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- EMDB-48623: Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation C... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48623
タイトルStructure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex without Rpb4/Rpb7 stalk
マップデータRefined, unsharpened Coulomb potential density map. Particles extracted in 440x440 Fourier cropped to 360x360.
試料
  • 複合体: Native purified Pol II elongation complex from Drosophila melanogaster without the Rpb4/Rpb7 stalk
    • タンパク質・ペプチド: x 4種
    • RNA: x 1種
    • DNA: x 2種
  • タンパク質・ペプチド: x 6種
  • リガンド: x 1種
キーワードpolymerase / Pol II / transcription / mRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of RNA Pol II elongation complex / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Transcription Elongation ...Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of RNA Pol II elongation complex / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / Dual incision in TC-NER / polytene chromosome puff / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Estrogen-dependent gene expression / polytene chromosome / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / : / DNA-directed RNA polymerase activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / mitotic cell cycle / cellular response to heat / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / nucleolus / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Zinc finger TFIIS-type signature. ...RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2
類似検索 - ドメイン・相同性
GH07456p / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / GEO11084p1 / RPB5 homolog / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Venette-Smith NL / Vishwakarma RK / Dollinger R / Schultz J / Venkatakrishnan V / Babitzke P / Anand G / Gilmour DS / Armache J-P / Murakami K
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131860 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM047477 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM098399 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Characterization of Native RNA Polymerase II Transcription Complexes in Drosophila melanogaster
著者: Venette-Smith NL / Vishwakarma RK / Dollinger R / Schultz J / Venkatakrishnan V / Babitzke P / Anand G / Gilmour DS / Armache J-P / Murakami K
履歴
登録2025年1月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月14日-
マップ公開2025年5月14日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48623.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48623.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Refined, unsharpened Coulomb potential density map. Particles extracted in 440x440 Fourier cropped to 360x360.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 360 pix.
= 415.368 Å		1.15 Å/pix.
x 360 pix.
= 415.368 Å		1.15 Å/pix.
x 360 pix.
= 415.368 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1538 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-0.0 - 1.5666236
平均 (標準偏差)0.0065101567 (±0.04348934)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 415.368 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Refined, auto-sharpened Coulomb potential density map with Bfactor...

ファイルemd_48623_additional_1.map
注釈Refined, auto-sharpened Coulomb potential density map with Bfactor = -51.7
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2

ファイルemd_48623_half_map_1.map
注釈Half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-map 1

ファイルemd_48623_half_map_2.map
注釈Half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Native purified Pol II elongation complex from Drosophila melanog...

全体名称: Native purified Pol II elongation complex from Drosophila melanogaster without the Rpb4/Rpb7 stalk
要素
  • 複合体: Native purified Pol II elongation complex from Drosophila melanogaster without the Rpb4/Rpb7 stalk
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11
    • RNA: RNA
    • DNA: Template DNA
    • DNA: Non-template DNA
    • タンパク質・ペプチド: RPB5 homolog
  • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
  • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2
  • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
  • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
  • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
  • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Native purified Pol II elongation complex from Drosophila melanog...

超分子名称: Native purified Pol II elongation complex from Drosophila melanogaster without the Rpb4/Rpb7 stalk
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #4-#5, #8, #10-#13
詳細: This entry represents a native Pol II elongation complex from Drosophila melanogaster without the Rpb4/Rpb7 stalk, obtained through stringent 3D classification and refinement.
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 930 KDa

