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- EMDB-5024: Cryo-EM structure of Pyrococcus furiosus in apo-state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5024
タイトルCryo-EM structure of Pyrococcus furiosus in apo-state
マップデータArchaea RNAP in its (transcription) elongation state.
試料
  • 試料: Pyrococcus furiosus RNAP
  • タンパク質・ペプチド: RNAP apo-state
キーワードtranscription / initiation / elongation / RNAP / Archaea / cryo-electron microscopy / negative staining / molecular fitting
生物種unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.0 Å
データ登録者Carlo SD / Lin S-C / Taatjes D / Hoenger A
引用ジャーナル: Transcription / 年: 2010
タイトル: Molecular basis of transcription initiation in Archaea.
著者: Sacha De Carlo / Shih-Chieh Lin / Dylan J Taatjes / Andreas Hoenger /
要旨: Compared with eukaryotes, the archaeal transcription initiation machinery-commonly known as the Pre-Initiation Complex-is relatively simple. The archaeal PIC consists of the TFIIB ortholog TFB, TBP, ...Compared with eukaryotes, the archaeal transcription initiation machinery-commonly known as the Pre-Initiation Complex-is relatively simple. The archaeal PIC consists of the TFIIB ortholog TFB, TBP, and an 11-subunit RNA polymerase (RNAP). The relatively small size of the entire archaeal PIC makes it amenable to structural analysis. Using purified RNAP, TFB, and TBP from the thermophile Pyrococcus furiosus, we assembled the biochemically active PIC at 65ºC. The intact archaeal PIC was isolated by implementing a cross-linking technique followed by size-exclusion chromatography, and the structure of this 440 kDa assembly was determined using electron microscopy and single-particle reconstruction techniques. Combining difference maps with crystal structure docking of various sub-domains, TBP and TFB were localized within the macromolecular PIC. TBP/TFB assemble near the large RpoB subunit and the RpoD/L "foot" domain behind the RNAP central cleft. This location mimics that of yeast TBP and TFIIB in complex with yeast RNAP II. Collectively, these results define the structural organization of the archaeal transcription machinery and suggest a conserved core PIC architecture.
履歴
登録2008年7月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年12月17日-
マップ公開2010年3月29日-
更新2013年7月17日-
現状2013年7月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.012
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5024_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5024.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Archaea RNAP in its (transcription) elongation state.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.25 Å/pix.
x 200 pix.
= 450. Å		2.25 Å/pix.
x 200 pix.
= 450. Å		2.25 Å/pix.
x 200 pix.
= 450. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.25 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.012
最小 - 最大-0.00729787 - 0.03152668
平均 (標準偏差)0.00024728 (±0.00241341)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 450.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.252.252.25
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z450.000450.000450.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-127-127-127
NX/NY/NZ255255255
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0070.0320.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pyrococcus furiosus RNAP

全体名称: Pyrococcus furiosus RNAP
要素
  • 試料: Pyrococcus furiosus RNAP
  • タンパク質・ペプチド: RNAP apo-state

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超分子 #1000: Pyrococcus furiosus RNAP

超分子名称: Pyrococcus furiosus RNAP / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: RNAP and DNA / Number unique components: 2
分子量実験値: 380 KDa / 手法: Mass spectrometry

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分子 #1: RNAP apo-state

分子名称: RNAP apo-state / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RNAP elongation complex / コピー数: 1 / 集合状態: multi-subunit complex / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: unidentified (未定義) / 細胞: Pyrococcus
分子量実験値: 380 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液詳細: Hepes 0.1 M, pH 8.0, NaCl 50 mM, EDTA 0.1mM, DTT 2 mM
グリッド詳細: C-Flat
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 65 % / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.7 µm / 実像数: 32 / 平均電子線量: 15 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 49785 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: phase-flipped
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER, EMAN / 使用した粒子像数: 4611

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2pmz

ソフトウェア名称: NORMA
詳細Protocol: Rigid Body. Manual fitting with CHIMERA first.
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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