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- EMDB-4974: Cryo-EM structure of the activated Drs2p-Cdc50p -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4974
タイトルCryo-EM structure of the activated Drs2p-Cdc50p
マップデータ
試料
  • 複合体: Binary complex of Drs2p-Cdc50p with the regulatory lipid PI4P
    • タンパク質・ペプチド: Probable phospholipid-transporting ATPase DRS2,Oxaloacetate decarboxylase alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Cell division control protein 50
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: (2R)-1-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrahydroxy-4-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}-3-(octadecanoyloxy)propan-2-yl (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate
  • リガンド: water
機能・相同性
機能・相同性情報


oxaloacetate decarboxylase (Na+ extruding) / decarboxylation-driven active transmembrane transporter activity / Cdc50p-Drs2p complex / actin cortical patch localization / aminophospholipid translocation / pyruvate carboxylase activity / Ion transport by P-type ATPases / phosphatidylcholine flippase activity / post-Golgi vesicle-mediated transport / oxaloacetate decarboxylase activity ...oxaloacetate decarboxylase (Na+ extruding) / decarboxylation-driven active transmembrane transporter activity / Cdc50p-Drs2p complex / actin cortical patch localization / aminophospholipid translocation / pyruvate carboxylase activity / Ion transport by P-type ATPases / phosphatidylcholine flippase activity / post-Golgi vesicle-mediated transport / oxaloacetate decarboxylase activity / phosphatidylserine flippase activity / ATPase-coupled intramembrane lipid transporter activity / phospholipid-translocating ATPase complex / phosphatidylserine floppase activity / phosphatidylethanolamine flippase activity / P-type phospholipid transporter / endocytic recycling / retrograde transport, endosome to Golgi / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / phospholipid translocation / sodium ion transport / Neutrophil degranulation / intracellular protein transport / trans-Golgi network / endocytosis / late endosome membrane / endosome membrane / Golgi apparatus / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Oxaloacetate decarboxylase, alpha subunit / : / Carboxylase, conserved domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / CDC50/LEM3 family / LEM3 (ligand-effect modulator 3) family / CDC50 family / P-type ATPase, subfamily IV ...Oxaloacetate decarboxylase, alpha subunit / : / Carboxylase, conserved domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / CDC50/LEM3 family / LEM3 (ligand-effect modulator 3) family / CDC50 family / P-type ATPase, subfamily IV / P-type ATPase, C-terminal / P-type ATPase, N-terminal / Phospholipid-translocating ATPase N-terminal / Phospholipid-translocating P-type ATPase C-terminal / Biotin-binding site / Biotin-requiring enzymes attachment site. / Biotin-requiring enzyme / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Single hybrid motif / Cation transport ATPase (P-type) / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Oxaloacetate decarboxylase alpha chain / Phospholipid-transporting ATPase accessory subunit CDC50 / Phospholipid-transporting ATPase DRS2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Timcenko M / Lyons JA / Januliene D / Ulstrup JJ / Dieudonne T / Montigny C / Ash MR / Karlsen JL / Boesen T / Kuhlbrandt W ...Timcenko M / Lyons JA / Januliene D / Ulstrup JJ / Dieudonne T / Montigny C / Ash MR / Karlsen JL / Boesen T / Kuhlbrandt W / Lenoir G / Moeller A / Nissen P
資金援助 デンマーク, フランス, 6件
OrganizationGrant number国
Danish Council for Independent Research0602-02912B デンマーク
LundbeckfondenR209-2015-2704 デンマーク
LundbeckfondenR171-2014-663 デンマーク
French National Research AgencyANR-14-CE09-0022 フランス
Lundbeckfonden2015-2666 デンマーク
French Infrastructure for Integrated Structural BiologyANR-10-INSB-05 フランス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structure and autoregulation of a P4-ATPase lipid flippase.
著者: Milena Timcenko / Joseph A Lyons / Dovile Januliene / Jakob J Ulstrup / Thibaud Dieudonné / Cédric Montigny / Miriam-Rose Ash / Jesper Lykkegaard Karlsen / Thomas Boesen / Werner ...著者: Milena Timcenko / Joseph A Lyons / Dovile Januliene / Jakob J Ulstrup / Thibaud Dieudonné / Cédric Montigny / Miriam-Rose Ash / Jesper Lykkegaard Karlsen / Thomas Boesen / Werner Kühlbrandt / Guillaume Lenoir / Arne Moeller / Poul Nissen /
要旨: Type 4 P-type ATPases (P4-ATPases) are lipid flippases that drive the active transport of phospholipids from exoplasmic or luminal leaflets to cytosolic leaflets of eukaryotic membranes. The ...Type 4 P-type ATPases (P4-ATPases) are lipid flippases that drive the active transport of phospholipids from exoplasmic or luminal leaflets to cytosolic leaflets of eukaryotic membranes. The molecular architecture of P4-ATPases and the mechanism through which they recognize and transport lipids have remained unknown. Here we describe the cryo-electron microscopy structure of the P4-ATPase Drs2p-Cdc50p, a Saccharomyces cerevisiae lipid flippase that is specific to phosphatidylserine and phosphatidylethanolamine. Drs2p-Cdc50p is autoinhibited by the C-terminal tail of Drs2p, and activated by the lipid phosphatidylinositol-4-phosphate (PtdIns4P or PI4P). We present three structures that represent the complex in an autoinhibited, an intermediate and a fully activated state. The analysis highlights specific features of P4-ATPases and reveals sites of autoinhibition and PI4P-dependent activation. We also observe a putative lipid translocation pathway in this flippase that involves a conserved PISL motif in transmembrane segment 4 and polar residues of transmembrane segments 2 and 5, in particular Lys1018, in the centre of the lipid bilayer.
履歴
登録2019年5月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月19日-
マップ公開2019年7月3日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6roj
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4974.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4974.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 275.712 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 275.712 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 275.712 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.077 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.013 / ムービー #1: 0.013
最小 - 最大-0.05881711 - 0.117117204
平均 (標準偏差)0.00016436083 (±0.0024119904)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 275.712 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0771.0771.077
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z275.712275.712275.712
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0590.1170.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_4974_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_4974_additional.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_4974_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_4974_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Binary complex of Drs2p-Cdc50p with the regulatory lipid PI4P

