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- EMDB-4751: Yeast Vms1 (Q295L)-60S ribosomal subunit complex (pre-state with Arb1) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4751
タイトルYeast Vms1 (Q295L)-60S ribosomal subunit complex (pre-state with Arb1)
マップデータ
試料
  • 複合体: Vms1-60S ribosomal subunit complex
    • 複合体: 60S ribosomal subunit
      • タンパク質・ペプチド: x 44種
      • RNA: x 4種
    • 複合体: Vms1
      • タンパク質・ペプチド: x 2種
  • リガンド: x 1種
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity, acting on a tRNA / Cdc48p-Npl4p-Vms1p AAA ATPase complex / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / maturation of 5.8S rRNA / hexon binding / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...catalytic activity, acting on a tRNA / Cdc48p-Npl4p-Vms1p AAA ATPase complex / mitochondria-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear protein quality control by the ubiquitin-proteasome system / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / maturation of 5.8S rRNA / hexon binding / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / response to cycloheximide / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ribosomal large subunit binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / protein unfolding / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / 90S preribosome / regulation of translational fidelity / protein-RNA complex assembly / ribosomal subunit export from nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / translational termination / ERAD pathway / maturation of LSU-rRNA / RNA endonuclease activity / translation initiation factor activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosomal large subunit biogenesis / cytosolic ribosome assembly / translational initiation / macroautophagy / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / rRNA processing / ribosome biogenesis / viral capsid / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / host cell nucleus / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
VLRF1/Vms1 / : / Bacteroidetes VLRF1 release factor / Vms1-like release factor 1 (VLRF1) domain profile. / : / ABC-transporter extension domain / ABC transporter / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / Translation initiation factor IF6 ...VLRF1/Vms1 / : / Bacteroidetes VLRF1 release factor / Vms1-like release factor 1 (VLRF1) domain profile. / : / ABC-transporter extension domain / ABC transporter / 60s Acidic ribosomal protein / 60S acidic ribosomal protein P0 / Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / : / Pre-hexon-linking protein VIII / Adenovirus hexon associated protein, protein VIII / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / : / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / : / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / : / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L6e signature. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal L40e family / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e signature 2. / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L6e / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal L37ae protein family / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L31e, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL24A / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A ...Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein eL24A / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein eL42A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL1A / Large ribosomal subunit protein uL2A / Pre-hexon-linking protein VIII / Large ribosomal subunit protein uL11A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL8A / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Large ribosomal subunit protein eL14A / Large ribosomal subunit protein eL32 / ABC transporter ATP-binding protein ARB1 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Large ribosomal subunit protein eL6A / Large ribosomal subunit protein eL21A / tRNA endonuclease VMS1 / Eukaryotic translation initiation factor 6 / Large ribosomal subunit protein eL13A / Large ribosomal subunit protein uL5B
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Baker's yeast (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Su T / Izawa T / Cheng J / Yamashita Y / Berninghausen O / Inada T / Neupert W / Beckmann R
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
German Research FoundationNE 101/28-1 ドイツ
German Research Foundationthe Graduate School of Quantitative Biosciences Munich (QBM) ドイツ
German Research FoundationGRK1721 ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structure and function of Vms1 and Arb1 in RQC and mitochondrial proteome homeostasis.
著者: Ting Su / Toshiaki Izawa / Matthias Thoms / Yui Yamashita / Jingdong Cheng / Otto Berninghausen / F Ulrich Hartl / Toshifumi Inada / Walter Neupert / Roland Beckmann /
要旨: Ribosome-associated quality control (RQC) provides a rescue pathway for eukaryotic cells to process faulty proteins after translational stalling of cytoplasmic ribosomes. After dissociation of ...Ribosome-associated quality control (RQC) provides a rescue pathway for eukaryotic cells to process faulty proteins after translational stalling of cytoplasmic ribosomes. After dissociation of ribosomes, the stalled tRNA-bound peptide remains associated with the 60S subunit and extended by Rqc2 by addition of C-terminal alanyl and threonyl residues (CAT tails), whereas Vms1 catalyses cleavage and release of the peptidyl-tRNA before or after addition of CAT tails. In doing so, Vms1 counteracts CAT-tailing of nuclear-encoded mitochondrial proteins that otherwise drive aggregation and compromise mitochondrial and cellular homeostasis. Here we present structural and functional insights into the interaction of Saccharomyces cerevisiae Vms1 with 60S subunits in pre- and post-peptidyl-tRNA cleavage states. Vms1 binds to 60S subunits with its Vms1-like release factor 1 (VLRF1), zinc finger and ankyrin domains. VLRF1 overlaps with the Rqc2 A-tRNA position and interacts with the ribosomal A-site, projecting its catalytic GSQ motif towards the CCA end of the tRNA, its Y285 residue dislodging the tRNA A73 for nucleolytic cleavage. Moreover, in the pre-state, we found the ABCF-type ATPase Arb1 in the ribosomal E-site, which stabilizes the delocalized A73 of the peptidyl-tRNA and stimulates Vms1-dependent tRNA cleavage. Our structural analysis provides mechanistic insights into the interplay of the RQC factors Vms1, Rqc2 and Arb1 and their role in the protection of mitochondria from the aggregation of toxic proteins.
履歴
登録2019年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月26日-
マップ公開2019年6月26日-
更新2019年7月10日-
現状2019年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • 原子モデル: PDB-6r84
  • 表面レベル: 0.05
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4751.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4751.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 236.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 396 pix.
= 429.264 Å		1.08 Å/pix.
x 396 pix.
= 429.264 Å		1.08 Å/pix.
x 396 pix.
= 429.264 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.084 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.38242877 - 0.56043845
平均 (標準偏差)0.00049947883 (±0.016553828)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ396396396
Spacing396396396
セルA=B=C: 429.264 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
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M x/y/z396396396
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NC/NR/NS396396396
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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Vms1-60S ribosomal subunit complex

