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Structure paper

タイトルCryoEM-enabled visual proteomics reveals de novo structures of oligomeric protein complexes.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 33, Issue 9, Page 1484-11497.e5, Year 2025
掲載日2025年9月4日
著者Yuanbo Shen / Ailiena O Maggiolo / Tianzheng Zhang / Rebeccah A Warmack /
PubMed 要旨Single particle cryoelectron microscopy (cryoEM) and cryoelectron tomography (cryoET) are powerful methods for unveiling unique and functionally relevant structural states. Aided by mass spectrometry ...Single particle cryoelectron microscopy (cryoEM) and cryoelectron tomography (cryoET) are powerful methods for unveiling unique and functionally relevant structural states. Aided by mass spectrometry and machine learning, they promise to facilitate the visual exploration of proteomes. Leveraging visual proteomics, we interrogate structures isolated from a complex cellular milieu by cryoEM to identify and classify molecular structures and complexes de novo. By comparing three automated model building programs, CryoID, DeepTracer, and ModelAngelo, we determine the identity of six distinct oligomeric protein complexes from partially purified extracts of the nitrogen-fixing bacterium Azotobacter vinelandii using both anaerobic and aerobic cryoEM, including two original oligomeric structures. Overall, by allowing the study of near-native oligomeric protein states, cryoEM-enabled visual proteomics reveals unique structures that correspond to relevant species observed in situ.
リンクStructure / PubMed:40664216 / PubMed Central
手法EM (らせん対称) / EM (単粒子)
解像度1.85 - 3.7 Å
構造データ

48906

9n4v

EMDB-48906, PDB-9n4v:
Azotobacter vinelandii extended type VI secretion system sheath tube complex
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 1.85 Å

48907

9n4w

EMDB-48907, PDB-9n4w:
Decameric Glucose-6-phosphate isomerase from Azotobacter vinelandii
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

48914

9n4x

EMDB-48914, PDB-9n4x:
CryoEM structure of the Azotobacter vinelandii glutamine synthetase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

48915

9n4y

EMDB-48915, PDB-9n4y:
CryoEM structure of a filamentous soluble pyridine nucleotide transhydrogenase
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.7 Å

48918

9n59

EMDB-48918, PDB-9n59:
CryoEM structure of the Azotobacter vinelandii flagellar filament
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.82 Å

48919

9n5a

EMDB-48919, PDB-9n5a:
CryoEM structure of Azotobacter vinelandii bacterioferritin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

49753

9nsv

EMDB-49753, PDB-9nsv:
CryoEM structure of ancestral nitrogenase MoFe-protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.19 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

ChemComp-ICS:
iron-sulfur-molybdenum cluster with interstitial carbon

ChemComp-HCA:
3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / (2R)-2-ヒドロキシ-1,2,4-ブタントリカルボン酸

ChemComp-CLF:
FE(8)-S(7) CLUSTER

ChemComp-FE:
Unknown entry

由来
  • azotobacter vinelandii (窒素固定)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / secretion system / ISOMERASE / Glycolysis / decamer / LIGASE / nitrogen metabolism / FLAVOPROTEIN / transhydrogenase / STRUCTURAL PROTEIN / Flagellum / METAL BINDING PROTEIN / Metal storage / OXIDOREDUCTASE / Metalloprotein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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