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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5119 | |||||||||
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タイトル | Clathrin D6 coat | |||||||||
マップデータ | This is an averaged map of clathrin D6 coat | |||||||||
試料 |
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キーワード | CLATHRIN / ALPHA-ZIG-ZAG / BETA-PROPELLER / ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 postsynaptic endocytic zone cytoplasmic component / Retrograde neurotrophin signalling / Recycling pathway of L1 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / RHOU GTPase cycle ...postsynaptic endocytic zone cytoplasmic component / Retrograde neurotrophin signalling / Recycling pathway of L1 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / clathrin vesicle coat / Lysosome Vesicle Biogenesis / clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / clathrin light chain binding / clathrin complex / MHC class II antigen presentation / VLDLR internalisation and degradation / clathrin heavy chain binding / clathrin coat of coated pit / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / clathrin coat disassembly / clathrin coat assembly / clathrin-coated endocytic vesicle / membrane coat / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin-dependent endocytosis / arrestin family protein binding / receptor-mediated endocytosis / intracellular protein transport / autophagy / synaptic vesicle membrane / spindle / disordered domain specific binding / melanosome / mitotic cell cycle / protein domain specific binding / cell division / structural molecule activity / mitochondrion / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Fotin A / Cheng Y / Sliz P / Grigorieff N / Harrison SC / Kirchhausen T / Walz T | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2004 タイトル: Molecular model for a complete clathrin lattice from electron cryomicroscopy. 著者: Alexander Fotin / Yifan Cheng / Piotr Sliz / Nikolaus Grigorieff / Stephen C Harrison / Tomas Kirchhausen / Thomas Walz / 要旨: Clathrin-coated vesicles are important vehicles of membrane traffic in cells. We report the structure of a clathrin lattice at subnanometre resolution, obtained from electron cryomicroscopy of coats ...Clathrin-coated vesicles are important vehicles of membrane traffic in cells. We report the structure of a clathrin lattice at subnanometre resolution, obtained from electron cryomicroscopy of coats assembled in vitro. We trace most of the 1,675-residue clathrin heavy chain by fitting known crystal structures of two segments, and homology models of the rest, into the electron microscopy density map. We also define the position of the central helical segment of the light chain. A helical tripod, the carboxy-terminal parts of three heavy chains, projects inward from the vertex of each three-legged clathrin triskelion, linking that vertex to 'ankles' of triskelions centred two vertices away. Analysis of coats with distinct diameters shows an invariant pattern of contacts in the neighbourhood of each vertex, with more variable interactions along the extended parts of the triskelion 'legs'. These invariant local interactions appear to stabilize the lattice, allowing assembly and uncoating to be controlled by events at a few specific sites. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5119.map.gz | 10.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5119-v30.xml emd-5119.xml | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5119_1.tif | 7.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5119 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5119 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5119_validation.pdf.gz | 375.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5119_full_validation.pdf.gz | 375 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5119_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5119 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5119 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5119.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 113.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is an averaged map of clathrin D6 coat | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Clathrin coats
全体 | 名称: Clathrin coats |
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要素 |
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-超分子 #1000: Clathrin coats
超分子 | 名称: Clathrin coats / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Clathrin coats assembled from clathrin and AP-2 / Number unique components: 9 |
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-分子 #1: clathrin coat
分子 | 名称: clathrin coat / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: clathrin coat / コピー数: 108 / 集合状態: D6 assemble / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: cattle / 組織: Brain |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.5 / 詳細: 25mM MES pH 6.5, 2mM DTT |
グリッド | 詳細: holey carbon grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 93 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: FEI Vitrobot |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 平均: 93 K |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 225 / Od range: 1.4 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 51159 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: CTF correction of each particle. |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Frealign 詳細: This is an n.c.s averaged map from raw reconstruction 使用した粒子像数: 1450 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | (PDB ID: , , ) |
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ソフトウェア | 名称: O |
詳細 | Protocol: Rigid Body. various segments of clathrin were separately fitted by manual docking using program O, and fitting was improved by MAVE |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: DENSITY CORRELATION |
得られたモデル | PDB-1xi4: PDB-3iyv: |