全体名称: Vms1-60S ribosomal subunit complex
要素
  • 複合体: Vms1-60S ribosomal subunit complex
    • 複合体: 60S ribosomal subunit
      • タンパク質・ペプチド: ABC transporter ATP-binding protein ARB1
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 6
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L34-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L7-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L35-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L8-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L36-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L9-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L37-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L11-B
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L38
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L13-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L39
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L15-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L16-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L17-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L18-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L10
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L19-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L20-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L21-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L22-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L12-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S acidic ribosomal protein P0
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L23-A
      • RNA: 5S rRNA
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L24-A
      • RNA: 5.8S rRNA
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L25
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L26-A
      • RNA: tRNA-Ala
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L27-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L42-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L28
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L43-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L29
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L2-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L30
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L3
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L31-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L4-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L32
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L5
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L33-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L6-A
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L1-A
      • RNA: 25S rRNA
    • 複合体: Vms1
      • タンパク質・ペプチド: Protein VMS1,Vms1,Protein VMS1,Vms1
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L14-A
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Vms1-60S ribosomal subunit complex

超分子名称: Vms1-60S ribosomal subunit complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#50
詳細: Yeast Vms1 bound 60S subunit in pre peptidyl-tRNA cleavage state containing Arb1

+
超分子 #2: 60S ribosomal subunit

超分子名称: 60S ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #3-#14, #16-#50
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #3: Vms1

超分子名称: Vms1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2, #15
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: ABC transporter ATP-binding protein ARB1

分子名称: ABC transporter ATP-binding protein ARB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 58.604406 KDa
配列文字列: SSVSLLFHGK VLIQDSGLEL NYGRRYGLLG ENGCGKSTFL KALATREYPI PEHIDIYLLD EPAEPSELSA LDYVVTEAQH ELKRIEDLV EKTILEDGPE SELLEPLYER MDSLDPDTFE SRAAIILIGL GFNKKTILKK TKDMSGGWKM RVALAKALFV K PTLLLLDD ...文字列:
SSVSLLFHGK VLIQDSGLEL NYGRRYGLLG ENGCGKSTFL KALATREYPI PEHIDIYLLD EPAEPSELSA LDYVVTEAQH ELKRIEDLV EKTILEDGPE SELLEPLYER MDSLDPDTFE SRAAIILIGL GFNKKTILKK TKDMSGGWKM RVALAKALFV K PTLLLLDD PTAHLDLEAC VWLEEYLKRF DRTLVLVSHS QDFLNGVCTN MIDMRAQKLT AYGGNYDSYH KTRSELETNQ MK QYNKQQE EIQHIKKFIA SAGTYANLVK QAKSRQKILD KMEADGLVQP VVPDKVFSFR FPQVERLPPP VLAFDDISFH YES NPSENL YEHLNFGVDM DSRIALVGPN GVGKSTLLKI MTGELTPQSG RVSRHTHVKL GVYSQHSQDQ LDLTKSALEF VRDK YSNIS QDFQFWRGQL GRYGLTGEGQ TVQMATLSEG QRSRVVFALL ALEQPNVLLL DEPTNGLDIP TIDSLADAIN EFNGG VVVV SHDFRLLDKI AQDIFVVENK TATRWDGSIL QYKNK

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分子 #2: Protein VMS1,Vms1,Protein VMS1,Vms1

分子名称: Protein VMS1,Vms1,Protein VMS1,Vms1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 48.653203 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
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LKKNDLYIFD LSEQLLNSLK LMSCSVCQ(MSE)S HYQTDYHLMN VKRNLR(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)SSP YIYFKSKYLQ KNEVLAIYKS LFNKRSLSNP NEALTFWNSQ EN PMAISAL FMVGGGHFAG AIVSHQRLNV KGNAHKKDET LIEQAVNFLE HKTFHRYTTR RKQGGSQSAM DNAKGKANSA GSA LRRYNE SALKTDIQGV LKDWEPYLSK CDNIFIRARN VSDKKIFTDN TVLNKGDERI KSFPFTTNRP TVLELKKAWC ELSY LKILP KPEPLAVKET VQKLEVSNKK DEFKEKQEPL LEEIQTEEII SLLKKGRAPL LISFLKKNKL DGNFRLKPES KYSLT PTML HYASQQGMKQ MALILLSNIK CDPTIKNRLG RTAWDLNRND DVRHAFQIAR YNLG(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #3: Eukaryotic translation initiation factor 6

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 24.15615 KDa
配列文字列: MATRTQFENS NEIGVFSKLT NTYCLVAVGG SENFYSAFEA ELGDAIPIVH TTIAGTRIIG RMTAGNRRGL LVPTQTTDQE LQHLRNSLP DSVKIQRVEE RLSALGNVIC CNDYVALVHP DIDRETEELI SDVLGVEVFR QTISGNILVG SYCSLSNQGG L VHPQTSVQ ...文字列:
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+
分子 #4: 60S ribosomal protein L34-A

分子名称: 60S ribosomal protein L34-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 12.608831 KDa
配列文字列:
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+
分子 #5: 60S ribosomal protein L7-A

分子名称: 60S ribosomal protein L7-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 25.240377 KDa
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+
分子 #6: 60S ribosomal protein L35-A

分子名称: 60S ribosomal protein L35-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 13.811444 KDa
配列文字列:
AGVKAYELRT KSKEQLASQL VDLKKELAEL KVQKLSRPSL PKIKTVRKSI ACVLTVINEQ QREAVRQLYK GKKYQPKDLR AKKTRALRR ALTKFEASQV TEKQRKKQIA FPQRKYAIKA

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分子 #7: 60S ribosomal protein L8-A

分子名称: 60S ribosomal protein L8-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 25.814998 KDa
配列文字列: NPLTHSTPKN FGIGQAVQPK RNLSRYVKWP EYVRVQRQKK ILSIRLKVPP TIAQFQYTLD RNTAAETFKL FNKYRPETAA EKKERLTKE AAAVAEGKSK QDASPKPYAV KYGLNHVVAL IENKKAKLVL IANDVDPIEL VVFLPALCKK MGVPYAIVKG K ARLGTLVN ...文字列:
NPLTHSTPKN FGIGQAVQPK RNLSRYVKWP EYVRVQRQKK ILSIRLKVPP TIAQFQYTLD RNTAAETFKL FNKYRPETAA EKKERLTKE AAAVAEGKSK QDASPKPYAV KYGLNHVVAL IENKKAKLVL IANDVDPIEL VVFLPALCKK MGVPYAIVKG K ARLGTLVN QKTSAVAALT EVRAEDEAAL AKLVSTIDAN FADKYDEVKK HWGGGILGNK AQAKMDKRAK NSDSA

+
分子 #8: 60S ribosomal protein L36-A

分子名称: 60S ribosomal protein L36-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 11.020063 KDa
配列文字列:
TVKTGIAIGL NKGKKVTSMT PAPKISYKKG AASNRTKFVR SLVREIAGLS PYERRLIDLI RNSGEKRARK VAKKRLGSFT RAKAKVEEM NNIIAASRRH

+
分子 #9: 60S ribosomal protein L9-A

分子名称: 60S ribosomal protein L9-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 21.605061 KDa
配列文字列: MKYIQTEQQI EVPEGVTVSI KSRIVKVVGP RGTLTKNLKH IDVTFTKVNN QLIKVAVHNG GRKHVAALRT VKSLVDNMIT GVTKGYKYK MRYVYAHFPI NVNIVEKDGA KFIEVRNFLG DKKIRNVPVR DGVTIEFSTN VKDEIVLSGN SVEDVSQNAA D LQQICRVR ...文字列:
MKYIQTEQQI EVPEGVTVSI KSRIVKVVGP RGTLTKNLKH IDVTFTKVNN QLIKVAVHNG GRKHVAALRT VKSLVDNMIT GVTKGYKYK MRYVYAHFPI NVNIVEKDGA KFIEVRNFLG DKKIRNVPVR DGVTIEFSTN VKDEIVLSGN SVEDVSQNAA D LQQICRVR NKDIRKFLDG IYVSHKGFIT EDL

+
分子 #10: 60S ribosomal protein L37-A

分子名称: 60S ribosomal protein L37-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 9.746199 KDa
配列文字列:
GKGTPSFGKR HNKSHTLCNR CGRRSFHVQK KTCSSCGYPA AKTRSYNWGA KAKRRHTTGT GRMRYLKHVS RRFKNGFQTG SASKASA

+
分子 #11: 60S ribosomal protein L11-B

分子名称: 60S ribosomal protein L11-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 19.266082 KDa
配列文字列:
QNPMRDLKIE KLVLNISVGE SGDRLTRASK VLEQLSGQTP VQSKARYTVR TFGIRRNEKI AVHVTVRGPK AEEILERGLK VKEYQLRDR NFSATGNFGF GIDEHIDLGI KYDPSIGIFG MDFYVVMNRP GARVTRRKRC KGTVGNSHKT TKEDTVSWFK Q KYDADVLD K

+
分子 #12: 60S ribosomal protein L38

分子名称: 60S ribosomal protein L38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 8.714363 KDa
配列文字列:
AREITDIKQF LELTRRADVK TATVKINKKL NKAGKPFRQT KFKVRGSSSL YTLVINDAGK AKKLIQSLPP TLKVNRL

+
分子 #13: 60S ribosomal protein L13-A

分子名称: 60S ribosomal protein L13-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 21.885234 KDa
配列文字列: AISKNLPILK NHFRKHWQER VKVHFDQAGK KVSRRNARAT RAAKIAPRPL DLLRPVVRAP TVKYNRKVRA GRGFTLAEVK AAGLTAAYA RTIGIAVDHR RQNRNQEIFD ANVQRLKEYQ SKIIVFPRNG KAPEAEQVLS AAATFPIAQP ATDVEARAVQ D NGESAFRT ...文字列:
AISKNLPILK NHFRKHWQER VKVHFDQAGK KVSRRNARAT RAAKIAPRPL DLLRPVVRAP TVKYNRKVRA GRGFTLAEVK AAGLTAAYA RTIGIAVDHR RQNRNQEIFD ANVQRLKEYQ SKIIVFPRNG KAPEAEQVLS AAATFPIAQP ATDVEARAVQ D NGESAFRT LRLARSEKKF RGIREKRARE KAEAE

+
分子 #14: 60S ribosomal protein L39

分子名称: 60S ribosomal protein L39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 6.227444 KDa
配列文字列:
AAQKSFRIKQ KMAKAKKQNR PLPQWIRLRT NNTIRYNAKR RNWRRTKMNI

+
分子 #15: 60S ribosomal protein L14-A

分子名称: 60S ribosomal protein L14-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 14.976794 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
TDSIVKASNW RLVEVGRVVL IKKGQSAGKL AAIVEIIDQK KVLIDGPKAG VPRQAINLGQ VVLTPLTFAL PRGARTATVS KKWAAAAVC EKWAASSWAK KIAQRERRAA LTDFERFQVM VLRKQKRYTV KKALAKA

+
分子 #16: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40

分子名称: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 6.032321 KDa
配列文字列:
IIEPSLKALA SKYNCDKSVC RKCYARLPPR ATNCRKRKCG HTNQLRPKKK LK