全体名称: Binary complex of Drs2p-Cdc50p with the regulatory lipid PI4P
要素
  • 複合体: Binary complex of Drs2p-Cdc50p with the regulatory lipid PI4P
    • タンパク質・ペプチド: Probable phospholipid-transporting ATPase DRS2,Oxaloacetate decarboxylase alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Cell division control protein 50
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: (2R)-1-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrahydroxy-4-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}-3-(octadecanoyloxy)propan-2-yl (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate
  • リガンド: water

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超分子 #1: Binary complex of Drs2p-Cdc50p with the regulatory lipid PI4P

超分子名称: Binary complex of Drs2p-Cdc50p with the regulatory lipid PI4P
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: C-terminus removed by proteolytic cleavage of an engineered site.
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 組換プラスミド: pYedp60

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分子 #1: Probable phospholipid-transporting ATPase DRS2,Oxaloacetate decar...

分子名称: Probable phospholipid-transporting ATPase DRS2,Oxaloacetate decarboxylase alpha chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Residues 1-104 removed after proteolysis with thrombin Residues 1252-1364 removed after proteolysis with thrombin 1248-1253 - added an addition thrombin cleavage site D560 described by ...詳細: Residues 1-104 removed after proteolysis with thrombin Residues 1252-1364 removed after proteolysis with thrombin 1248-1253 - added an addition thrombin cleavage site D560 described by Aspartate beryllium trifluoride (BFD) engineered C-terminal GGGG-LVPRGS-BAD-ta,Residues 1-104 removed after proteolysis with thrombin Residues 1252-1364 removed after proteolysis with thrombin 1248-1253 - added an addition thrombin cleavage site D560 described by Aspartate beryllium trifluoride (BFD) engineered C-terminal GGGG-LVPRGS-BAD-ta
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: P-type phospholipid transporter
由来(天然)生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
分子量理論値: 164.240359 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MNDDRETPPK RKPGEDDTLF DIDFLDDTTS HSGSRSKVTN SHANANYIPP SHVLPEETID LDADDDNIEN DVHENLFMSN NHDDQTSWN ANRFDSDAYQ PQSLRAVKPP GLFARFGNGL KNAFTFKRKK GPESFEMNHY NAVTNNELDD NYLDSRNKFN I KILFNRYI ...文字列:
MNDDRETPPK RKPGEDDTLF DIDFLDDTTS HSGSRSKVTN SHANANYIPP SHVLPEETID LDADDDNIEN DVHENLFMSN NHDDQTSWN ANRFDSDAYQ PQSLRAVKPP GLFARFGNGL KNAFTFKRKK GPESFEMNHY NAVTNNELDD NYLDSRNKFN I KILFNRYI LRKNVGDAEG NGEPRVIHIN DSLANSSFGY SDNHISTTKY NFATFLPKFL FQEFSKYANL FFLCTSAIQQ VP HVSPTNR YTTIGTLLVV LIVSAMKECI EDIKRANSDK ELNNSTAEIF SEAHDDFVEK RWIDIRVGDI IRVKSEEPIP ADT IILSSS EPEGLCYIET ANLDGETNLK IKQSRVETAK FIDVKTLKNM NGKVVSEQPN SSLYTYEGTM TLNDRQIPLS PDQM ILRGA TLRNTAWIFG LVIFTGHETK LLRNATATPI KRTAVEKIIN RQIIALFTVL IVLILISSIG NVIMSTADAK HLSYL YLEG TNKAGLFFKD FLTFWILFSN LVPISLFVTV ELIKYYQAFM IGSDLDLYYE KTDTPTVVRT SSLVEELGQI EYIFS (BFD)KTG TLTRNIMEFK SCSIAGHCYI