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- EMDB-44740: HIV Envelope trimer CH505 SOSIP.664 in complex with three CH103 E... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44740
タイトルHIV Envelope trimer CH505 SOSIP.664 in complex with three CH103 E75K/D76N mutant antibody Fabs
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of CH505 SOSIP.664 with three CH103 wildtype Fabs
    • 複合体: CH505 SOSIP Trimer
    • 複合体: CH103 E75K/D76N mutant Fab
    • 複合体: CH103 E75K/D76N mutant Fab
    • 複合体: CH103 E75K/D76N mutant Fab
キーワードHIV Envelope Antibody Complex / VIRAL PROTEIN
生物種Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 10.0 Å
データ登録者Edwards RJ / Mansouri K
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI144371 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Acquisition of quaternary trimer interaction as a key step in the lineage maturation of a broad and potent HIV-1 neutralizing antibody.
著者: Qingbo Liu / Ruth J Parsons / Kevin Wiehe / Robert J Edwards / Kevin O Saunders / Peng Zhang / Huiyi Miao / Kedamawit Tilahun / Julia Jones / Yue Chen / Bhavna Hora / Wilton B Williams / ...著者: Qingbo Liu / Ruth J Parsons / Kevin Wiehe / Robert J Edwards / Kevin O Saunders / Peng Zhang / Huiyi Miao / Kedamawit Tilahun / Julia Jones / Yue Chen / Bhavna Hora / Wilton B Williams / David Easterhoff / Xiao Huang / Katarzyna Janowska / Katayoun Mansouri / Barton F Haynes / Priyamvada Acharya / Paolo Lusso /
要旨: Although most broadly neutralizing antibodies (bNAbs) specific for the CD4-binding site (CD4-BS) of HIV-1 interact with a single gp120 protomer, a few mimic the quaternary binding mode of CD4, making ...Although most broadly neutralizing antibodies (bNAbs) specific for the CD4-binding site (CD4-BS) of HIV-1 interact with a single gp120 protomer, a few mimic the quaternary binding mode of CD4, making contact with a second protomer through elongated heavy chain framework 3 (FRH3) or complementarity-determining region 1 (CDRH1) loops. Here, we show that a CDRH3-dominated anti-CD4-BS bNAb, CH103, establishes quaternary interaction despite regular-length FRH3 and CDRH1. This quaternary interaction is critical for neutralization and is primarily mediated by two FRH3 acidic residues that were sequentially acquired and subjected to strong positive selection during CH103 maturation. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures confirmed the role of the two FRH3 acidic residues in mediating quaternary contact and demonstrated that CH103 reaches the adjacent gp120 protomer by virtue of its unique angle of approach. Thus, the acquisition of quaternary interaction may constitute a key step in the lineage maturation of a broad and potent HIV-1 neutralizing antibody.
履歴
登録2024年5月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月29日-
マップ公開2024年5月29日-
更新2025年11月26日-
現状2025年11月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44740.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44740.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.2 Å/pix.
x 160 pix.
= 352. Å		2.2 Å/pix.
x 160 pix.
= 352. Å		2.2 Å/pix.
x 160 pix.
= 352. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0172
最小 - 最大-0.039000332 - 0.060049374
平均 (標準偏差)0.00019388713 (±0.0047127707)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 352.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_44740_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_44740_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of CH505 SOSIP.664 with three CH103 wildtype Fabs

全体名称: Complex of CH505 SOSIP.664 with three CH103 wildtype Fabs
要素
  • 複合体: Complex of CH505 SOSIP.664 with three CH103 wildtype Fabs
    • 複合体: CH505 SOSIP Trimer
    • 複合体: CH103 E75K/D76N mutant Fab
    • 複合体: CH103 E75K/D76N mutant Fab
    • 複合体: CH103 E75K/D76N mutant Fab

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超分子 #1: Complex of CH505 SOSIP.664 with three CH103 wildtype Fabs

超分子名称: Complex of CH505 SOSIP.664 with three CH103 wildtype Fabs
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 46 KDa

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超分子 #2: CH505 SOSIP Trimer

超分子名称: CH505 SOSIP Trimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 2 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: CH505

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超分子 #3: CH103 E75K/D76N mutant Fab

超分子名称: CH103 E75K/D76N mutant Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: BG505

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超分子 #4: CH103 E75K/D76N mutant Fab

超分子名称: CH103 E75K/D76N mutant Fab / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #5: CH103 E75K/D76N mutant Fab

超分子名称: CH103 E75K/D76N mutant Fab / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMHEPESHEPES buffer
5.0 mMNaN3sodium azide
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate
詳細: Quenched sample was applied to a glow-discharged carbon-coated 300 mesh EM grid for 10 seconds, blotted and stained with 2 g/dL uranyl formate for 1 minute, blotted and air dried.
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 4
詳細Complex formed by incubating 20 micrograms trimer with 36 micrograms Fab overnight at 4 degrees C, followed by SEC purification over a Superose 6 Increase 10 300 column. Purified complex was concentrated to 1-2 mg/ml with a 100 kDA spin concentrator, then diluted with buffer containing 8 mM glutaraldehyde and incubated for 5 minutes. Excess glutaraldehyde was quenched by adding 1 M Tris buffer to a final Tris concentration of 80 mM.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS EM420
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 8736 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8740 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 130 / 平均露光時間: 0.25 sec. / 平均電子線量: 32.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.2 µm / 倍率（公称値）: 49000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC

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画像解析

粒子像選択選択した数: 868209
CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6uda


詳細: Low-pass filtered at 60 angstroms
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: EXACT BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 28706
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 9 / 平均メンバー数/クラス: 15484 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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