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- EMDB-42229: High resolution in-situ structure of complex IV in respiratory su... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42229
タイトルHigh resolution in-situ structure of complex IV in respiratory supercomplex
マップデータIn-situ complex IV
試料
  • 細胞器官・細胞要素: In-situ cryo-EM structure of respiratory supercomplex by directly imaging mitochondria
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
  • リガンド: x 12種
キーワードin-situ cryo-EM structure / mammalian / mitochondria / respiratory supercomplex / proton pumping / membrane protein / electron transport
機能・相同性
機能・相同性情報


Cytoprotection by HMOX1 / TP53 Regulates Metabolic Genes / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex IV / regulation of oxidative phosphorylation / Mitochondrial protein degradation / cytochrome-c oxidase ...Cytoprotection by HMOX1 / TP53 Regulates Metabolic Genes / respiratory chain complex IV assembly / mitochondrial respirasome assembly / respiratory chain complex IV / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex IV / regulation of oxidative phosphorylation / Mitochondrial protein degradation / cytochrome-c oxidase / mitochondrial respirasome / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / positive regulation of vasoconstriction / central nervous system development / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NADH-ubiquinone reductase complex 1 MLRQ subunit / NADH-ubiquinone reductase complex 1 MLRQ subunit / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs ...NADH-ubiquinone reductase complex 1 MLRQ subunit / NADH-ubiquinone reductase complex 1 MLRQ subunit / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome C oxidase chain VIIB / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome c oxidase subunit / Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 4 / Cytochrome c oxidase subunit 6C / Mitochondrial NDUFA4 / Cytochrome c oxidase subunit / Cytochrome c oxidase subunit 8 / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial ...Cytochrome c oxidase subunit / Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 4 / Cytochrome c oxidase subunit 6C / Mitochondrial NDUFA4 / Cytochrome c oxidase subunit / Cytochrome c oxidase subunit 8 / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Zheng W / Zhu J / Zhang K
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM142959 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: High-resolution in situ structures of mammalian respiratory supercomplexes.
著者: Wan Zheng / Pengxin Chai / Jiapeng Zhu / Kai Zhang /
要旨: Mitochondria play a pivotal part in ATP energy production through oxidative phosphorylation, which occurs within the inner membrane through a series of respiratory complexes. Despite extensive in ...Mitochondria play a pivotal part in ATP energy production through oxidative phosphorylation, which occurs within the inner membrane through a series of respiratory complexes. Despite extensive in vitro structural studies, determining the atomic details of their molecular mechanisms in physiological states remains a major challenge, primarily because of loss of the native environment during purification. Here we directly image porcine mitochondria using an in situ cryo-electron microscopy approach. This enables us to determine the structures of various high-order assemblies of respiratory supercomplexes in their native states. We identify four main supercomplex organizations: IIIIIV, IIIIIV, IIIIIV and IIIIIV, which potentially expand into higher-order arrays on the inner membranes. These diverse supercomplexes are largely formed by 'protein-lipids-protein' interactions, which in turn have a substantial impact on the local geometry of the surrounding membranes. Our in situ structures also capture numerous reactive intermediates within these respiratory supercomplexes, shedding light on the dynamic processes of the ubiquinone/ubiquinol exchange mechanism in complex I and the Q-cycle in complex III. Structural comparison of supercomplexes from mitochondria treated under different conditions indicates a possible correlation between conformational states of complexes I and III, probably in response to environmental changes. By preserving the native membrane environment, our approach enables structural studies of mitochondrial respiratory supercomplexes in reaction at high resolution across multiple scales, from atomic-level details to the broader subcellular context.
履歴
登録2023年10月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月19日-
マップ公開2024年6月19日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42229.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈In-situ complex IV
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x 512 pix.
= 212.992 Å

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表面レベルBy EMDB: 0.025
最小 - 最大-1.1543552 - 1.6971585
平均 (標準偏差)0.00062522915 (±0.04914768)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 212.992 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: In-situ complex IV

ファイルemd_42229_half_map_1.map
注釈In-situ complex IV
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: In-situ complex IV

ファイルemd_42229_half_map_2.map
注釈In-situ complex IV
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : In-situ cryo-EM structure of respiratory supercomplex by directly...

全体名称: In-situ cryo-EM structure of respiratory supercomplex by directly imaging mitochondria
要素
  • 細胞器官・細胞要素: In-situ cryo-EM structure of respiratory supercomplex by directly imaging mitochondria
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 6A2
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 6C
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 7B
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit NDUFA4
  • リガンド: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
  • リガンド: HEME-A
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: DINUCLEAR COPPER ION
  • リガンド: (7R,17E,20E)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSA-17,20-DIEN-1-AMINIUM 4-OXIDE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE
  • リガンド: PHOSPHATE ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: In-situ cryo-EM structure of respiratory supercomplex by directly...

