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- EMDB-42231: In-situ structure of typeA supercomplex in respiratory chain ( lo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42231
タイトルIn-situ structure of typeA supercomplex in respiratory chain ( local refined map focused on CI iron-sulfur cluster regions )
マップデータ
試料
  • 複合体: In-situ structure of typeA supercomplex in respiratory chain ( local refined map focused on CI iron-sulfur cluster regions )
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
  • リガンド: x 2種
キーワードin-situ cryo-EM structure / mammalian / mitochondria / respiratory supercomplex / proton pumping / membrane protein / electron transport
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOG GTPase cycle / Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / Mitochondrial protein degradation / ubiquinone-6 biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / cellular respiration / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / apoptotic mitochondrial changes / mitochondrial respiratory chain complex I ...RHOG GTPase cycle / Complex I biogenesis / Respiratory electron transport / Mitochondrial protein degradation / ubiquinone-6 biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / cellular respiration / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / apoptotic mitochondrial changes / mitochondrial respiratory chain complex I / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / electron transport coupled proton transport / quinone binding / ATP metabolic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / response to cAMP / aerobic respiration / reactive oxygen species metabolic process / regulation of mitochondrial membrane potential / electron transport chain / regulation of protein phosphorylation / brain development / mitochondrial intermembrane space / negative regulation of cell growth / NAD binding / positive regulation of fibroblast proliferation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / nuclear body / protein-containing complex binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 ...NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Zinc finger, CHCC-type / Zinc-finger domain / NDUFA6, LYR domain / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4-like superfamily / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4 / NADH dehydrogenase ubiquinone Fe-S protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH ubiquinone oxidoreductase subunit NDUFA12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] (complex I), alpha subcomplex, subunit 6 / NADH-quinone oxidoreductase, chain G, C-terminal / NADH-ubiquinone oxidoreductase subunit G, C-terminal / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 3. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 2. / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / Complex 1 LYR protein domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 75 Kd subunit signature 1. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Complex 1 protein (LYR family) / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 75kDa subunit, conserved site / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH:ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 3 superfamily / NADH-ubiquinone/plastoquinone oxidoreductase, chain 3 / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1, conserved site / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 1. / Respiratory-chain NADH dehydrogenase subunit 1 signature 2. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit 1/F420H2 oxidoreductase subunit H / NADH dehydrogenase / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / His(Cys)3-ligated-type [4Fe-4S] domain profile. / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / 4Fe-4S dicluster domain / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial ...NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.0 Å
データ登録者Zheng W / Zhang K / Zhu J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM142959 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: High-resolution in situ structures of mammalian respiratory supercomplexes.
著者: Wan Zheng / Pengxin Chai / Jiapeng Zhu / Kai Zhang /
要旨: Mitochondria play a pivotal part in ATP energy production through oxidative phosphorylation, which occurs within the inner membrane through a series of respiratory complexes. Despite extensive in ...Mitochondria play a pivotal part in ATP energy production through oxidative phosphorylation, which occurs within the inner membrane through a series of respiratory complexes. Despite extensive in vitro structural studies, determining the atomic details of their molecular mechanisms in physiological states remains a major challenge, primarily because of loss of the native environment during purification. Here we directly image porcine mitochondria using an in situ cryo-electron microscopy approach. This enables us to determine the structures of various high-order assemblies of respiratory supercomplexes in their native states. We identify four main supercomplex organizations: IIIIIV, IIIIIV, IIIIIV and IIIIIV, which potentially expand into higher-order arrays on the inner membranes. These diverse supercomplexes are largely formed by 'protein-lipids-protein' interactions, which in turn have a substantial impact on the local geometry of the surrounding membranes. Our in situ structures also capture numerous reactive intermediates within these respiratory supercomplexes, shedding light on the dynamic processes of the ubiquinone/ubiquinol exchange mechanism in complex I and the Q-cycle in complex III. Structural comparison of supercomplexes from mitochondria treated under different conditions indicates a possible correlation between conformational states of complexes I and III, probably in response to environmental changes. By preserving the native membrane environment, our approach enables structural studies of mitochondrial respiratory supercomplexes in reaction at high resolution across multiple scales, from atomic-level details to the broader subcellular context.
履歴
登録2023年10月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月19日-
マップ公開2024年6月19日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42231.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42231.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.42 Å/pix.
x 260 pix.
= 108.16 Å		0.42 Å/pix.
x 260 pix.
= 108.16 Å		0.42 Å/pix.
x 260 pix.
= 108.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

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画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.416 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-1.1929859 - 1.3692126
平均 (標準偏差)0.0010155824 (±0.067252524)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ260260260
Spacing260260260
セルA=B=C: 108.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_42231_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_42231_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : In-situ structure of typeA supercomplex in respiratory chain ( lo...

