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- EMDB-4660: Influenza B virus (B/Panama/45) polymerase Hetermotrimer in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4660
タイトルInfluenza B virus (B/Panama/45) polymerase Hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter
マップデータNone
試料
  • 複合体: Influenza B (Panama/45) polymerase Hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter
    • 複合体: Influenza B (Panama/45) polymerase Hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase acidic protein
      • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase basic protein 2
    • 複合体: Influenza B (Panama/45) polymerase Hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter
      • RNA: 3' cRNA
      • RNA: 5' cRNA
キーワードInfluenza A / RNA polymerase / Influenza polymerase / Influenza dimer / RDRP / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA-directed RNA polymerase / viral translational frameshifting ...cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA-directed RNA polymerase / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / : ...Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase basic protein 2 / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza B virus (B/Panama/45/1990) (B型インフルエンザウイルス) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Influenza B virus (strain B/Panama/45/1990) (B型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Keown JR / Carrique L
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust200835/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/R009945/1 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/K000241/1 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structures of influenza A virus RNA polymerase offer insight into viral genome replication.
著者: Haitian Fan / Alexander P Walker / Loïc Carrique / Jeremy R Keown / Itziar Serna Martin / Dimple Karia / Jane Sharps / Narin Hengrung / Els Pardon / Jan Steyaert / Jonathan M Grimes / Ervin Fodor /
要旨: Influenza A viruses are responsible for seasonal epidemics, and pandemics can arise from the transmission of novel zoonotic influenza A viruses to humans. Influenza A viruses contain a segmented ...Influenza A viruses are responsible for seasonal epidemics, and pandemics can arise from the transmission of novel zoonotic influenza A viruses to humans. Influenza A viruses contain a segmented negative-sense RNA genome, which is transcribed and replicated by the viral-RNA-dependent RNA polymerase (FluPol) composed of PB1, PB2 and PA subunits. Although the high-resolution crystal structure of FluPol of bat influenza A virus has previously been reported, there are no complete structures available for human and avian FluPol. Furthermore, the molecular mechanisms of genomic viral RNA (vRNA) replication-which proceeds through a complementary RNA (cRNA) replicative intermediate, and requires oligomerization of the polymerase-remain largely unknown. Here, using crystallography and cryo-electron microscopy, we determine the structures of FluPol from human influenza A/NT/60/1968 (H3N2) and avian influenza A/duck/Fujian/01/2002 (H5N1) viruses at a resolution of 3.0-4.3 Å, in the presence or absence of a cRNA or vRNA template. In solution, FluPol forms dimers of heterotrimers through the C-terminal domain of the PA subunit, the thumb subdomain of PB1 and the N1 subdomain of PB2. The cryo-electron microscopy structure of monomeric FluPol bound to the cRNA template reveals a binding site for the 3' cRNA at the dimer interface. We use a combination of cell-based and in vitro assays to show that the interface of the FluPol dimer is required for vRNA synthesis during replication of the viral genome. We also show that a nanobody (a single-domain antibody) that interferes with FluPol dimerization inhibits the synthesis of vRNA and, consequently, inhibits virus replication in infected cells. Our study provides high-resolution structures of medically relevant FluPol, as well as insights into the replication mechanisms of the viral RNA genome. In addition, our work identifies sites in FluPol that could be targeted in the development of antiviral drugs.
履歴
登録2019年3月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年3月13日-
マップ公開2019年9月4日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5.6
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5.6
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6qwl
  • 表面レベル: 5.6
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4660.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4660.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.6 / ムービー #1: 5.6
最小 - 最大-25.019183999999999 - 38.010629999999999
平均 (標準偏差)-0.000000000005538 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 276.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z276.480276.480276.480
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-39-149-104
NX/NY/NZ201201211
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-25.01938.011-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Influenza B (Panama/45) polymerase Hetermotrimer in complex with ...

全体名称: Influenza B (Panama/45) polymerase Hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter
要素
  • 複合体: Influenza B (Panama/45) polymerase Hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter
    • 複合体: Influenza B (Panama/45) polymerase Hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase acidic protein
      • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase basic protein 2
    • 複合体: Influenza B (Panama/45) polymerase Hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter
      • RNA: 3' cRNA
      • RNA: 5' cRNA

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超分子 #1: Influenza B (Panama/45) polymerase Hetermotrimer in complex with ...