超分子名称: In-situ cryo-EM structure of respiratory supercomplex by directly imaging mitochondria
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#14
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

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分子 #1: Cytochrome c oxidase subunit 1

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 56.992711 KDa
配列文字列: MFVNRWLYST NHKDIGTLYL LFGAWAGMVG TALSLLIRAE LGQPGTLLGD DQIYNVIVTA HAFVMIFFMV MPIMIGGFGN WLVPLMIGA PDMAFPRMNN MSFWLLPPSF LLLLASSMVE AGAGTGWTVY PPLAGNLAHA GASVDLTIFS LHLAGVSSIL G AINFITTI ...文字列:
MFVNRWLYST NHKDIGTLYL LFGAWAGMVG TALSLLIRAE LGQPGTLLGD DQIYNVIVTA HAFVMIFFMV MPIMIGGFGN WLVPLMIGA PDMAFPRMNN MSFWLLPPSF LLLLASSMVE AGAGTGWTVY PPLAGNLAHA GASVDLTIFS LHLAGVSSIL G AINFITTI INMKPPAMSQ YQTPLFVWSV LITAVLLLLS LPVLAAGITM LLTDRNLNTT FFDPAGGGDP ILYQHLFWFF GH PEVYILI LPGFGMISHI VTYYSGKKEP FGYMGMVWAM MSIGFLGFIV WAHHMFTVGM DVDTRAYFTS ATMIIAIPTG VKV FSWLAT LHGGNIKWSP AMLWALGFIF LFTVGGLTGI VLANSSLDIV LHDTYYVVAH FHYVLSMGAV FAIMGGFVHW FPLF SGYTL NQAWAKIHFV IMFVGVNMTF FPQHFLGLSG MPRRYSDYPD AYTAWNTISS MGSFISLTAV MLMIFIIWEA FASKR EVSA VELTSTNLEW LHGCPPPYHT FEEPTYINLK

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 1

+
分子 #2: Cytochrome c oxidase subunit 2

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 26.288627 KDa
配列文字列: (FME)AYPFQLGFQ DATSPIMEEL LHFHDHTLMI VFLISSLVLY IISLMLTTKL THTSTMDAQE VETIWTILPA IILILI ALP SLRILYMMDE INNPALTVKT MGHQWYWSYE YTDYEDLTFD SYMIPTSDLK PGEMRLLEVD NRVVLPMEMT IRMLVSS ED ...文字列:
(FME)AYPFQLGFQ DATSPIMEEL LHFHDHTLMI VFLISSLVLY IISLMLTTKL THTSTMDAQE VETIWTILPA IILILI ALP SLRILYMMDE INNPALTVKT MGHQWYWSYE YTDYEDLTFD SYMIPTSDLK PGEMRLLEVD NRVVLPMEMT IRMLVSS ED VLHSWAVPSL GLKTDAIPGR LNQTTLMSTR PGLYYGQCSE ICGSNHSFMP IVLELVPLKY FEKWSTSMLT G

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 2

+
分子 #3: Cytochrome c oxidase subunit 3

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 29.753361 KDa
配列文字列: MTHQTHAYHM VNPSPWPLTG ALSALLMTSG LTMWFHFNSM LLLSLGLLTN TLTMYQWWRD IIRESTFQGH HTSVVQKGLR YGMILFIIS EVLFFTGFFW AFYHSSLAPT PELGGCWPPT GIHPLNPLEV PLLNTSILLA SGVSITWAHH SLMEGDRKHM I QALSITIA ...文字列:
MTHQTHAYHM VNPSPWPLTG ALSALLMTSG LTMWFHFNSM LLLSLGLLTN TLTMYQWWRD IIRESTFQGH HTSVVQKGLR YGMILFIIS EVLFFTGFFW AFYHSSLAPT PELGGCWPPT GIHPLNPLEV PLLNTSILLA SGVSITWAHH SLMEGDRKHM I QALSITIA LGVYFTLLQA SEYYEAPFTI SDGVYGSTFF VATGFHGLHV IIGSTFLAVC LLRQLKFHFT SNHHFGFEAA AW YWHFVDV VWLFLYVSIY WWGS

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 3

+
分子 #4: Cytochrome c oxidase subunit 4

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 19.670664 KDa
配列文字列:
MLATRVFNLI GRRAISTSVC VRAHGSVVKS EDYALPVYVD RRDYPLPDVA HVKNLSASQK ALKEKEKASW SSLSMDEKVE LYRLKFNES FAEMNRSTNE WKTIVGTALF FIGFTALLLI WEKHYVYGPI PHTFEEEWVA KQTKRMLDMK VAPIQGFSAK W DYDKNEWK K

