EMDB-48919: CryoEM structure of Azotobacter vinelandii bacterioferritin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-48919

タイトル

CryoEM structure of Azotobacter vinelandii bacterioferritin

マップデータ

試料

複合体: Bacterioferritin
- タンパク質・ペプチド: Bacterioferritin
リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

キーワード

Metal storage / METAL BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Azotobacter vinelandii (窒素固定)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å

データ登録者

Warmack RA

資金援助

米国, 2件

Organization	Grant number	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM143836	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM152765	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM-enabled visual proteomics reveals de novo structures of oligomeric protein complexes
著者: Warmack RA

履歴

登録	2025年2月3日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年7月16日	-
マップ公開	2025年7月16日	-
更新	2025年7月16日	-
現状	2025年7月16日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_48919.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_48919.map.gz	683.7 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-48919-v30.xml emd-48919.xml	13.1 KB 13.1 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_48919_fsc.xml	19 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_48919.png	95.3 KB
Filedesc metadata	emd-48919.cif.gz	4.9 KB
その他	emd_48919_half_map_1.map.gz emd_48919_half_map_2.map.gz	675 MB 675 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-48919 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-48919	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_48919_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_48919_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	emd_48919_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	emd_48919_validation.cif.gz	37.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-48919 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-48919	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9n5aMC 48906C 48907C 48915C 48918C 49753C 9n4vC 9n4wC 9n4yC 9n59C 9nsvC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (6) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_48919.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 729 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.65 Å/pix. x 576 pix. = 374.4 Å	0.65 Å/pix. x 576 pix. = 374.4 Å	0.65 Å/pix. x 576 pix. = 374.4 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.65 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.377
最小 - 最大	-0.9296934 - 2.071564
平均 (標準偏差)	-0.0010321388 (±0.046177723)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_48919_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_48919_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Bacterioferritin

全体	名称: Bacterioferritin
要素	複合体: Bacterioferritin タンパク質・ペプチド: Bacterioferritin リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

-
超分子 #1: Bacterioferritin

超分子	名称: Bacterioferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 株: DJ

-
分子 #1: Bacterioferritin

分子	名称: Bacterioferritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ferroxidase
由来(天然)	生物種: Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 株: DJ
分子量	理論値: 17.998574 KDa
配列	文字列: MKGDKIVIQH LNKILGNELI AINQYFLHAR MYEDWGLEKL GKHEYHESID EMKHADKLIK RILFLEGLPN LQELGKLLIG EHTKEMLEC DLKLEQAGLP DLKAAIAYCE SVGDYASREL LEDILESEED HIDWLETQLD LIDKIGLENY LQSQMD UniProtKB: Bacterioferritin

-
分子 #2: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子	名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: HEM
分子量	理論値: 616.487 Da
Chemical component information	ChemComp-HEM: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: -2.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: -0.8 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 15105
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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分子 #2: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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-分子 #1: Bacterioferritin

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