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- EMDB-51133: 80S-bound human Ski2-exosome complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-51133
タイトル80S-bound human Ski2-exosome complex
マップデータ
試料
  • 複合体: 80S-bound human Ski2-exosome complex
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
    • RNA: x 1種
キーワードRibosome / RNase / Helicase / RNA-binding / mRNA-degradation / cytoplasm
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA deamination / nucleolar exosome (RNase complex) / exoribonuclease II activity / exoribonuclease II / Dom34-Hbs1 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, no-go decay / U1 snRNA 3'-end processing / U5 snRNA 3'-end processing / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / Ski complex ...DNA deamination / nucleolar exosome (RNase complex) / exoribonuclease II activity / exoribonuclease II / Dom34-Hbs1 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, no-go decay / U1 snRNA 3'-end processing / U5 snRNA 3'-end processing / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / Ski complex / CUT catabolic process / exosome (RNase complex) / U4 snRNA 3'-end processing / cytoplasmic exosome (RNase complex) / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / nuclear exosome (RNase complex) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / histone mRNA catabolic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of isotype switching / 3'-5' RNA helicase activity / nuclear mRNA surveillance / rRNA catabolic process / 7S RNA binding / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / isotype switching / ribosome disassembly / RNA catabolic process / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / maturation of 5.8S rRNA / nuclear chromosome / mRNA catabolic process / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / translation elongation factor activity / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / RNA processing / cytosolic ribosome / rescue of stalled ribosome / euchromatin / fibrillar center / rRNA processing / chromosome / positive regulation of cell growth / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / RNA helicase activity / ciliary basal body / immune response / RNA helicase / translation / GTPase activity / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / GTP binding / nucleolus / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Exosome complex component Rrp43 / : / Mammalian exosome complex component RRP40, N-terminal / HBS1-like protein, N-terminal domain superfamily / HBS1-like protein, N-terminal / HBS1 N-terminus / Ski2, N-terminal domain / Ski2 N-terminal region / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain / S1 domain ...Exosome complex component Rrp43 / : / Mammalian exosome complex component RRP40, N-terminal / HBS1-like protein, N-terminal domain superfamily / HBS1-like protein, N-terminal / HBS1 N-terminus / Ski2, N-terminal domain / Ski2 N-terminal region / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain / S1 domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain / : / Exosome complex component RRP40, S1 domain / Exosome complex component CSL4, C-terminal / Exosome complex component, N-terminal domain / Exosome complex component Csl4 / Exosome component EXOSC1/CSL4 / Exosome complex exonuclease RRP4 N-terminal region / RRP4, S1 domain / Rrp44-like cold shock domain / Rrp44-like cold shock domain / : / KH domain / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / : / Ribonuclease II/R, conserved site / rRNA-processing arch domain / Ribonuclease II family signature. / Mtr4-like, beta-barrel domain / : / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / : / ATP-dependent RNA helicase Ski2, C-terminal / ATP-dependent RNA helicase Ski2-like / : / DSHCT (NUC185) domain / Exosome RNA helicase MTR4-like, stalk / DSHCT / : / : / GTP-eEF1A C-terminal domain-like / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / : / K Homology domain, type 1 / K Homology domain, type 1 superfamily / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 domain / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Exosome complex component RRP45 / Exosome complex component RRP4 / Exosome complex component RRP42 / Superkiller complex protein 2 / Exosome complex component MTR3 / DIS3-like exonuclease 1 / Exosome complex component RRP43 / Exosome complex component RRP41 / Exosome complex component RRP46 / Exosome complex component RRP40 ...Exosome complex component RRP45 / Exosome complex component RRP4 / Exosome complex component RRP42 / Superkiller complex protein 2 / Exosome complex component MTR3 / DIS3-like exonuclease 1 / Exosome complex component RRP43 / Exosome complex component RRP41 / Exosome complex component RRP46 / Exosome complex component RRP40 / Exosome complex component CSL4 / HBS1-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Cricket paralysis virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Koegel A / Keidel A / Loukeri MJ / Kuhn CC / Langer LM / Schaefer IB / Conti E
資金援助 ドイツ, European Union, デンマーク, 5件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
European Research Council (ERC)740329European Union
European Research Council (ERC)101054447European Union
German Research Foundation (DFG)SFB1035 ドイツ
Novo Nordisk Foundation31199 デンマーク
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Structural basis of mRNA decay by the human exosome-ribosome supercomplex.
著者: Alexander Kögel / Achim Keidel / Matina-Jasemi Loukeri / Christopher C Kuhn / Lukas M Langer / Ingmar B Schäfer / Elena Conti /
要旨: The interplay between translation and mRNA decay is widespread in human cells. In quality-control pathways, exonucleolytic degradation of mRNA associated with translating ribosomes is mediated ...The interplay between translation and mRNA decay is widespread in human cells. In quality-control pathways, exonucleolytic degradation of mRNA associated with translating ribosomes is mediated largely by the cytoplasmic exosome, which includes the exoribonuclease complex EXO10 and the helicase complex SKI238 (refs. ). The helicase can extract mRNA from the ribosome and is expected to transfer it to the exoribonuclease core through a bridging factor, HBS1L3 (also known as SKI7), but the mechanisms of this molecular handover remain unclear. Here we reveal how human EXO10 is recruited by HBS1L3 (SKI7) to an active ribosome-bound SKI238 complex. We show that rather than a sequential handover, a direct physical coupling mechanism takes place, which culminates in the formation of a cytoplasmic exosome-ribosome supercomplex. Capturing the structure during active decay reveals a continuous path in which an RNA substrate threads from the 80S ribosome through the SKI2 helicase into the exoribonuclease active site of the cytoplasmic exosome complex. The SKI3 subunit of the complex directly binds to HBS1L3 (SKI7) and also engages a surface of the 40S subunit, establishing a recognition platform in collided disomes. Exosome and ribosome thus work together as a single structural and functional unit in co-translational mRNA decay, coordinating their activities in a transient supercomplex.
履歴
登録2024年7月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月16日-
マップ公開2024年10月16日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_51133.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_51133.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 832 pix.
= 708.198 Å		0.85 Å/pix.
x 832 pix.
= 708.198 Å		0.85 Å/pix.
x 832 pix.
= 708.198 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8512 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.015523653 - 0.038076628
平均 (標準偏差)0.000021217098 (±0.0005251272)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ832832832
Spacing832832832
セルA=B=C: 708.19836 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_51133_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halfA

