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- EMDB-4742: Structural basis of Cullin-2 RING E3 ligase regulation by the COP... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4742
タイトルStructural basis of Cullin-2 RING E3 ligase regulation by the COP9 signalosome
マップデータStructural basis of Cullin-2 RING E3 ligase regulation by the COP9 signalosome
試料
  • 複合体: CSN-CRL2-N8
    • タンパク質・ペプチド: x 13種
  • リガンド: x 2種
キーワードCullin-Ring E3 Ligases (CRLs) COP9 signalosome (CSN) Deneddylation / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide-excision repair factor 4 complex / COP9 signalosome assembly / trophectodermal cell proliferation / macrophage migration inhibitory factor binding / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / global genome nucleotide-excision repair / exosomal secretion / GTPase inhibitor activity / deNEDDylase activity / protein deneddylation ...nucleotide-excision repair factor 4 complex / COP9 signalosome assembly / trophectodermal cell proliferation / macrophage migration inhibitory factor binding / regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / global genome nucleotide-excision repair / exosomal secretion / GTPase inhibitor activity / deNEDDylase activity / protein deneddylation / regulation of protein neddylation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / COP9 signalosome / cullin-RING ubiquitin ligase complex / cellular response to chemical stress / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / target-directed miRNA degradation / VCB complex / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / elongin complex / positive regulation of protein autoubiquitination / protein neddylation / regulation of JNK cascade / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / metal-dependent deubiquitinase activity / NEDD8 ligase activity / RHOBTB1 GTPase cycle / negative regulation of response to oxidative stress / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / SCF ubiquitin ligase complex / inner cell mass cell proliferation / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of type I interferon production / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of mitophagy / Prolactin receptor signaling / skeletal muscle cell differentiation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / cullin family protein binding / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / regulation of postsynapse assembly / regulation of proteolysis / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / response to light stimulus / anatomical structure morphogenesis / protein monoubiquitination / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / protein K48-linked ubiquitination / response to UV / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Formation of RNA Pol II elongation complex / JNK cascade / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / regulation of cellular response to insulin stimulus / translation initiation factor activity / positive regulation of TORC1 signaling / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / post-translational protein modification / intrinsic apoptotic signaling pathway / T cell activation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Regulation of BACH1 activity / transcription corepressor binding / nucleotide-excision repair / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / cellular response to amino acid stimulus / Degradation of DVL / transcription elongation by RNA polymerase II / Degradation of GLI1 by the proteasome / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Iron uptake and transport / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Hedgehog 'on' state / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / DNA Damage Recognition in GG-NER / RING-type E3 ubiquitin transferase
類似検索 - 分子機能
COP9 signalosome, subunit CSN8 / COP9 signalosome complex subunit 7, helix I / : / : / COP9 signalosome complex subunit 7a helix I domain / COP9 signalosome complex subunit 3-like, C-terminal helix / CSN7 helical bundle subdomain / COP9 signalosome complex subunit 3, N-terminal helical repeats / COP9 signalosome subunit 6 / : ...COP9 signalosome, subunit CSN8 / COP9 signalosome complex subunit 7, helix I / : / : / COP9 signalosome complex subunit 7a helix I domain / COP9 signalosome complex subunit 3-like, C-terminal helix / CSN7 helical bundle subdomain / COP9 signalosome complex subunit 3, N-terminal helical repeats / COP9 signalosome subunit 6 / : / COP9 signalosome complex subunit 1, C-terminal helix / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / COP9 signalosome complex subunit 4, helix turn helix domain / Cop9 signalosome subunit 5 C-terminal domain / CSN4/RPN5/eIF3a helix turn helix domain / Nedd8-like ubiquitin / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M eIF3m/COP9 signalosome complex subunit 7 COPS7 / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / : / : / : / PSMD12/CSN4, N-terminal / Cullin protein neddylation domain / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7/COP9 signalosome complex subunit 1 / 26S proteasome regulatory subunit Rpn7, N-terminal / 26S proteasome subunit RPN7 / 26S Proteasome non-ATPase regulatory subunit 12/COP9 signalosome complex subunit 4 / : / Cullin, conserved site / Elongin-C / Cullin family signature. / Elongin B / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / PCI/PINT associated module / Cullin / CSN8/PSMD8/EIF3K / CSN8/PSMD8/EIF3K family / Rpn11/EIF3F, C-terminal / Maintenance of mitochondrial structure and function / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / : / motif in proteasome subunits, Int-6, Nip-1 and TRIP-15 / PCI domain / Proteasome component (PCI) domain / PCI domain profile. / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
COP9 signalosome complex subunit 2 / E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / Elongin-C / COP9 signalosome complex subunit 1 / Cullin-2 / Elongin-B / Ubiquitin-like protein NEDD8 / COP9 signalosome complex subunit 6 / COP9 signalosome complex subunit 5 / COP9 signalosome complex subunit 8 ...COP9 signalosome complex subunit 2 / E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / Elongin-C / COP9 signalosome complex subunit 1 / Cullin-2 / Elongin-B / Ubiquitin-like protein NEDD8 / COP9 signalosome complex subunit 6 / COP9 signalosome complex subunit 5 / COP9 signalosome complex subunit 8 / COP9 signalosome complex subunit 4 / COP9 signalosome complex subunit 7b / COP9 signalosome complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å
データ登録者Faull SF / Lau AMC
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Cancer Research UK 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural basis of Cullin 2 RING E3 ligase regulation by the COP9 signalosome.
著者: Sarah V Faull / Andy M C Lau / Chloe Martens / Zainab Ahdash / Kjetil Hansen / Hugo Yebenes / Carla Schmidt / Fabienne Beuron / Nora B Cronin / Edward P Morris / Argyris Politis /
要旨: Cullin-Ring E3 Ligases (CRLs) regulate a multitude of cellular pathways through specific substrate receptors. The COP9 signalosome (CSN) deactivates CRLs by removing NEDD8 from activated Cullins. ...Cullin-Ring E3 Ligases (CRLs) regulate a multitude of cellular pathways through specific substrate receptors. The COP9 signalosome (CSN) deactivates CRLs by removing NEDD8 from activated Cullins. Here we present structures of the neddylated and deneddylated CSN-CRL2 complexes by combining single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) with chemical cross-linking mass spectrometry (XL-MS). These structures suggest a conserved mechanism of CSN activation, consisting of conformational clamping of the CRL2 substrate by CSN2/CSN4, release of the catalytic CSN5/CSN6 heterodimer and finally activation of the CSN5 deneddylation machinery. Using hydrogen-deuterium exchange (HDX)-MS we show that CRL2 activates CSN5/CSN6 in a neddylation-independent manner. The presence of NEDD8 is required to activate the CSN5 active site. Overall, by synergising cryo-EM with MS, we identify sensory regions of the CSN that mediate its stepwise activation and provide a framework for understanding the regulatory mechanism of other Cullin family members.
履歴
登録2019年3月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月28日-
マップ公開2019年8月28日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6r7i
  • 表面レベル: 6
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4742.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4742.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structural basis of Cullin-2 RING E3 ligase regulation by the COP9 signalosome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 300 pix.
= 318. Å		1.06 Å/pix.
x 300 pix.
= 318. Å		1.06 Å/pix.
x 300 pix.
= 318. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.0 / ムービー #1: 6
最小 - 最大-12.318111 - 28.965525
平均 (標準偏差)0.000000007566055 (±1.0000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-150-150-150
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 317.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z318.000318.000318.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ132132232
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-150-150-150
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-12.31828.9660.000

