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- PDB-8ugh: In-situ structure of typeA supercomplex with lipids in respirator... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 8ugh
タイトルIn-situ structure of typeA supercomplex with lipids in respiratory chain (composite)
要素
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit ...) x 7
  • (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 14
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ...) x 10
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ...) x 10
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ...) x 2
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ...) x 3
  • (NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ...) x 7
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 7
  • (NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit ...) x 4
  • Cytochrome b
  • Cytochrome c1
  • NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
  • Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.2 kDa protein
キーワードELECTRON TRANSPORT / in-situ cryo-EM structure / mammalian / mitochondria / respiratory supercomplex / proton pumping / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex IV assembly / Cytoprotection by HMOX1 / TP53 Regulates Metabolic Genes / Complex III assembly / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / RHOG GTPase cycle ...Complex IV assembly / Cytoprotection by HMOX1 / TP53 Regulates Metabolic Genes / Complex III assembly / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / RHOG GTPase cycle / pyramidal neuron development / Complex I biogenesis / thalamus development / Respiratory electron transport / Neutrophil degranulation / Mitochondrial protein degradation / respiratory chain complex IV / respiratory chain complex / cytochrome-c oxidase / respiratory chain complex III / oxidative phosphorylation / cardiac muscle tissue development / quinol-cytochrome-c reductase / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / hypothalamus development / midbrain development / ubiquinone binding / electron transport coupled proton transport / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / NADH dehydrogenase activity / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / response to cAMP / enzyme regulator activity / positive regulation of vasoconstriction / reactive oxygen species metabolic process / aerobic respiration / hippocampus development / central nervous system development / respiratory electron transport chain / electron transport chain / brain development / metalloendopeptidase activity / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / fatty acid biosynthetic process / FMN binding / nervous system development / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / nuclear body / mitochondrial matrix / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
NADH-ubiquinone reductase complex 1 MLRQ subunit / NADH-ubiquinone reductase complex 1 MLRQ subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / : ...NADH-ubiquinone reductase complex 1 MLRQ subunit / NADH-ubiquinone reductase complex 1 MLRQ subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / : / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa superfamily / Cytochrome C oxidase chain VIIB / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / NADH-ubiquinone oxidoreductase 1 subunit C1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, ESSS subunit / ESSS subunit of NADH:ubiquinone oxidoreductase (complex I) / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / N-ACETYLMETHIONINE / N-ACETYLALANINE / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / Chem-EHZ / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE ...1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / N-ACETYLMETHIONINE / N-ACETYLALANINE / CARDIOLIPIN / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / Chem-EHZ / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / HEME-A / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / MYRISTIC ACID / Chem-NDP / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Chem-PEK / Chem-PGT / Chem-PGV / PHOSPHATE ION / Chem-PSC / IRON/SULFUR CLUSTER / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit / NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial / Cytochrome c1 / Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4 / Cytochrome c oxidase subunit 4 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6C / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 9, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 / Complex III subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 6 / Acyl carrier protein / NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7 / Cytochrome c oxidase subunit NDUFA4 / Cytochrome c oxidase subunit / Cytochrome c oxidase subunit 8 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11 / NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / Cytochrome c oxidase subunit 1 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6 / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / Cytochrome b / Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zheng, W. / Zhang, K. / Zhu, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM142959 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: High-resolution in situ structures of mammalian respiratory supercomplexes.
著者: Wan Zheng / Pengxin Chai / Jiapeng Zhu / Kai Zhang /
要旨: Mitochondria play a pivotal part in ATP energy production through oxidative phosphorylation, which occurs within the inner membrane through a series of respiratory complexes. Despite extensive in ...Mitochondria play a pivotal part in ATP energy production through oxidative phosphorylation, which occurs within the inner membrane through a series of respiratory complexes. Despite extensive in vitro structural studies, determining the atomic details of their molecular mechanisms in physiological states remains a major challenge, primarily because of loss of the native environment during purification. Here we directly image porcine mitochondria using an in situ cryo-electron microscopy approach. This enables us to determine the structures of various high-order assemblies of respiratory supercomplexes in their native states. We identify four main supercomplex organizations: IIIIIV, IIIIIV, IIIIIV and IIIIIV, which potentially expand into higher-order arrays on the inner membranes. These diverse supercomplexes are largely formed by 'protein-lipids-protein' interactions, which in turn have a substantial impact on the local geometry of the surrounding membranes. Our in situ structures also capture numerous reactive intermediates within these respiratory supercomplexes, shedding light on the dynamic processes of the ubiquinone/ubiquinol exchange mechanism in complex I and the Q-cycle in complex III. Structural comparison of supercomplexes from mitochondria treated under different conditions indicates a possible correlation between conformational states of complexes I and III, probably in response to environmental changes. By preserving the native membrane environment, our approach enables structural studies of mitochondrial respiratory supercomplexes in reaction at high resolution across multiple scales, from atomic-level details to the broader subcellular context.
履歴
登録2023年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 2.02024年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _em_admin.last_update / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1A: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
1B: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial
1C: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial
1D: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial
1E: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial
1F: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
1G: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial
1H: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
1I: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial
1J: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6
1K: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L
1L: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
1M: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
1N: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2
1O: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial
1P: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A9
1Q: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
1R: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial
1S: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2
1T: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit AB1
1U: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit AB1
1V: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 isoform X1
1W: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6
1X: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8
1Y: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11
1Z: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A13
1a: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1
1b: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3
1c: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial
1d: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2
1e: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5
1f: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 [Sus scrofa]
1g: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial
1h: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial
1i: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6
1j: NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B2
1k: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3
1l: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial
1m: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4
1n: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9
1o: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7
1p: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10
1q: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
1r: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7
1s: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial
3A: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
3B: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
3C: Cytochrome b
3D: Cytochrome c1
3E: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
3F: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
3G: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
3H: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
3I: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
3J: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.2 kDa protein
3N: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
3O: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
3P: Cytochrome b
3Q: Cytochrome c1
3R: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
3S: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
3T: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
3U: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
3V: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
3W: Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.2 kDa protein
3X: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
3Y: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
4A: Cytochrome c oxidase subunit 1
4B: Cytochrome c oxidase subunit 2
4C: Cytochrome c oxidase subunit 3
4D: Cytochrome c oxidase subunit 4
4E: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
4F: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
4G: Cytochrome c oxidase subunit 6A2
4H: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
4I: Cytochrome c oxidase subunit 6C
4J: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
4K: Cytochrome c oxidase subunit 7B
4L: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
4M: Cytochrome c oxidase subunit 8
4N: Cytochrome c oxidase subunit NDUFA4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,075,674307
ポリマ－1,904,65681
非ポリマー171,018226
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 7種, 7分子 1A1H1J1K1L1M1N