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 4

+
分子 #5: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 16.771195 KDa
配列文字列:
MLGAAVRRCS VAAAAVARAS PRGLLHPTPT PGPAAAIQSI RCYSHGSHET DEEFDARWVT YFNKPDIDAW ELRKGMNTLV GYDLVPEPK IIDAALRACR RLNDFASAVR ILEVVKDKAG PHKEIYPYVI QELRPTLNEL GISTPEELGL DKV

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial

+
分子 #6: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 13.801783 KDa
配列文字列:
MASRLLRGAG ALAAQTLRAR GPNGVAVVRS MASGGGVPTD EEQATGLERE VMMAARKGLD PYNILAPKAA SGTKEDPNLV PSITNKRIV GCICEEDNST VIWFWVHKGE TQRCPSCGTH YKLVSHQLAH

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial

+
分子 #7: Cytochrome c oxidase subunit 6A2

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 6A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 10.87637 KDa
配列文字列:
MALPLRSLSR GLASAAKGDH GGTGARTWRF LTFGLALPSV ALCTLNSWLH SGHHHRPEFI PYHHLRIRTK PYSWGDGNHT LFHNPRVNP LPTGYEQP

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit

+
分子 #8: Cytochrome c oxidase subunit 6B1

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 10.204456 KDa
配列文字列:
MAEDIQTKIK NYQTAPFDSR FPNQNQTRNC WQNYLDFHRC EKAMTAKGGD VSVCEWYRRV YKSFCPISWV SAWDDRRAEG TFPGKI

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit

+
分子 #9: Cytochrome c oxidase subunit 6C

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 6C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 8.617122 KDa
配列文字列:
MATSSLTKPQ MRGLLAKRLR FHIVGAFIVS LGVATFYKFA VAEPRKKAYA DFYRNYDSMK DFEEMRKAGI FQSAK

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 6C

+
分子 #10: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 9.028479 KDa
配列文字列:
MRALRVSQAL VRSFSSTARN RLENRVAEKQ KIFQADNDLP VHLKGGATDN ILYRVTMTLC LGGTVYSLYC LGWASFPHKK

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 7A1, mitochondrial

+
分子 #11: Cytochrome c oxidase subunit 7B

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 7B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 9.169476 KDa
配列文字列:
MFPLAKNALS RLRVRNIQQT MARQNHQKRA PDFHDKYGNA ILASGATFCV AVWAYTATQI GIEWNLSPVG RVTPKEWREE

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial

+
分子 #12: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 7.358661 KDa
配列文字列:
MLGQSIRRFT TSVVRRSHYE EGPGKNLPFS VENKWRLLAM MTLYFGSGFA APFFIVRHQL LKK

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial

+
分子 #13: Cytochrome c oxidase subunit 8

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 7.615939 KDa
配列文字列:
MLRLAPTVRL LQAPLGGWVV PKAHIYAKPA RTPTSPTEQA IGLSVTFLSF LIPAGWVLSH LDHYKRSSAA

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 8

+
分子 #14: Cytochrome c oxidase subunit NDUFA4

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit NDUFA4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 9.322771 KDa
配列文字列:
MLRQIITQAK KHPSLIPLFV FIGAGGTGAA LYVTRLALFN PDVCWDRKNN PEPWNKLGPN DQYKFFAVNV DYSKLKKEGP DF

UniProtKB: Mitochondrial NDUFA4

+
分子 #15: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 15 / 式: PGV
分子量理論値: 749.007 Da
Chemical component information

ChemComp-PGV:
(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / リン脂質*YM

+
分子 #16: HEME-A

分子名称: HEME-A / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 2 / 式: HEA
分子量理論値: 852.837 Da
Chemical component information

ChemComp-HEA:
HEME-A

+
分子 #17: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

+
分子 #18: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #19: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1
分子量理論値: 22.99 Da

+
分子 #20: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 3 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #21: DINUCLEAR COPPER ION

分子名称: DINUCLEAR COPPER ION / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 1 / 式: CUA
分子量理論値: 127.092 Da
Chemical component information

ChemComp-CUA:
DINUCLEAR COPPER ION

+
分子 #22: (7R,17E,20E)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)MET...

分子名称: (7R,17E,20E)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSA-17,20-DIEN-1-AMINIUM 4-OXIDE
タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 1 / 式: PSC
分子量理論値: 759.068 Da
Chemical component information

ChemComp-PSC:
(7R,17E,20E)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSA-17,20-DIEN-1-AMINIUM 4-OXIDE / リン脂質*YM

+
分子 #23: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #24: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)...

分子名称: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE
タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 2 / 式: PEK
分子量理論値: 768.055 Da
Chemical component information

ChemComp-PEK:
(1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE / リン脂質*YM

+
分子 #25: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 1 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

+
分子 #26: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 804 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 56000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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