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添付データ

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試料の構成要素

+
全体 : CSN-CRL2-N8

全体名称: CSN-CRL2-N8
要素
  • 複合体: CSN-CRL2-N8
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 7b
    • タンパク質・ペプチド: COP9 signalosome complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: NEDD8
    • タンパク質・ペプチド: Cullin-2
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-B
    • タンパク質・ペプチド: Elongin-C
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: CSN-CRL2-N8

超分子名称: CSN-CRL2-N8 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#13
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: COP9 signalosome complex subunit 1

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.494109 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: KVYIEKDVEN PSLDLEQYAA SYSGLMRIER LQFIADHCPT LRVEALKMAL SFVQRTFNVD MYEEIHRKLS EATRSSLREL QNAPDAIPE SGVEPPALDT AWVEATRKKA LLKLEKLDTD LKNYKGNSIK ESIRRGHDDL GDHYLDCGDL SNALKCYSRA R DYCTSAKH ...文字列:
KVYIEKDVEN PSLDLEQYAA SYSGLMRIER LQFIADHCPT LRVEALKMAL SFVQRTFNVD MYEEIHRKLS EATRSSLREL QNAPDAIPE SGVEPPALDT AWVEATRKKA LLKLEKLDTD LKNYKGNSIK ESIRRGHDDL GDHYLDCGDL SNALKCYSRA R DYCTSAKH VINMCLNVIK VSVYLQNWSH VLSYVSKAES TPEIAEQRGE RDSQTQAILT KLKCAAGLAE LAARKYKQAA KC LLLASFD HCDFPELLSP SNVAIYGGLC ALATFDRQEL QRNVISSSSF KLFLELEPQV RDIIFKFYES KYASCLKMLD EMK DNLLLD MYLAPHVRTL YTQIRNRALI QYFSPYVSAD MHRMAAAFNT TVAALEDELT QLILEGLISA RVDSHSKILY ARDV DQRST TFEKSLLMGK EFQRRAKAMM LRAAVLRNQI HVKSPPREGS QGELTPANSQ SRMSTNM

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 1

+
分子 #2: COP9 signalosome complex subunit 2

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 51.66457 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSDMEDDFMC DDEEDYDLEY SEDSNSEPNV DLENQYYNSK ALKEDDPKAA LSSFQKVLEL EGEKGEWGFK ALKQMIKINF KLTNFPEMM NRYKQLLTYI RSAVTRNYSE KSINSILDYI STSKQMDLLQ EFYETTLEAL KDAKNDRLWF KTNTKLGKLY L EREEYGKL ...文字列:
MSDMEDDFMC DDEEDYDLEY SEDSNSEPNV DLENQYYNSK ALKEDDPKAA LSSFQKVLEL EGEKGEWGFK ALKQMIKINF KLTNFPEMM NRYKQLLTYI RSAVTRNYSE KSINSILDYI STSKQMDLLQ EFYETTLEAL KDAKNDRLWF KTNTKLGKLY L EREEYGKL QKILRQLHQS CQTDDGEDDL KKGTQLLEIY ALEIQMYTAQ KNNKKLKALY EQSLHIKSAI PHPLIMGVIR EC GGKMHLR EGEFEKAHTD FFEAFKNYDE SGSPRRTTCL KYLVLANMLM KSGINPFDSQ EAKPYKNDPE ILAMTNLVSA YQN NDITEF EKILKTNHSN IMDDPFIREH IEELLRNIRT QVLIKLIKPY TRIHIPFISK ELNIDVADVE SLLVQCILDN TIHG RIDQV NQLLELDHQK RGGARYTALD KWTNQLNSLN QAVVSKLA

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 2

+
分子 #3: COP9 signalosome complex subunit 3

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.606543 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: SALEQFVNSV RQLSAQGQMT QLCELINKSG ELLAKNLSHL DTVLGALDVQ EHSLGVLAVL FVKFSMPSVP DFETLFSQVQ LFISTCNGE HIRYATDTFA GLCHQLTNAL VERKQPLRGI GILKQAIDKM QMNTNQLTSI HADLCQLCLL AKCFKPALPY L DVDMMDIC ...文字列:
SALEQFVNSV RQLSAQGQMT QLCELINKSG ELLAKNLSHL DTVLGALDVQ EHSLGVLAVL FVKFSMPSVP DFETLFSQVQ LFISTCNGE HIRYATDTFA GLCHQLTNAL VERKQPLRGI GILKQAIDKM QMNTNQLTSI HADLCQLCLL AKCFKPALPY L DVDMMDIC KENGAYDAKH FLCYYYYGGM IYTGLKNFER ALYFYEQAIT TPAMAVSHIM LESYKKYILV SLILLGKVQQ LP KYTSQIV GRFIKPLSNA YHELAQVYST NNPSELRNLV NKHSETFTRD NNMGLVKQCL SSLYKKNIQR LTKTFLTLSL QDM ASRVQL SGPQEAEKYV LHMIEDGEIF ASINQKDGMV SFHDNPEKYN NPAMLHNIDQ EMLKCIELDE RLKAMDQEIT VNPQ F