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 166.420375 KDa
配列文字列: SKAPLRQVKR VQFGILSPDE IRRMSVTEGG VQFAETMEGG RPKLGGLMDP RQGVIDRTSR CQTCAGNMTE CPGHFGHIDL AKPVFHIGF ITKTIKILRC VCFYCSKMLV SPHNPKIKEI VMKSRGQPRK RLAYVYDLCK GKTICEGGED MDLTKENQQP D PNKKPGHG ...文字列:
SKAPLRQVKR VQFGILSPDE IRRMSVTEGG VQFAETMEGG RPKLGGLMDP RQGVIDRTSR CQTCAGNMTE CPGHFGHIDL AKPVFHIGF ITKTIKILRC VCFYCSKMLV SPHNPKIKEI VMKSRGQPRK RLAYVYDLCK GKTICEGGED MDLTKENQQP D PNKKPGHG GCGHYQPSIR RTGLDLTAEW KHQNEDSQEK KIVVSAERVW EILKHITDEE CFILGMDPKY ARPDWMIVTV LP VPPLAVR PAVVMFGAAK NQDDLTHKLS DIIKANNELR KNEASGAAAH VIQENIKMLQ FHVATLVDND MPGMPRAMQK SGK PLKAIK ARLKGKEGRI RGNLMGKRVD FSARTVITPD PNLRIDQVGV PRSIAQNLTF PELVTPFNID RMQELVRRGN SQYP GAKYI VRDNGERIDL RFHPKSSDLH LQCGYKVERH LRDDDLVIFN RQPTLHKMSM MGHRVKVLPW STFRMNLSCT SPYNA DFDG DEMNLHVPQS METRAEVENI HITPRQIITP QANKPVMGIV QDTLTAVRKM TKRDVFITRE QVMNLLMFLP TWDAKM PQP CILKPRPLWT GKQIFSLIIP GNVNMIRTHS THPDEEDEGP YKWISPGDTK VMVEHGELIM GILCKKSLGT SAGSLLH IC FLELGHDIAG RFYGNIQTVI NNWLLFEGHS IGIGDTIADP QTYNEIQQAI KKAKDDVINV IQKAHNMELE PTPGNTLR Q TFENKVNRIL NDARDKTGGS AKKSLTEYNN LKAMVVSGSK GSNINISQVI ACVGQQNVEG KRIPYGFRKR TLPHFIKDD YGPESRGFVE NSYLAGLTPS EFYFHAMGGR EGLIDTAVKT AETGYIQRRL IKAMESVMVN YDGTVRNSVG QLIQLRYGED GLCGELVEF QNMPTVKLSN KSFEKRFKFD WSNERLMKKV FTDDVIKEMT DSSEAIQELE AEWDRLVSDR DSLRQIFPNG E SKVVLPCN LQRMIWNVQK IFHINKRLPT DLSPIRVIKG VKTLLERCVI VTGNDRISKQ ANENATLLFQ CLIRSTLCTK YV SEEFRLS TEAFEWLVGE IETRFQQAQA NPGEMVGALA AQSLGEPATQ MTLNTFHFAG VSSKNVTLGV PRLKEIINIS KKP KAPSLT VFLTGGAARD AEKAKNVLCR LEHTTLRKVT ANTAIYYDPD PQRTVISEDQ EFVNVYYEMP DFDPTRISPW LLRI ELDRK RMTDKKLTME QIAEKINVGF GEDLNCIFND DNADKLVLRI RIMNNEENKF QDEDEAVDKM EDDMFLRCIE ANMLS DMTL QGIEAIGKVY MHLPQTDSKK RIVITETGEF KAIGEWLLET DGTSMMKVLS ERDVDPIRTS SNDICEIFQV LGIEAV RKS VEKEMNAVLQ FYGLYVNYRH LALLCDVMTA KGHLMAITRH GINRQDTGAL MRCSFEETVD VLMDAAAHAE TDPMRGV SE NIIMGQLPKM GTGCFDLLLD AEKCRFGI

