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万見
- EMDB-5017: Segmented eEF2 density from the cryo-EM map of eEF2-bound 80S complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5017
タイトルSegmented eEF2 density from the cryo-EM map of eEF2-bound 80S complex
マップデータSegmented eEF2 density from the 80S.eEF2 cryo-EM map
試料
  • 試料: 80S.eEF2.AlF4.GDP
  • 複合体: 80S ribosome
キーワードAlF4- / GDP / GTPase / Ribosome / Translocation
機能・相同性
機能・相同性情報


Peptide chain elongation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / positive regulation of translational elongation / Protein methylation / protein-synthesizing GTPase / translational elongation / translation elongation factor activity / Neutrophil degranulation / maintenance of translational fidelity / protein-folding chaperone binding ...Peptide chain elongation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / positive regulation of translational elongation / Protein methylation / protein-synthesizing GTPase / translational elongation / translation elongation factor activity / Neutrophil degranulation / maintenance of translational fidelity / protein-folding chaperone binding / ribosome binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / rRNA binding / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / GTP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / : / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV ...Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / : / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Elongation factor 2 / Elongation factor Tu-B
類似検索 - 構成要素
生物種Thermomyces lanuginosus (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.6 Å
データ登録者Sengupta J / Nilsson J / Gursky R / Kjeldgaard M / Nissen P / Frank J
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2008
タイトル: Visualization of the eEF2-80S ribosome transition-state complex by cryo-electron microscopy.
著者: Jayati Sengupta / Jakob Nilsson / Richard Gursky / Morten Kjeldgaard / Poul Nissen / Joachim Frank /
要旨: In an attempt to understand ribosome-induced GTP hydrolysis on eEF2, we determined a 12.6-A cryo-electron microscopy reconstruction of the eEF2-bound 80S ribosome in the presence of aluminum ...In an attempt to understand ribosome-induced GTP hydrolysis on eEF2, we determined a 12.6-A cryo-electron microscopy reconstruction of the eEF2-bound 80S ribosome in the presence of aluminum tetrafluoride and GDP, with aluminum tetrafluoride mimicking the gamma-phosphate during hydrolysis. This is the first visualization of a structure representing a transition-state complex on the ribosome. Tight interactions are observed between the factor's G domain and the large ribosomal subunit, as well as between domain IV and an intersubunit bridge. In contrast, some of the domains of eEF2 implicated in small subunit binding display a large degree of flexibility. Furthermore, we find support for a transition-state model conformation of the switch I region in this complex where the reoriented switch I region interacts with a conserved rRNA region of the 40S subunit formed by loops of the 18S RNA helices 8 and 14. This complex is structurally distinct from the eEF2-bound 80S ribosome complexes previously reported, and analysis of this map sheds light on the GTPase-coupled translocation mechanism.
履歴
登録2008年6月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年11月19日-
マップ公開2009年5月5日-
更新2013年3月6日-
現状2013年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3dny, PDB-3dwu
  • 表面レベル: 7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3dwu
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5017_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5017.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Segmented eEF2 density from the 80S.eEF2 cryo-EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.82 Å/pix.
x 130 pix.
= 366.6 Å		2.82 Å/pix.
x 130 pix.
= 366.6 Å		2.82 Å/pix.
x 130 pix.
= 366.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.67 / ムービー #1: 7
最小 - 最大-57.921619419999999 - 121.260147090000004
平均 (標準偏差)0.05276176 (±1.49547279)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-65-65-65
サイズ130130130
Spacing130130130
セルA=B=C: 366.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.822.822.82
M x/y/z130130130
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z366.600366.600366.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-127-127-127
NX/NY/NZ255255255
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-65-65-65
NC/NR/NS130130130
D min/max/mean-57.922121.2600.053

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 80S.eEF2.AlF4.GDP

全体名称: 80S.eEF2.AlF4.GDP
要素
  • 試料: 80S.eEF2.AlF4.GDP
  • 複合体: 80S ribosome

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超分子 #1000: 80S.eEF2.AlF4.GDP

超分子名称: 80S.eEF2.AlF4.GDP / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: GDP-AlF4- traps ribosome-bound eEF2 in a transition state of GTP hydrolysis
Number unique components: 4

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超分子 #1: 80S ribosome

超分子名称: 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Thermomyces lanuginosus (菌類)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2 / 詳細: 20 mM Hepes-NH3, 100 mM KCl, 20 mM MgCl2
グリッド詳細: Quantifoil grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: vitrobot

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - サンプリング間隔: 2.82 µm / 平均電子線量: 10 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Single tilt cryo-holder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Segregation in defocus groups and correction in volumes
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider / 詳細: Supervised Classification was used / 使用した粒子像数: 1

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1n0u

詳細Protocol: Rigid Body. The domains were separately fitted by manual docking using program O
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-3dny:
Fitting of the eEF2 crystal structure into the cryo-EM density map of the eEF2.80S.AlF4-.GDP complex

PDB-3dwu:
Transition-state model conformation of the switch I region fitted into the cryo-EM map of the eEF2.80S.AlF4.GDP complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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