全体名称: In-situ structure of typeA supercomplex in respiratory chain ( local refined map focused on CI iron-sulfur cluster regions )
要素
  • 複合体: In-situ structure of typeA supercomplex in respiratory chain ( local refined map focused on CI iron-sulfur cluster regions )
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
    • タンパク質・ペプチド: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: In-situ structure of typeA supercomplex in respiratory chain ( lo...

超分子名称: In-situ structure of typeA supercomplex in respiratory chain ( local refined map focused on CI iron-sulfur cluster regions )
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

+
分子 #1: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 12.998448 KDa
配列文字列:
MNIMLTLLTN VTLASLLVLI AFWLPQLNAY SEKTSPYECG FDPMGSARLP FSMKFFLVAI TFLLFDLEIA LLLPLPWASQ TNNLKTMLT MALFLLILLA ASLAYEWTQK GLEWAE

UniProtKB: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3

+
分子 #2: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 28.500184 KDa
配列文字列: MRNVSTQVPV SAHRPSRFGQ RPRIPGALQR TDRRGCLKAE AEMAALAASG LLRPILALRS SMGAAVQVRF VHPSAATDSP SSSQPAVSQ AGAVVSKPTT LPSSRGEYVV AKLDDLVNWA RRSSLWPMTF GLACCAVEMM HMAAPRYDMD RFGVVFRASP R QSDVMIVA ...文字列:
MRNVSTQVPV SAHRPSRFGQ RPRIPGALQR TDRRGCLKAE AEMAALAASG LLRPILALRS SMGAAVQVRF VHPSAATDSP SSSQPAVSQ AGAVVSKPTT LPSSRGEYVV AKLDDLVNWA RRSSLWPMTF GLACCAVEMM HMAAPRYDMD RFGVVFRASP R QSDVMIVA GTLTNKMAPA LRKVYDQMPE PRYVVSMGSC ANGGGYYHYS YSVVRGCDRI VPVDIYVPGC PPTAEALLYG IL QLQRKIK REKRLRIWYR R

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial

+
分子 #3: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 30.154318 KDa
配列文字列: MAAAAAARGC WRGLVGPAAV ARVSGRPSVL LLPVRKESAA ADTRPTIRPR NDVVHKQLSA FGQYVAEILP KYVQQVQVSC FNELEIFIH PDGVIPVLTF LRDHTNAQFK SLADLTAVDV PTRQNRFEIV YNLLSLRFNS QIRVKTYTDE LTPIESSVTV Y KAANWYER ...文字列:
MAAAAAARGC WRGLVGPAAV ARVSGRPSVL LLPVRKESAA ADTRPTIRPR NDVVHKQLSA FGQYVAEILP KYVQQVQVSC FNELEIFIH PDGVIPVLTF LRDHTNAQFK SLADLTAVDV PTRQNRFEIV YNLLSLRFNS QIRVKTYTDE LTPIESSVTV Y KAANWYER EIWDMFGVFF ANHPDLRRIL TGYGFEGHPF RKDFPLSGYV ELRYDDEVKR VVAEPVELAQ EFRKFDLNSP WE AFPAYRQ PPEDLKLEAG DKKPETK