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 132.640062 KDa
配列文字列: ENAEEISHEL WQEACWIVIN AYFDEKGLVR QQLDSFDEFI QMSVQRIVED SPAIELQAEA QHTSGEVETP PRFSLKFEQI YLSKPTHWE KDGSPSPMMP NEARLRNLTY SAPLYVDITK TKNVEGLDPV ETQHQKTFIG KIPIMLRSTY CLLSQLTDRD L TELNECPL ...文字列:
ENAEEISHEL WQEACWIVIN AYFDEKGLVR QQLDSFDEFI QMSVQRIVED SPAIELQAEA QHTSGEVETP PRFSLKFEQI YLSKPTHWE KDGSPSPMMP NEARLRNLTY SAPLYVDITK TKNVEGLDPV ETQHQKTFIG KIPIMLRSTY CLLSQLTDRD L TELNECPL DPGGYFIING SEKVLIAQEK MATNTVYVFS MKDGKYAFKT EIRSCLEHSS RPTSTLWVNM MARGSQNIKK SA IGQRIIA ILPYIKQEIP IMIVFRALGF VADRDILEHI IYDFDDPEMM EMVKPSLDEA FVVQEQNVAL NFIGARGARP GVT KDKRIK YAKEILQKEM LPHVGVSDFC ETKKAYFLGY MVHRLLLASL GRRELDDRDH YGNKRLDLAG PLLAFLFRGL FKNL MKEVR MYTQKFIDRG KDFNLELAIK TNIITDGLRY SLATGNWGDQ KKAHQARAGV SQVLNRLTFA STLSHLRRVN SPIGR DGKL AKPRQLHNTL WGMLCPAETP EGAAVGLVKN LALMAYISVG SQPSPILEFL EEWSMENLEE IAPSAIADAT KIFVNG CWV GIHRDPEQLM ATLRKLRRQM DIIVSEVSMI RDIRDREIRI YTDAGRICRP LLIVENGSLL LKKTHVEMLK ERDYNNY SW QVLVASGVVE YIDTLEEETV MIAMSPYDLK QDKDYAYCTT YTHCEIHPAM ILGVCASIIP FPDHNQSPRN TYQSAMGK Q AMGVYITNFH VRMDTLAHVL YYPMKPLVTT RSMEYLRFRE LPAGINSIVA ILCYTGYNQE DSVILNASAV ERGFFRSVF YRSYKDSENK RVGDQEENFE KPHRGTCQGM RNAHYDKLDD DGIIAPGIRV SGDDVVIGKT ITLPENDDEL DSNTKRFSKR DASTFLRNS ETGIVDQVML TLNSEGYKFC KIRVRSVRIP QIGDKFASRH GQKGTCGIQY RQEDMAFTCE GLAPDIIINP H AIPSRMTI GHLIECLQGK LGSNKGEIGD ATPFNDAVNV QKISTFLQEY GYHLRGNEVM YNGHTGRKIN AQVFLGPTYY QR LKHMVDD KIHSRARGPV QILVRQPMEG RARDGGLRFG EMERDCQISH GAAQFLRERL FEVSDPYRVH ICNFCGLIAI ANL RNNTFE CKGCKNKTQI SQVRLPYAAK LLFQELMSMN IAPRLMVT

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 30.676199 KDa
配列文字列: PYANQPSVQI TELTDDNVKF VLEDTELSVA NSLRRVFIAE TPTLAIDWVQ LEANSTVLSD EFLAHRIGLI PLISDDVVER LQYTRDCIC LDFCPECSVE FTLDVKCSEE QTRHVTTADL KSSNAKVLPV TSRNQGEEDN EYGESNDEIL IIKLRKGQEL K LRAYAKKG ...文字列:
PYANQPSVQI TELTDDNVKF VLEDTELSVA NSLRRVFIAE TPTLAIDWVQ LEANSTVLSD EFLAHRIGLI PLISDDVVER LQYTRDCIC LDFCPECSVE FTLDVKCSEE QTRHVTTADL KSSNAKVLPV TSRNQGEEDN EYGESNDEIL IIKLRKGQEL K LRAYAKKG FGKEHAKWNP TAGVCFEYDP DNSMRHTLYP KPDEWPKSEH TELEDDQYEA PYNWEAKPNK FFFNVESAGA LK PENIVVM GVQVLKNKLS NLQTQLSHES QN

UniProtKB: GH07456p

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 9.73651 KDa
配列文字列:
GGVPKSKRIT TKYMTKYERA RVLGTRALQI AMCAPIMVEL DGETDPLQIA MKELKQKKIP IIIRRYLPDH SYEDWSIDEL IMVD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 16.946137 KDa
配列文字列:
AGVLFEDIFN VKDMDPEGKK FDRVSRLHCE SESFKMDLIL DINSWLYPME LGDKFRLVLA TTLREDGCPD SGEYNPMEHE GTRADSFEY VMYGKIYRIE GDEAHNEASR LSAYVSFGGL LMRLQGDANN LHGFEVDQHM YLLMKRLA

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 13.786586 KDa
配列文字列:
GFVGIRFCQE CNNMLYPKED KENKILLYAC RNCDYKQEAD SNCIYVNKIM HEIDELTHIV PDVISDPTLP RTEDHACPKC SHREAVFFQ AQTRRAEEEM RLYYVCTNQN CTHRWTE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 7.671124 KDa
配列文字列:
MIIPIRCFTC GKVIGNKWES YLGLLQAEYT EGDALDALGL KRYCCRRMLL GHVDLIEKLL NYAPLEK

