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- EMDB-4395: Chromatin remodeller-nucleosome complex at 3.6 A resolution. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4395
タイトルChromatin remodeller-nucleosome complex at 3.6 A resolution.
マップデータ
試料
  • 複合体: SWR1-nucleosome complex
    • 複合体: Histone
      • タンパク質・ペプチド: x 4種
    • 複合体: DNA
      • DNA: x 2種
    • 複合体: remodeller
      • タンパク質・ペプチド: x 6種
  • リガンド: x 4種
キーワードChromatin / Remodeller / ATPase / Histone / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / cupric reductase (NADH) activity / TTT Hsp90 cochaperone complex / HATs acetylate histones / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / R2TP complex ...sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / cupric reductase (NADH) activity / TTT Hsp90 cochaperone complex / HATs acetylate histones / global genome nucleotide-excision repair / RNA polymerase I upstream activating factor complex / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / R2TP complex / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / HDACs deacetylate histones / Swr1 complex / protein targeting to vacuole / Ino80 complex / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Oxidative Stress Induced Senescence / replication fork protection complex / box C/D snoRNP assembly / RMTs methylate histone arginines / postreplication repair / SUMOylation of chromatin organization proteins / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / NuA4 histone acetyltransferase complex / RNA Polymerase I Promoter Escape / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / rRNA transcription / Estrogen-dependent gene expression / intracellular copper ion homeostasis / Ub-specific processing proteases / DNA helicase activity / CENP-A containing nucleosome / nucleosome binding / nuclear periphery / aerobic respiration / rRNA processing / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / chromatin organization / 5'-3' DNA helicase activity / molecular adaptor activity / DNA helicase / histone binding / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / protein stabilization / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vps71/ZNHIT1 / Zinc finger HIT-type profile. / Zinc finger, HIT-type / : / domain in helicases and associated with SANT domains / RuvB-like / RuvB-like, AAA-lid domain / RuvBL1/2, DNA/RNA binding domain / TIP49 P-loop domain / TIP49 AAA-lid domain ...Vps71/ZNHIT1 / Zinc finger HIT-type profile. / Zinc finger, HIT-type / : / domain in helicases and associated with SANT domains / RuvB-like / RuvB-like, AAA-lid domain / RuvBL1/2, DNA/RNA binding domain / TIP49 P-loop domain / TIP49 AAA-lid domain / TIP49, P-loop domain / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Actin / Actin family / Actin / : / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Helicase conserved C-terminal domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / ATPase, nucleotide binding domain / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2B.1 / Histone H4 / Histone H2A.1 / Histone H3 / Vacuolar protein sorting-associated protein 71 / RuvB-like protein 1 / Helicase SWR1 / RuvB-like protein 2 / Actin-like protein ARP6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Willhoft O / Chua EYD
資金援助 英国, 5件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust095519/Z/11/Z 英国
Wellcome Trust209327/Z/17/Z 英国
Cancer Research UKC6913/A21608 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/N009258/1 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/R009023/1 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Structure and dynamics of the yeast SWR1-nucleosome complex.
著者: Oliver Willhoft / Mohamed Ghoneim / Chia-Liang Lin / Eugene Y D Chua / Martin Wilkinson / Yuriy Chaban / Rafael Ayala / Elizabeth A McCormack / Lorraine Ocloo / David S Rueda / Dale B Wigley /
要旨: The yeast SWR1 complex exchanges histone H2A in nucleosomes with Htz1 (H2A.Z in humans). The cryo-electron microscopy structure of the SWR1 complex bound to a nucleosome at 3.6-angstrom resolution ...The yeast SWR1 complex exchanges histone H2A in nucleosomes with Htz1 (H2A.Z in humans). The cryo-electron microscopy structure of the SWR1 complex bound to a nucleosome at 3.6-angstrom resolution reveals details of the intricate interactions between components of the SWR1 complex and its nucleosome substrate. Interactions between the Swr1 motor domains and the DNA wrap at superhelical location 2 distort the DNA, causing a bulge with concomitant translocation of the DNA by one base pair, coupled to conformational changes of the histone core. Furthermore, partial unwrapping of the DNA from the histone core takes place upon binding of nucleosomes to SWR1 complex. The unwrapping, as monitored by single-molecule data, is stabilized and has its dynamics altered by adenosine triphosphate binding but does not require hydrolysis.
履歴
登録2018年4月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月30日-
マップ公開2018年10月17日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6gej
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4395.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4395.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 384 pix.
= 426.24 Å		1.11 Å/pix.
x 384 pix.
= 426.24 Å		1.11 Å/pix.
x 384 pix.
= 426.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.11 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0295 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.16020799 - 0.3577139
平均 (標準偏差)0.0007123147 (±0.008176531)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 426.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.111.111.11
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z426.240426.240426.240
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.1600.3580.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SWR1-nucleosome complex