+
分子 #17: 60S ribosomal protein L15-A

分子名称: 60S ribosomal protein L15-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 24.351162 KDa
配列文字列: GAYKYLEELQ RKKQSDVLRF LQRVRVWEYR QKNVIHRAAR PTRPDKARRL GYKAKQGFVI YRVRVRRGNR KRPVPKGATY GKPTNQGVN ELKYQRSLRA TAEERVGRRA ANLRVLNSYW VNQDSTYKYF EVILVDPQHK AIRRDARYNW ICDPVHKHRE A RGLTATGK ...文字列:
GAYKYLEELQ RKKQSDVLRF LQRVRVWEYR QKNVIHRAAR PTRPDKARRL GYKAKQGFVI YRVRVRRGNR KRPVPKGATY GKPTNQGVN ELKYQRSLRA TAEERVGRRA ANLRVLNSYW VNQDSTYKYF EVILVDPQHK AIRRDARYNW ICDPVHKHRE A RGLTATGK KSRGINKGHK FNNTKAGRRK TWKRQNTLSL WRYRK

+
分子 #18: 60S ribosomal protein L16-A

分子名称: 60S ribosomal protein L16-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 22.028951 KDa
配列文字列: VEPVVVIDGK GHLVGRLASV VAKQLLNGQK IVVVRAEELN ISGEFFRNKL KYHDFLRKAT AFNKTRGPFH FRAPSRIFYK ALRGMVSHK TARGKAALER LKVFEGIPPP YDKKKRVVVP QALRVLRLKP GRKYTTLGKL STSVGWKYED VVAKLEAKRK V SSAEYYAK ...文字列:
VEPVVVIDGK GHLVGRLASV VAKQLLNGQK IVVVRAEELN ISGEFFRNKL KYHDFLRKAT AFNKTRGPFH FRAPSRIFYK ALRGMVSHK TARGKAALER LKVFEGIPPP YDKKKRVVVP QALRVLRLKP GRKYTTLGKL STSVGWKYED VVAKLEAKRK V SSAEYYAK KRAFTKKVAS ANATAAESDV AKQLAALGY

+
分子 #19: 60S ribosomal protein L17-A

分子名称: 60S ribosomal protein L17-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 20.458322 KDa
配列文字列:
ARYGATSTNP AKSASARGSY LRVSFKNTRE TAQAINGWEL TKAQKYLEQV LDHQRAIPFR RFNSSIGRTA QGKEFGVTKA RWPAKSVKF VQGLLQNAAA NAEAKGLDAT KLYVSHIQVN QAPKQRRRTY RAHGRINKYE SSPSHIELVV TEKEEAVAKA A EKKVVRLT SRQRGRIAAQ KRIAA

+
分子 #20: 60S ribosomal protein L18-A

分子名称: 60S ribosomal protein L18-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 20.478059 KDa
配列文字列:
GIDHTSKQHK RSGHRTAPKS DNVYLKLLVK LYTFLARRTD APFNKVVLKA LFLSKINRPP VSVSRIARAL KQEGAANKTV VVVGTVTDD ARIFEFPKTT VAALRFTAGA RAKIVKAGGE CITLDQLAVR APKGQNTLIL RGPRNSREAV RHFGMGPHKG K APRILSTG RKFERARGRR RSKGFKV

+
分子 #21: 60S ribosomal protein L10

分子名称: 60S ribosomal protein L10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 25.279271 KDa
配列文字列: ARRPARCYRY QKNKPYPKSR YNRAVPDSKI RIYDLGKKKA TVDEFPLCVH LVSNELEQLS SEALEAARIC ANKYMTTVSG RDAFHLRVR VHPFHVLRIN KMLSCAGADR LQQGMRGAWG KPHGLAARVD IGQIIFSVRT KDSNKDVVVE GLRRARYKFP G QQKIILSK ...文字列:
ARRPARCYRY QKNKPYPKSR YNRAVPDSKI RIYDLGKKKA TVDEFPLCVH LVSNELEQLS SEALEAARIC ANKYMTTVSG RDAFHLRVR VHPFHVLRIN KMLSCAGADR LQQGMRGAWG KPHGLAARVD IGQIIFSVRT KDSNKDVVVE GLRRARYKFP G QQKIILSK KWGFTNLDRP EYLKKREAGE VKDDGAFVKF LSKKGSLENN IREFPEYFAA QA

+
分子 #22: 60S ribosomal protein L19-A

分子名称: 60S ribosomal protein L19-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 17.447391 KDa
配列文字列:
ANLRTQKRLA ASVVGVGKRK VWLDPNETSE IAQANSRNAI RKLVKNGTIV KKAVTVHSKS RTRAHAQSKR EGRHSGYGKR KGTREARLP SQVVWIRRLR VLRRLLAKYR DAGKIDKHLY HVLYKESKGN AFKHKRALVE HIIQAKADAQ REK

+
分子 #23: 60S ribosomal protein L20-A

分子名称: 60S ribosomal protein L20-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 20.478852 KDa
配列文字列:
MAHFKEYQVI GRRLPTESVP EPKLFRMRIF ASNEVIAKSR YWYFLQKLHK VKKASGEIVS INQINEAHPT KVKNFGVWVR YDSRSGTHN MYKEIRDVSR VAAVETLYQD MAARHRARFR SIHILKVAEI EKTADVKRQY VKQFLTKDLK FPLPHRVQKS T KTFSYKRP STFY

+
分子 #24: 60S ribosomal protein L21-A

分子名称: 60S ribosomal protein L21-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 18.148066 KDa
配列文字列:
GKSHGYRSRT RYMFQRDFRK HGAVHLSTYL KVYKVGDIVD IKANGSIQKG MPHKFYQGKT GVVYNVTKSS VGVIINKMVG NRYLEKRLN LRVEHIKHSK CRQEFLERVK ANAAKRAEAK AQGVAVQLKR QPAQPRESRI VSTEGNVPQT LAPVPYETFI

+
分子 #25: 60S ribosomal protein L22-A

分子名称: 60S ribosomal protein L22-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 11.263863 KDa
配列文字列:
QKIAKTFTVD VSSPTENGVF DPASYAKYLI DHIKVEGAVG NLGNAVTVTE DGTVVTVVST AKFSGKYLKY LTKKYLKKNQ LRDWIRFVS TKTNEYRLAF Y