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 13.28824 KDa
配列文字列:
MNAPPTFESF LLYEGEKKII KELDTKVTNA AIFTINKEDH TLGNMIRNQL LKDPNVLFAG YKVPHPLEHK FVIRIQTTAD YSPQEAFMN AITDLLAELS LFEERFKDAI KEKKEGG

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 5.647678 KDa
配列文字列:
TAMTYICGEC HHENEMRPRD PIRCRECGYR IMYKKRTKRL VVFDAR

UniProtKB: GEO11084p1

+
分子 #13: RPB5 homolog

分子名称: RPB5 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 24.518332 KDa
配列文字列: MDDEAETYKL WRIRKTIMQL SHDRGYLVTQ DELDQTLEQF KEMFGDKPSE KRPARSDLIV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KIGIKTIKT YCTRMQEENI HRAIVVVQGG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLESELLINI TEHELVPEHV VMTVEEKQEL L SRYKLKEN ...文字列:
MDDEAETYKL WRIRKTIMQL SHDRGYLVTQ DELDQTLEQF KEMFGDKPSE KRPARSDLIV LVAHNDDPTD QMFVFFPEEP KIGIKTIKT YCTRMQEENI HRAIVVVQGG MTPSAKQSLV DMAPKYILEQ FLESELLINI TEHELVPEHV VMTVEEKQEL L SRYKLKEN MLMRIQAGDP VARYFGLKRG QVVKIIRSSE TAGRYISYRL VC

UniProtKB: RPB5 homolog

+
分子 #10: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 10 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 3.2471 KDa
配列文字列:
AAAAAAAAAA

+
分子 #11: Template DNA

分子名称: Template DNA / タイプ: dna / ID: 11 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 15.134661 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)

+
分子 #12: Non-template DNA

分子名称: Non-template DNA / タイプ: dna / ID: 12 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 12.170105 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)

+
分子 #14: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 8 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium chloride
10.0 mMHEPES-HClHEPES
5.0 percentGlycerolGlycerol
1.0 mMEDTAEDTA
350.0 ug/mLFLAGFLAG peptide

詳細: 10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細double FLAG-tagged Pol II subunit Rpb1 was used for purification of Pol II complexes

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 31103 / 平均電子線量: 50.65 e/Å2
詳細: Although the data was collected, motion-corrected and CTF estimated using the pixel size of 0.944, all the subsequent data processing was performed using pixel size of 1.1538. This was ...詳細: Although the data was collected, motion-corrected and CTF estimated using the pixel size of 0.944, all the subsequent data processing was performed using pixel size of 1.1538. This was achieved by extracting particles in box size 440x440 and Fourier-cropping it to box size 360x360
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2349308
詳細: Initially, nearly 15 million particles were picked from micrographs. However, the number of particles cited here (2,349,308) is the starting number of particles after initial cleanup and 3D ...詳細: Initially, nearly 15 million particles were picked from micrographs. However, the number of particles cited here (2,349,308) is the starting number of particles after initial cleanup and 3D classification of the data.
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / 詳細: 'Patch CTF Estimation' in cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: 'Ab initio' function in cryoSPARC
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / 使用した粒子像数: 96409
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / 詳細: 'Non-Uniform Refinement' in cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4052

chain_id: A, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

8266

chain_id: B, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

7183

chain_id: C, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

vea5

chain_id: D, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

jzf5

chain_id: E, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

4320

chain_id: F, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

vfb5

chain_id: G, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

vnz3

chain_id: H, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

6958

chain_id: I, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

vc49

chain_id: J, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

vje4

chain_id: K, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

ige3

chain_id: L, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
詳細The model was based on PDB: 6GML. First, 6GML was rigid-body fit in the cryo-EM Coulomb potential density map using UCSF ChimeraX. Next, AlphaFold2 models for individual Drosophila melanogaster Pol II subunits were aligned to their 6GML counterparts, and further optimized in the density using rigid-body fit. For the final model optimization, phenix.real_space_refine was used
精密化プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 50
得られたモデル

PDB-9mu8:
Structure of a native Drosophila melanogaster Pol II Elongation Complex without Rpb4/Rpb7 stalk

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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