全体名称: SWR1-nucleosome complex
要素
  • 複合体: SWR1-nucleosome complex
    • 複合体: Histone
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A.1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B.1
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (154-MER)
      • DNA: DNA (154-MER)
    • 複合体: remodeller
      • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 72
      • タンパク質・ペプチド: Helicase SWR1
      • タンパク質・ペプチド: Actin-like protein ARP6
      • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 71
      • タンパク質・ペプチド: RuvB-like protein 1
      • タンパク質・ペプチド: RuvB-like protein 2
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: SWR1-nucleosome complex

超分子名称: SWR1-nucleosome complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
分子量理論値: 1.3 MDa

+
超分子 #2: Histone

超分子名称: Histone / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#5
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)

+
超分子 #3: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6-#7
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

+
超分子 #4: remodeller

超分子名称: remodeller / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #8-#12
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)

+
分子 #1: Vacuolar protein sorting-associated protein 72

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 72 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 11.166757 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #2: Histone H3

分子名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 15.405032 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LASKAARKSA PSTGGVKKPH RYKPGTVALR EIRRFQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA IGALQESVEA YLVSLFEDTN LAAIHAKRVT IQKKEIKLAR RLRGERS

UniProtKB: Histone H3

+
分子 #3: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 11.39539 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KILRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEEVRAVLK SFLESVIRDS VTYTEHAKRK TVTSLDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #4: Histone H2A.1

分子名称: Histone H2A.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 14.013177 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGGKGGKAG SAAKASQSRS AKAGLTFPVG RVHRLLRRGN YAQRIGSGAP VYLTAVLEYL AAEILELAGN AARDNKKTRI IPRHLQLAI RNDDELNKLL GNVTIAQGGV LPNIHQNLLP KKSAKATKAS QEL

UniProtKB: Histone H2A.1

+
分子 #5: Histone H2B.1

分子名称: Histone H2B.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 14.280362 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSAKAEKKPA SKAPAEKKPA AKKTSTSTDG KKRSKARKET YSSYIYKVLK QTHPDTGISQ KSMSILNSFV NDIFERIATE ASKLAAYNK KSTISAREIQ TAVRLILPGE LAKHAVSEGT RAVTKYSSST QA

UniProtKB: Histone H2B.1

+
分子 #8: Helicase SWR1

分子名称: Helicase SWR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 174.792969 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MTTSRKSHAK DKKAGGEQDL ADLKFRYDLL TNELFHLREF VSLVDYDPTH FNDSESFQKF LRETHLSLEE RGEKFTDDVA KKGTNGDLT RRRRNLRTST VVSSETTNEK KGDIELKLES IAPLVRNKCE ELKYKLSDHS NRKSIVPQKR PIQHLKKREA A KSLKFKSE ...文字列:
MTTSRKSHAK DKKAGGEQDL ADLKFRYDLL TNELFHLREF VSLVDYDPTH FNDSESFQKF LRETHLSLEE RGEKFTDDVA KKGTNGDLT RRRRNLRTST VVSSETTNEK KGDIELKLES IAPLVRNKCE ELKYKLSDHS NRKSIVPQKR PIQHLKKREA A KSLKFKSE RKENPLPLHE HIAEERYDHI AKVEEPSEAF TIKCPSDDSS FENTSEHYSD NFYFTTSSEE EDIKKKRGRK KK KPRIKLV VHPPKQTITN PLHVVKPGYE SLHEYIASFK SLEDDLTLEE YNKYIDEQRR LLSRLKKGIE NGALKYDKET DSL QPITSK EIKTIITYKP DPISYFYKQQ DLQIHTDHLI NQGIHMSKLF RSSTKARIAR AKKVSQMIEQ HFKHVAGAEE RKAK EEERH KKSLARFAVQ AVKKRWNMAE KAYRILRKDE EEQLKRIEGK QHLSKMLEKS TQLLEAQLNQ VNDDGRSSTP SSDSN DVLS ESDDDMDDEL STSSDEDEEV DADVGLENSP ASTEATPTDE SLNLIQLKEK YGHFNGSSTV YDSRNKDEKF PTLDKH ESS SSESSVMTGE ESSIYSSSEN ESQNENDRES DDKTPSVGLS ALFGKGEESD GDLDLDDSED FTVNSSSVEG EELEKDQ VD NSAATFERAG DFVHTQNENR DDIKDVEEDA ETKVQEEQLS VVDVPVPSLL RGNLRTYQKQ GLNWLASLYN NHTNGILA D EMGLGKTIQT ISLLAYLACE KENWGPHLIV VPTSVLLNWE MEFKRFAPGF KVLTYYGSPQ QRKEKRKGWN KPDAFHVCI VSYQLVVQDQ HSFKRKRWQY MVLDEAHNIK NFRSTRWQAL LNFNTQRRLL LTGTPLQNNL AELWSLLYFL MPQTVIDGKK VSGFADLDA FQQWFGRPVD KIIETGQNFG QDKETKKTVA KLHQVLRPYL LRRLKADVEK QMPAKYEHIV YCKLSKRQRF L YDDFMSRA QTKATLASGN FMSIVNCLMQ LRKVCNHPNL FEVRPILTSF VLEHCVASDY KDVERTLLKL FKKNNQVNRV DL DFLNLVF TLNDKDLTSY HAEEISKLTC VKNFVEEVNK LRETNKQLQE EFGEASFLNF QDANQYFKYS NKQKLEGTVD MLN FLKMVN KLRCDRRPIF GKNLIDLLTK DRRVKYDKSS IIDNELIKPL QTRVLDNRKI IDTFAVLTPS AVSLDMRKLA LGLN DDSSV GENTRLKVMQ NCFEVSNPLH QLQTKLTIAF PDKSLLQYDC GKLQKLAILL QQLKDNGHRA LIFTQMTKVL DVLEQ FLNY HGYLYMRLDG ATKIEDRQIL TERFNTDSRI TVFILSSRSG GLGINLTGAD TVIFYDSDWN PAMDKQCQDR CHRIGQ TRD VHIYRFVSEH TIESNILKKA NQKRQLDNVV IQEGDFTTDY FSKLSVRDLL GSELPENASG GDKPLIADAD VAAKDPR QL ERLLAQAEDE DDVKAANLAM REVEIDNDDF DESTEKKAAN EEEENHAELD EYEGTAHVDE YMIRFIANGY YY