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 3

+
分子 #4: COP9 signalosome complex subunit 4

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.479879 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: RMAAAVRQDL AQLMNSSGSH KDLAGKYRQI LEKAIQLSGA EQLEALKAFV EAMVNENVSL VISRQLLTDF CTHLPNLPDS TAKEIYHFT LEKIQPRVIS FEEQVASIRQ HLASIYEKEE DWRNAAQVLV GIPLETGQKQ YNVDYKLETY LKIARLYLED D DPVQAEAY ...文字列:
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UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 4

+
分子 #5: COP9 signalosome complex subunit 5

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.621742 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAASGSGMAQ KTWELANNMQ EAQSIDEIYK YDKKQQQEIL AAKPWTKDHH YFKYCKISAL ALLKMVMHAR SGGNLEVMGL MLGKVDGET MIIMDSFALP VEGTETRVNA QAAAYEYMAA YIENAKQVGR LENAIGWYHS HPGYGCWLSG IDVSTQMLNQ Q FQEPFVAV ...文字列:
MAASGSGMAQ KTWELANNMQ EAQSIDEIYK YDKKQQQEIL AAKPWTKDHH YFKYCKISAL ALLKMVMHAR SGGNLEVMGL MLGKVDGET MIIMDSFALP VEGTETRVNA QAAAYEYMAA YIENAKQVGR LENAIGWYHS HPGYGCWLSG IDVSTQMLNQ Q FQEPFVAV VIDPTRTISA GKVNLGAFRT YPKGYKPPDE GPSEYQTIPL NKIEDFGVHC KQYYALEVSY FKSSLDRKLL EL LWNKYWV NTLSSSSLLT NADYTTGQVF DLSEKLEQSE AQLGRGSFML GLETHDRKSE DKLAKATRDS CKTTIEAIHG LMS QVIKDK LFNQINIS

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 5

+
分子 #6: COP9 signalosome complex subunit 6

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.203398 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAAAAAAAAA TNGTGGSSGM EVDAAVVPSV MACGVTGSVS VALHPLVILN ISDHWIRMRS QEGRPVQVIG ALIGKQEGRN IEVMNSFEL LSHTVEEKII IDKEYYYTKE EQFKQVFKEL EFLGWYTTGG PPDPSDIHVH KQVCEIIESP LFLKLNPMTK H TDLPVSVF ...文字列:
MAAAAAAAAA TNGTGGSSGM EVDAAVVPSV MACGVTGSVS VALHPLVILN ISDHWIRMRS QEGRPVQVIG ALIGKQEGRN IEVMNSFEL LSHTVEEKII IDKEYYYTKE EQFKQVFKEL EFLGWYTTGG PPDPSDIHVH KQVCEIIESP LFLKLNPMTK H TDLPVSVF ESVIDIINGE ATMLFAELTY TLATEEAERI GVDHVARMTA TGSGENSTVA EHLIAQHSAI KMLHSRVKLI LE YVKASEA GEVPFNHEIL REAYALCHCL PVLSTDKFKT DFYDQCNDVG LMAYLGTITK TCNTMNQFVN KFNVLYDRQG IGR RMRGLF F

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 6

+
分子 #7: COP9 signalosome complex subunit 7b

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 7b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.9444 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAGEQKPSSN LLEQFILLAK GTSGSALTAL ISQVLEAPGV YVFGELLELA NVQELAEGAN AAYLQLLNLF AYGTYPDYIA NKESLPELS TAQQNKLKHL TIVSLASRMK CIPYSVLLKD LEMRNLRELE DLIIEAVYTD IIQGKLDQRN QLLEVDFCIG R DIRKKDLS ...文字列:
MAGEQKPSSN LLEQFILLAK GTSGSALTAL ISQVLEAPGV YVFGELLELA NVQELAEGAN AAYLQLLNLF AYGTYPDYIA NKESLPELS TAQQNKLKHL TIVSLASRMK CIPYSVLLKD LEMRNLRELE DLIIEAVYTD IIQGKLDQRN QLLEVDFCIG R DIRKKDLS AIARTLQEWC VGCEVVLSGI EEQVSRANQH KEQQLGLKQQ IESEVAN

