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- EMDB-4393: In situ subtomogram average of a bacterial encapsulin expressed i... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4393
タイトルIn situ subtomogram average of a bacterial encapsulin expressed in HEK293T cells (after iron treatment)
マップデータ
試料
  • 複合体: Encapsulin from M. xanthus in its T = 3 configuration after iron treatment
生物種Myxococcus xanthus (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 33.0 Å
データ登録者Erdmann PS / Plitzko JM
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Bacterial encapsulins as orthogonal compartments for mammalian cell engineering.
著者: Felix Sigmund / Christoph Massner / Philipp Erdmann / Anja Stelzl / Hannes Rolbieski / Mitul Desai / Sarah Bricault / Tobias P Wörner / Joost Snijder / Arie Geerlof / Helmut Fuchs / Martin ...著者: Felix Sigmund / Christoph Massner / Philipp Erdmann / Anja Stelzl / Hannes Rolbieski / Mitul Desai / Sarah Bricault / Tobias P Wörner / Joost Snijder / Arie Geerlof / Helmut Fuchs / Martin Hrabĕ de Angelis / Albert J R Heck / Alan Jasanoff / Vasilis Ntziachristos / Jürgen Plitzko / Gil G Westmeyer /
要旨: We genetically controlled compartmentalization in eukaryotic cells by heterologous expression of bacterial encapsulin shell and cargo proteins to engineer enclosed enzymatic reactions and size- ...We genetically controlled compartmentalization in eukaryotic cells by heterologous expression of bacterial encapsulin shell and cargo proteins to engineer enclosed enzymatic reactions and size-constrained metal biomineralization. The shell protein (EncA) from Myxococcus xanthus auto-assembles into nanocompartments inside mammalian cells to which sets of native (EncB,C,D) and engineered cargo proteins self-target enabling localized bimolecular fluorescence and enzyme complementation. Encapsulation of the enzyme tyrosinase leads to the confinement of toxic melanin production for robust detection via multispectral optoacoustic tomography (MSOT). Co-expression of ferritin-like native cargo (EncB,C) results in efficient iron sequestration producing substantial contrast by magnetic resonance imaging (MRI) and allowing for magnetic cell sorting. The monodisperse, spherical, and iron-loading nanoshells are also excellent genetically encoded reporters for electron microscopy (EM). In general, eukaryotically expressed encapsulins enable cellular engineering of spatially confined multicomponent processes with versatile applications in multiscale molecular imaging, as well as intriguing implications for metabolic engineering and cellular therapy.
履歴
登録2018年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月30日-
マップ公開2018年5月30日-
更新2018年5月30日-
現状2018年5月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.24
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.24
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4393.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4393.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 23.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.42 Å/pix.
x 184 pix.
= 629.28 Å		3.42 Å/pix.
x 184 pix.
= 629.28 Å		3.42 Å/pix.
x 184 pix.
= 629.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.42 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.24 / ムービー #1: 0.24
最小 - 最大-0.09783919 - 0.6739622
平均 (標準偏差)0.031376693 (±0.13799539)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ184184184
Spacing184184184
セルA=B=C: 629.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.423.423.42
M x/y/z184184184
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z629.280629.280629.280
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS184184184
D min/max/mean-0.0980.6740.031

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Encapsulin from M. xanthus in its T = 3 configuration after iron ...

全体名称: Encapsulin from M. xanthus in its T = 3 configuration after iron treatment
要素
  • 複合体: Encapsulin from M. xanthus in its T = 3 configuration after iron treatment

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超分子 #1: Encapsulin from M. xanthus in its T = 3 configuration after iron ...

超分子名称: Encapsulin from M. xanthus in its T = 3 configuration after iron treatment
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Myxococcus xanthus (バクテリア)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293T
分子量理論値: 1.2 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: cells were plunge frozen in DMEM with 10% FBS
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 310 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot force: 10 blot time: 10.
詳細the sample was prepared by focused ion beam milling of vitrified HEK293T cells, which had been treated with ferrous iron sulfate and transferrin 72h before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: -5.0 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 33.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用したサブトモグラム数: 150
抽出トモグラム数: 8 / 使用した粒子像数: 800 / 参照モデル: reference free / 手法: volumes picked interactively / ソフトウェア - 名称: PyTom (ver. 0.97)
詳細: a refrence was constructed from ~ 100 manually picked and aligned particles
CTF補正ソフトウェア: (名称: CTFFIND (ver. 4.1.5), RELION (ver. 2.1))
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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