EMDB-46703: Subtomogram averaging of Bxb1 phage tail tube (DNA-filled) during...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-46703

タイトル

Subtomogram averaging of Bxb1 phage tail tube (DNA-filled) during the infection state

マップデータ

Subtomogram averaging of Bxb1 phage tail tube (DNA-filled) during the infection state

試料

ウイルス: Bxb1 (ファージ)

キーワード

Phage / tuberculosis / mycobacterium / VIRUS

生物種

Bxb1 (ファージ)

手法

サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å

データ登録者

Park D / Mondal S

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and infection dynamics of mycobacteriophage Bxb1
著者: Freeman KG / Mondal S / Macale LS / Podgorski J / White SJ / Silva BH / Ortiz V / Huet A / Narsico JT / Ho M / Jacobs-Sera D / Lowary TL / Conway JF / Park D / hatfull GH

履歴

登録	2024年8月23日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年9月18日	-
マップ公開	2024年9月18日	-
更新	2024年9月18日	-
現状	2024年9月18日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_46703.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_46703.map.gz	2.5 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-46703-v30.xml emd-46703.xml	12.9 KB 12.9 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_46703_fsc.xml	6.4 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_46703.png	103.2 KB
Filedesc metadata	emd-46703.cif.gz	3.9 KB
その他	emd_46703_half_map_1.map.gz emd_46703_half_map_2.map.gz	2.5 MB 2.5 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-46703 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-46703	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_46703_validation.pdf.gz	562.7 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_46703_full_validation.pdf.gz	562.3 KB	表示
XML形式データ	emd_46703_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	emd_46703_validation.cif.gz	15.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-46703 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-46703	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	46661C 46663C 46666C 46667C 46668C 46669C 46673C 46674C 46675C 46676C 46678C 46679C 46681C 46682C 46684C 46685C 46687C 46702C 46704C 46705C 46706C 46707C 46723C 9d93C 9d94C 9d9lC 9d9wC 9d9xC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_46703.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Subtomogram averaging of Bxb1 phage tail tube (DNA-filled) during the infection state

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.66 Å/pix. x 180 pix. = 299.34 Å	1.66 Å/pix. x 180 pix. = 299.34 Å	1.66 Å/pix. x 180 pix. = 299.34 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.663 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 1907.0
最小 - 最大	0.0 - 4095.0
平均 (標準偏差)	1568.490700000000061 (±257.170929999999998)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: Half Map A

ファイル

emd_46703_half_map_1.map

注釈

Half Map A

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map B

ファイル

emd_46703_half_map_2.map

注釈

Half Map B

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Bxb1

全体	名称: Bxb1 (ファージ)
要素	ウイルス: Bxb1 (ファージ)

-
超分子 #1: Bxb1

超分子	名称: Bxb1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 2902907 / 生物種: Bxb1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	サブトモグラム平均法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7
凍結	凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 3.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 4.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	想定した対称性 - 点群: C₁ (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 99.58) / 使用したサブトモグラム数: 12549
抽出	トモグラム数: 282 / 使用した粒子像数: 12549 / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.99)
最終角度割当	タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 99.58)
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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