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial

+
分子 #4: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 54.168074 KDa
配列文字列: MAALRALCSL RGVAAQVLRP GAGARLPIQP SRGARQWQPD VEWAEQFGGA VMYPTKETAH WKPPPWNGNY YWPNYFPLLS DVDPPKDTL VSNLTLNFGP QHPAAHGVLR LVMELSGEMV RKCDPHIGLL HRGTEKLIEY KTYLQALPYF DRLDYVSMMC N EQAYSLAV ...文字列:
MAALRALCSL RGVAAQVLRP GAGARLPIQP SRGARQWQPD VEWAEQFGGA VMYPTKETAH WKPPPWNGNY YWPNYFPLLS DVDPPKDTL VSNLTLNFGP QHPAAHGVLR LVMELSGEMV RKCDPHIGLL HRGTEKLIEY KTYLQALPYF DRLDYVSMMC N EQAYSLAV EKLLNIQPPP RAQWIRVLFG EITRLLNHIM AVTTHALDIG AMTPFFWMFE EREKMFEFYE RVSGARMHAA YI RPGGVHQ DLPLGLLDDI YEFSKNFSFR IDELEEMLTN NRIWRNRTVD IGVVTAEDAL NYGFSGVMLR GSGIQWDLRK TQP YDVYDQ VEFDVPIGSR GDCYDRYLCR VEEMRQSLRI ISQCLNKMPP GEIKVDDAKV SPPKRAEMKT SMESLIHHFK LYTE GYQVP PGATYTAIEA PKGEFGVYLV SDGSSRPYRC KIKAPGFAHL AGLDKMSKGH MLADVVAIIG TQDIVFGEVD R

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial

+
分子 #5: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 79.627398 KDa
配列文字列: MLRIPVTRAL IGLSKSPKGC VRTTATAASN LIEVFVDGQS VMVEPGTTVL QACEKVGMQI PRFCYHERLS VAGNCRMCLV EIEKAPKVV AACAMPVMKG WNILTNSEKS KKAREGVMEF LLANHPLDCP ICDQGGECDL QDQSMMFGSD RSRFLEGKRA V EDKNIGPL ...文字列:
MLRIPVTRAL IGLSKSPKGC VRTTATAASN LIEVFVDGQS VMVEPGTTVL QACEKVGMQI PRFCYHERLS VAGNCRMCLV EIEKAPKVV AACAMPVMKG WNILTNSEKS KKAREGVMEF LLANHPLDCP ICDQGGECDL QDQSMMFGSD RSRFLEGKRA V EDKNIGPL VKTIMTRCIQ CTRCIRFASE IAGVDDLGTT GRGNDMQVGT YIEKMFMSEL SGNIIDICPV GALTSKPYAF TA RPWETRK TESIDVMDAV GSNIVVSTRT GEVMRILPRM HEDINEEWIS DKTRFAYDGL KRQRLTQPMI RNEKGLLTYT TWE DALSRV AGMLQSFQGN DVAAIAGGLV DAEALVALKD LLNRVDSDSL CTEEVFPTAG AGTDLRSNYL LNTTIAGVEE ADVI LLVGT NPRFEAPLFN ARIRKSWLHN DLKVALIGSP VDLTYRYDHL GDSPKILQDI ASGNHPFSQI LKEAKKPMVV LGSSA LQRS DGTAILAAVS NIAQNIRLSS GVTGDWKVMN ILHRIASQVA ALDLGYKPGV EAIRKNPPKV LFLLGADGGC ITRQDL PKD CFIIYQGHHG DVGAPMADVI LPGAAYTEKS ATYVNTEGRA QQTKVAVTPP GLAREDWKII RALSEIAGMT LPYDTLD QV RSRLEEVSPN LVRYDDVEGA NYFQQANELS KLVNQQLLAD PLVPPQLTIK DFYMTDSISR ASQTMAKCVK AVTEGIQA V EEPSIC

UniProtKB: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial

+
分子 #6: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1

分子名称: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 35.591426 KDa
配列文字列: MFMINILSLI IPILLAVAFL TLVERKVLGY MQLRKGPNVV GPYGLLQPIA DALKLVTKEP LRPGTSSISM FIIAPILGLS LALTMWVPL PMPYPLINMN LGVLFMLAMS SLAVYSILWS GWASNSKYAL IGALRAVAQT ISYEVTLAII LLSVLLMNGS Y TLSTLITT ...文字列:
MFMINILSLI IPILLAVAFL TLVERKVLGY MQLRKGPNVV GPYGLLQPIA DALKLVTKEP LRPGTSSISM FIIAPILGLS LALTMWVPL PMPYPLINMN LGVLFMLAMS SLAVYSILWS GWASNSKYAL IGALRAVAQT ISYEVTLAII LLSVLLMNGS Y TLSTLITT QEHIWMIFTS WPLAMMWFIS TLAETNRAPF DLTEGESELV SGFNVEYAAG PFAMFFMAEY ANIIMMNAFT AI LFLGASH DPHTPELYTI NFVLKTLALT ITFLWIRASY PRFRYDQLMH LLWKSFLPLT LALCMWHISL PIMTASIPPQ S

