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- EMDB-47964: Cryo-EM model of E. coli aspartate transcarbamoylase in the R-sta... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47964
タイトルCryo-EM model of E. coli aspartate transcarbamoylase in the R-state complexed with CP, succinate, ATP, GTP, and Mg2+
マップデータ
試料
  • 複合体: E. coli aspartate transcarbamoylase isolated at a neutral pH complexed with CP, succinate, ATP, GTP and Mg2+
    • タンパク質・ペプチド: Aspartate carbamoyltransferase
    • タンパク質・ペプチド: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
  • リガンド: PHOSPHORIC ACID MONO(FORMAMIDE)ESTER
  • リガンド: SUCCINIC ACID
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードComplex / Allostery / ATCase / T-state / R-state / ATP / GTP / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate carbamoyltransferase complex / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid metabolic process / amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / transferase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aspartate transcarbamylase regulatory subunit / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, allosteric domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, metal binding domain / Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase ...Aspartate transcarbamylase regulatory subunit / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain superfamily / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, allosteric domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain, metal binding domain / Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Miller RC / Ando N
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM124847 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1719875 米国
Other governmentU24 GM129539
Simons FoundationSF349247 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2024年11月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月15日-
マップ公開2026年4月15日-
更新2026年5月27日-
現状2026年5月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47964.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47964.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 288 pix.
= 307.584 Å		1.07 Å/pix.
x 288 pix.
= 307.584 Å		1.07 Å/pix.
x 288 pix.
= 307.584 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.068 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00273
最小 - 最大-0.01620111 - 0.026240727
平均 (標準偏差)0.00000047036013 (±0.000792007)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 307.58398 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_47964_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_47964_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_47964_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : E. coli aspartate transcarbamoylase isolated at a neutral pH comp...

全体名称: E. coli aspartate transcarbamoylase isolated at a neutral pH complexed with CP, succinate, ATP, GTP and Mg2+
要素
  • 複合体: E. coli aspartate transcarbamoylase isolated at a neutral pH complexed with CP, succinate, ATP, GTP and Mg2+
    • タンパク質・ペプチド: Aspartate carbamoyltransferase
    • タンパク質・ペプチド: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
  • リガンド: PHOSPHORIC ACID MONO(FORMAMIDE)ESTER
  • リガンド: SUCCINIC ACID
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: E. coli aspartate transcarbamoylase isolated at a neutral pH comp...

超分子名称: E. coli aspartate transcarbamoylase isolated at a neutral pH complexed with CP, succinate, ATP, GTP and Mg2+
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Aspartate carbamoyltransferase

分子名称: Aspartate carbamoyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: aspartate carbamoyltransferase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 34.337105 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: ANPLYQKHII SINDLSRDDL NLVLATAAKL KANPQPELLK HKVIASCFFE ASTRTRLSFE TSMHRLGASV VGFSDSANTS LGKKGETLA DTISVISTYV DAIVMRHPQE GAARLATEFS GNVPVLNAGD GSNQHPTQTL LDLFTIQETQ GRLDNLHVAM V GDLKYGRT ...文字列:
ANPLYQKHII SINDLSRDDL NLVLATAAKL KANPQPELLK HKVIASCFFE ASTRTRLSFE TSMHRLGASV VGFSDSANTS LGKKGETLA DTISVISTYV DAIVMRHPQE GAARLATEFS GNVPVLNAGD GSNQHPTQTL LDLFTIQETQ GRLDNLHVAM V GDLKYGRT VHSLTQALAK FDGNRFYFIA PDALAMPQYI LDMLDEKGIA WSLHSSIEEV MAEVDILYMT RVQKERLDPS EY ANVKAQF VLRASDLHNA KANMKVLHPL PRVDEIATDV DKTPHAWYFQ QAGNGIFARQ ALLALVLNRD LVL

UniProtKB: Aspartate carbamoyltransferase

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分子 #2: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

分子名称: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 17.143625 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MTHDNKLQVE AIKRGTVIDH IPAQIGFKLL SLFKLTETDQ RITIGLNLPS GEMGRKDLIK IENTFLSEDQ VDQLALYAPQ ATVNRIDNY EVVGKSRPSL PERIDNVLVC PNSNCISHAE PVSSSFAVRK RANDIALKCK YCEKEFSHNV VLAN

UniProtKB: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

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分子 #3: PHOSPHORIC ACID MONO(FORMAMIDE)ESTER

分子名称: PHOSPHORIC ACID MONO(FORMAMIDE)ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: CP
分子量理論値: 141.02 Da
Chemical component information

ChemComp-CP:
PHOSPHORIC ACID MONO(FORMAMIDE)ESTER

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分子 #4: SUCCINIC ACID

分子名称: SUCCINIC ACID / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: SIN
分子量理論値: 118.088 Da
Chemical component information

ChemComp-SIN:
SUCCINIC ACID

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #6: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #7: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 6 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 6 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
1.0 mMC9H15O6PTris(2-carboxyethyl)phosphine
15.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
40.0 mMC4H11NO3tris(hydroxymethyl)aminomethane
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
詳細: Grids were manually coated in graphene-oxide following glow-discharge as is described in the associated publication.
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 52.47 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4) / 使用した粒子像数: 865000
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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