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万見
- EMDB-42050: Structure of eastern equine encephalitis virus VLP in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42050
タイトルStructure of eastern equine encephalitis virus VLP in complex with VLDLR LA1
マップデータicosahedral asymmetrical unit subparticle map
試料
  • ウイルス: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
    • 複合体: EEEV strain PE6 mature glycoprotein E1
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein E1
    • 複合体: EEEV strain PE6 mature glycoprotein E2
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein E2
    • 複合体: EEEV strain PE6 mature glycoprotein E3
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein E3
    • 複合体: EEEV strain PE6 mature capsid protein
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
    • 複合体: VLDLR
      • タンパク質・ペプチド: Very low-density lipoprotein receptor
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードAlphaviruses / Receptor / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


reelin receptor activity / glycoprotein transport / VLDL clearance / very-low-density lipoprotein particle receptor activity / ventral spinal cord development / Reelin signalling pathway / very-low-density lipoprotein particle binding / low-density lipoprotein particle receptor activity / very-low-density lipoprotein particle clearance / reelin-mediated signaling pathway ...reelin receptor activity / glycoprotein transport / VLDL clearance / very-low-density lipoprotein particle receptor activity / ventral spinal cord development / Reelin signalling pathway / very-low-density lipoprotein particle binding / low-density lipoprotein particle receptor activity / very-low-density lipoprotein particle clearance / reelin-mediated signaling pathway / togavirin / very-low-density lipoprotein particle / cargo receptor activity / T=4 icosahedral viral capsid / positive regulation of dendrite development / dendrite morphogenesis / lipid transport / regulation of synapse assembly / apolipoprotein binding / clathrin-coated pit / receptor-mediated endocytosis / cholesterol metabolic process / VLDLR internalisation and degradation / memory / calcium-dependent protein binding / nervous system development / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / receptor complex / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / lysosomal membrane / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / calcium ion binding / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / glutamatergic synapse / structural molecule activity / signal transduction / proteolysis / RNA binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein ...: / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / : / Calcium-binding EGF domain / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein / Very low-density lipoprotein receptor / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å
データ登録者Abraham J / Yang P / Li W / Fan X / Pan J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Burroughs Wellcome Fund 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis for VLDLR recognition by eastern equine encephalitis virus.
著者: Pan Yang / Wanyu Li / Xiaoyi Fan / Junhua Pan / Colin J Mann / Haley Varnum / Lars E Clark / Sarah A Clark / Adrian Coscia / Himanish Basu / Katherine Nabel Smith / Vesna Brusic / Jonathan Abraham /
要旨: Eastern equine encephalitis virus (EEEV) is the most virulent alphavirus that infects humans, and many survivors develop neurological sequelae, including paralysis and intellectual disability. ...Eastern equine encephalitis virus (EEEV) is the most virulent alphavirus that infects humans, and many survivors develop neurological sequelae, including paralysis and intellectual disability. Alphavirus spike proteins comprise trimers of heterodimers of glycoproteins E2 and E1 that mediate binding to cellular receptors and fusion of virus and host cell membranes during entry. We recently identified very-low density lipoprotein receptor (VLDLR) and apolipoprotein E receptor 2 (ApoER2) as cellular receptors for EEEV and a distantly related alphavirus, Semliki Forest virus (SFV). Here, we use single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) to determine structures of the EEEV and SFV spike glycoproteins bound to the VLDLR ligand-binding domain and found that EEEV and SFV interact with the same cellular receptor through divergent binding modes. Our studies suggest that the ability of LDLR-related proteins to interact with viral spike proteins through very small footprints with flexible binding modes results in a low evolutionary barrier to the acquisition of LDLR-related proteins as cellular receptors for diverse sets of viruses.
履歴
登録2023年9月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月14日-
マップ公開2024年8月14日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42050.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42050.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈icosahedral asymmetrical unit subparticle map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 240 pix.
= 254.4 Å		1.06 Å/pix.
x 240 pix.
= 254.4 Å		1.06 Å/pix.
x 240 pix.
= 254.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.001
最小 - 最大-0.029913211 - 0.07464798
平均 (標準偏差)0.00016683177 (±0.0031208522)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 254.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: sharpened icosahedral asymmetrical unit subparticle map focused on...

ファイルemd_42050_additional_1.map
注釈sharpened icosahedral asymmetrical unit subparticle map focused on VLDLR for alignments
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: sharpened icosahedral asymmetrical unit subparticle map

ファイルemd_42050_additional_2.map
注釈sharpened icosahedral asymmetrical unit subparticle map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_42050_half_map_1.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_42050_half_map_2.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Eastern equine encephalitis virus

全体名称: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
要素
  • ウイルス: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
    • 複合体: EEEV strain PE6 mature glycoprotein E1
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein E1
    • 複合体: EEEV strain PE6 mature glycoprotein E2
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein E2
    • 複合体: EEEV strain PE6 mature glycoprotein E3
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein E3
    • 複合体: EEEV strain PE6 mature capsid protein
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
    • 複合体: VLDLR
      • タンパク質・ペプチド: Very low-density lipoprotein receptor
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION

+
超分子 #1: Eastern equine encephalitis virus

超分子名称: Eastern equine encephalitis virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 / NCBI-ID: 11021 / 生物種: Eastern equine encephalitis virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #2: EEEV strain PE6 mature glycoprotein E1

超分子名称: EEEV strain PE6 mature glycoprotein E1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)

+
超分子 #3: EEEV strain PE6 mature glycoprotein E2

超分子名称: EEEV strain PE6 mature glycoprotein E2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)

+
超分子 #4: EEEV strain PE6 mature glycoprotein E3

超分子名称: EEEV strain PE6 mature glycoprotein E3 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)

