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万見
- PDB-9mu9: Structure of a native Drosophila melanogaster Nucleosome Elongati... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9mu9
タイトルStructure of a native Drosophila melanogaster Nucleosome Elongation Complex (Pol II EC-nucleosome). Composite map
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase II subunit ...) x 7
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 3
  • Histone H2A
  • Histone H2B
  • Histone H3
  • Histone H4
  • Non-template DNA
  • RNA
  • Template DNA
キーワードTRANSCRIPTION / polymerase / Pol II / mRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of RNA Pol II elongation complex / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Transcription Elongation ...Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of RNA Pol II elongation complex / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / Dual incision in TC-NER / polytene chromosome puff / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Splicing - Major Pathway / HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / Interleukin-7 signaling / Chromatin modifying enzymes / Condensation of Prophase Chromosomes / SUMOylation of chromatin organization proteins / Metalloprotease DUBs / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RCAF complex / RMTs methylate histone arginines / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / polytene chromosome band / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / PRC2 methylates histones and DNA / HDACs deacetylate histones / Ub-specific processing proteases / RNA Polymerase I Promoter Escape / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / larval somatic muscle development / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Transcriptional regulation by small RNAs / Estrogen-dependent gene expression / HATs acetylate histones / UCH proteinases / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Oxidative Stress Induced Senescence / polytene chromosome / nucleosomal DNA binding / nuclear chromosome / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / : / DNA-directed RNA polymerase activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / mitotic cell cycle / chromatin organization / chromosome / cellular response to heat / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / protein heterodimerization activity / protein-containing complex binding / chromatin / nucleolus / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Zinc finger TFIIS-type signature. ...RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / : / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA / GH07456p / Histone H2B / Histone H3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 ...DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / RNA / GH07456p / Histone H2B / Histone H3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / Histone H4 / Histone H2A / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / GEO11084p1 / RPB5 homolog / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å
データ登録者Venette-Smith, N.L. / Vishwakarma, R.K. / Dollinger, R. / Schultz, J. / Venkatakrishnan, V. / Babitzke, P. / Anand, G. / Gilmour, D.S. / Armache, J.-P. / Murakami, K.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131860 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM047477 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM098399 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Characterization of Native RNA Polymerase II Transcription Complexes in Drosophila melanogaster
著者: Venette-Smith, N.L. / Vishwakarma, R.K. / Dollinger, R. / Schultz, J. / Venkatakrishnan, V. / Babitzke, P. / Anand, G. / Gilmour, D.S. / Armache, J.-P. / Murakami, K.
履歴
登録2025年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: RNA
T: Template DNA
N: Non-template DNA
g: Histone H2A
c: Histone H2A
h: Histone H2B
d: Histone H2B
e: Histone H3
a: Histone H3
f: Histone H4
b: Histone H4
A: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
B: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2
C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
F: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
K: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11
L: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12
E: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)615,73129
ポリマ－615,20821
非ポリマー5238
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 TN

#2: DNA鎖 Template DNA


分子量: 53243.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#3: DNA鎖 Non-template DNA


分子量: 50692.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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タンパク質 , 4種, 8分子 gchdeafb

#4: タンパク質 Histone H2A


分子量: 11552.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P84051
#5: タンパク質 Histone H2B


分子量: 10979.741 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P02283
#6: タンパク質 Histone H3


分子量: 11746.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P02299
#7: タンパク質 Histone H4


分子量: 9067.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P84040

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DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 7種, 7分子 ABCIKLE

#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / RNA polymerase II subunit B1 / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / RNA polymerase II subunit A


分子量: 166420.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P04052, DNA-directed RNA polymerase
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / RNA polymerase II subunit 2 / RNA polymerase II subunit B2 / DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa ...RNA polymerase II subunit 2 / RNA polymerase II subunit B2 / DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide / RNA polymerase II subunit B


分子量: 132640.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P08266, DNA-directed RNA polymerase
#10: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / RNA polymerase II p33 subunit / RNA polymerase II subunit C