ファイルemd_51133_half_map_1.map
注釈halfA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: halfB

ファイルemd_51133_half_map_2.map
注釈halfB
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 80S-bound human Ski2-exosome complex

全体名称: 80S-bound human Ski2-exosome complex
要素
  • 複合体: 80S-bound human Ski2-exosome complex
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP41
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP43
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP46
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP42
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP40
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component CSL4
    • RNA: CrPV-IRES RNA
    • タンパク質・ペプチド: Helicase SKI2W
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component MTR3
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP4
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 2 of HBS1-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Exosome complex component RRP45
    • タンパク質・ペプチド: DIS3-like exonuclease 1

+
超分子 #1: 80S-bound human Ski2-exosome complex

超分子名称: 80S-bound human Ski2-exosome complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#13
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Exosome complex component RRP41

分子名称: Exosome complex component RRP41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.416996 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAGLELLSDQ GYRVDGRRAG ELRKIQARMG VFAQADGSAY IEQGNTKALA VVYGPHEIRG SRARALPDRA LVNCQYSSAT FSTGERKRR PHGDRKSCEM GLQLRQTFEA AILTQLHPRS QIDIYVQVLQ ADGGTYAACV NAATLAVLDA GIPMRDFVCA C SAGFVDGT ...文字列:
MAGLELLSDQ GYRVDGRRAG ELRKIQARMG VFAQADGSAY IEQGNTKALA VVYGPHEIRG SRARALPDRA LVNCQYSSAT FSTGERKRR PHGDRKSCEM GLQLRQTFEA AILTQLHPRS QIDIYVQVLQ ADGGTYAACV NAATLAVLDA GIPMRDFVCA C SAGFVDGT ALADLSHVEE AAGGPQLALA LLPASGQIAL LEMDARLHED HLERVLEAAA QAARDVHTLL DRVVRQHVRE AS ILLGD