+
分子 #26: 60S ribosomal protein L12-A

分子名称: 60S ribosomal protein L12-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 16.679318 KDa
配列文字列:
EVKYLYLRAV GGEVGASAAL APKIGPLGLS PKKVGEDIAK ATKEFKGIKV TVQLKIQNRQ AAASVVPSAS SLVITALKEP PRDRKKDKN VKHSGNIQLD EIIEIARQMR DKSFGRTLAS VTKEILGTAQ SVGCRVDFKN PHDIIEGINA GEIEIP

+
分子 #27: 60S acidic ribosomal protein P0

分子名称: 60S acidic ribosomal protein P0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 21.715035 KDa
配列文字列: GIREKKAEYF AKLREYLEEY KSLFVVGVDN VSSQQMHEVR KELRGRAVVL MGKNTMVRRA IRGFLSDLPD FEKLLPFVKG NVGFVFTNE PLTEIKNVIV SNRVAAPARA GAVAPEDIWV RAVNTGMEPG KTSFFQALGV PTKIARGTIE IVSDVKVVDA G NKVGQSEA ...文字列:
GIREKKAEYF AKLREYLEEY KSLFVVGVDN VSSQQMHEVR KELRGRAVVL MGKNTMVRRA IRGFLSDLPD FEKLLPFVKG NVGFVFTNE PLTEIKNVIV SNRVAAPARA GAVAPEDIWV RAVNTGMEPG KTSFFQALGV PTKIARGTIE IVSDVKVVDA G NKVGQSEA SLLNLLNISP FTFGLTVVQV YDNGQVFPS

+
分子 #28: 60S ribosomal protein L23-A

分子名称: 60S ribosomal protein L23-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 14.362755 KDa
配列文字列:
SGNGAQGTKF RISLGLPVGA IMNCADNSGA RNLYIIAVKG SGSRLNRLPA ASLGDMVMAT VKKGKPELRK KVMPAIVVRQ AKSWRRRDG VFLYFEDNAG VIANPKGEMK GSAITGPVGK ECADLWPRVA SNSGVVV

+
分子 #30: 60S ribosomal protein L24-A

分子名称: 60S ribosomal protein L24-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 7.27155 KDa
配列文字列:
MKVEIDSFSG AKIYPGRGTL FVRGDSKIFR FQNSKSASLF KQRKNPRRIA WTVLFRKHHK KG

+
分子 #32: 60S ribosomal protein L25

分子名称: 60S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 13.771176 KDa
配列文字列:
KALKVRTSAT FRLPKTLKLA RAPKYASKAV PHYNRLDSYK VIEQPITSET AMKKVEDGNI LVFQVSMKAN KYQIKKAVKE LYEVDVLKV NTLVRPNGTK KAYVRLTADY DALDIANRIG YI

+
分子 #33: 60S ribosomal protein L26-A

分子名称: 60S ribosomal protein L26-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 14.134588 KDa
配列文字列:
AKQSLDVSSD RRKARKAYFT APSSQRRVLL SAPLSKELRA QYGIKALPIR RDDEVLVVRG SKKGQEGKIS SVYRLKFAVQ VDKVTKEKV NGASVPINLH PSKLVITKLH LDKDRKALIQ RKGGKLE

+
分子 #35: 60S ribosomal protein L27-A

分子名称: 60S ribosomal protein L27-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 15.437166 KDa
配列文字列:
AKFLKAGKVA VVVRGRYAGK KVVIVKPHDE GSKSHPFGHA LVAGIERYPL KVTKKHGAKK VAKRTKIKPF IKVVNYNHLL PTRYTLDVE AFKSVVSTET FEQPSQREEA KKVVKKAFEE RHQAGKNQWF FSKLRF

+
分子 #36: 60S ribosomal protein L42-A

分子名称: 60S ribosomal protein L42-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 12.115462 KDa
配列文字列:
VNVPKTRKTY CKGKTCRKHT QHKVTQYKAG KASLFAQGKR RYDRKQSGFG GQTKPVFHKK AKTTKKVVLR LECVKCKTRA QLTLKRCKH FELGGEKKQK GQALQF

+
分子 #37: 60S ribosomal protein L28

分子名称: 60S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 16.630471 KDa
配列文字列:
PSRFTKTRKH RGHVSAGKGR IGKHRKHPGG RGMAGGQHHH RINMDKYHPG YFGKVGMRYF HKQQAHFWKP VLNLDKLWTL IPEDKRDQY LKSASKETAP VIDTLAAGYG KILGKGRIPN VPVIVKARFV SKLAEEKIRA AGGVVELIA

+
分子 #38: 60S ribosomal protein L43-A

分子名称: 60S ribosomal protein L43-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 9.981756 KDa
配列文字列:
AKRTKKVGIT GKYGVRYGSS LRRQVKKLEI QQHARYDCSF CGKKTVKRGA AGIWTCSCCK KTVAGGAYTV STAAAATVRS TIRRLREMV EA

+
分子 #39: 60S ribosomal protein L29

分子名称: 60S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 6.560688 KDa
配列文字列:
AKSKNHTAHN QTRKAHRNGI KKPKTYKYPS LKGVDPKFRR NHKHALHGTA KALAAAKK

+
分子 #40: 60S ribosomal protein L2-A

分子名称: 60S ribosomal protein L2-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 27.217289 KDa
配列文字列: GRVIRNQRKG AGSIFTSHTR LRQGAAKLRT LDYAERHGYI RGIVKQIVHD SGRGAPLAKV VFRDPYKYRL REEIFIANEG VHTGQFIYA GKKASLNVGN VLPLGSVPEG TIVSNVEEKP GDRGALARAS GNYVIIIGHN PDENKTRVRL PSGAKKVISS D ARGVIGVI ...文字列:
GRVIRNQRKG AGSIFTSHTR LRQGAAKLRT LDYAERHGYI RGIVKQIVHD SGRGAPLAKV VFRDPYKYRL REEIFIANEG VHTGQFIYA GKKASLNVGN VLPLGSVPEG TIVSNVEEKP GDRGALARAS GNYVIIIGHN PDENKTRVRL PSGAKKVISS D ARGVIGVI AGGGRVDKPL LKAGRAFHKY RLKRNSWPKT RGVAMNPVDH PHGGGNHQHI GKASTISRGA VSGQKAGLIA AR RTGLLRG SQKTQ