DKIPEDKTAT VEDGIEVGYR KFDDLKKKLN DPSDEDSPII NDFLTLLATC HT VIPEFQS DGSIKYQAAS PDEGALVQGG ADLGYKFIIR KPNSVTVLLE ETGEEKEYQL LNICEFNSTR KRMSAIFRFP DGS IKLFCK GADTVILERL DDEANQYVEA TMRHLEDYAS EGLRTLCLAM RDISEGEYEE WNSIYNEAAT TLDNRAEKLD EAAN LIEKN LILIGATAIE DKLQDGVPET IHTLQEAGIK IWVLTGDRQE TAINIGMSCR LLSEDMNLLI INEETRDDTE RNLLE KINA LNEHQLSTHD MNTLALVIDG KSLGFALEPE LEDYLLTVAK LCKAVICCRV SPLQKALVVK MVKRKSSSLL LAIGDG AND VSMIQAAHVG VGISGMEGMQ AARSADIAVG QFKFLKKLLL VHGSWSYQRI SVAILYSFYK NTALYMTQFW YVFANAF SG QSIMESWTMS FYNLFFTVWP PFVIGVFDQF VSSRLLERYP QLYKLGQKGQ FFSVYIFWGW IINGFFHSAI VFIGTILI Y RYGFALNMHG ELADHWSWGV TVYTTSVIIV LGKAALVTNQ WTKFTLIAIP GSLLFWLIFF PIYASIFPHA NISREYYGV VKHTYGSGVF WLTLIVLPIF ALVRDFLWKY YKRMYEPETY HVIQEMQKYN ISLVPRGSDS RPHVQQFQNA IRKVRQVQRM KKQRGFAFS QAEEGGQEKI VRMYDTTQKR GKYGELQDAS ANPFNDNNGL GSNDFESAEP FIENPFADGN QNSNRFSSSR D DISFDIGG GGLVPRGSGG TAAAPGPAPA PAPASAPAAA APAGAGTPVT APLAGTIWKV LASEGQTVAA GEVLLILEAM KM ETEIRAA QAGTVRGIAV KAGDAVAVGD TLM

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分子 #2: Cell division control protein 50

分子名称: Cell division control protein 50 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: engineered C-terminal GGGG-LVPRGS-GG-10xHistag / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 47.371797 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MVSLFKRGKA PPLTKEGPTS KKPPNTAFRQ QRLKAWQPIL SPQSVLPLLI FVACIFTPIG IGLIVSATKV QDLTIDYSHC DTKASTTAF EDIPKKYIKY HFKSKVENKP QWRLTENENG EQSCELQFEI PNDIKKSIFI YYKITNFYQN HRRYVQSFDT K QILGEPIK ...文字列:
MVSLFKRGKA PPLTKEGPTS KKPPNTAFRQ QRLKAWQPIL SPQSVLPLLI FVACIFTPIG IGLIVSATKV QDLTIDYSHC DTKASTTAF EDIPKKYIKY HFKSKVENKP QWRLTENENG EQSCELQFEI PNDIKKSIFI YYKITNFYQN HRRYVQSFDT K QILGEPIK KDDLDTSCSP IRSREDKIIY PCGLIANSMF NDTFSQVLSG IDDTEDYNLT NKHISWSIDR HRFKTTKYNA SD IVPPPNW MKKYPDGYTD ENLPDIHTWE EFQVWMRTAA FPKFYKLTLK NESASLPKGK YQMNIELNYP ISLFGGTKSF VLT TNGAIG GRNMSLGVLY LIVAGLCALF GIIFLVKLIF QPRAMGDHTY LNFDDEENED YEDVHAENTT LREILGGGGL VPRG SGGHH HHHHHHHH

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #6: (2R)-1-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrahydroxy-4-...

分子名称: (2R)-1-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrahydroxy-4-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}-3-(octadecanoyloxy)propan-2-yl (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: 2Y5
分子量理論値: 967.108 Da
Chemical component information

ChemComp-2Y5:
(2R)-1-{[(R)-hydroxy{[(1R,2R,3R,4R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrahydroxy-4-(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}-3-(octadecanoyloxy)propan-2-yl (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: 15mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細1mM beryllium fluoride 0.1 mg/mL Brain PI4P in DDM

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 56.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1047615
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 418512
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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