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万見
- EMDB-50093: Cryo-EM structure of Staphylococcus aureus bacteriophage phi812 t... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50093
タイトルCryo-EM structure of Staphylococcus aureus bacteriophage phi812 tail in the pre-contraction state - tube and sheath proteins
マップデータPhage phi812 tail in the pre-contraction state - complete; postprocessed map
試料
  • ウイルス: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
    • 複合体: Tail
      • 複合体: Tail tube
        • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
      • 複合体: Tail sheath
        • タンパク質・ペプチド: Major tail sheath protein
キーワードbacteriophage / phage / contractile / phi812 / tail / VIRUS
機能・相同性: / Phi812 tail tube protein / Major tail sheath protein / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus phage 812 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Binovsky J / Siborova M / Skubnik K / Novacek J / Plevka P
資金援助European Union, チェコ, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)101043452European Union
Other governmentLX22NP05103 チェコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cell attachment and tail contraction of S. aureus phage phi812
著者: Binovsky J / Siborova M / Skubnik K / Novacek J / Plevka P
履歴
登録2024年4月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50093.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50093.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Phage phi812 tail in the pre-contraction state - complete; postprocessed map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 360 pix.
= 387. Å		1.08 Å/pix.
x 360 pix.
= 387. Å		1.08 Å/pix.
x 360 pix.
= 387. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.075 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035
最小 - 最大-0.11107976 - 0.18759236
平均 (標準偏差)0.0018417852 (±0.009802445)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 387.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50093_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Phage phi812 tail in the pre-contraction state - complete; half2 map

ファイルemd_50093_half_map_1.map
注釈Phage phi812 tail in the pre-contraction state - complete; half2 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Phage phi812 tail in the pre-contraction state - complete; half1 map

ファイルemd_50093_half_map_2.map
注釈Phage phi812 tail in the pre-contraction state - complete; half1 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Staphylococcus phage 812

全体名称: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
    • 複合体: Tail
      • 複合体: Tail tube
        • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
      • 複合体: Tail sheath
        • タンパク質・ペプチド: Major tail sheath protein

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超分子 #1: Staphylococcus phage 812

超分子名称: Staphylococcus phage 812 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 307898 / 生物種: Staphylococcus phage 812 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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超分子 #2: Tail

超分子名称: Tail / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)

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超分子 #3: Tail tube

超分子名称: Tail tube / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)

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超分子 #4: Tail sheath

超分子名称: Tail sheath / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)

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分子 #1: Major tail sheath protein

分子名称: Major tail sheath protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 64.559008 KDa
配列文字列: MAVEPFPRRP ITRPHASIEV DTSGIGGSAG SSEKVFCLIG QAEGGEPNTV YELRNYSQAK RLFRSGELLD AIELAWGSNP NYTAGRILA MRIEDAKPAS AEIGGLKITS KIYGNVANNI QVGLEKNTLS DSLRLRVIFQ DDRFNEVYDN IGNIFTIKYK G EEANATFS ...文字列:
MAVEPFPRRP ITRPHASIEV DTSGIGGSAG SSEKVFCLIG QAEGGEPNTV YELRNYSQAK RLFRSGELLD AIELAWGSNP NYTAGRILA MRIEDAKPAS AEIGGLKITS KIYGNVANNI QVGLEKNTLS DSLRLRVIFQ DDRFNEVYDN IGNIFTIKYK G EEANATFS VEHDEETQKA SRLVLKVGDQ EVKSYDLTGG AYDYTNAIIT DINQLPDFEA KLSPFGDKNL ESSKLDKIEN AN IKDKAVY VKAVFGDLEK QTAYNGIVSF EQLNAEGEVP SNVEVEAGEE SATVTATSPI KTIEPFELTK LKGGTNGEPP ATW ADKLDK FAHEGGYYIV PLSSKQSVHA EVASFVKERS DAGEPMRAIV GGGFNESKEQ LFGRQASLSN PRVSLVANSG TFVM DDGRK NHVPAYMVAV ALGGLASGLE IGESITFKPL RVSSLDQIYE SIDLDELNEN GIISIEFVRN RTNTFFRIVD DVTTF NDKS DPVKAEMAVG EANDFLVSEL KVQLEDQFIG TRTINTSASI IKDFIQSYLG RKKRDNEIQD FPAEDVQVIV EGNEAR ISM TVYPIRSFKK ISVSLVYKQQ TLQA

UniProtKB: Major tail sheath protein

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分子 #2: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus phage 812 (ファージ)
分子量理論値: 15.94297 KDa
配列文字列:
MASEAKQTVH TGNTVLLMIK GKPVGRAQSA SGQREYGTTG VYEIGSIMPQ EHVYLRYEGT ITVERLRMKK ENFADLGYAS LGEEILKKD IIDILVVDNL TKQVIISYHG CSANNYNETW QTNEIVTEEI EFSYLTASDK ART

UniProtKB: Capsid protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 50mM Tris, 10mM NaCl, 10mM CaCl2
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 75000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

4051

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 18188
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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