+
分子 #41: 60S ribosomal protein L30

分子名称: 60S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 10.558344 KDa
配列文字列:
SINQKLALVI KSGKYTLGYK STVKSLRQGK SKLIIIAANT PVLRKSELEY YAMLSKTKVY YFQGGNNELG TAVGKLFRVG VVSILEAGD SDILTTLA

+
分子 #42: 60S ribosomal protein L3

分子名称: 60S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 43.719602 KDa
配列文字列: SHRKYEAPRH GHLGFLPRKR AASIRARVKA FPKDDRSKPV ALTSFLGYKA GMTTIVRDLD RPGSKFHKRE VVEAVTVVDT PPVVVVGVV GYVETPRGLR SLTTVWAEHL SDEVKRRFYK NWYKSKKKAF TKYSAKYAQD GAGIERELAR IKKYASVVRV L VHTQIRKT ...文字列:
SHRKYEAPRH GHLGFLPRKR AASIRARVKA FPKDDRSKPV ALTSFLGYKA GMTTIVRDLD RPGSKFHKRE VVEAVTVVDT PPVVVVGVV GYVETPRGLR SLTTVWAEHL SDEVKRRFYK NWYKSKKKAF TKYSAKYAQD GAGIERELAR IKKYASVVRV L VHTQIRKT PLAQKKAHLA EIQLNGGSIS EKVDWAREHF EKTVAVDSVF EQNEMIDAIA VTKGHGFEGV THRWGTKKLP RK THRGLRK VACIGAWHPA HVMWSVARAG QRGYHSRTSI NHKIYRVGKG DDEANGATSF DRTKKTITPM GGFVHYGEIK NDF IMVKGC IPGNRKRIVT LRKSLYTNTS RKALEEVSLK WIDTASKFGK GRFQTPAEKH AFMGTLKKDL

+
分子 #43: 60S ribosomal protein L31-A

分子名称: 60S ribosomal protein L31-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 12.649754 KDa
配列文字列:
LKDVVTREYT INLHKRLHGV SFKKRAPRAV KEIKKFAKLH MGTDDVRLAP ELNQAIWKRG VKGVEYRLRL RISRKRNEEE DAKNPLFSY VEPVLVASAK GLQTVVVEED

+
分子 #44: 60S ribosomal protein L4-A

分子名称: 60S ribosomal protein L4-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 39.027926 KDa
配列文字列: SRPQVTVHSL TGEATANALP LPAVFSAPIR PDIVHTVFTS VNKNKRQAYA VSEKAGHQTS AESWGTGRAV ARIPRVGGGG TGRSGQGAF GNMCRGGRMF APTKTWRKWN VKVNHNEKRY ATASAIAATA VASLVLARGH RVEKIPEIPL VVSTDLESIQ K TKEAVAAL ...文字列:
SRPQVTVHSL TGEATANALP LPAVFSAPIR PDIVHTVFTS VNKNKRQAYA VSEKAGHQTS AESWGTGRAV ARIPRVGGGG TGRSGQGAF GNMCRGGRMF APTKTWRKWN VKVNHNEKRY ATASAIAATA VASLVLARGH RVEKIPEIPL VVSTDLESIQ K TKEAVAAL KAVGAHSDLL KVLKSKKLRA GKGKYRNRRW TQRRGPLVVY AEDNGIVKAL RNVPGVETAN VASLNLLQLA PG AHLGRFV IWTEAAFTKL DQVWGSETVA SSKVGYTLPS HIISTSDVTR IINSSEIQSA IRPAGQATQK RTHVLKKNPL KNK QVLLRL NPYAKVFAAE KLGSKKAEKT GTKPAAVFTE TLKHD

+
分子 #45: 60S ribosomal protein L32

分子名称: 60S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 14.478054 KDa
配列文字列:
ASLPHPKIVK KHTKKFKRHH SDRYHRVAEN WRKQKGIDSV VRRRFRGNIS QPKIGYGSNK KTKFLSPSGH KTFLVANVKD LETLTMHTK TYAAEIAHNI SAKNRVVILA RAKALGIKVT NPKGRLAL

+
分子 #46: 60S ribosomal protein L5

分子名称: 60S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 33.633633 KDa
配列文字列: AFQKDAKSSA YSSRFQTPFR RRREGKTDYY QRKRLVTQHK AKYNTPKYRL VVRFTNKDII CQIISSTITG DVVLAAAYSH ELPRYGITH GLTNWAAAYA TGLLIARRTL QKLGLDETYK GVEEVEGEYE LTEAVEDGPR PFKVFLDIGL QRTTTGARVF G ALKGASDG ...文字列:
AFQKDAKSSA YSSRFQTPFR RRREGKTDYY QRKRLVTQHK AKYNTPKYRL VVRFTNKDII CQIISSTITG DVVLAAAYSH ELPRYGITH GLTNWAAAYA TGLLIARRTL QKLGLDETYK GVEEVEGEYE LTEAVEDGPR PFKVFLDIGL QRTTTGARVF G ALKGASDG GLYVPHSENR FPGWDFETEE IDPELLRSYI FGGHVSQYME ELADDDEERF SELFKGYLAD DIDADSLEDI YT SAHEAIR ADPAFKPTEK KFTKEQYAAE SKKYRQTKLS KEERAARVAA KIAALAGQQ

