EMDB-46069: Swr1 ATPase domain from SWR1(apo)-DNA complex (focused refinement)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-46069

タイトル

Swr1 ATPase domain from SWR1(apo)-DNA complex (focused refinement)

マップデータ

試料

複合体: Native SWR1 bound to DNA.
- 複合体: Native SWR1 complex

キーワード

Chromatin Remodeler / Snf2 family ATPase / histone exchange / H2A.Z / GENE REGULATION

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å

データ登録者

Louder RK / Park G / Wu C

資金援助

米国, 3件

Organization	Grant number	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35GM149291	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM125831	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	F32GM133151	米国

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Molecular basis of global promoter sensing and nucleosome capture by the SWR1 chromatin remodeler.
著者: Louder RK / Park G / Ye Z / Cha JS / Gardner AM / Lei Q / Ranjan A / Hollmuller E / Stengel F / Pugh BF / Wu C

履歴

登録	2024年8月4日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年10月9日	-
マップ公開	2024年10月9日	-
更新	2024年12月11日	-
現状	2024年12月11日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_46069.map.gz	10 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-46069-v30.xml emd-46069.xml	17.7 KB 17.7 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_46069_fsc.xml	13.7 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_46069.png	69.6 KB
マスクデータ	emd_46069_msk_1.map	216 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-46069.cif.gz	4.3 KB
その他	emd_46069_half_map_1.map.gz emd_46069_half_map_2.map.gz	171.3 MB 171.8 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-46069 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-46069	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_46069_validation.pdf.gz	819 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_46069_full_validation.pdf.gz	818.6 KB	表示
XML形式データ	emd_46069_validation.xml.gz	21 KB	表示
CIF形式データ	emd_46069_validation.cif.gz	27.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-46069 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-46069	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	44074C 44075C 44093C 44106C 44107C 44108C 44109C 44110C 44307C 44308C 44309C 44310C 44311C 44312C 44313C 46065C 46066C 46067C 46068C 9b1dC 9b1eC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_46069.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.03 Å

密度

表面レベル	登録者による: 0.015
最小 - 最大	-0.028567722 - 0.0636199
平均 (標準偏差)	0.000016109338 (±0.0006826883)

対称性

空間群: 1

詳細

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全体 : Native SWR1 bound to DNA.

全体	名称: Native SWR1 bound to DNA.
要素	複合体: Native SWR1 bound to DNA. 複合体: Native SWR1 complex

-
超分子 #1: Native SWR1 bound to DNA.

超分子	名称: Native SWR1 bound to DNA. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#13 詳細: Endogenously purified yeast SWR1 complex bound to 54bp DNA.
由来(天然)	生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W303
分子量	理論値: 1.19 MDa

-
超分子 #2: Native SWR1 complex

超分子	名称: Native SWR1 complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#6 / 詳細: Endogenously purified yeast SWR1 complex
由来(天然)	生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W303

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度	0.08 mg/mL
緩衝液	pH: 7.6
グリッド	モデル: Quantifoil R2/1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 second blot time and blot force of 10..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6294 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 54.0 e/Å² 詳細: Each micrograph was fractionated into 64 frames within a 4 second exposure.
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 48543 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 3.6 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: 4395
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 15003
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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