UniProtKB: Exosome complex component RRP41

+
分子 #2: Exosome complex component RRP43

分子名称: Exosome complex component RRP43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.429893 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPDSMAAGFK TVEPLEYYRR FLKENCRPDG RELGEFRTTT VNIGSISTAD GSALVKLGNT TVICGVKAEF AAPSTDAPDK GYVVPNVDL PPLCSSRFRS GPPGEEAQVA SQFIADVIEN SQIIQKEDLC ISPGKLVWVL YCDLICLDYD GNILDACTFA L LAALKNVQ ...文字列:
GPDSMAAGFK TVEPLEYYRR FLKENCRPDG RELGEFRTTT VNIGSISTAD GSALVKLGNT TVICGVKAEF AAPSTDAPDK GYVVPNVDL PPLCSSRFRS GPPGEEAQVA SQFIADVIEN SQIIQKEDLC ISPGKLVWVL YCDLICLDYD GNILDACTFA L LAALKNVQ LPEVTINEET ALAEVNLKKK SYLNIRTHPV ATSFAVFDDT LLIVDPTGEE EHLATGTLTI VMDEEGKLCC LH KPGGSGL TGAKLQDCMS RAVTRHKEVK KLMDEVIKSM KPK

UniProtKB: Exosome complex component RRP43

+
分子 #3: Exosome complex component RRP46

分子名称: Exosome complex component RRP46 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.636312 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPDSMEEETH TDAKIRAENG TGSSPRGPGC SLRHFACEQN LLSRPDGSAS FLQGDTSVLA GVYGPAEVKV SKEIFNKATL EVILRPKIG LPGVAEKSRE RLIRNTCEAV VLGTLHPRTS ITVVLQVVSD AGSLLACCLN AACMALVDAG VPMRALFCGV A CALDSDGT ...文字列:
GPDSMEEETH TDAKIRAENG TGSSPRGPGC SLRHFACEQN LLSRPDGSAS FLQGDTSVLA GVYGPAEVKV SKEIFNKATL EVILRPKIG LPGVAEKSRE RLIRNTCEAV VLGTLHPRTS ITVVLQVVSD AGSLLACCLN AACMALVDAG VPMRALFCGV A CALDSDGT LVLDPTSKQE KEARAVLTFA LDSVERKLLM SSTKGLYSDT ELQQCLAAAQ AASQHVFRFY RESLQRRYSK S

UniProtKB: Exosome complex component RRP46

+
分子 #4: Exosome complex component RRP42

分子名称: Exosome complex component RRP42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.216762 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPDSMASVTL SEAEKVYIVH GVQEDLRVDG RGCEDYRCVE VETDVVSNTS GSARVKLGHT DILVGVKAEM GTPKLEKPNE GYLEFFVDC SASATPEFEG RGGDDLGTEI ANTLYRIFNN KSSVDLKTLC ISPREHCWVL YVDVLLLECG GNLFDAISIA V KAALFNTR ...文字列:
GPDSMASVTL SEAEKVYIVH GVQEDLRVDG RGCEDYRCVE VETDVVSNTS GSARVKLGHT DILVGVKAEM GTPKLEKPNE GYLEFFVDC SASATPEFEG RGGDDLGTEI ANTLYRIFNN KSSVDLKTLC ISPREHCWVL YVDVLLLECG GNLFDAISIA V KAALFNTR IPRVRVLEDE EGSKDIELSD DPYDCIRLSV ENVPCIVTLC KIGYRHVVDA TLQEEACSLA SLLVSVTSKG VV TCMRKVG KGSLDPESIF EMMETGKRVG KVLHASLQSV VHKEESLGPK RQKVGFLG

UniProtKB: Exosome complex component RRP42

+
分子 #5: Exosome complex component RRP40

分子名称: Exosome complex component RRP40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.940502 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPDSMAEPAS VAAESLAGSR ARAARTVLGQ VVLPGEELLL PEQEDAEGPG GAVERPLSLN ARACSRVRVV CGPGLRRCGD RLLVTKCGR LRHKEPGSGS GGGVYWVDSQ QKRYVPVKGD HVIGIVTAKS GDIFKVDVGG SEPASLSYLS FEGATKRNRP N VQVGDLIY ...文字列:
GPDSMAEPAS VAAESLAGSR ARAARTVLGQ VVLPGEELLL PEQEDAEGPG GAVERPLSLN ARACSRVRVV CGPGLRRCGD RLLVTKCGR LRHKEPGSGS GGGVYWVDSQ QKRYVPVKGD HVIGIVTAKS GDIFKVDVGG SEPASLSYLS FEGATKRNRP N VQVGDLIY GQFVVANKDM EPEMVCIDSC GRANGMGVIG QDGLLFKVTL GLIRKLLAPD CEIIQEVGKL HPLEIVFGMN GR IWVKAKT IQQTLILANI LEACEHMTSD QRKQIFSRLA ES