+
分子 #47: 60S ribosomal protein L33-A

分子名称: 60S ribosomal protein L33-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 12.045935 KDa
配列文字列:
AESHRLYVKG KHLSYQRSKR VNNPNVSLIK IEGVATPQDA QFYLGKRIAY VYRASKEVRG SKIRVMWGKV TRTHGNSGVV RATFRNNLP AKTFGASVRI FLYPSNI

+
分子 #48: 60S ribosomal protein L6-A

分子名称: 60S ribosomal protein L6-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 19.869369 KDa
配列文字列:
SAQKAPKWYP SEDVAALKKT RKAARPQKLR ASLVPGTVLI LLAGRFRGKR VVYLKHLEDN TLLISGPFKV NGVPLRRVNA RYVIATSTK VSVEGVNVEK FNVEYFAKEK LTKKEKKEAN LFPEQQNKEI KAERVEDQKV VDKALIAEIK KTPLLKQYLS A SFSLKNGD KPHMLKF

+
分子 #49: 60S ribosomal protein L1-A

分子名称: 60S ribosomal protein L1-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 22.974033 KDa
配列文字列: VKELLKYSNE TKKRNFLETV ELQVGLKNYD PQRDKRFSGS LKLPNCPRPN MSICIFGDAF DVDRAKSCGV DAMSVDDLKK LNKNKKLIK KLSKKYNAFI ASEVLIKQVP RLLGPQLSKA GKFPTPVSHN DDLYGKVTDV RSTIKFQLKK VLCLAVAVGN V EMEEDVLV ...文字列:
VKELLKYSNE TKKRNFLETV ELQVGLKNYD PQRDKRFSGS LKLPNCPRPN MSICIFGDAF DVDRAKSCGV DAMSVDDLKK LNKNKKLIK KLSKKYNAFI ASEVLIKQVP RLLGPQLSKA GKFPTPVSHN DDLYGKVTDV RSTIKFQLKK VLCLAVAVGN V EMEEDVLV NQILMSVNFF VSLLKKNWQN VGSLVVKSSM GPAFRL

+
分子 #29: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 29 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 38.951105 KDa
配列文字列:
GGUUGCGGCC AUAUCUACCA GAAAGCACCG UUUCCCGUCC GAUCAACUGU AGUUAAGCUG GUAAGAGCCU GACCGAGUAG UGUAGUGGG UGACCAUACG CGAAACUCAG GUGCUGCAAU CU

+
分子 #31: 5.8S rRNA

分子名称: 5.8S rRNA / タイプ: rna / ID: 31 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 50.682922 KDa
配列文字列:
AAACUUUCAA CAACGGAUCU CUUGGUUCUC GCAUCGAUGA AGAACGCAGC GAAAUGCGAU ACGUAAUGUG AAUUGCAGAA UUCCGUGAA UCAUCGAAUC UUUGAACGCA CAUUGCGCCC CUUGGUAUUC CAGGGGGCAU GCCUGUUUGA GCGUCAUUU

+
分子 #34: tRNA-Ala

分子名称: tRNA-Ala / タイプ: rna / ID: 34 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 24.502477 KDa
配列文字列:
GGGCGUGUGG CGUAGUCGGU AGCGCGCUCC CUUAGCAUGG GAGAGGUCUC CGGUUCGAUU CCGGACUCGU CCGCCA

