: / PsV, capsid protein / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Penicillium stoloniferum virus S (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Tang J / Pan J / Havens WM / Ochoa WF / Li H / Sinkovits RS / Guu TSY / Ghabrial SA / Nibert ML / Tao YJ / Baker TS
引用ジャーナル: Biophys J / 年: 2010
タイトル: Backbone trace of partitivirus capsid protein from electron cryomicroscopy and homology modeling.
著者: Jinghua Tang / Junhua Pan / Wendy M Havens / Wendy F Ochoa / Tom S Y Guu / Said A Ghabrial / Max L Nibert / Yizhi Jane Tao / Timothy S Baker /
要旨: Most dsRNA viruses have a genome-enclosing capsid that comprises 120 copies of a single coat protein (CP). These 120 CP subunits are arranged as asymmetrical dimers that surround the icosahedral ...Most dsRNA viruses have a genome-enclosing capsid that comprises 120 copies of a single coat protein (CP). These 120 CP subunits are arranged as asymmetrical dimers that surround the icosahedral fivefold axes, forming pentamers of dimers that are thought to be assembly intermediates. This scheme is violated, however, in recent structures of two dsRNA viruses, a fungal virus from family Partitiviridae and a rabbit virus from family Picobirnaviridae, both of which have 120 CP subunits organized as dimers of quasisymmetrical dimers. In this study, we report the CP backbone trace of a second fungal partitivirus, determined in this case by electron cryomicroscopy and homology modeling. This virus also exhibits quasisymmetrical CP dimers that are connected by prominent surface arches and stabilized by domain swapping between the two CP subunits. The CP fold is dominated by alpha-helices, although beta-strands mediate several important contacts. A dimer-of-dimers assembly intermediate is again implicated. The disordered N-terminal tail of each CP subunit protrudes into the particle interior and likely interacts with the genome during packaging and/or transcription. These results broaden our understanding of conserved and variable aspects of partitivirus structure and reflect the growing use of electron cryomicroscopy for atomic modeling of protein folds.
履歴
登録2010年2月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年2月17日-
マップ公開2010年8月12日-
更新2011年4月4日-
現状2011年4月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3iym
  • 表面レベル: 1.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3iym
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5163_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5163.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PsV-S
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.28 Å/pix.
x 116 pix.
= 381.44 Å		1.28 Å/pix.
x 90 pix.
= 381.44 Å		1.28 Å/pix.
x 121 pix.
= 381.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.28 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1.5
最小 - 最大-2.85193 - 6.04456
平均 (標準偏差)-0.00000000390603 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-28033
サイズ90121116
Spacing90121116
セルA=B=C: 381.44 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.281.281.28
M x/y/z298298298
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z381.440381.440381.440
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-72
NX/NY/NZ6953145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS0-2833
NC/NR/NS12190116
D min/max/mean-2.8526.045-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PsV-S

全体名称: PsV-S
要素
  • 試料: PsV-S
  • ウイルス: Penicillium stoloniferum virus S (ウイルス)

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超分子 #1000: PsV-S

超分子名称: PsV-S / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Penicillium stoloniferum virus S

超分子名称: Penicillium stoloniferum virus S / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: PsV-S / NCBI-ID: 216371 / 生物種: Penicillium stoloniferum virus S / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: PsV-S
宿主生物種: Fungi (真核生物) / 別称: FUNGI
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 380 Å / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: vitrobot / 手法: freeze with vitrobot for 4 seconds

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPHERA
日付2006年7月12日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / 実像数: 16
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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