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万見
- EMDB-4425: Cryo-EM structure of DNA-PKcs -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4425
タイトルCryo-EM structure of DNA-PKcs
マップデータDNA-PKcs
試料
  • 細胞器官・細胞要素: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
生物種Homo (哺乳類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.7 Å
データ登録者Wu Q / Blundell TL
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust200814/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Prog Biophys Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Understanding the structure and role of DNA-PK in NHEJ: How X-ray diffraction and cryo-EM contribute in complementary ways.
著者: Qian Wu / Shikang Liang / Takashi Ochi / Dimitri Y Chirgadze / Juha T Huiskonen / Tom L Blundell /
要旨: DNA double-strand breaks (DSBs), generated by ionizing radiation, reactive oxygen species and DNA replication across nicks, are the most severe DNA damage in eukaryotic cells. Non-Homologous End ...DNA double-strand breaks (DSBs), generated by ionizing radiation, reactive oxygen species and DNA replication across nicks, are the most severe DNA damage in eukaryotic cells. Non-Homologous End Joining repairs DNA double-strand breaks directly without a template and so can take place at any point in the cell cycle. Ku70/80 heterodimers rapidly assemble around broken DNA ends, allowing DNA-PKcs, the catalytic subunit of DNA-dependent protein kinase, to be recruited and facilitating synapsis of broken DNA ends. This then provides a stage for end-processing and ligation. Here we review progress leading in 2017 to the medium resolution X-ray structure of DNA-PKcs, a single polypeptide chain of 4128 amino acids. This was followed quickly by chain tracing of cryo-EM structures of DNA-PKcs in complex with Ku and DNA. We discuss how combination of structural information from X-ray and cryo-EM studies can produce a working model for complex multicomponent molecular assemblies such as those found in DNA-double-strand-break repair.
履歴
登録2018年11月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年5月8日-
マップ公開2019年5月8日-
更新2019年10月30日-
現状2019年10月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0906
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0906
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4425.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4425.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DNA-PKcs
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.43 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0906 / ムービー #1: 0.0906
最小 - 最大-0.23143104 - 0.48773596
平均 (標準偏差)0.0020121848 (±0.017275512)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 314.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.431.431.43
M x/y/z220220220
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z314.600314.600314.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ307236
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS220220220
D min/max/mean-0.2310.4880.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : DNA-dependent protein kinase catalytic subunit

全体名称: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
要素
  • 細胞器官・細胞要素: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit

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超分子 #1: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit

超分子名称: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo (哺乳類)

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分子 #1: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit

