EMDB-46704: Subtomogram averaging of Bxb1 phage capsid (emptied) during the i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-46704

タイトル

Subtomogram averaging of Bxb1 phage capsid (emptied) during the infection state

マップデータ

Bxb1 phage. Capsid (emptied)

試料

ウイルス: Bxb1 (ファージ)

キーワード

Phage / tuberculosis / mycobacterium / VIRUS

生物種

Bxb1 (ファージ)

手法

サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.5 Å

データ登録者

Park D / Mondal S

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and infection dynamics of mycobacteriophage Bxb1
著者: Freeman KG / Mondal S / Macale LS / Podgorski J / White SJ / Silva BH / Ortiz V / Huet A / Narsico JT / Ho M / Jacobs-Sera D / Lowary TL / Conway JF / Park D / hatfull GH

履歴

登録	2024年8月23日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年9月18日	-
マップ公開	2024年9月18日	-
更新	2024年9月18日	-
現状	2024年9月18日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_46704.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_46704.map.gz	88.6 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-46704-v30.xml emd-46704.xml	12.8 KB 12.8 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_46704_fsc.xml	25.5 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_46704.png	142.9 KB
Filedesc metadata	emd-46704.cif.gz	3.9 KB
その他	emd_46704_half_map_1.map.gz emd_46704_half_map_2.map.gz	89.4 MB 90.6 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-46704 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-46704	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_46704_validation.pdf.gz	696.2 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_46704_full_validation.pdf.gz	695.7 KB	表示
XML形式データ	emd_46704_validation.xml.gz	29.1 KB	表示
CIF形式データ	emd_46704_validation.cif.gz	39.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-46704 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-46704	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	46661C 46663C 46666C 46667C 46668C 46669C 46673C 46674C 46675C 46676C 46678C 46679C 46681C 46682C 46684C 46685C 46687C 46702C 46703C 46705C 46706C 46707C 46723C 9d93C 9d94C 9d9lC 9d9wC 9d9xC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_46704.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Bxb1 phage. Capsid (emptied)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.66 Å/pix. x 600 pix. = 997.8 Å	1.66 Å/pix. x 600 pix. = 997.8 Å	1.66 Å/pix. x 600 pix. = 997.8 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.663 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 1745.0
最小 - 最大	0.0 - 4094.0
平均 (標準偏差)	1567.195600000000013 (±257.054660000000013)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: Half Map A

ファイル

emd_46704_half_map_1.map

注釈

Half Map A

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map B

ファイル

emd_46704_half_map_2.map

注釈

Half Map B

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Bxb1

全体	名称: Bxb1 (ファージ)
要素	ウイルス: Bxb1 (ファージ)

-
超分子 #1: Bxb1

超分子	名称: Bxb1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 2902907 / 生物種: Bxb1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	サブトモグラム平均法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7
凍結	凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 3.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 4.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 99.58) / 使用したサブトモグラム数: 616
抽出	トモグラム数: 282 / 使用した粒子像数: 633 / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.99)
最終角度割当	タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 99.58)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half Map A

-
ハーフマップ: Half Map B

-
試料の構成要素

-
全体 : Bxb1

-
超分子 #1: Bxb1

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

-
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-EMDBアーカイブ

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-マップ

画像のコントロールX

-添付データ

-ハーフマップ: Half Map A

-ハーフマップ: Half Map B

-試料の構成要素

-全体 : Bxb1

-超分子 #1: Bxb1

-実験情報

-構造解析

-試料調製

-電子顕微鏡法

-画像解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
ハーフマップ: Half Map A

-
ハーフマップ: Half Map B

-
試料の構成要素

-
全体 : Bxb1

-
超分子 #1: Bxb1

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

-
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)