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- PDB-9n6z: SSU processome maturation and disassembly, State D -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9n6z
タイトルSSU processome maturation and disassembly, State D
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 16
  • (Nucleolar complex protein ...) x 2
  • (Nucleolar protein ...) x 2
  • (Ribosomal RNA-processing protein ...) x 2
  • (Ribosome biogenesis protein ...) x 2
  • (U3 small nucleolar RNA-associated protein ...) x 17
  • (U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein ...) x 3
  • (rRNA-processing protein ...) x 2
  • 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
  • 18S rRNA
  • 5'ETS rRNA
  • Bud site selection protein 21
  • Essential nuclear protein 1
  • Exosome complex exonuclease RRP6
  • KRR1 small subunit processome component
  • NET1-associated nuclear protein 1
  • Periodic tryptophan protein 2
  • Pre-rRNA-processing protein PNO1
  • Probable ATP-dependent RNA helicase DHR1
  • Protein BFR2
  • Protein FAF1
  • Protein SOF1
  • RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
  • RNA cytidine acetyltransferase
  • Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
  • Small ribosomal subunit protein eS1A
  • Something about silencing protein 10
  • U3 snoRNA
  • rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
  • rRNA biogenesis protein RRP5
キーワードRIBOSOME / SSU processome / ribosome assembly / RNA folding / RNA-protein interactions
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / tRNA wobble cytosine modification / regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / U1 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / tRNA cytidine N4-acetyltransferase activity ...nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / tRNA wobble cytosine modification / regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / U1 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / tRNA cytidine N4-acetyltransferase activity / rRNA acetylation involved in maturation of SSU-rRNA / 18S rRNA cytidine N-acetyltransferase activity / box H/ACA snoRNA binding / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / RNA fragment catabolic process / tRNA acetylation / rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1 / CURI complex / UTP-C complex / U4 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Noc4p-Nop14p complex / nuclear exosome (RNase complex) / t-UTP complex / nuclear microtubule / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / box C/D sno(s)RNA binding / Mpp10 complex / rRNA modification / rRNA (pseudouridine) methyltransferase activity / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / septum digestion after cytokinesis / histone H2AQ104 methyltransferase activity / rRNA 2'-O-methylation / snRNA binding / tRNA re-export from nucleus / histone mRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / regulation of rRNA processing / rRNA methyltransferase activity / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / regulation of transcription by RNA polymerase I / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / RNA folding chaperone / rDNA heterochromatin / U4/U6 snRNP / box C/D methylation guide snoRNP complex / tRNA export from nucleus / positive regulation of rRNA processing / single-stranded telomeric DNA binding / : / rRNA primary transcript binding / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / O-methyltransferase activity / rRNA base methylation / SUMOylation of RNA binding proteins / protein localization to nucleolus / rRNA methylation / mTORC1-mediated signalling / U4 snRNA binding / Protein hydroxylation / RNA catabolic process / U4 snRNP / 90S preribosome assembly / regulation of telomere maintenance / U3 snoRNA binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / mRNA modification / poly(U) RNA binding / Translation initiation complex formation / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Ribosomal scanning and start codon recognition / poly(A)+ mRNA export from nucleus / precatalytic spliceosome / snoRNA binding / preribosome, small subunit precursor / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / establishment of cell polarity / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / spliceosomal complex assembly / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Ub-specific processing proteases / 90S preribosome / ribosomal subunit export from nucleus / RNA processing / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / proteasome assembly
類似検索 - 分子機能