分子名称: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo (哺乳類)
配列文字列: MAGSGAGVRC SLLRLQETLS AADRCGAALA GHQLIRGLGQ ECVLSSSPAV LALQTSLVFS RDFGLLVFV RKSLNSIEFR ECREEILKFL CIFLEKMGQK IAPYSVEIKN TCTSVYTKDR A AKCKIPAL DLLIKLLQTF RSSRLMDEFK IGELFSKFYG ELALKKKIPD ...文字列:
MAGSGAGVRC SLLRLQETLS AADRCGAALA GHQLIRGLGQ ECVLSSSPAV LALQTSLVFS RDFGLLVFV RKSLNSIEFR ECREEILKFL CIFLEKMGQK IAPYSVEIKN TCTSVYTKDR A AKCKIPAL DLLIKLLQTF RSSRLMDEFK IGELFSKFYG ELALKKKIPD TVLEKVYELL GL LGEVHPS EMINNAENLF RAFLGELKTQ MTSAVREPKL PVLAGCLKGL SSLLCNFTKS MEE DPQTSR EIFNFVLKAI RPQIDLKRYA VPSAGLRLFA LHASQFSTCL LDNYVSLFEV LLKW CAHTN VELKKAALSA LESFLKQVSN MVAKNAEMHK NKLQYFMEQF YGIIRNVDSN NKELS IAIR GYGLFAGPCK VINAKDVDFM YVELIQRCKQ MFLTQTDTGD DRVYQMPSFL QSVASV LLY LDTVPEVYTP VLEHLVVMQI DSFPQYSPKM QLVCCRAIVK VFLALAAKGP VLRNCIS TV VHQGLIRICS KPVVLPKGPE SESEDHRASG EVRTGKWKVP TYKDYVDLFR HLLSSDQM M DSILADEAFF SVNSSSESLN HLLYDEFVKS VLKIVEKLDL TLEIQTVGEQ ENGDEAPGV WMIPTSDPAA NLHPAKPKDF SAFINLVEFC REILPEKQAE FFEPWVYSFS YELILQSTRL PLISGFYKL LSITVRNAKK IKYFEGVSPK SLKHSPEDPE KYSCFALFVK FGKEVAVKMK Q YKDELLAS CLTFLLSLPH NIIELDVRAY VPALQMAFKL GLSYTPLAEV GLNALEEWSI YI DRHVMQP YYKDILPCLD GYLKTSALSD ETKNNWEVSA LSRAAQKGFN KVVLKHLKKT KNL SSNEAI SLEEIRIRVV QMLGSLGGQI NKNLLTVTSS DEMMKSYVAW DREKRLSFAV PFRE MKPVI FLDVFLPRVT ELALTASDRQ TKVAACELLH SMVMFMLGKA TQMPEGGQGA PPMYQ LYKR TFPVLLRLAC DVDQVTRQLY EPLVMQLIHW FTNNKKFESQ DTVALLEAIL DGIVDP VDS TLRDFCGRCI REFLKWSIKQ ITPQQQEKSP VNTKSLFKRL YSLALHPNAF KRLGASL AF NNIYREFREE ESLVEQFVFE ALVIYMESLA LAHADEKSLG TIQQCCDAID HLCRIIEK K HVSLNKAKKR RLPRGFPPSA SLCLLDLVKW LLAHCGRPQT ECRHKSIELF YKFVPLLPG NRSPNLWLKD VLKEEGVSFL INTFEGGGCG QPSGILAQPT LLYLRGPFSL QATLCWLDLL LAALECYNT FIGERTVGAL QVLGTEAQSS LLKAVAFFLE SIAMHDIIAA EKCFGTGAAG N RTSPQEGE RYNYSKCTVV VRIMEFTTTL LNTSPEGWKL LKKDLCNTHL MRVLVQTLCE PA SIGFNIG DVQVMAHLPD VCVNLMKALK MSPYKDILET HLREKITAQS IEELCAVNLY GPD AQVDRS RLAAVVSACK QLHRAGLLHN ILPSQSTDLH HSVGTELLSL VYKGIAPGDE RQCL PSLDL SCKQLASGLL ELAFAFGGLC ERLVSLLLNP AVLSTASLGS SQGSVIHFSH GEYFY SLFS ETINTELLKN LDLAVLELMQ SSVDNTKMVS AVLNGMLDQS FRERANQKHQ GLKLAT TIL QHWKKCDSWW AKDSPLETKM AVLALLAKIL QIDSSVSFNT SHGSFPEVFT TYISLLA DT KLDLHLKGQA VTLLPFFTSL TGGSLEELRR VLEQLIVAHF PMQSREFPPG TPRFNNYV D CMKKFLDALE LSQSPMLLEL MTEVLCREQQ HVMEELFQSS FRRIARRGSC VTQVGLLES VYEMFRKDDP RLSFTRQSFV DRSLLTLLWH CSLDALREFF STIVVDAIDV LKSRFTKLNE STFDTQITK KMGYYKILDV MYSRLPKDDV HAKESKINQV FHGSCITEGN ELTKTLIKLC Y DAFTENMA GENQLLERRR LYHCAAYNCA ISVICCVFNE LKFYQGFLFS EKPEKNLLIF EN LIDLKRR YNFPVEVEVP MERKKKYIEI RKEAREAANG DSDGPSYMSS LSYLADSTLS EEM SQFDFS TGVQSYSYSS QDPRPATGRF RRREQRDPTV HDDVLELEMD ELNRHECMAP LTAL