超分子名称: Influenza B (Panama/45) polymerase Hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Sample was treated with 0.001% glutaraldehyde for 20 min on ice prior quenching with 100 mM Tris-HCl pH 7.5 and gel filtration.
分子量理論値: 250 KDa

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超分子 #2: Influenza B (Panama/45) polymerase Hetermotrimer in complex with ...

超分子名称: Influenza B (Panama/45) polymerase Hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Sample was treated with 0.001% glutaraldehyde for 20 min on ice prior quenching with 100 mM Tris-HCl pH 7.5 and gel filtration.
由来(天然)生物種: Influenza B virus (B/Panama/45/1990) (B型インフルエンザウイルス)

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超分子 #3: Influenza B (Panama/45) polymerase Hetermotrimer in complex with ...

超分子名称: Influenza B (Panama/45) polymerase Hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
詳細: Sample was treated with 0.001% glutaraldehyde for 20 min on ice prior quenching with 100 mM Tris-HCl pH 7.5 and gel filtration.
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Polymerase acidic protein

分子名称: Polymerase acidic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Influenza B virus (strain B/Panama/45/1990) (B型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 83.161055 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDTFITRNFQ TTIIQKAKNT MAEFSEDPEL QPAMLFNICV HLEVCYVISD MNFLDEEGKS YTALEGQGKE QNLRPQYEVI EGMPRTIAW MVQRSLAQEH GIETPKYLAD LFDYKTKRFI EVGITKGLAD DYFWKKKEKL GNSMELMIFS YNQDYSLSNE S SLDEEGKG ...文字列:
MDTFITRNFQ TTIIQKAKNT MAEFSEDPEL QPAMLFNICV HLEVCYVISD MNFLDEEGKS YTALEGQGKE QNLRPQYEVI EGMPRTIAW MVQRSLAQEH GIETPKYLAD LFDYKTKRFI EVGITKGLAD DYFWKKKEKL GNSMELMIFS YNQDYSLSNE S SLDEEGKG RVLSRLTELQ AELSLKNLWQ VLIGEEDVEK GIDFKLGQTI SRLRDISVPA GFSNFEGMRS YIDNIDPKGA IE RNLARMS PLVSATPKKL KWEDLRPIGP HIYNHELPEV PYNAFLLMSD ELGLANMTEG KSKKPKTLAK ECLEKYSTLR DQT DPILIM KSEKANENFL WKLWRDCVNT ISNEEMSNEL QKTNYAKWAT GDGLTYQKIM KEVAIDDETM CQEEPKIPNK CRVA AWVQT EMNLLSTLTS KRALDLPEIG PDVAPVEHVG SERRKYFVNE INYCKASTVM MKYVLFHTSL LNESNASMGK YKVIP ITNR VVNEKGESFD MLYGLAVKGQ SHLRGDTDVV TVVTFEFSST DPRVDSGKWP KYTVFRIGSL FVSGREKSVY LYCRVN GTN KIQMKWGMEA RRCLLQSMQQ MEAIVEQESS IQGYDMTKAC FKGDRVNSPK TFSIGTQEGK LVKGSFGKAL RVIFTKC LM HYVFGNAQLE GFSAESRRLL LLIQALKDRK GPWVFDLEGM YSGIEECISN NPWVIQSAYW FNEWLGFEKE GSKVLESV D EIMDE

UniProtKB: Polymerase acidic protein

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分子 #2: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

分子名称: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Influenza B virus (strain B/Panama/45/1990) (B型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 84.37818 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MNINPYFLFI DVPIQAAIST TFPYTGVPPY SHGTGTGHTI DTVIRTHEYS NKGKQYVSDV TGCTMVDPTN GPLPEDNEPS AYAQLDCVL EALDRMDEEH PGLFQAASQN AMEALMVTTV DKLTQGRQTF DWTVCRNQPA ATALNTTITS FRLNDLNGAD K GGLVPFCQ ...文字列:
MNINPYFLFI DVPIQAAIST TFPYTGVPPY SHGTGTGHTI DTVIRTHEYS NKGKQYVSDV TGCTMVDPTN GPLPEDNEPS AYAQLDCVL EALDRMDEEH PGLFQAASQN AMEALMVTTV DKLTQGRQTF DWTVCRNQPA ATALNTTITS FRLNDLNGAD K GGLVPFCQ DIIDSLDKPE MTFFSVKNIK KKLPAKNRKG FLIKRIPMKV KDRITRVEYI KRALSLNTMT KDAERGKLKR RA IATAGIQ IRGFVLVVEN LAKNICENLE QSGLPVGGNE KKAKLSNAVA KMLSNCPPGG ISMTVTGDNT KWNECLNPRI FLA MTERIT RDSPIWFRDF CSIAPVLFSN KIARLGKGFM ITSKTKRLKA QIPCPDLFSI PLERYNEETR AKLKKLKPFF NEEG TASLS PGMMMGMFNM LSTVLGVAAL GIKNIGNKEY LWDGLQSSDD FALFVNAKDE ETCMEGINDF YRTCKLLGIN MSKKK SYCN ETGMFEFTSM FYRDGFVSNF AMEIPSFGVA GVNESADMAI GMTIIKNNMI NNGMGPATAQ TAIQLFIADY RYTYKC HRG DSKVEGKRMK IIKELWENTK GRDGLLVADG GPNIYNLRNL HIPEIVLKYN LMDPEYKGRL LHPQNPFVGH LSIEGIK EA DITPAHGPVK KMDYDAVSGT HSWRTKRNRS ILNTDQRNMI LEEQCYAKCC NLFEACFNSA SYRKPVGQHS MLEAMAHR L RMDARLDYES GRMSKDDFEK AMAHLGEIGY I