Exosome-associated factor Rrp6, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp6-like / : / PMC2NT (NUC016) domain / : / Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal / AATF leucine zipper-containing domain / Protein AATF/Bfr2 / Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal / Apoptosis antagonizing transcription factor ...Exosome-associated factor Rrp6, N-terminal / Exosome complex exonuclease Rrp6-like / : / PMC2NT (NUC016) domain / : / Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal / AATF leucine zipper-containing domain / Protein AATF/Bfr2 / Apoptosis-antagonizing transcription factor, C-terminal / Apoptosis antagonizing transcription factor / rRNA biogenesis protein Rrp5 / : / : / NUC153 / Nucleolar protein 10/Enp2 / : / NUC153 domain / Nucleolar protein 10-like, second domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 8 / : / Utp8, N-terminal beta propeller / Utp8, C-terminal / Ribosomal RNA assembly KRR1 / : / : / : / KRR1 small subunit processome component, second KH domain / Possible tRNA binding domain / RNA cytidine acetyltransferase NAT10 / Possible tRNA binding domain / Helicase domain / tRNA(Met) cytidine acetyltransferase TmcA, N-terminal / TmcA/NAT10/Kre33 / RNA cytidine acetyltransferase NAT10/TcmA, helicase domain / tRNA(Met) cytidine acetyltransferase TmcA, N-terminal / GNAT acetyltransferase 2 / : / WD repeat-containing protein 75 second beta-propeller / NOL6/Upt22 / Nrap protein domain 1 / Nrap protein, domain 2 / Nrap protein, domain 3 / Nrap protein, domain 4 / Nrap protein, domain 5 / Nrap protein, domain 6 / Nrap protein domain 1 / Nrap protein PAP/OAS-like domain / Nrap protein domain 3 / Nrap protein nucleotidyltransferase domain 4 / Nrap protein PAP/OAS1-like domain 5 / Nrap protein domain 6 / Ribosomal RNA-processing protein 7, C-terminal domain / Ribosomal RNA-processing protein 7 / Rrp7, RRM-like N-terminal domain / Ribosomal RNA-processing protein 7 (RRP7) C-terminal domain / Rrp7 RRM-like N-terminal domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20, N-terminal / U3 snoRNA associated / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20, C-terminal / : / : / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20, N-terminal / U3 snoRNA associated / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20 domain / Small subunit processome component 20 homolog, C-terminal / Sof1-like protein / : / Sof1-like domain / BING4, C-terminal domain / Nucleolar complex protein 4 / WD repeat-containing protein WDR46/Utp7 / BING4CT (NUC141) domain / BING4CT (NUC141) domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / : / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / rRNA-processing protein Fcf1, PIN domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 4 / Small-subunit processome, Utp11 / Nucleolar protein 14 / Fcf2 pre-rRNA processing, C-terminal / Fcf2/DNTTIP2 / : / Utp11 protein / Nop14-like family / Fcf2 pre-rRNA processing / rRNA-processing protein Fcf1/Utp23 / : / Fcf1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 15, C-terminal / UTP15 C terminal / Small-subunit processome, Utp14 / Utp14 protein / RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like, conserved site / RNA 3'-terminal phosphate cyclase signature. / WDR3 second beta-propeller domain / WDR3 first beta-propeller domain / U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 13, C-terminal / Periodic tryptophan protein 2
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Small ribosomal subunit protein uS12A ...: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Small ribosomal subunit protein uS9A / Small ribosomal subunit protein uS13A / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / Ribosomal RNA-processing protein 7 / KRR1 small subunit processome component / Periodic tryptophan protein 2 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS7A / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3 / Small ribosomal subunit protein eS1A / Protein SOF1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 20 / Small ribosomal subunit protein eS27A / Essential nuclear protein 1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 9 / 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 7 / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein LCP5 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / Protein FAF1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10 / Ribosome biogenesis protein ENP2 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 22 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 8 / RNA cytidine acetyltransferase / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / NET1-associated nuclear protein 1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 5 / Probable ATP-dependent RNA helicase DHR1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 15 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 14 / rRNA biogenesis protein RRP5 / rRNA-processing protein FCF1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 13 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 / Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 / Ribosomal RNA-processing protein 9 / Nucleolar complex protein 4 / Protein BFR2 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 4 / rRNA processing protein RCL1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 16 / Ribosome biogenesis protein BMS1 / rRNA-processing protein FCF2 / Something about silencing protein 10 / Exosome complex exonuclease RRP6 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 12 / Nucleolar protein 56 / Nucleolar protein 58 / Small ribosomal subunit protein eS28A / Nucleolar complex protein 14 / Pre-rRNA-processing protein PNO1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.74 Å
