EMDB-50882: 96-nm repeat of axonemal doublet microtubules from bovine sperm, ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-50882

タイトル

96-nm repeat of axonemal doublet microtubules from bovine sperm, IDAf IC/LC local refinement

マップデータ

sharpened map

試料

細胞器官・細胞要素: 96-nm repeat of axonemal doublet microtubules from bovine sperm

キーワード

axoneme / cilia / microtubule / dynein / sperm / STRUCTURAL PROTEIN

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.2 Å

データ登録者

Leung MR / Sun C / Zeng J / Anderson JR / Niu Q / Huang W / Noteborn WEM / Brown A / Zeev-Ben-Mordehai T / Zhang R

資金援助

オランダ,

米国, 4件

Organization	Grant number	国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)	OCENW.XL21.XL21.048	オランダ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	1R01GM138854	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	1R01GM141109	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	1R01GM143183	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural diversity of axonemes across mammalian motile cilia
著者: Leung MR / Sun C / Zeng J / Anderson JR / Niu Q / Huang W / Noteborn WEM / Brown A / Zeev-Ben-Mordehai T / Zhang R

履歴

登録	2024年7月3日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年9月18日	-
マップ公開	2024年9月18日	-
更新	2024年9月18日	-
現状	2024年9月18日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_50882.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_50882.map.gz	454.1 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-50882-v30.xml emd-50882.xml	81.4 KB 81.4 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_50882.png	73.2 KB
Filedesc metadata	emd-50882.cif.gz	5.5 KB
その他	emd_50882_additional_1.map.gz emd_50882_half_map_1.map.gz emd_50882_half_map_2.map.gz	248.8 MB 475.6 MB 475.6 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50882 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-50882	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_50882_validation.pdf.gz	965.4 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_50882_full_validation.pdf.gz	964.9 KB	表示
XML形式データ	emd_50882_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	emd_50882_validation.cif.gz	22 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50882 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-50882	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	45801C 45802C 50866C 50867C 50868C 50869C 50870C 50871C 50872C 50873C 50874C 50875C 50876C 50877C 50878C 50879C 50880C 50881C 50883C 50884C 50885C 50886C 50887C 9cpbC 9cpcC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_50882.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

sharpened map

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.3 Å/pix. x 512 pix. = 666.214 Å	1.3 Å/pix. x 512 pix. = 666.214 Å	1.3 Å/pix. x 512 pix. = 666.214 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.3012 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.1
最小 - 最大	-0.004883249 - 1.9637603
平均 (標準偏差)	0.0004950016 (±0.016210051)

対称性

空間群: 1

詳細

-
追加マップ: unsharpened map

ファイル

emd_50882_additional_1.map

注釈

unsharpened map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half-map a

ファイル

emd_50882_half_map_1.map

注釈

half-map a

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half-map b

ファイル

emd_50882_half_map_2.map

注釈

half-map b

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : 96-nm repeat of axonemal doublet microtubules from bovine sperm

全体	名称: 96-nm repeat of axonemal doublet microtubules from bovine sperm
要素	細胞器官・細胞要素: 96-nm repeat of axonemal doublet microtubules from bovine sperm

-
超分子 #1: 96-nm repeat of axonemal doublet microtubules from bovine sperm

超分子	名称: 96-nm repeat of axonemal doublet microtubules from bovine sperm タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#479
由来(天然)	生物種: Bos taurus (ウシ)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	filament

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.9
グリッド	モデル: Quantifoil R2/1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結	凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
特殊光学系	エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 2585140
初期モデル	モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: 24664
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 203560
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類	ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

精密化	プロトコル: RIGID BODY FIT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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