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- EMDB-5118: Clathrin D6 coat with Hsc70 and Auxilin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5118
タイトルClathrin D6 coat with Hsc70 and Auxilin
マップデータThis is a volume of a D6 clathrin coat bound with Hsc70(1-554) and Auxilin(547-910)
試料
  • 試料: Clathrin coats bound with Hsc70(1-554) and Auxilin(547-910)
  • タンパク質・ペプチド: uncoating intermediate of clathrin coat
キーワードclathrin / D6 coat / Hsc70 / Auxilin / uncoating
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.2 Å
データ登録者Xing Y / Boecking T / Wolf M / Kirchhausen T / Harrison SC
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2010
タイトル: Structure of clathrin coat with bound Hsc70 and auxilin: mechanism of Hsc70-facilitated disassembly.
著者: Yi Xing / Till Böcking / Matthias Wolf / Nikolaus Grigorieff / Tomas Kirchhausen / Stephen C Harrison /
要旨: The chaperone Hsc70 drives the clathrin assembly-disassembly cycle forward by stimulating dissociation of a clathrin lattice. A J-domain containing co-chaperone, auxilin, associates with a freshly ...The chaperone Hsc70 drives the clathrin assembly-disassembly cycle forward by stimulating dissociation of a clathrin lattice. A J-domain containing co-chaperone, auxilin, associates with a freshly budded clathrin-coated vesicle, or with an in vitro assembled clathrin coat, and recruits Hsc70 to its specific heavy-chain-binding site. We have determined by electron cryomicroscopy (cryoEM), at about 11 A resolution, the structure of a clathrin coat (in the D6-barrel form) with specifically bound Hsc70 and auxilin. The Hsc70 binds a previously analysed site near the C-terminus of the heavy chain, with a stoichiometry of about one per three-fold vertex. Its binding is accompanied by a distortion of the clathrin lattice, detected by a change in the axial ratio of the D6 barrel. We propose that when Hsc70, recruited to a position close to its target by the auxilin J-domain, splits ATP, it clamps firmly onto its heavy-chain site and locks in place a transient fluctuation. Accumulation of the local strain thus imposed at multiple vertices can then lead to disassembly.
履歴
登録2009年6月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年2月11日-
マップ公開2010年2月11日-
更新2010年2月11日-
現状2010年2月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5118_1.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5118.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a volume of a D6 clathrin coat bound with Hsc70(1-554) and Auxilin(547-910)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.2 Å/pix.
x 256 pix.
= 1075.2 Å		4.2 Å/pix.
x 256 pix.
= 1075.2 Å		4.2 Å/pix.
x 256 pix.
= 1075.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-0.919363 - 2.08404
平均 (標準偏差)-0.0175207 (±0.259777)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 1075.2 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.24.24.2
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1075.2001075.2001075.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-72
NX/NY/NZ6953145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-128-128-128
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.9192.084-0.018

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Clathrin coats bound with Hsc70(1-554) and Auxilin(547-910)

全体名称: Clathrin coats bound with Hsc70(1-554) and Auxilin(547-910)
要素
  • 試料: Clathrin coats bound with Hsc70(1-554) and Auxilin(547-910)
  • タンパク質・ペプチド: uncoating intermediate of clathrin coat

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超分子 #1000: Clathrin coats bound with Hsc70(1-554) and Auxilin(547-910)

超分子名称: Clathrin coats bound with Hsc70(1-554) and Auxilin(547-910)
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: clathrin coats assembled from clathrin and AP-2 with excess of Hsc70(1-554) and Auxilin(547-910) added
Number unique components: 9

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分子 #1: uncoating intermediate of clathrin coat

分子名称: uncoating intermediate of clathrin coat / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
Name.synonym: clathrin coat in complex with Hsc70 and auxilin
コピー数: 108 / 集合状態: D6 assemble / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: cattle / 組織: Brain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 6
詳細: 20mM MES, pH6.0, 2mM MgCl2, 25mM KCl, 10mM (NH4)2SO4, and 2mM DTT
グリッド詳細: holey carbon grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 60 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: FEI Vitrobot
Timed resolved state: Vitrified 30 msec after spraying with effector
手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 93 K
日付2007年1月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 900 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / Od range: 1.4 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 51159 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder.
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: CTF correction of each particle.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Frealign
詳細: a raw map without B factor sharpening and n.c.s averaging
使用した粒子像数: 1500

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

1n4c

,

1bpo

,

1b89

)
詳細Protocol: Rigid Body. Various segments of clathrin heavy chain ere separately fitted by manual docking using program O, and fitting was improved by MAVE
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: DENSITY CORRELATION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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