データ登録者Buzovetsky, O. / Klinge, S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM145950-03 米国
Chan Zuckerberg Initiative2023-332391 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Helicase-mediated mechanism of SSU processome maturation and disassembly.
著者: Olga Buzovetsky / Sebastian Klinge /
要旨: Eukaryotic ribosomal small subunit (SSU) assembly requires the SSU processome, a nucleolar precursor containing the RNA chaperone U3 small nucleolar RNA (snoRNA). The underlying molecular mechanisms ...Eukaryotic ribosomal small subunit (SSU) assembly requires the SSU processome, a nucleolar precursor containing the RNA chaperone U3 small nucleolar RNA (snoRNA). The underlying molecular mechanisms of SSU processome maturation, remodelling, disassembly and RNA quality control, and the transitions between states remain unknown owing to a paucity of intermediates. Here we report 16 native SSU processome structures alongside genetic data, revealing how two helicases, the Mtr4-exosome and Dhr1, are controlled for accurate and unidirectional ribosome biogenesis. Our data show how irreversible pre-ribosomal RNA degradation by the redundantly tethered RNA exosome couples the transformation of the SSU processome into a pre-40S particle, during which Utp14 can probe evolving surfaces, ultimately positioning and activating Dhr1 to unwind the U3 snoRNA and initiate nucleolar pre-40S release. This study highlights a paradigm for large dynamic RNA-protein complexes in which irreversible RNA degradation drives compositional changes and communicates these changes to govern enzyme activity while maintaining overall quality control.
履歴
登録2025年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年11月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年11月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22025年12月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.12025年12月31日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L0: 5'ETS rRNA
L1: 18S rRNA
L2: U3 snoRNA
L3: 40S ribosomal protein S18-A
L4: 40S ribosomal protein S4-A
L5: 40S ribosomal protein S5
L6: 40S ribosomal protein S6-A
L7: 40S ribosomal protein S7-A
L8: 40S ribosomal protein S8-A
L9: 40S ribosomal protein S9-A
LC: 40S ribosomal protein S16-A
LD: 40S ribosomal protein S11-A
LE: 40S ribosomal protein S22-A
LF: 40S ribosomal protein S24-A
LG: 40S ribosomal protein S28-A
LH: NET1-associated nuclear protein 1
LI: U3 small nucleolar RNA-associated protein 8
LJ: U3 small nucleolar RNA-associated protein 15
LK: U3 small nucleolar RNA-associated protein 9
LL: U3 small nucleolar RNA-associated protein 5
LM: U3 small nucleolar RNA-associated protein 10
LN: U3 small nucleolar RNA-associated protein 4
LO: Periodic tryptophan protein 2
LP: U3 small nucleolar RNA-associated protein 6
LQ: U3 small nucleolar RNA-associated protein 12
LR: U3 small nucleolar RNA-associated protein 13
LS: U3 small nucleolar RNA-associated protein 18
LT: U3 small nucleolar RNA-associated protein 21
LU: Protein SOF1
LV: Ribosome biogenesis protein ENP2
LW: U3 small nucleolar RNA-associated protein 7
LX: RNA cytidine acetyltransferase
LY: RNA cytidine acetyltransferase
LZ: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3
NA: U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10
NB: Something about silencing protein 10
NC: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein LCP5
ND: Bud site selection protein 21
NE: Protein FAF1
NF: 40S ribosomal protein S13
NG: 40S ribosomal protein S14-A
NH: U3 small nucleolar RNA-associated protein 22
NI: Ribosomal RNA-processing protein 7
NK: KRR1 small subunit processome component
NM: Small ribosomal subunit protein eS1A
NN: Protein BFR2
NQ: 40S ribosomal protein S27-A
NS: Probable ATP-dependent RNA helicase DHR1
NV: Exosome complex exonuclease RRP6
OA: rRNA biogenesis protein RRP5
SA: Nucleolar protein 56
SB: Nucleolar protein 58
SC: rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
SD: rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin
SE: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
SF: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
SG: Ribosomal RNA-processing protein 9
SH: RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein
SI: Ribosome biogenesis protein BMS1
SJ: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
SK: Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1
SL: rRNA-processing protein FCF1
SM: U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4
SP: U3 small nucleolar RNA-associated protein 20
SQ: rRNA-processing protein FCF2
SR: 40S ribosomal protein S23-A
SS: U3 small nucleolar RNA-associated protein 14
ST: Nucleolar complex protein 14
SU: Nucleolar complex protein 4
SW: Pre-rRNA-processing protein PNO1
SY: U3 small nucleolar RNA-associated protein 11
SZ: Essential nuclear protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,080,29272
ポリマ－5,080,29272
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
RNA鎖 , 3種, 3分子 L0L1L2