UniProtKB: Exosome complex component RRP40

+
分子 #6: Exosome complex component CSL4

分子名称: Exosome complex component CSL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.8351 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPDSMAPPVR YCIPGERLCN LEEGSPGSGT YTRHGYIFSS LAGCLMKSSE NGALPVVSVV RETESQLLPD VGAIVTCKVS SINSRFAKV HILYVGSMPL KNSFRGTIRK EDVRATEKDK VEIYKSFRPG DIVLAKVISL GDAQSNYLLT TAENELGVVV A HSESGIQM ...文字列:
GPDSMAPPVR YCIPGERLCN LEEGSPGSGT YTRHGYIFSS LAGCLMKSSE NGALPVVSVV RETESQLLPD VGAIVTCKVS SINSRFAKV HILYVGSMPL KNSFRGTIRK EDVRATEKDK VEIYKSFRPG DIVLAKVISL GDAQSNYLLT TAENELGVVV A HSESGIQM VPISWCEMQC PKTHTKEFRK VARVQPEFLQ T

UniProtKB: Exosome complex component CSL4

+
分子 #8: Helicase SKI2W

分子名称: Helicase SKI2W / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 137.913688 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MMETERLVLP PPDPLDLPLR AVELGCTGHW ELLNLPGAPE SSLPHGLPPC APDLQQEAEQ LFLSSPAWLP LHGVEHSARK WQRKTDPWS LLAVLGAPVP SDLQAQRHPT TGQILGYKEV LLENTNLSAT TSLSLRRPPG PASQSLWGNP TQYPFWPGGM D EPTITDLN ...文字列:
MMETERLVLP PPDPLDLPLR AVELGCTGHW ELLNLPGAPE SSLPHGLPPC APDLQQEAEQ LFLSSPAWLP LHGVEHSARK WQRKTDPWS LLAVLGAPVP SDLQAQRHPT TGQILGYKEV LLENTNLSAT TSLSLRRPPG PASQSLWGNP TQYPFWPGGM D EPTITDLN TREEAEEEID FEKDLLTIPP GFKKGMDFAP KDCPTPAPGL LSLSCMLEPL DLGGGDEDEN EAVGQPGGPR GD TVSASPC SAPLARASSL EDLVLKEAST AVSTPEAPEP PSQEQWAIPV DATSPVGDFY RLIPQPAFQW AFEPDVFQKQ AIL HLERHD SVFVAAHTSA GKTVVAEYAI ALAQKHMTRT IYTSPIKALS NQKFRDFRNT FGDVGLLTGD VQLHPEASCL IMTT EILRS MLYSGSDVIR DLEWVIFDEV HYINDVERGV VWEEVLIMLP DHVSIILLSA TVPNALEFAD WIGRLKRRQI YVIST VTRP VPLEHYLFTG NSSKTQGELF LLLDSRGAFH TKGYYAAVEA KKERMSKHAQ TFGAKQPTHQ GGPAQDRGVY LSLLAS LRT RAQLPVVVFT FSRGRCDEQA SGLTSLDLTT SSEKSEIHLF LQRCLARLRG SDRQLPQVLH MSELLNRGLG VHHSGIL PI LKEIVEMLFS RGLVKVLFAT ETFAMGVNMP ARTVVFDSMR KHDGSTFRDL LPGEYVQMAG RAGRRGLDPT GTVILLCK G RVPEMADLHR MMMGKPSQLQ SQFRLTYTMI LNLLRVDALR VEDMMKRSFS EFPSRKDSKA HEQALAELTK RLGALEEPD MTGQLVDLPE YYSWGEELTE TQHMIQRRIM ESVNGLKSLS AGRVVVVKNQ EHHNALGVIL QVSSNSTSRV FTTLVLCDKP LSQDPQDRG PATAEVPYPD DLVGFKLFLP EGPCDHTVVK LQPGDMAAIT TKVLRVNGEK ILEDFSKRQQ PKFKKDPPLA A VTTAVQEL LRLAQAHPAG PPTLDPVNDL QLKDMSVVEG GLRARKLEEL IQGAQCVHSP RFPAQYLKLR ERMQIQKEME RL RFLLSDQ SLLLLPEYHQ RVEVLRTLGY VDEAGTVKLA GRVACAMSSH ELLLTELMFD NALSTLRPEE IAALLSGLVC QSP GDAGDQ LPNTLKQGIE RVRAVAKRIG EVQVACGLNQ TVEEFVGELN FGLVEVVYEW ARGMPFSELA GLSGTPEGLV VRCI QRLAE MCRSLRGAAR LVGEPVLGAK METAATLLRR DIVFAASLYT Q