+
分子 #50: 25S rRNA

分子名称: 25S rRNA / タイプ: rna / ID: 50 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 1.071848375 MDa
配列文字列: UUGACCUCAA AUCAGGUAGG AGUACCCGCU GAACUUAAGC AUAUCAAUAA GCGGAGGAAA AGAAACCAAC CGGGAUUGCC UUAGUAACG GCGAGUGAAG CGGCAAAAGC UCAAAUUUGA AAUCUGGUAC CUUCGGUGCC CGAGUUGUAA UUUGGAGAGG G CAACUUUG ...文字列:
UUGACCUCAA AUCAGGUAGG AGUACCCGCU GAACUUAAGC AUAUCAAUAA GCGGAGGAAA AGAAACCAAC CGGGAUUGCC UUAGUAACG GCGAGUGAAG CGGCAAAAGC UCAAAUUUGA AAUCUGGUAC CUUCGGUGCC CGAGUUGUAA UUUGGAGAGG G CAACUUUG GGGCCGUUCC UUGUCUAUGU UCCUUGGAAC AGGACGUCAU AGAGGGUGAG AAUCCCGUGU GGCGAGGAGU GC GGUUCUU UGUAAAGUGC CUUCGAAGAG UCGAGUUGUU UGGGAAUGCA GCUCUAAGUG GGUGGUAAAU UCCAUCUAAA GCU AAAUAU UGGCGAGAGA CCGAUAGCGA ACAAGUACAG UGAUGGAAAG AUGAAAAGAA CUUUGAAAAG AGAGUGAAAA AGUA CGUGA AAUUGUUGAA AGGGAAGGGC AUUUGAUCAG ACAGGCCAGC AUCAGUUUUG GUGGCAGGAU AAAUCCAUAG GAAUG UAGC UUGCCUCGGU AAGUAUUAUA GCCUGUGGGA AUACUGCCAG CUGGGACUGA GGACUGCGAC GUAAGUCAAG GAUGCU GGC AUAAUGGUUA UAUGCCGCCC GUCUUGAAAC ACGGACCAAG GAGUCUAACG UCUAUGCGAG UGUUUGGGUG UAAAACC CA UACGCGUAAU GAAAGUGAAC GUAGGUUGGG GCCUCGCAAG AGGUGCACAA UCGACCGAUC CUGAUGUCUU CGGAUGGA U UUGAGUAAGA GCAUAGCUGU UGGGACCCGA AAGAUGGUGA ACUAUGCCUG AAUAGGGUGA AGCCAGAGGA AACUCUGGU GGAGGCUCGU AGCGGUUCUG ACGUGCAAAU CGAUCGUCGA AUUUGGGUAU AGGGGCGAAA GACUAAUCGA ACCAUCUAGU AGCUGGUUC CUGCCGAAGU UUCCCUCAGG AUAGCAGAAG CUCGUAUCAG UUUUAUGAGG UAAAGCGAAU GAUUAGAGGU U CCGGGGUC GAAAUGACCU UGACCUAUUC UCAAACUUUA AAUAUGUAAG AAGUCCUUGU UACUUAAUUG AACGUGGACA UU UGAAUGA AGAGCUUUUA GUGGGCCAUU UUUGGUAAGC AGAACUGGCG AUGCGGGAUG AACCGAACGU AGAGUUAAGG UGC CGGAAU ACACGCUCAU CAGACACCAC AAAAGGUGUU AGUUCAUCUA GACAGCCGGA CGGUGGCCAU GGAAGUCGGA AUCC GCUAA GGAGUGUGUA ACAACUCACC GGCCGAAUGA ACUAGCCCUG AAAAUGGAUG GCGCUCAAGC GUGUUACCUA UACUC UACC GUCAGGGUUG AUAUGAUGCC CUGACGAGUA GGCAGGCGUG GAGGUCAGUG ACGAAGCCUA GACCGUAAGG UCGGGU CGA ACGGCCUCUA GUGCAGAUCU UGGUGGUAGU AGCAAAUAUU CAAAUGAGAA CUUUGAAGAC UGAAGUGGGG AAAGGUU CC ACGUCAACAG CAGUUGGACG UGGGUUAGUC GAUCCUAAGA GAUGGGGAAG CUCCGUUUCA AAGGCCUGAU UUUAUGCA G GCCACCAUCG AAAGGGAAUC CGGUUAAGAU UCCGGAACCU GGAUAUGGAU UCUUCACGGU AACGUAACUG AAUGUGGAG ACGUCGGCGC GAGCCCUGGG AGGAGUUAUC UUUUCUUCUU AACAGCUUAU CACCCCGGAA UUGGUUUAUC CGGAGAUGGG GUCUUAUGG CUGGAAGAGG CCAGCACCUU UGCUGGCUCC GGUGCGCUUG UGACGGCCCG UGAAAAUCCA CAGGAAGGAA U AGUUUUCA UGCCAGGUCG UACUGAUAAC CGCAGCAGGU CUCCAAGGUG AACAGCCUCU AGUUGAUAGA AUAAUGUAGA UA AGGGAAG UCGGCAAAAU AGAUCCGUAA CUUCGGGAUA AGGAUUGGCU CUAAGGGUCG GGUAGUGAGA GCCUUGGUCA GAC GCAGCG GGCGUGCUUG UGGACUGCUU GGUGGGGCUU GCUCUGCUAG GCGGACUACU UGCGUGCCUU GUUGUAGACG GCCU UGGUC UUGCUACACG AUCAACUUAG AACUGGUACG GACAAGGGGA AUCUGACUGU CUAAUUAAAA CAUAGCAUUG CGAUG GUCA GAAAGUGAUG UUGACGCAAU GUGAUUUCUG CCCAGUGCUC UGAAUGUCAA AGUGAAGAAA UUCAACCAAG CGCGGG UAA ACGGCGGGAG UAACUAUGAC UCUCUUAAGG UAGCCAAAUG CCUCGUCAUC UAAUUAGUGA CGCGCAUGAA UGGAUUA AC GAGAUUCCCA CUGUCCCUAU CUACUAUCUA GCGAAACCAC AGCCAAGGGA ACGGGCUUGG CAGAAUCAGC GGGGAAAG A AGACCCUGUU GAGCUUGACU CUAGUUUGAC AUUGUGAAGA GACAUAGAGG GUGUAGAAUA AGUGGGAGCU UCGGCGCCA GUGAAAUACC ACUACCUUUA UAGUUUCUUU ACUUAUUCAA UGAAGCGGAG CUGGAAUUCA UUUUCCACGU UCUAGCAUUC AAGGUCCCA UUCGGGGCUG AUCCGGGUUG AAGACAUUGU CAGGUGGGGA GUUUGGCUGG GGCGGCACAU CUGUUAAACG A UAACGCAG AUGUCCUAAG GGGGGCUCAU GGAGAACAGA AAUCUCCAGU AGAACAAAAG GGUAAAAGCC CCCUUGAUUU UG AUUUUCA GUGUGAAUAC AAACCAUGAA AGUGUGGCCU AUCGAUCCUU UAGUCCCUCG GAAUUUGAGG CUAGAGGUGC CAG AAAAGU UACCACAGGG AUAACUGGCU UGUGGCAGUC AAGCGUUCAU AGCGACAUUG CUUUUUGAUU CUUCGAUGUC GGCU CUUCC UAUCAUACCG AAGCAGAAUU CGGUAAGCGU UGGAUUGUUC ACCCACUAAU AGGGAACGUG AGCUGGGUUU AGACC GUCG UGAGACAGGU UAGUUUUACC CUACUGAUGA AUGUUACCGC AAUAGUAAUU GAACUUAGUA CGAGAGGAAC AGUUCA UUC GGAUAAUUGG UUUUUGCGGC UGUCUGAUCA GGCAUUGCCG CGAAGCUACC AUCCGCUGGA UUAUGGCUGA ACGCCUC UA AGUCAGAAUC CAUGCUAGAA CGCGGUGAUU UCUUUGCUCC ACACAAUAUA GAUGGAUACG AAUAAGGCGU CCUUGUGG C GUCGCUGAAC CAUAGCAGGC UAGCAACGGU GCACUUGGCG GAAAGGCCUU GGGUGCUUGC UGGCGAAUUG CAAUGUCAU UUUGCGUGGG GAUAAAUCAU UUGUAUACGA CUUAGAUGUA CAACGGGGUA UUGUAAGCAG UAGAGUAGCC UUGUUGUUAC GAUCUGCUG AGAUUAAGCC UUUGUUGUCU GAUUUGU

+
分子 #51: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 51 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 2.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5gak

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 31832
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る