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Yorodumi- PDB-3qxq: Structure of the bacterial cellulose synthase subunit Z in comple... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3qxq | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of the bacterial cellulose synthase subunit Z in complex with cellopentaose | |||||||||
Components | Endoglucanase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / GH8 glycoside hydrolase / cellulose synthesis | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationcellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / extracellular region Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.2 Å | |||||||||
Authors | Zimmer, J. | |||||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2011Title: Apo- and cellopentaose-bound structures of the bacterial cellulose synthase subunit BcsZ. Authors: Mazur, O. / Zimmer, J. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3qxq.cif.gz | 562.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3qxq.ent.gz | 466 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3qxq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3qxq_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3qxq_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
| Data in XML | 3qxq_validation.xml.gz | 31.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 3qxq_validation.cif.gz | 49.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/3qxq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/3qxq | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 40598.582 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: E55Q Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Polysaccharide | beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellopentaose #3: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.57 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 12-18% PEG3350, 50mM sodium citrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 0.97242 Å |
| Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 4, 2010 |
| Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97242 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. all: 108218 / Num. obs: 81078 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
| Reflection shell | Resolution: 2.2→2.24 Å / Redundancy: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.65 / Rsym value: 0.57 / % possible all: 96.8 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Resolution: 2.2→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 11.903 / SU ML: 0.138 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.2 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 14.188 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→35 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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