#1: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3 / NADH dehydrogenase subunit 3


分子量: 13026.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
参照: UniProt: O79880, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#8: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1


分子量: 35619.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
参照: UniProt: A0A0U1RS44, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#10: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 6


分子量: 19021.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: O79882
#11: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4L / NADH dehydrogenase subunit 4L


分子量: 10855.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
参照: UniProt: P56632, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#12: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / NADH dehydrogenase subunit 5


分子量: 68723.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
参照: UniProt: Q9TDR1, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#13: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / NADH dehydrogenase subunit 4


分子量: 51887.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
参照: UniProt: O79881, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)
#14: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 2 / NADH dehydrogenase subunit 2


分子量: 39105.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
参照: UniProt: O79875, NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating)

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein ... , 7種, 7分子 1B1C1D1I1Q1R1e

#2: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 7, mitochondrial


分子量: 28500.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VVS8
#3: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 3, mitochondrial


分子量: 30154.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZNN4
#4: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 2, mitochondrial / Complex I-49kD / NADH-ubiquinone oxidoreductase 49 kDa subunit


分子量: 52953.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D1TTB3
#9: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 8, mitochondrial


分子量: 27135.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZUN9
#17: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial


分子量: 19746.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1SN37
#18: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 6, mitochondrial


分子量: 13348.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1THU2
#30: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 5


分子量: 12506.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VX77

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein ... , 3種, 3分子 1E1F1s

#5: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 2, mitochondrial


分子量: 27439.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VRV3
#6: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial


分子量: 50637.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1SZP7
#44: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 3, mitochondrial


分子量: 48217.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TE42

+
タンパク質 , 4種, 7分子 1G3C3P3D3Q3J3W

#7: タンパク質 NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit, mitochondrial


分子量: 79627.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287ARY3
#47: タンパク質 Cytochrome b


分子量: 42840.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q1HBG9
#48: タンパク質 Cytochrome c1


分子量: 35488.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AZF9
#53: タンパク質 Ubiquinol-cytochrome c reductase complex 7.2 kDa protein / cytochrome b-c1 complex subunit 9


分子量: 7412.530 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D1J3N6

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit ... , 10種, 10分子 1O1S1V1W1X1Y1a1b1q1r

#15: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 10, mitochondrial


分子量: 40476.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SIS9
#19: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 2


分子量: 11099.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D1FN21
#21: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 5 isoform X1


分子量: 13321.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D0UWW0
#22: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 6


分子量: 14953.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480VKQ8
#23: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 8


分子量: 20064.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D0K6B5
#24: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 11


分子量: 14686.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LGM4
#26: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 1


分子量: 8034.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D0TJQ4
#27: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 3


分子量: 9225.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VQ42
#42: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12


分子量: 17162.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SQP4
#43: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 7


分子量: 12648.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8W4F7N8

+
NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit ... , 4種, 5分子 1P1T1U1Z1j

#16: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A9


分子量: 42606.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1ULW2
#20: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit AB1


分子量: 17338.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D1KH26
#25: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit A13


分子量: 16911.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D0K655
#35: タンパク質 NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B2