UniProtKB: Superkiller complex protein 2

+
分子 #9: Exosome complex component MTR3

分子名称: Exosome complex component MTR3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.267127 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPGDHRRIRG PEESQPPQLY AADEEEAPGT RDPTRLRPVY ARAGLLSQAK GSAYLEAGGT KVLCAVSGPR QAEGGERGGG PAGAGGEAP AALRGRLLCD FRRAPFAGRR RRAPPGGCEE RELALALQEA LEPAVRLGRY PRAQLEVSAL LLEDGGSALA A ALTAAALA ...文字列:
MPGDHRRIRG PEESQPPQLY AADEEEAPGT RDPTRLRPVY ARAGLLSQAK GSAYLEAGGT KVLCAVSGPR QAEGGERGGG PAGAGGEAP AALRGRLLCD FRRAPFAGRR RRAPPGGCEE RELALALQEA LEPAVRLGRY PRAQLEVSAL LLEDGGSALA A ALTAAALA LADAGVEMYD LVVGCGLSLA PGPAPTWLLD PTRLEEERAA AGLTVALMPV LNQVAGLLGS GEGGLTESWA EA VRLGLEG CQRLYPVLQQ SLVRAARRRG AAAQP

UniProtKB: Exosome complex component MTR3

+
分子 #10: Exosome complex component RRP4

分子名称: Exosome complex component RRP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.190355 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPDSMAMEMR LPVARKPLSE RLGRDTKKHL VVPGDTITTD TGFMRGHGTY MGEEKLIASV AGSVERVNKL ICVKALKTRY IGEVGDIVV GRITEVQQKR WKVETNSRLD SVLLLSSMNL PGGELRRRSA EDELAMRGFL QEGDLISAEV QAVFSDGAVS L HTRSLKYG ...文字列:
GPDSMAMEMR LPVARKPLSE RLGRDTKKHL VVPGDTITTD TGFMRGHGTY MGEEKLIASV AGSVERVNKL ICVKALKTRY IGEVGDIVV GRITEVQQKR WKVETNSRLD SVLLLSSMNL PGGELRRRSA EDELAMRGFL QEGDLISAEV QAVFSDGAVS L HTRSLKYG KLGQGVLVQV SPSLVKRQKT HFHDLPCGAS VILGNNGFIW IYPTPEHKEE EAGGFIANLE PVSLADREVI SR LRNCIIS LVTQRMMLYD TSILYCYEAS LPHQIKDILK PEIMEEIVME TRQRLLEQEG

UniProtKB: Exosome complex component RRP4

+
分子 #11: Isoform 2 of HBS1-like protein

分子名称: Isoform 2 of HBS1-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.196131 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPDSSQCESP SLTELFQEHK ENNISQCFTL SDLCNQSSAS FTDLSLGSFP LSQLANRCQS SPGISELTGS LSSLAFHKAS PTRDLENLS LSELIAETID VDNSQIKKES FEVSLSEVRS PGIDSNIDLS VLIKNPDFVP KPVVDPSIAP SSRTKVLSSK L GKNSNFAK ...文字列:
GPDSSQCESP SLTELFQEHK ENNISQCFTL SDLCNQSSAS FTDLSLGSFP LSQLANRCQS SPGISELTGS LSSLAFHKAS PTRDLENLS LSELIAETID VDNSQIKKES FEVSLSEVRS PGIDSNIDLS VLIKNPDFVP KPVVDPSIAP SSRTKVLSSK L GKNSNFAK DNKKNNKGSL TRKPPFSLSW TKALAARPSA FASTLCLRYP LKSCKRRTLD LYKTFLYSRQ VQDVKDKEIS PL VAITPFD FKSASPDDIV KANQKKAFTR ELEVLFQ