+
超分子 #5: EEEV strain PE6 mature capsid protein

超分子名称: EEEV strain PE6 mature capsid protein / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)

+
超分子 #6: VLDLR

超分子名称: VLDLR / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5 / 詳細: EEEV receptor VLDLR
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Envelope glycoprotein E1

分子名称: Envelope glycoprotein E1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Eastern equine encephalitis virus strain PE6 mature envelope glycoprotein E1
コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
株: PE6
分子量理論値: 47.984246 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: YEHTAVMPNK VGIPYKALVE RPGYAPVHLQ IQLVNTRIIP STNLEYITCK YKTKVPSPVV KCCGATQCTS KPHPDYQCQV FSGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQMSEAYVE RSEECSIDHA KAYKVHTGTV QAMVNITYGS VSWRSADVYV NGETPAKIGD A KLIIGPLS ...文字列:
YEHTAVMPNK VGIPYKALVE RPGYAPVHLQ IQLVNTRIIP STNLEYITCK YKTKVPSPVV KCCGATQCTS KPHPDYQCQV FSGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQMSEAYVE RSEECSIDHA KAYKVHTGTV QAMVNITYGS VSWRSADVYV NGETPAKIGD A KLIIGPLS SAWSPFDNKV VVYGHEVYNY DFPEYGTGKA GSFGDLQSRT STSNDLYANT NLKLQRPQAG IVHTPFTQVP SG FERWKKD KGAPLNDVAP FGCSIALEPL RAENCAVGSI PISIDIPDAA FTRISETPTV SDLECKITEC TYAFDFGGIA TVA YKSSKA GNCPIHSPSG VAVIKENDVT LAESGSFTFH FSTANIHPAF KLQVCTSAVT CKGDCKPPKD HIVDYPAQHT ESFT SAISA TAWSWIKVLV GGTSAFIVLG LIATAVVALV LFFHRH

UniProtKB: Structural polyprotein

+
分子 #2: Envelope glycoprotein E2

分子名称: Envelope glycoprotein E2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Eastern equine encephalitis virus strain PE6 mature envelope glycoprotein E2
コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: togavirin
由来(天然)生物種: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
株: PE6
分子量理論値: 47.04702 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DLDTHFTQYK LARPYIADCP NCGHSRCDSP IAIEEVRGDA HAGVIRIQTS AMFGLKTDGV DLAYMSFMNG KTQKSIKIDN LHVRTSAPC SLVSHHGYYI LAQCPPGDTV TVGFHDGPNR HTCTVAHKVE FRPVGREKYR HPPEHGVELP CNRYTHKRAD Q GHYVEMHQ ...文字列:
DLDTHFTQYK LARPYIADCP NCGHSRCDSP IAIEEVRGDA HAGVIRIQTS AMFGLKTDGV DLAYMSFMNG KTQKSIKIDN LHVRTSAPC SLVSHHGYYI LAQCPPGDTV TVGFHDGPNR HTCTVAHKVE FRPVGREKYR HPPEHGVELP CNRYTHKRAD Q GHYVEMHQ PGLVADHSLL SIHSAKVKIT VPSGAQVKYY CKCPDVRKGI TSSDHTTTCT DVKQCRAYLI DNKKWVYNSG RL PRGEGDT FKGKLHVPFV PVKAKCIATL APEPLVEHKH RTLILHLHPD HPTLLTTRSL GSDANPTRQW IERPTTVNFT VTG EGLEYT WGNHPPKRVW AQESGEGNPH GWPHEVVVYY YNRYPLTTII GLCTCVAIIM VSCVTSVWLL CRTRNLCITP YKLA PNAQV PILLALLCCI KPTRA

UniProtKB: Structural polyprotein

+
分子 #3: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: Eastern equine encephalitis virus mature capsid protein K67N mutant
コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
株: PE6
分子量理論値: 29.178846 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFPYPTLNYP PMAPINPMAY RDPNPPRRRW RPFRPPLAAQ IEDLRRSIAS LTLKQRAPNP PAGPPANRKK PAPKPKPAQA KKKRPPPPA KKQKRKPKPG KRQRMCMKLE SDKTFPIMLN GQVNGYACVV GGRVFKPLHV EGRIDNEQLA AIKLKKASIY D LEYGDVPQ ...文字列:
MFPYPTLNYP PMAPINPMAY RDPNPPRRRW RPFRPPLAAQ IEDLRRSIAS LTLKQRAPNP PAGPPANRKK PAPKPKPAQA KKKRPPPPA KKQKRKPKPG KRQRMCMKLE SDKTFPIMLN GQVNGYACVV GGRVFKPLHV EGRIDNEQLA AIKLKKASIY D LEYGDVPQ CMKSDTLQYT SDKPPGFYNW HHGAVQYENN RFTVPRGVGG KGDSGRPILD NKGRVVAIVL GGVNEGSRTA LS VVTWNQK GVTVKDTPEG SEPW

UniProtKB: Structural polyprotein

+
分子 #4: Envelope glycoprotein E3

分子名称: Envelope glycoprotein E3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
株: PE6
分子量理論値: 7.219331 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
SLATVMCVLA NITFPCDQPP CMPCCYEKNP HETLTMLEQN YDSRAYDQLL DAAVKCNARR TRR

UniProtKB: Structural polyprotein

+
分子 #5: Very low-density lipoprotein receptor

分子名称: Very low-density lipoprotein receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5
詳細: human very low-density lipoprotein receptor (VLDLR) LA1
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 4.015421 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
CEPSQFQCTN GRCITLLWKC DGDEDCVDGS DEKNCV

UniProtKB: Very low-density lipoprotein receptor

+
分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 12 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

+
分子 #7: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 53.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

22276

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 185420
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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