分子量: 11939.366 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D1G9F4

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit ... , 2種, 2分子 1c1d

#28: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C1, mitochondrial / Complex I-KFYI / NADH-ubiquinone oxidoreductase KFYI subunit


分子量: 8664.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D0J7S2
#29: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 subunit C2


分子量: 14327.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480JRW3

+
NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit ... , 10種, 10分子 1f1g1h1i1k1l1m1n1o1p

#31: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 1 [Sus scrofa]


分子量: 15371.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D1IZ33
#32: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 11, mitochondrial


分子量: 17384.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D1EYI7
#33: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 5, mitochondrial


分子量: 21587.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SGC6
#34: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 6 / Complex I-B17 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B17 subunit


分子量: 15498.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1UIV8
#36: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 3


分子量: 11128.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VD84
#37: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 8, mitochondrial


分子量: 21658.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: B8Y651
#38: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 4


分子量: 15117.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1T6M0
#39: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 9


分子量: 21864.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: K7GSE5
#40: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 7 / Complex I-B18 / NADH-ubiquinone oxidoreductase B18 subunit


分子量: 16567.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SCH1
#41: タンパク質 NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 beta subcomplex subunit 10


分子量: 20944.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D0R7A9

+
Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 7種, 16分子 3A3N3B3O3E3I3R3V3F3S3G3T3H3U3X3Y

#45: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial


分子量: 52756.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D0PK14
#46: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial


分子量: 48262.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RPD2
#49: タンパク質
Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial


分子量: 29492.600 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A480EHC1
#50: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 7


分子量: 13587.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A286ZPR8
#51: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 8


分子量: 9784.339 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D0SHY6
#52: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial


分子量: 10685.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D1JI21
#54: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 10


分子量: 6560.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SDI2

+
Cytochrome c oxidase subunit ... , 14種, 14分子 4A4B4C4D4E4F4G4H4I4J4K4L4M4N

#55: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide I


分子量: 57020.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: O79876, cytochrome-c oxidase
#56: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2


分子量: 26288.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q69GF7
#57: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3


分子量: 29753.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q35916
#58: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 4


分子量: 19670.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1T8J9
#59: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial


分子量: 16771.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SJ34
#60: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial


分子量: 13801.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q5S3G4
#61: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6A2


分子量: 10876.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AEB7
#62: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6B1


分子量: 10204.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A1XQT1
#63: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 6C


分子量: 8617.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TXH1
#64: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial


分子量: 9028.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q8SPJ9
#65: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7B


分子量: 9169.476 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BJ57
#66: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial


分子量: 7358.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q1W0Y2
#67: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 8


分子量: 7615.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A1XQT4
#68: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit NDUFA4


分子量: 9322.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A1XQS3

+
非ポリマー , 26種, 226分子

#69: 化合物...
ChemComp-3PE / 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / DSPE


分子量: 748.065 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H82NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#70: 化合物
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#71: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#72: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#73: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#74: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#75: 化合物...
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#76: 化合物 ChemComp-AYA / N-ACETYLALANINE / N-アセチル-L-アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO3
#77: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#78: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#79: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#80: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#81: 化合物 ChemComp-EHZ / ~{S}-[2-[3-[[(2~{R})-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-4-phosphonooxy-butanoyl]amino]propanoylamino]ethyl] (3~{S})-3-oxidanyltetradecanethioate


分子量: 584.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49N2O9PS
#82: 化合物 ChemComp-PGT / (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 1-PALMITOYL-2-OLEOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-RAC-(1-GLYCEROL)](SODIUM SALT)


分子量: 751.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H79O10P / コメント: リン脂質*YM
#83: 化合物 ChemComp-AME / N-ACETYLMETHIONINE / N-アセチル-L-メチオニン


タイプ: L-peptide NH3 amino terminus / 分子量: 191.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13NO3S
#84: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#85: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#86: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#87: 化合物 ChemComp-PEK / (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / 2-ARACHIDONOYL-1-STEAROYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 768.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H78NO8P / コメント: リン脂質*YM
#88: 化合物 ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#89: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#90: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#91: 化合物
ChemComp-PGV / (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / PHOSPHATIDYLGLYCEROL / 2-VACCENOYL-1-PALMITOYL-SN-GLYCEROL-3-PHOSPHOGLYCEROL


分子量: 749.007 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P / コメント: リン脂質*YM
#92: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2
#93: 化合物 ChemComp-PSC / (7R,17E,20E)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSA-17,20-DIEN-1-AMINIUM 4-OXIDE / PHOSPHATIDYLCHOLINE / 2-LINOLEOYL-1-PALMITOYL-SN-GYCEROL-3-PHOSPHOCHOLINE


分子量: 759.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H81NO8P / コメント: リン脂質*YM
#94: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

+
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: In-situ cryo-EM structure of respiratory supercomplex by directly imaging mitochondria
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#39, #41-#43 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 90000 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00370344
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.59595073
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.81210733
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0410304
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00511850

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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