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

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分子 #3: Polymerase basic protein 2

分子名称: Polymerase basic protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza B virus (strain B/Panama/45/1990) (B型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 89.097453 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MTLAKIELLK QLLRDNEAKT VLKQTTVDQY NIIRKFNTSR IEKNPSLRMK WAMCSNFPLA LTKGDMANRI PLEYKGIQLK TNAEDIGTK GQMCSIAAVT WWNTYGPIGD TEGFEKVYES FFLRKMRLDN ATWGRITFGP VERVRKRVLL NPLTKEMPPD E ASNVIMEI ...文字列:
MTLAKIELLK QLLRDNEAKT VLKQTTVDQY NIIRKFNTSR IEKNPSLRMK WAMCSNFPLA LTKGDMANRI PLEYKGIQLK TNAEDIGTK GQMCSIAAVT WWNTYGPIGD TEGFEKVYES FFLRKMRLDN ATWGRITFGP VERVRKRVLL NPLTKEMPPD E ASNVIMEI LFPKEAGIPR ESTWIHRELI KEKREKLKGT MITPIVLAYM LERELVARRR FLPVAGATSA EFIEMLHCLQ GE NWRQIYH PGGNKLTESR SQSMIVACRK IIRRSIVASN PLELAVEIAN KTVIDTEPLK SCLTAIDGGD VACDIIRAAL GLK IRQRQR FGRLELKRIS GRGFKNDEEI LIGNGTIQKI GIWDGEEEFH VRCGECRGIL KKSKMRMEKL LINSAKKEDM KDLI ILCMV FSQDTRMFQG VRGEINFLNR AGQLLSPMYQ LQRYFLNRSN DLFDQWGYEE SPKASELHGI NELMNASDYT LKGVV VTKN VIDDFSSTET EKVSITKNLS LIKRTGEVIM GANDVSELES QAQLMITYDT PKMWEMGTTK ELVQNTYQWV LKNLVT LKA QFLLGKEDMF QWDAFEAFES IIPQKMAGQY SGFARAVLKQ MRDQEVMKTD QFIKLLPFCF SPPKLRSNGE PYQFLRL VL KGGGENFIEV RKGSPLFSYN PQTEVLTICG RMMSLKGKIE DEERNRSMGN AVLAGFLVSG KYDPDLGDFK TIEELEKL K PGEKANILLY QGKPVKVVKR KRYSALSNDI SQGIKRQRMT VESMGWALSA RENLYFQ

UniProtKB: Polymerase basic protein 2

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分子 #4: 3' cRNA

分子名称: 3' cRNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 4.683753 KDa
配列文字列:
GGCCUUGUUU CUACU

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分子 #5: 5' cRNA

分子名称: 5' cRNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 4.531827 KDa
配列文字列:
AGCAAAAGCA GGCC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.35 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
150.0 mMNaCl

詳細: Sample was purified in 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl with Tween 20 added to a final concentration 0f 0.05% prior to plunging grids.
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 3.5 sec before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-28 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4711 / 平均露光時間: 4.38 sec. / 平均電子線量: 1.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1012085 / 詳細: template picking in cryosparc v2.5
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Ab initio model was generated by cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.5) / 使用した粒子像数: 1012085
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.5) / 詳細: Cryosparc
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.5)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5epi


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 57
得られたモデル

PDB-6qwl:
Influenza B virus (B/Panama/45) polymerase Hetermotrimer in complex with 3'5' cRNA promoter

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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