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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4963 | ||||||||||||
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タイトル | Subtomogram average of septal junctions from Anabaena sp. PCC7120 in the open state after washing out CCCP | ||||||||||||
マップデータ | Subtomogram average of septal junctions from Anabaena sp. PCC7120 in the open state after washing out CCCP | ||||||||||||
試料 |
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生物種 | Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 35.0 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Weiss GL / Kieninger A / Maldener I / Forchhammer K / Pilhofer M | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, スイス, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2019 タイトル: Structure and Function of a Bacterial Gap Junction Analog. 著者: Gregor L Weiss / Ann-Katrin Kieninger / Iris Maldener / Karl Forchhammer / Martin Pilhofer / 要旨: Multicellular lifestyle requires cell-cell connections. In multicellular cyanobacteria, septal junctions enable molecular exchange between sister cells and are required for cellular differentiation. ...Multicellular lifestyle requires cell-cell connections. In multicellular cyanobacteria, septal junctions enable molecular exchange between sister cells and are required for cellular differentiation. The structure of septal junctions is poorly understood, and it is unknown whether they are capable of controlling intercellular communication. Here, we resolved the in situ architecture of septal junctions by electron cryotomography of cryo-focused ion beam-milled cyanobacterial filaments. Septal junctions consisted of a tube traversing the septal peptidoglycan. Each tube end comprised a FraD-containing plug, which was covered by a cytoplasmic cap. Fluorescence recovery after photobleaching showed that intercellular communication was blocked upon stress. Gating was accompanied by a reversible conformational change of the septal junction cap. We provide the mechanistic framework for a cell junction that predates eukaryotic gap junctions by a billion years. The conservation of a gated dynamic mechanism across different domains of life emphasizes the importance of controlling molecular exchange in multicellular organisms. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4963.map.gz | 57.8 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4963-v30.xml emd-4963.xml | 8.7 KB 8.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4963.png | 50.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4963 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4963 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4963_validation.pdf.gz | 230.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4963_full_validation.pdf.gz | 229.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4963_validation.xml.gz | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4963 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4963 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4949C 4950C 4951C 4952C 4953C 4954C 4955C 4956C 4957C 4961C 4962C 4964C 4965C 4966C 4967C 4968C 4969C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4963.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 69.3 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Subtomogram average of septal junctions from Anabaena sp. PCC7120 in the open state after washing out CCCP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 13.51 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Subtomogram average of septal junctions from Anabaena sp. PCC7120...
全体 | 名称: Subtomogram average of septal junctions from Anabaena sp. PCC7120 after 45s CCCP treatment |
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要素 |
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-超分子 #1: Subtomogram average of septal junctions from Anabaena sp. PCC7120...
超分子 | 名称: Subtomogram average of septal junctions from Anabaena sp. PCC7120 after 45s CCCP treatment タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 2.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 35.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: PEET / 使用したサブトモグラム数: 660 |
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抽出 | トモグラム数: 16 / 使用した粒子像数: 132 |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |