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- EMDB-44334: Tetrameric cryo-EM structure of E. coli BcsZ -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44334
タイトルTetrameric cryo-EM structure of E. coli BcsZ
マップデータBcsZ cryo-EM map
試料
  • 複合体: Tetrameric assembly of bacterial cellulose synthase subunit Z
    • タンパク質・ペプチド: Endoglucanase
キーワードCellulase / Endoglucanase / GH-8 family / Carbohydrate-active enzyme / Hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 8, conserved site / Glycosyl hydrolases family 8 signature. / Glycoside hydrolase, family 8 / Glycosyl hydrolases family 8 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Verma P / Zimmer J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM144130 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Insights into phosphoethanolamine cellulose synthesis and secretion across the Gram-negative cell envelope.
著者: Preeti Verma / Ruoya Ho / Schuyler A Chambers / Lynette Cegelski / Jochen Zimmer /
要旨: Phosphoethanolamine (pEtN) cellulose is a naturally occurring modified cellulose produced by several Enterobacteriaceae. The minimal components of the E. coli cellulose synthase complex include the ...Phosphoethanolamine (pEtN) cellulose is a naturally occurring modified cellulose produced by several Enterobacteriaceae. The minimal components of the E. coli cellulose synthase complex include the catalytically active BcsA enzyme, a hexameric semicircle of the periplasmic BcsB protein, and the outer membrane (OM)-integrated BcsC subunit containing periplasmic tetratricopeptide repeats (TPR). Additional subunits include BcsG, a membrane-anchored periplasmic pEtN transferase associated with BcsA, and BcsZ, a periplasmic cellulase of unknown biological function. While cellulose synthesis and translocation by BcsA are well described, little is known about its pEtN modification and translocation across the cell envelope. We show that the N-terminal cytosolic domain of BcsA positions three BcsG copies near the nascent cellulose polymer. Further, the semicircle's terminal BcsB subunit tethers the N-terminus of a single BcsC protein in a trans-envelope secretion system. BcsC's TPR motifs bind a putative cello-oligosaccharide near the entrance to its OM pore. Additionally, we show that only the hydrolytic activity of BcsZ but not the subunit itself is necessary for cellulose secretion, suggesting a secretion mechanism based on enzymatic removal of translocation incompetent cellulose. Lastly, protein engineering introduces cellulose pEtN modification in orthogonal cellulose biosynthetic systems. These findings advance our understanding of pEtN cellulose modification and secretion.
履歴
登録2024年3月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月19日-
マップ公開2025年2月19日-
更新2025年5月28日-
現状2025年5月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44334.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44334.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈BcsZ cryo-EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 276.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-2.059886 - 3.0431423
平均 (標準偏差)0.0006976046 (±0.06677103)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 276.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_44334_half_map_1.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_44334_half_map_2.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tetrameric assembly of bacterial cellulose synthase subunit Z

全体名称: Tetrameric assembly of bacterial cellulose synthase subunit Z
要素
  • 複合体: Tetrameric assembly of bacterial cellulose synthase subunit Z
    • タンパク質・ペプチド: Endoglucanase

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超分子 #1: Tetrameric assembly of bacterial cellulose synthase subunit Z

超分子名称: Tetrameric assembly of bacterial cellulose synthase subunit Z
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Protein -Endoglucanase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Endoglucanase

分子名称: Endoglucanase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cellulase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 40.730762 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MACTWPAWEQ FKKDYISQEG RVIDPSDARK ITTSEGQSYG MFSALAANDR AAFDNILDWT QNNLAQGSLK ERLPAWLWGK KENSKWEVL DSNSASDGDV WMAWSLLEAG RLWKEQRYTD IGSALLKRIA REEVVTVPGL GSMLLPGKVG FAEDNSWRFN P SYLPPTLA ...文字列:
MACTWPAWEQ FKKDYISQEG RVIDPSDARK ITTSEGQSYG MFSALAANDR AAFDNILDWT QNNLAQGSLK ERLPAWLWGK KENSKWEVL DSNSASDGDV WMAWSLLEAG RLWKEQRYTD IGSALLKRIA REEVVTVPGL GSMLLPGKVG FAEDNSWRFN P SYLPPTLA QYFTRFGAPW TTLRETNQRL LLETAPKGFS PDWVRYEKDK GWQLKAEKTL ISSYDAIRVY MWVGMMPDSD PQ KARMLNR FKPMATFTEK NGYPPEKVDV ATGKAQGKGP VGFSAAMLPF LQNRDAQAVQ RQRVADNFPG SDAYYNYVLT LFG QGWDQH RFRFSTKGEL LPDWGQECAN SHLEHHHHHH

UniProtKB: Endoglucanase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3qxq

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 184800
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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