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 7b

+
分子 #8: COP9 signalosome complex subunit 8

分子名称: COP9 signalosome complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.245543 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MPVAVMAESA FSFKKLLDQC ENQELEAPGG IATPPVYGQL LALYLLHNDM NNARYLWKRI PPAIKSANSE LGGIWSVGQR IWQRDFPGI YTTINAHQWS ETVQPIMEAL RDATRRRAFA LVSQAYTSII ADDFAAFVGL PVEEAVKGIL EQGWQADSTT R MVLPRKPV ...文字列:
MPVAVMAESA FSFKKLLDQC ENQELEAPGG IATPPVYGQL LALYLLHNDM NNARYLWKRI PPAIKSANSE LGGIWSVGQR IWQRDFPGI YTTINAHQWS ETVQPIMEAL RDATRRRAFA LVSQAYTSII ADDFAAFVGL PVEEAVKGIL EQGWQADSTT R MVLPRKPV AGALDVSFNK FIPLSEPAPV PPIPNEQQLA RLTDYVAFLE N

UniProtKB: COP9 signalosome complex subunit 8

+
分子 #9: NEDD8

分子名称: NEDD8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.876831 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
GS(MSE)LIKVKTL TGKEIEIDIE PTDKVERIKE RVEEKEGIPP QQQRLIYSGK Q(MSE)NDEKTAAD YKI(MSE)GGSV L HLVLALRGG

+
分子 #10: Cullin-2

分子名称: Cullin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 87.09893 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSLKPRVVDF DETWNKLLTT IKAVVMLEYV ERATWNDRFS DIYALCVAYP EPLGERLYTE TKIFLENHVR HLHKRVLESE EQVLVMYHR YWEEYSKGAD YMDCLYRYLN TQFIKKNKLT EADLQYGYGG VDMNEPLMEI GELALDMWRK LMVEPLQAIL I RMLLREIK ...文字列:
MSLKPRVVDF DETWNKLLTT IKAVVMLEYV ERATWNDRFS DIYALCVAYP EPLGERLYTE TKIFLENHVR HLHKRVLESE EQVLVMYHR YWEEYSKGAD YMDCLYRYLN TQFIKKNKLT EADLQYGYGG VDMNEPLMEI GELALDMWRK LMVEPLQAIL I RMLLREIK NDRGGEDPNQ KVIHGVINSF VHVEQYKKKF PLKFYQEIFE SPFLTETGEY YKQEASNLLQ ESNCSQYMEK VL GRLKDEE IRCRKYLHPS SYTKVIHECQ QRMVADHLQF LHAECHNIIR QEKKNDMANM YVLLRAVSTG LPHMIQELQN HIH DEGLRA TSNLTQENMP TLFVESVLEV HGKFVQLINT VLNGDQHFMS ALDKALTSVV NYREPKSVCK APELLAKYCD NLLK KSAKG MTENEVEDRL TSFITVFKYI DDKDVFQKFY ARMLAKRLIH GLSMSMDSEE AMINKLKQAC GYEFTSKLHR MYTDM SVSA DLNNKFNNFI KNQDTVIDLG ISFQIYVLQA GAWPLTQAPS STFAIPQELE KSVQMFELFY SQHFSGRKLT WLHYLC TGE VKMNYLGKPY VAMVTTYQMA VLLAFNNSET VSYKELQDST QMNEKELTKT IKSLLDVKMI NHDSEKEDID AESSFSL NM NFSSKRTKFK ITTSMQKDTP QEMEQTRSAV DEDRKMYLQA AIVRIMKARK VLRHNALIQE VISQSRARFN PSISMIKK C IEVLIDKQYI ERSQASADEY SYVA

UniProtKB: Cullin-2

+
分子 #11: Elongin-B

分子名称: Elongin-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.973649 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MDVFLMIRRH KTTIFTDAKE SSTVFELKRI VEGILKRPPD EQRLYKDDQL LDDGKTLGEC GFTSQTARPQ APATVGLAFR ADDTFEALC IEPFSSPPEL PDVMKPQ

UniProtKB: Elongin-B

+
分子 #12: Elongin-C

分子名称: Elongin-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.33876 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MSQDFVTLVS KDDKEYEISR SAAMISPTLK AMIEGPFRES KGRIELKQFD SHILEKAVEY LNYNLKYSGV SEDDDEIPEF EIPTEMSLE LLLAADYLSI

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分子 #13: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.021553 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
KKKRFEVKKW NAVALWAWDI VVDNCAICRN HIMDLCIECQ ANQASATSEE CTVAWGVCNH AFHFHCISRW LKTRQVCPLD NREWE

+
分子 #14: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #15: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 169 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 5 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 75.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.8 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 316921
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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