UniProtKB: Helicase SWR1

+
分子 #9: Actin-like protein ARP6

分子名称: Actin-like protein ARP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 50.100582 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: METPPIVIDN GSYEIKFGPS TNKKPFRALN ALAKDKFGTS YLSNHIKNIK DISSITFRRP HELGQLTLWE LESCIWDYCL FNPSEFDGF DLKEGKGHHL VASESCMTLP ELSKHADQVI FEEYEFDSLF KSPVAVFVPF TKSYKGEMRT ISGKDEDIDI V RGNSDSTN ...文字列:
METPPIVIDN GSYEIKFGPS TNKKPFRALN ALAKDKFGTS YLSNHIKNIK DISSITFRRP HELGQLTLWE LESCIWDYCL FNPSEFDGF DLKEGKGHHL VASESCMTLP ELSKHADQVI FEEYEFDSLF KSPVAVFVPF TKSYKGEMRT ISGKDEDIDI V RGNSDSTN STSSESKNAQ DSGSDYHDFQ LVIDSGFNCT WIIPVLKGIP YYKAVKKLDI GGRFLTGLLK ETLSFRHYNM MD ETILVNN IKEQCLFVSP VSYFDSFKTK DKHALEYVLP DFQTSFLGYV RNPRKENVPL PEDAQIITLT DELFTIPETF FHP EISQIT KPGIVEAILE SLSMLPEIVR PLMVGNIVCT GGNFNLPNFA QRLAAELQRQ LPTDWTCHVS VPEGDCALFG WEVM SQFAK TDSYRKARVT REEYYEHGPD WCTKHRFGYQ NWI

UniProtKB: Actin-like protein ARP6

+
分子 #10: Vacuolar protein sorting-associated protein 71

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 71 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 32.073479 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MKALVEEIDK KTYNPDIYFT SLDPQARRYT SKKINKQGTI STSRPVKRIN YSLADLEARL YTSRSEGDGN SISRQDDRNS KNSHSFEER YTQQEILQSD RRFMELNTEN FSDLPNVPTL LSDLTGVPRD RIESTTKPIS QTSDGLSALM GGSSFVKEHS K YGHGWVLK ...文字列:
MKALVEEIDK KTYNPDIYFT SLDPQARRYT SKKINKQGTI STSRPVKRIN YSLADLEARL YTSRSEGDGN SISRQDDRNS KNSHSFEER YTQQEILQSD RRFMELNTEN FSDLPNVPTL LSDLTGVPRD RIESTTKPIS QTSDGLSALM GGSSFVKEHS K YGHGWVLK PETLREIQLS YKSTKLPKPK RKNTNRIVAL KKVLSSKRNL HSFLDSALLN LMDKNVIYHN VYNKRYFKVL PL ITTCSIC GGYDSISSCV NCGNKICSVS CFKLHNETRC RNR