VKHMH RSLGPPQGEE DSVPRDLPSW MKFLHGKLGN PIVPLNIRLF LAKLVINTEE VFRPY AKHW LSPLLQLAAS ENNGGEGIHY MVVEIVATIL SWTGLATPTG VPKDEVLANR LLNFLM KHV FHPKRAVFRH NLEIIKTLVE CWKDCLSIPY RLIFEKFSGK DPNSKDNSVG IQLLGIV MA NDLPPYDPQC GIQSSEYFQA LVNNMSFVRY KEVYAAAAEV LGLILRYVME RKNILEES L CELVAKQLKQ HQNTMEDKFI VCLNKVTKSF PPLADRFMNA VFFLLPKFHG VLKTLCLEV VLCRVEGMTE LYFQLKSKDF VQVMRHRDDE RQKVCLDIIY KMMPKLKPVE LRELLNPVVE FVSHPSTTC REQMYNILMW IHDNYRDPES ETDNDSQEIF KLAKDVLIQG LIDENPGLQL I IRNFWSHE TRLPSNTLDR LLALNSLYSP KIEVHFLSLA TNFLLEMTSM SPDYPNPMFE HP LSECEFQ EYTIDSDWRF RSTVLTPMFV ETQASQGTLQ TRTQEGSLSA RWPVAGQIRA TQQ QHDFTL TQTADGRSSF DWLTGSSTDP LVDHTSPSSD SLLFAHKRSE RLQRAPLKSV GPDF GKKRL GLPGDEVDNK VKGAAGRTDL LRLRRRFMRD QEKLSLMYAR KGVAEQKREK EIKSE LKMK QDAQVVLYRS YRHGDLPDIQ IKHSSLITPL QAVAQRDPII AKQLFSSLFS GILKEM DKF KTLSEKNNIT QKLLQDFNRF LNTTFSFFPP FVSCIQDISC QHAALLSLDP AAVSAGC LA SLQQPVGIRL LEEALLRLLP AELPAKRVRG KARLPPDVLR WVELAKLYRS IGEYDVLR G IFTSEIGTKQ ITQSALLAEA RSDYSEAAKQ YDEALNKQDW VDGEPTEAEK DFWELASLD CYNHLAEWKS LEYCSTASID SENPPDLNKI WSEPFYQETY LPYMIRSKLK LLLQGEADQS LLTFIDKAM HGELQKAILE LHYSQELSLL YLLQDDVDRA KYYIQNGIQS FMQNYSSIDV L LHQSRLTK LQSVQALTEI QEFISFISKQ GNLSSQVPLK RLLNTWTNRY PDAKMDPMNI WD DIITNRC FFLSKIEEKL TPLPEDNSMN VDQDGDPSDR MEVQEQEEDI SSLIRSCKFS MKM KMIDSA RKQNNFSLAM KLLKELHKES KTRDDWLVSW VQSYCRLSHC RSRSQGCSEQ VLTV LKTVS LLDENNVSSY LSKNILAFRD QNILLGTTYR IIANALSSEP ACLAEIEEDK ARRIL ELSG SSSEDSEKVI AGLYQRAFQH LSEAVQAAEE EAQPPSWSCG PAAGVIDAYM TLADFC DQQ LRKEEENASV IDSAELQAYP ALVVEKMLKA LKLNSNEARL KFPRLLQIIE RYPEETL SL MTKEISSVPC WQFISWISHM VALLDKDQAV AVQHSVEEIT DNYPQAIVYP FIISSESY S FKDTSTGHKN KEFVARIKSK LDQGGVIQDF INALDQLSNP ELLFKDWSND VRAELAKTP VNKKNIEKMY ERMYAALGDP KAPGLGAFRR KFIQTFGKEF DKHFGKGGSK LLRMKLSDFN DITNMLLLK MNKDSKPPGN LKECSPWMSD FKVEFLRNEL EIPGQYDGRG KPLPEYHVRI A GFDERVTV MASLRRPKRI IIRGHDEREH PFLVKGGEDL RQDQRVEQLF QVMNGILAQD SA CSQRALQ LRTYSVVPMT SRLGLIEWLE NTVTLKDLLL NTMSQEEKAA YLSDPRAPPC EYK DWLTKM SGKHDVGAYM LMYKGANRTE TVTSFRKRES KVPADLLKRA FVRMSTSPEA FLAL RSHFA SSHALICISH WILGIGDRHL NNFMVAMETG GVIGIDFGHA FGSATQFLPV PELMP FRLT RQFINLMLPM KETGLMYSIM VHALRAFRSD PGLLTNTMDV FVKEPSFDWK NFEQKM LKK GGSWIQEINV AEKNWYPRQK ICYAKRKLAG ANPAVITCDE LLLGHEKAPA FRDYVAV AR GSKDHNIRAQ EPESGLSEET QVKCLMDQAT DPNILGRTWE GWEPWM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
詳細: 20 mM Hepes pH 7.6, 200 mM NaCl, 0.5 mM EDTA, 2 mM MgCl2, 5 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: MotionCorr2
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 129117
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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