#1: RNA鎖 5'ETS rRNA


分子量: 225543.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: GenBank: 329138943
#2: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 582381.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: GenBank: 329138943
#3: RNA鎖 U3 snoRNA


分子量: 106503.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741

+
40S ribosomal protein ... , 16種, 16分子 L3L4L5L6L7L8L9LCLDLELFLGNFNGNQSR

#4: タンパク質 40S ribosomal protein S18-A / Small ribosomal subunit protein uS13-A


分子量: 17071.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX55
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S4-A / RP5 / S7 / YS6


分子量: 29469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX35
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / RP14 / S2 / YS8


分子量: 25072.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P26783
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S6-A / RP9 / S10 / YS4


分子量: 27054.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX37
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S7-A / RP30 / RP40


分子量: 21658.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P26786
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S8-A / RP19 / S14 / YS9


分子量: 22537.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX39
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S9-A / RP21 / S13 / YP28 / YS11


分子量: 22487.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: O13516
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S16-A / RP61R


分子量: 15877.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX51
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S11-A / RP41 / S18 / YS12


分子量: 17785.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX47
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S22-A / RP50 / S24 / YP58 / YS22


分子量: 14650.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P0C0W1
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S24-A / RP50


分子量: 15362.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX31
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S28-A / S33 / Small ribosomal subunit protein eS28-A / YS27


分子量: 7605.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q3E7X9
#39: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / S27a / Small ribosomal subunit protein uS15 / YS15


分子量: 17059.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P05756
#40: タンパク質 40S ribosomal protein S14-A / RP59A / Small ribosomal subunit protein uS11-A


分子量: 14562.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P06367
#46: タンパク質 40S ribosomal protein S27-A / RP61 / Small ribosomal subunit protein eS27-A / YS20


分子量: 8893.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P35997
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S23-A / RP37 / S28 / YS14


分子量: 16073.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P0CX29

+
タンパク質 , 19種, 23分子 LHLOLULXLYNBNDNENKNMNNNSNVOASCSDSESFSHSJSKSWSZ

#16: タンパク質 NET1-associated nuclear protein 1 / U three protein 17 / t-17 / U3 protein 17 required for transcription / U3 small nucleolar RNA- ...U three protein 17 / t-17 / U3 protein 17 required for transcription / U3 small nucleolar RNA-associated protein 17 / U3 snoRNA-associated protein 17


分子量: 101341.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q02931
#23: タンパク質 Periodic tryptophan protein 2 / U three protein 1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 1 / U3 snoRNA-associated protein 1


分子量: 104177.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P25635
#29: タンパク質 Protein SOF1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein SOF1 / U3 snoRNA-associated protein SOF1


分子量: 56888.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P33750
#32: タンパク質 RNA cytidine acetyltransferase / 18S rRNA cytosine acetyltransferase / Killer toxin-resistance protein 33 / Ribosomal RNA cytidine ...18S rRNA cytosine acetyltransferase / Killer toxin-resistance protein 33 / Ribosomal RNA cytidine acetyltransferase 1