UniProtKB: Vacuolar protein sorting-associated protein 71

+
分子 #11: RuvB-like protein 1

分子名称: RuvB-like protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 50.516941 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MVAISEVKEN PGVNSSNSGA VTRTAAHTHI KGLGLDESGV AKRVEGGFVG QIEAREACGV IVDLIKAKKM SGRAILLAGG PSTGKTALA LAISQELGPK VPFCPLVGSE LYSVEVKKTE TLMENFRRAI GLRIKETKEV YEGEVTELTP EDAENPLGGY G KTISHVIV ...文字列:
MVAISEVKEN PGVNSSNSGA VTRTAAHTHI KGLGLDESGV AKRVEGGFVG QIEAREACGV IVDLIKAKKM SGRAILLAGG PSTGKTALA LAISQELGPK VPFCPLVGSE LYSVEVKKTE TLMENFRRAI GLRIKETKEV YEGEVTELTP EDAENPLGGY G KTISHVIV GLKSAKGTKT LRLDPTIYES IQREKVSIGD VIYIEANTGA VKRVGRSDAY ATEFDLETEE YVPLPKGEVH KK KEIVQDV TLHDLDVANA RPQGGQDVIS MMGQLLKPKK TEITEKLRQE VNKVVAKYID QGVAELIPGV LFIDEVNMLD IEI FTYLNK ALESNIAPVV VLASNRGMTT VRGTEDVISP HGVPPDLIDR LLIVRTLPYD KDEIRTIIER RATVERLQVE SSAL DLLAT MGTETSLRYA LQLLAPCGIL AQTSNRKEIV VNDVNEAKLL FLDAKRSTKI LETSANYL

UniProtKB: RuvB-like protein 1

+
分子 #12: RuvB-like protein 2

分子名称: RuvB-like protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 51.673488 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSIQTSDPNE TSDLKSLSLI AAHSHITGLG LDENLQPRPT SEGMVGQLQA RRAAGVILKM VQNGTIAGRA VLVAGPPSTG KTALAMGVS QSLGKDVPFT AIAGSEIFSL ELSKTEALTQ AFRKSIGIKI KEETELIEGE VVEIQIDRSI TGGHKQGKLT I KTTDMETI ...文字列:
MSIQTSDPNE TSDLKSLSLI AAHSHITGLG LDENLQPRPT SEGMVGQLQA RRAAGVILKM VQNGTIAGRA VLVAGPPSTG KTALAMGVS QSLGKDVPFT AIAGSEIFSL ELSKTEALTQ AFRKSIGIKI KEETELIEGE VVEIQIDRSI TGGHKQGKLT I KTTDMETI YELGNKMIDG LTKEKVLAGD VISIDKASGK ITKLGRSFAR SRDYDAMGAD TRFVQCPEGE LQKRKTVVHT VS LHEIDVI NSRTQGFLAL FTGDTGEIRS EVRDQINTKV AEWKEEGKAE IVPGVLFIDE VHMLDIECFS FINRALEDEF API VMMATN RGVSKTRGTN YKSPHGLPLD LLDRSIIITT KSYNEQEIKT ILSIRAQEEE VELSSDALDL LTKTGVETSL RYSS NLISV AQQIAMKRKN NTVEVEDVKR AYLLFLDSAR SVKYVQENES QYIDDQGNVQ ISIAKSADPD AMDTTE

UniProtKB: RuvB-like protein 2

+
分子 #6: DNA (154-MER)

分子名称: DNA (154-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 47.274102 KDa
配列文字列: (DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG) (DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT) (DC) (DG)(DT)(DA)(DG)(DA) ...文字列:
(DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG) (DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT) (DC) (DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG) (DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC) (DG)(DC) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG) (DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC) (DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC) (DT)(DA)(DG)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC) (DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA) (DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC) (DA)

+
分子 #7: DNA (154-MER)

分子名称: DNA (154-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 47.80343 KDa
配列文字列: (DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) (DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT) ...文字列:
(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) (DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DG) (DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT) (DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG) (DG)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG) (DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT) (DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DA)(DG)(DA) (DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG) (DA)(DC)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DC) (DG)

+
分子 #13: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 8 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #14: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

分子名称: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: BEF
分子量理論値: 66.007 Da
Chemical component information

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

+
分子 #15: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 8 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #16: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度名称
25.0 mMHEPES
50.0 mMSodium chloride
1.0 mMTCEP
0.005 %Tween-20
3.0 mMADP
5.0 mMMagnesium chloride
3.0 mMBeryllium chloride
15.0 mMSodium fluoride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 5 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.2 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5517 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 1.71794871794872 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1.0) / 使用した粒子像数: 98529
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.6.5)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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