UniProtKB: HBS1-like protein

+
分子 #12: Exosome complex component RRP45

分子名称: Exosome complex component RRP45 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 49.370312 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPDSMKETPL SNCERRFLLR AIEEKKRLDG RQTYDYRNIR ISFGTDYGCC IVELGKTRVL GQVSCELVSP KLNRATEGIL FFNLELSQM AAPAFEPGRQ SDLLVKLNRL MERCLRNSKC IDTESLCVVA GEKVWQIRVD LHLLNHDGNI IDAASIAAIV A LCHFRRPD ...文字列:
GPDSMKETPL SNCERRFLLR AIEEKKRLDG RQTYDYRNIR ISFGTDYGCC IVELGKTRVL GQVSCELVSP KLNRATEGIL FFNLELSQM AAPAFEPGRQ SDLLVKLNRL MERCLRNSKC IDTESLCVVA GEKVWQIRVD LHLLNHDGNI IDAASIAAIV A LCHFRRPD VSVQGDEVTL YTPEERDPVP LSIHHMPICV SFAFFQQGTY LLVDPNEREE RVMDGLLVIA MNKHREICTI QS SGGIMLL KDQVLRCSKI AGVKVAEITE LILKALENDQ KVRKEGGKFG FAESIANQRI TAFKMEKAPI DTSDVEEKAE EII AEAEPP SEVVSTPVLW TPGTAQIGEG VENSWGDLED SEKEDDEGGG DQAIILDGIK MDTGVEVSDI GSQDAPIILS DSEE EEMII LEPDKNPKKI RTQTTSAKQE KAPSKKPVKR RKKKRAAN

UniProtKB: Exosome complex component RRP45

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分子 #13: DIS3-like exonuclease 1

分子名称: DIS3-like exonuclease 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: exoribonuclease II
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 121.108555 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPMLQKREKV LLLRTFQGRT LRIVREHYLR PCVPCHSPLC PQPAACSHDG KLLSSDVTHY VIPDWKVVQD YLEILEFPEL KGIIFMQTA CQAVQHQRGR RQYNKLRNLL KDARHDCILF ANEFQQCCYL PRERGESMEK WQTRSIYNAA VWYYHHCQDR M PIVMVTED ...文字列:
GPMLQKREKV LLLRTFQGRT LRIVREHYLR PCVPCHSPLC PQPAACSHDG KLLSSDVTHY VIPDWKVVQD YLEILEFPEL KGIIFMQTA CQAVQHQRGR RQYNKLRNLL KDARHDCILF ANEFQQCCYL PRERGESMEK WQTRSIYNAA VWYYHHCQDR M PIVMVTED EEAIQQYGSE TEGVFVITFK NYLDNFWPDL KAAHELCDSI LQSRRERENE SQESHGKEYP EHLPLEVLEA GI KSGRYIQ GILNVNKHRA QIEAFVRLQG ASSKDSDLVS DILIHGMKAR NRSIHGDVVV VELLPKNEWK GRTVALCEND CDD KASGES PSEPMPTGRV VGILQKNWRD YVVTFPSKEE VQSQGKNAQK ILVTPWDYRI PKIRISTQQA ETLQDFRVVV RIDS WESTS VYPNGHFVRV LGRIGDLEGE IATILVENSI SVIPFSEAQM CEMPVNTPES PWKVSPEEEQ KRKDLRKSHL VFSID PKGC EDVNDTLSVR TLNNGNLELG VHIADVTHFV APNSYIDIEA RTRATTYYLA DRRYDMLPSV LSADLCSLLG GVDRYA VSI MWELDKASYE IKKVWYGRTI IRSAYKLFYE AAQELLDGNL SVVDDIPEFK DLDEKSRQAK LEELVWAIGK LTDIARH VR AKRDGCGALE LEGVEVCVQL DDKKNIHDLI PKQPLEVHET VAECMILANH WVAKKIWESF PHQALLRQHP PPHQEFFS E LRECAKAKGF FIDTRSNKTL ADSLDNANDP HDPIVNRLLR SMATQAMSNA LYFSTGSCAE EEFHHYGLAL DKYTHFTSP IRRYSDIVVH RLLMAAISKD KKMEIKGNLF SNKDLEELCR HINNRNQAAQ HSQKQSTELF QCMYFKDKDP ATEERCISDG VIYSIRTNG VLLFIPRFGI KGAAYLKNKD GLVISCGPDS CSEWKPGSLQ RFQNKITSTT TDGESVTFHL FDHVTVRISI Q ASRCHSDT IRLEIISNKP YKIPNTELIH QSSPLLKSEL VKEVTKSVEE AQLAQEVKVN IIQEEYQEYR QTKGRSLYTL LE EIRDLAL LDVSNNYGI

UniProtKB: DIS3-like exonuclease 1

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分子 #7: CrPV-IRES RNA

分子名称: CrPV-IRES RNA / タイプ: rna / ID: 7 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Cricket paralysis virus (ウイルス)
分子量理論値: 13.422399 KDa
配列文字列:
UUUUUUUUUU UUUUUUUUUU UUUUUUCUCC UCUUUUUUUU UUUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 64.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6d6q

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 79353
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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