分子量: 119509.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741
参照: UniProt: P53914, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#35: タンパク質 Something about silencing protein 10 / U three protein 3 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 3 / U3 snoRNA-associated protein 11


分子量: 70364.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q12136
#37: タンパク質 Bud site selection protein 21 / U three protein 16 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 16 / U3 snoRNA-associated protein 16


分子量: 24431.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q08492
#38: タンパク質 Protein FAF1 / Forty S assembly factor


分子量: 38961.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P40546
#43: タンパク質 KRR1 small subunit processome component / KRR-R motif-containing protein 1 / Ribosomal RNA assembly protein KRR1


分子量: 37226.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P25586
#44: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS1A / 40S ribosomal protein S1-A / RP10A


分子量: 28798.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P33442
#45: タンパク質 Protein BFR2 / Brefeldin A resistance protein 2


分子量: 61285.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q06631
#47: タンパク質 Probable ATP-dependent RNA helicase DHR1 / DEAH box RNA helicase DHR1 / Extracellular mutant protein 16


分子量: 145171.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q04217, RNA helicase
#48: タンパク質 Exosome complex exonuclease RRP6 / Rrp6p / Ribosomal RNA-processing protein 6


分子量: 84160.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741
参照: UniProt: Q12149, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#49: タンパク質 rRNA biogenesis protein RRP5 / Ribosomal RNA-processing protein 5 / U3 small nucleolar RNA-associated protein RRP5 / U3 snoRNA- ...Ribosomal RNA-processing protein 5 / U3 small nucleolar RNA-associated protein RRP5 / U3 snoRNA-associated protein RRP5


分子量: 193411.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q05022
#52: タンパク質 rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / Histone-glutamine methyltransferase / U3 small nucleolar RNA-associated protein NOP1 / U3 snoRNA- ...Histone-glutamine methyltransferase / U3 small nucleolar RNA-associated protein NOP1 / U3 snoRNA-associated protein NOP1


分子量: 34525.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741
参照: UniProt: P15646, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#53: タンパク質 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein 1


分子量: 13582.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P39990
#55: タンパク質 RNA 3'-terminal phosphate cyclase-like protein


分子量: 40220.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q08096
#57: タンパク質 Ribosomal RNA small subunit methyltransferase NEP1 / 18S rRNA (pseudouridine(1189)-N1)-methyltransferase / 18S rRNA Psi1189 methyltransferase / ...18S rRNA (pseudouridine(1189)-N1)-methyltransferase / 18S rRNA Psi1189 methyltransferase / Essential for mitotic growth protein 1 / Nucleolar essential protein 1


分子量: 27936.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741
参照: UniProt: Q06287, rRNA small subunit pseudouridine methyltransferase Nep1
#66: タンパク質 Pre-rRNA-processing protein PNO1 / Partner of NOB1 / Ribosomal RNA-processing protein 20


分子量: 30380.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q99216
#68: タンパク質 Essential nuclear protein 1


分子量: 55207.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P38333

+
U3 small nucleolar RNA-associated protein ... , 17種, 17分子 LILJLKLLLMLNLPLQLRLSLTLWNANHSPSSSY

#17: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 8 / U3 snoRNA-associated protein 8 / U three protein 8 / U3 protein 8 required for transcription / t-UTP8


分子量: 80269.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P53276
#18: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 15 / U3 snoRNA-associated protein 15 / U three protein 15 / U3 protein 15 required for transcription / t-UTP15


分子量: 57765.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q04305
#19: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 9 / U3 snoRNA-associated protein 9 / U three protein 9 / U3 protein 9 required for transcription / t-UTP9


分子量: 65347.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P38882
#20: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 5 / U3 snoRNA-associated protein 5 / U three protein 5 / U3 protein 5 required for transcription / t-UTP5


分子量: 72079.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q04177
#21: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / U3 snoRNA-associated protein 10 / U three protein 10 / U3 protein 10 required for transcription / t-UTP10


