EMDB-48939: SSU processome maturation and disassembly, State A* - Bfr2Kre33 f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-48939

タイトル

SSU processome maturation and disassembly, State A* - Bfr2Kre33 focused map

マップデータ

試料

複合体: SSU processome maturation and disassembly, State A*

キーワード

SSU processome / ribosome assembly / RNA folding / RNA-protein interactions / RIBOSOME

生物種

Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å

データ登録者

Buzovetsky O / Klinge S

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanism of helicase-mediated SSU processome maturation and disassembly
著者: Buzovetsky O / Klinge S

履歴

登録	2025年2月4日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年11月5日	-
マップ公開	2025年11月5日	-
更新	2025年11月5日	-
現状	2025年11月5日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_48939.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_48939.map.gz	252.1 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-48939-v30.xml emd-48939.xml	14.2 KB 14.2 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_48939_fsc.xml	16.7 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_48939.png	62.2 KB
マスクデータ	emd_48939_msk_1.map	488.4 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-48939.cif.gz	4 KB
その他	emd_48939_half_map_1.map.gz emd_48939_half_map_2.map.gz	453.8 MB 453.8 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-48939 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-48939	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_48939_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_48939_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	emd_48939_validation.xml.gz	26.5 KB	表示
CIF形式データ	emd_48939_validation.cif.gz	34.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-48939 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-48939	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	48930C 48932C 48933C 48934C 48935C 48936C 48937C 48938C 48940C 48942C 48943C 48944C 48945C 48946C 48947C 48948C 48949C 48950C 48952C 48953C 48954C 48955C 48956C 48957C 48958C 48959C 48960C 48961C 48962C 48963C 48964C 48965C 48966C 48967C 48968C 48969C 48970C 48971C 48972C 48973C 48974C 48975C 48976C 48977C 48978C 48979C 48980C 48981C 48982C 48983C 48985C 48986C 48987C 48988C 48989C 48990C 48991C 48992C 48993C 48994C 48995C 48996C 48997C 48998C 48999C 49000C 49001C 49002C 49003C 49004C 49005C 49006C 49007C 49008C 49009C 49010C 49011C 49012C 49013C 49014C 49015C 49016C 49017C 49018C 49019C 49020C 49021C 49022C 49023C 49024C 49025C 49026C 49027C 49028C 49029C 49030C 49031C 49032C 49033C 49034C 49035C 49036C 49037C 49058C 49075C 49076C 49077C 49078C 49079C 49080C 49082C 49083C 49084C 49085C 49086C 49087C 49088C 49089C 49090C 49091C 9n6vC 9n6wC 9n6xC 9n6yC 9n6zC 9n70C 9n72C 9n73C 9n74C 9n75C 9n76C 9n77C 9n78C 9n79C 9n7aC 9n7bC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_48939.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 488.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.06 Å/pix. x 504 pix. = 535.752 Å	1.06 Å/pix. x 504 pix. = 535.752 Å	1.06 Å/pix. x 504 pix. = 535.752 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.063 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.696
最小 - 最大	-2.8840826 - 4.7997093
平均 (標準偏差)	0.0060308888 (±0.12190109)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_48939_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_48939_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_48939_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : SSU processome maturation and disassembly, State A*

全体	名称: SSU processome maturation and disassembly, State A*
要素	複合体: SSU processome maturation and disassembly, State A*

-
超分子 #1: SSU processome maturation and disassembly, State A*

超分子	名称: SSU processome maturation and disassembly, State A* / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液

pH: 7.5
構成要素:

濃度	名称
60.0 mM	Tris-HCl
50.0 mM	NaCl
5.0 mM	MgCl2
2.0 %	glycerol
0.01 %	NP-40
1.0 mM	DTT

凍結

凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 25.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: OTHER
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 56168
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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