UniProtKB: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1

+
分子 #7: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 27.135039 KDa
配列文字列: MEASQECRLR LSVDRPPPHG KERQRFKMRC LSTPMLLRAL AQAQAAHAGH PSARTLHSSA VAATYKFVNM REPSMDMKSV TDRAAQTLL WTELVRGLGM TLSYLFREPA TINYPFEKGP LSPRFRGEHA LRRYPSGEER CIACKLCEAV CPAQAITIEA E PRADGSRR ...文字列:
MEASQECRLR LSVDRPPPHG KERQRFKMRC LSTPMLLRAL AQAQAAHAGH PSARTLHSSA VAATYKFVNM REPSMDMKSV TDRAAQTLL WTELVRGLGM TLSYLFREPA TINYPFEKGP LSPRFRGEHA LRRYPSGEER CIACKLCEAV CPAQAITIEA E PRADGSRR TTRYDIDMTK CIYCGFCQEA CPVDAIVEGP NFEFSTETHE ELLYNKEKLL NNGDKWEAEI AANIQADYLY R

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial

+
分子 #8: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mit...

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 42.606324 KDa
配列文字列: MAAAVHPRVV RAVPMSRSCL AAVATSVSYG PPQRQLHHAL IPHGKGGRSS VSGIVATVFG ATGFLGRYVV NHLGRMGSQV IVPYRCEPY DTMHLRPMGD LGQIIFMEWN GKDKDSIRKV VEHSNVVINL VGREWETKNF DFEDVFVKIP HAIAQVSKEA G VEKLIHIS ...文字列:
MAAAVHPRVV RAVPMSRSCL AAVATSVSYG PPQRQLHHAL IPHGKGGRSS VSGIVATVFG ATGFLGRYVV NHLGRMGSQV IVPYRCEPY DTMHLRPMGD LGQIIFMEWN GKDKDSIRKV VEHSNVVINL VGREWETKNF DFEDVFVKIP HAIAQVSKEA G VEKLIHIS HLNADIKSPS RYLRSKAVGE KEVRAAFPEA TIIKPSDIFG REDRFLNYFA SMRWFGGVPL ISLGKETVKQ PV YIVDVSK GIINAIKDPD AKGKTFAFVG PNRYLLFDLV QYIFAVAYRP FLPYPLPHFA YRWVGRLFEV SPFEPWTTRD KVE RVHMSD MTLPHLPGLE DLGIQATPLE LKAIEVLRRH RTYRWLTSEM EDVKPAKTVN I

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial

+
分子 #9: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 19.746514 KDa
配列文字列:
MAAVSMSVAL KQALWGRRAA AVGAVSVSKV PTRLLSTSTW RLAQDQTQDT QLIAVDEKLD ITTLTGVPEE HIKTRKVRIF VPARNNMQS GVNNTKKWKM EFDTRERWEN PLMGWSSTAD PLSNLVLTFS TKEDAVAFAE KNGWSFDVEE RKVPKPKSKS Y GANFSWNK RTRVSTK

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial

+
分子 #10: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 13.34895 KDa
配列文字列:
MAAVTFLRLL GRSGAGARNL LGGSRCFGVR TSPTGEKVTH TGQAYDDGDY RRVRFSDRQK EVNENFAIDL IAEQPVSEVG SRVISCDGG GGALGHPRVY INLDKETKTG TCGYCGLQFR QPHH

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial

+
分子 #11: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 14.953313 KDa
配列文字列:
MAASGLPRAA AAAGTSVKPI FSRDMNEAKR RVRELYRAWY REVPNTVHLF QLDISVKQGR DKVREMFMKN AHVTDPRVVD LLVIKGKME LEETINVWKQ RTHIMRFFHE TEAPRPTDFL SKFYVGHDP

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6

+
分子 #12: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12

分子名称: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 17.162439 KDa
配列文字列:
MELVQVLRRG LQQVSGHGGL RGYLRVLFRA NDVRVGTLVG EDKYGNKYYE DNKQFFGRHR WVIYTTEMNG RDTFWDVDGS MVPPEWHRW LHCMTDDPPT TKPPTARKYI WTNHKFNVSG TPQQYVPYST TRKKIQEWVP PSTPYK

UniProtKB: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12

+
分子 #13: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #14: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 60000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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