分子量: 200298.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P42945
#22: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 4 / U3 snoRNA-associated protein 4 / U three protein 4 / U3 protein 4 required for transcription / t-UTP4


分子量: 87909.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q06679
#24: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / U3 snoRNA-associated protein 6 / U three protein 6


分子量: 52495.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q02354
#25: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 12 / U3 snoRNA-associated protein 12 / DOM34-interacting protein 2 / U three protein 12


分子量: 106481.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q12220
#26: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 13 / U3 snoRNA-associated protein 13 / U three protein 13


分子量: 91132.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q05946
#27: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / U3 snoRNA-associated protein 18 / U three protein 18


分子量: 66574.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P40362
#28: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 / U3 snoRNA-associated protein 21 / U three protein 21


分子量: 104927.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q06078
#31: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 7 / U3 snoRNA-associated protein 7 / U three protein 7


分子量: 62418.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P40055
#34: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10 / U3 snoRNA-associated protein MPP10 / M phase phosphoprotein 10


分子量: 67042.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P47083
#41: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 22 / U3 snoRNA-associated protein 22 / U three protein 22


分子量: 140660.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P53254
#60: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 20 / U3 snoRNA-associated protein 20 / U three protein 20


分子量: 287915.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P35194
#63: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 14 / U3 snoRNA-associated protein 14 / U three protein 14


分子量: 103189.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q04500
#67: タンパク質 U3 small nucleolar RNA-associated protein 11 / U3 snoRNA-associated protein 11 / U three protein 11


分子量: 29806.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P34247

+
Ribosome biogenesis protein ... , 2種, 2分子 LVSI

#30: タンパク質 Ribosome biogenesis protein ENP2 / Essential nuclear protein 2


分子量: 81864.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P48234
#56: タンパク質 Ribosome biogenesis protein BMS1


分子量: 135792.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q08965

+
U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein ... , 3種, 3分子 LZNCSM

#33: タンパク質 U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3 / U3 snoRNP protein IMP3 / Interacting with MPP10 protein 3


分子量: 21928.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P32899
#36: タンパク質 U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein LCP5


分子量: 40864.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P40079
#59: タンパク質 U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP4 / U3 snoRNP protein IMP4 / Interacting with MPP10 protein 4


分子量: 33536.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P53941

+
Ribosomal RNA-processing protein ... , 2種, 2分子 NISG

#42: タンパク質 Ribosomal RNA-processing protein 7


分子量: 34526.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: P25368
#54: タンパク質 Ribosomal RNA-processing protein 9


分子量: 65146.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q06506

+
Nucleolar protein ... , 2種, 2分子 SASB

#50: タンパク質 Nucleolar protein 56 / Ribosome biosynthesis protein SIK1 / Suppressor of I kappa b protein 1


分子量: 56961.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q12460
#51: タンパク質 Nucleolar protein 58 / Nucleolar protein 5


分子量: 57060.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q12499

+
RRNA-processing protein ... , 2種, 2分子 SLSQ

#58: タンパク質 rRNA-processing protein FCF1 / FAF1-copurifying factor 1


分子量: 21650.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q05498
#61: タンパク質 rRNA-processing protein FCF2 / FAF1 copurifying factor 2


分子量: 25689.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q12035

+
Nucleolar complex protein ... , 2種, 2分子 STSU

#64: タンパク質 Nucleolar complex protein 14 / U three protein 2 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 2 / U3 snoRNA-associated protein 2


分子量: 94463.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q99207
#65: タンパク質 Nucleolar complex protein 4 / U three protein 19 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 19 / U3 snoRNA-associated protein 19


分子量: 63707.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
細胞株: BY4741 / 参照: UniProt: Q06512

+
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SSU processome maturation and disassembly, State D / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
160 mMTris-HCl1
250 mMNaCl1
35 mMMgCl1
42 %glycerol1
50.01 %NP-401
61 mMDTT1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 25000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 12826 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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