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万見
- EMDB-47366: CryoEM structure of inducible Lysine decarboxylase from Hafnia al... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-47366
タイトルCryoEM structure of inducible Lysine decarboxylase from Hafnia alvei D-hydrazino-Lysine analog at 2.3 Angstrom resolution
マップデータRESOLVE density modified map
試料
  • 複合体: Inducible Lysine decarboxylase from Hafnia alvei with D-alpha-hydrazino-Lysine inhibitor
    • タンパク質・ペプチド: Lysine decarboxylase, inducible
  • リガンド: (2R)-6-amino-2-[(2E)-2-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)hydrazin-1-yl]hexanoic acid
  • リガンド: water
キーワードL-Lysine decarboxylase / cadaverine / D-alpha-hydrazone inhibitor / LYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine decarboxylase activity / lysine decarboxylase / L-arginine catabolic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Orn/Lys/Arg decarboxylase, N-terminal / Ornithine/lysine/arginine decarboxylase / Orn/Lys/Arg decarboxylase, N-terminal domain / Orn/Lys/Arg decarboxylases family 1 pyridoxal-P attachment site. / Orn/Lys/Arg decarboxylase, major domain / Orn/Lys/Arg decarboxylase, C-terminal / Orn/Lys/Arg decarboxylase, C-terminal domain superfamily / Orn/Lys/Arg decarboxylase, major domain / Orn/Lys/Arg decarboxylase, C-terminal domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Orn/Lys/Arg decarboxylase, N-terminal / Ornithine/lysine/arginine decarboxylase / Orn/Lys/Arg decarboxylase, N-terminal domain / Orn/Lys/Arg decarboxylases family 1 pyridoxal-P attachment site. / Orn/Lys/Arg decarboxylase, major domain / Orn/Lys/Arg decarboxylase, C-terminal / Orn/Lys/Arg decarboxylase, C-terminal domain superfamily / Orn/Lys/Arg decarboxylase, major domain / Orn/Lys/Arg decarboxylase, C-terminal domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
lysine decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Hafnia alvei ATCC 51873 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Duhoo Y / Desfosses A / Gutsche I / Doukov TI / Berkowitz DB
資金援助 フランス, 米国, 4件
OrganizationGrant number国
French National Research AgencyANR-10-INBS-0005-02 フランス
French National Research AgencyANR-17-EURE-0003 フランス
National Science Foundation (NSF, United States)NSF-2102705 米国
National Science Foundation (NSF, United States)NSF-2400333 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2024年10月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_47366.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_47366.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RESOLVE density modified map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.15 Å/pix.
x 400 pix.
= 458. Å		1.15 Å/pix.
x 400 pix.
= 458. Å		1.15 Å/pix.
x 400 pix.
= 458. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.145 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0641
最小 - 最大-1.6729273 - 2.8708928
平均 (標準偏差)-0.0000000000001 (±0.052883454)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 458.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: halfA

ファイルemd_47366_half_map_1.map
注釈halfA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: halfB

ファイルemd_47366_half_map_2.map
注釈halfB
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Inducible Lysine decarboxylase from Hafnia alvei with D-alpha-hyd...

全体名称: Inducible Lysine decarboxylase from Hafnia alvei with D-alpha-hydrazino-Lysine inhibitor
要素
  • 複合体: Inducible Lysine decarboxylase from Hafnia alvei with D-alpha-hydrazino-Lysine inhibitor
    • タンパク質・ペプチド: Lysine decarboxylase, inducible
  • リガンド: (2R)-6-amino-2-[(2E)-2-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)hydrazin-1-yl]hexanoic acid
  • リガンド: water

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超分子 #1: Inducible Lysine decarboxylase from Hafnia alvei with D-alpha-hyd...

超分子名称: Inducible Lysine decarboxylase from Hafnia alvei with D-alpha-hydrazino-Lysine inhibitor
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Inducible Lysine decarboxylase from Hafnia alvei with D-alpha-hydrazino-Lysine inhibitor in ketoenamine form
由来(天然)生物種: Hafnia alvei ATCC 51873 (バクテリア)

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分子 #1: Lysine decarboxylase, inducible

分子名称: Lysine decarboxylase, inducible / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hafnia alvei ATCC 51873 (バクテリア)
分子量理論値: 80.205281 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MNIIAILNHM GVYFKEEPIR ELHKALEALD FQIVYPNDRE DLLKLIDNNA RLCGVIFDWD TYNLDLCEEI SAMNEHLPVY AFANTHSTL DVSLNDLRLN VEFFEYALGA AQDIAQKIRQ STDAYIDEIL PPLTKALFNY VKEGKYTFCT PGHMGGTAFQ K SPVGSIFY ...文字列:
MNIIAILNHM GVYFKEEPIR ELHKALEALD FQIVYPNDRE DLLKLIDNNA RLCGVIFDWD TYNLDLCEEI SAMNEHLPVY AFANTHSTL DVSLNDLRLN VEFFEYALGA AQDIAQKIRQ STDAYIDEIL PPLTKALFNY VKEGKYTFCT PGHMGGTAFQ K SPVGSIFY DFFGANAMKS DISISVGELG SLLDHSGPHK EAEEYIARTF NAERSYMVTN GTSTANKIVG MYSAPAGSTV LI DRNCHKS LTHLMMMSDI TPIYFRPTRN AYGILGGIPK SEFQHDTIAE RVAQTPNATW PVHAVVTNST YDGLLYNTDY IKE ALDVKS IHFDSAWVPY TNFSPIYKGL CGMSGGRVEG KVIYETQSTH KLLAAFSQAS MIHVKGDINE ETFNEAYMMH TSTS PHYGI VASTETAAAM MKGNAGKRLI NGSIERAIRF RKEIKRLNSE SEGWFFDVWQ PEGIDEAKCW PLDSKDNWHG FKDID NDHM YLDPIKVTLL TPGMQKDGSM ADTGIPASIV SKYLDEHGII VEKTGPYNML FLFSIGIDKT KALSLLRALT DFKRSY DLN LRVKNMLPSL YREDPEFYEN MRIQELAQGI HALIQHHNLP DLMYRAFEVL PTMVMNPHAA FQMELRGQTE EVYLEEM IG KVNANMILPY PPGVPLVMPG EMLTEESRPV LEFLQMLCEI GAHYPGFETD IHGAYRQADG RYTVKVIK

UniProtKB: lysine decarboxylase

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分子 #2: (2R)-6-amino-2-[(2E)-2-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)meth...

分子名称: (2R)-6-amino-2-[(2E)-2-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)hydrazin-1-yl]hexanoic acid
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 10 / 式: A1BD0
分子量理論値: 390.329 Da

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 727 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D5 (2回x5回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 360000
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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