分子量: 30676.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: O97183, DNA-directed RNA polymerase
#13: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II 15.1 kDa polypeptide / RNA polymerase ...RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II 15.1 kDa polypeptide / RNA polymerase II subunit I


分子量: 13786.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P36958
#15: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / RNA polymerase II subunit B11 / DNA-directed RNA polymerase II 13.3 kDa polypeptide / DNA-directed ...RNA polymerase II subunit B11 / DNA-directed RNA polymerase II 13.3 kDa polypeptide / DNA-directed RNA polymerase II subunit J


分子量: 13288.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VJE4
#16: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB12 / HDC06513 / IP17848p / Rpb12


分子量: 5647.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q6IGE3
#17: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB5


分子量: 24518.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q7JZF5

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DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 3種, 3分子 FHJ

#11: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC2 / RNA polymerase II / I and III subunit F / RPB6 homolog


分子量: 9736.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q24320
#12: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3


分子量: 16946.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VNZ3
#14: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / RNA polymerases I / II / and III subunit ABC5 / RNA polymerase II / I and III subunit L / RPB10 homolog


分子量: 7671.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q9VC49

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RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 9分子 R

#18: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#1: RNA鎖 RNA


分子量: 3247.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Native purified Nucleosome Elongation Complex from Drosophila melanogaster
タイプ: COMPLEX
詳細: A composite structure of a native purified Nucleosome Elongation Complex (Pol II EC - nucleosome)
Entity ID: #1-#17 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.750 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 10 mM HEPES-HCl (pH = 7.5), 150 mM NaCl, 5% glycerol, 1 mM EDTA, 350 ug/mL 3x FLAG peptide, 1/1000th protease inhibitor
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMSodium chlorideNaCl1
210 mMHEPESHEPES-HCl1
35 percentGlycerolGlycerol1
41 mMEDTAEDTA1
5350 ug/mLFLAG peptideFLAG1
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: double FLAG-tagged Pol II subunit Rpb1 was used for purification of Pol II complexes
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 4 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS TALOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50.65 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 31103
詳細: Although the data was collected, motion-corrected and CTF estimated using the pixel size of 0.944, all the subsequent data processing was performed using pixel size of 1.1538. This was ...詳細: Although the data was collected, motion-corrected and CTF estimated using the pixel size of 0.944, all the subsequent data processing was performed using pixel size of 1.1538. This was achieved by extracting particles in box size 440x440 and Fourier-cropping it to box size 360x360
画像スキャンサンプリングサイズ: 0.944 µm / 横: 4096 / 縦: 4096

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.3.1粒子像選択
2EPU3.4画像取得
4cryoSPARC4.3.1CTF補正
7UCSF ChimeraX1.8モデルフィッティング
9cryoSPARC4.3.1初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.3.1最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.3.1３次元再構成
13Coot0.9.8.7モデル精密化
14PHENIX1.21.5207モデル精密化
CTF補正詳細: 'Patch CTF Estimation' in cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4197404
詳細: Initially, nearly 15 million particles were picked from micrographs. However, the number of particles cited here (4,197,404) is the starting number of particles after initial cleanup and 3D ...詳細: Initially, nearly 15 million particles were picked from micrographs. However, the number of particles cited here (4,197,404) is the starting number of particles after initial cleanup and 3D classification of the data representing Pol II and nucleosome subsets, respectively.
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 7.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 36552 / アルゴリズム: BACK PROJECTION
詳細: The Nucleosome EC was refined to an overall resolution of 7.8 A. Then, local refinement was performed with an indvidual focus on the nucleosome and Pol II. This entry represents a composite ...詳細: The Nucleosome EC was refined to an overall resolution of 7.8 A. Then, local refinement was performed with an indvidual focus on the nucleosome and Pol II. This entry represents a composite map of the two locally refined entities.
クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 50 / プロトコル: AB INITIO MODEL
詳細: The model was based on individual models from this study: octameric nucleosome and Pol II. The models were rigid-body fit into the composite structure, connected and fixed in Coot and Phenix.
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00343989
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7260884
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d22.998719
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0466800
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0056654

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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