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- EMDB-48915: CryoEM structure of a filamentous soluble pyridine nucleotide tra... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48915
タイトルCryoEM structure of a filamentous soluble pyridine nucleotide transhydrogenase
マップデータ
試料
  • 複合体: Filamentous assembly of the soluble pyridine nucleotide transhydrogenase
    • タンパク質・ペプチド: Soluble pyridine nucleotide transhydrogenase
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
キーワードtranshydrogenase / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD(P)+ transhydrogenase (Si-specific) / NAD(P)+ transhydrogenase (Si-specific) activity / dihydrolipoyl dehydrogenase (NADH) activity / NADP+ metabolic process / 2-oxoglutarate metabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Soluble pyridine nucleotide transhydrogenase / : / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble pyridine nucleotide transhydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Warmack RA
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM143836-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM152765 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM-enabled visual proteomics reveals de novo structures of oligomeric protein complexes
著者: Warmack RA
履歴
登録2025年2月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48915.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48915.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 864 pix.
= 561.6 Å		0.65 Å/pix.
x 864 pix.
= 561.6 Å		0.65 Å/pix.
x 864 pix.
= 561.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.65 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.167
最小 - 最大-0.23673472 - 0.58030623
平均 (標準偏差)-0.00019049934 (±0.019319763)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ864864864
Spacing864864864
セルA=B=C: 561.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_48915_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48915_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Filamentous assembly of the soluble pyridine nucleotide transhydr...

全体名称: Filamentous assembly of the soluble pyridine nucleotide transhydrogenase
要素
  • 複合体: Filamentous assembly of the soluble pyridine nucleotide transhydrogenase
    • タンパク質・ペプチド: Soluble pyridine nucleotide transhydrogenase
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

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超分子 #1: Filamentous assembly of the soluble pyridine nucleotide transhydr...

超分子名称: Filamentous assembly of the soluble pyridine nucleotide transhydrogenase
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 株: DJ

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分子 #1: Soluble pyridine nucleotide transhydrogenase

分子名称: Soluble pyridine nucleotide transhydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NAD(P)+ transhydrogenase (Si-specific)
由来(天然)生物種: Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 株: DJ
分子量理論値: 51.39193 KDa
配列文字列: MAVYNYDVVV IGTGPAGEGA AMNAVKAGRK VAVVDDRPQV GGNCTHLGTI PSKALRHSVR QIMQYNNNPL FRQIGEPRWF SFADVLKSA EQVIAKQVSS RTGYYARNRI DTFFGTASFC DEHTIEVVHL NGMVETLVAK QFVIATGSRP YRPADVDFTH P RIYDSDTI ...文字列:
MAVYNYDVVV IGTGPAGEGA AMNAVKAGRK VAVVDDRPQV GGNCTHLGTI PSKALRHSVR QIMQYNNNPL FRQIGEPRWF SFADVLKSA EQVIAKQVSS RTGYYARNRI DTFFGTASFC DEHTIEVVHL NGMVETLVAK QFVIATGSRP YRPADVDFTH P RIYDSDTI LSLGHTPRRL IIYGAGVIGC EYASIFSGLG VLVDLIDNRD QLLSFLDDEI SDSLSYHLRN NNVLIRHNEE YE RVEGLDN GVILHLKSGK KIKADAFLWS NGRTGNTDKL GLENIGLKAN GRGQIQVDEH YRTEVSNIYA AGDVIGWPSL ASA AYDQGR SAAGSITEND SWRFVDDVPT GIYTIPEISS VGKTERELTQ AKVPYEVGKA FFKGMARAQI AVEKAGMLKI LFHR ETLEI LGVHCFGYQA SEIVHIGQAI MNQKGEANTL KYFINTTFNY PTMAEAYRVA AYDGLNRLF

UniProtKB: Soluble pyridine nucleotide transhydrogenase

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分子 #2: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 14 / 式: FAD
分子量理論値: 785.55 Da
Chemical component information

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度0.75 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 38.23 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -108.13 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 88454
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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