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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Structure of human Wnt3a bound to WLS and CALR | ||||||||||||
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![]() | SIGNALING PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Wnt signaling pathway involved in forebrain neuroblast division / positive regulation of dermatome development / axis elongation involved in somitogenesis / calcium ion transmembrane transport via low voltage-gated calcium channel / : / positive regulation of collateral sprouting in absence of injury / positive regulation of mesodermal cell fate specification / paraxial mesodermal cell fate commitment / cell proliferation in midbrain / spinal cord association neuron differentiation ...Wnt signaling pathway involved in forebrain neuroblast division / positive regulation of dermatome development / axis elongation involved in somitogenesis / calcium ion transmembrane transport via low voltage-gated calcium channel / : / positive regulation of collateral sprouting in absence of injury / positive regulation of mesodermal cell fate specification / paraxial mesodermal cell fate commitment / cell proliferation in midbrain / spinal cord association neuron differentiation / Formation of the posterior neural plate / Wnt protein secretion / Calnexin/calreticulin cycle / COP9 signalosome assembly / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / cytolytic granule / Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / positive regulation of Wnt protein secretion / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / synaptic vesicle recycling / Signaling by RNF43 mutants / positive regulation of dendritic cell chemotaxis / WNT ligand biogenesis and trafficking / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / cortical granule / Assembly of Viral Components at the Budding Site / negative regulation of trophoblast cell migration / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperone genes / cell proliferation in forebrain / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to electrical stimulus / endoplasmic reticulum quality control compartment / nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / regulation of meiotic nuclear division / secondary palate development / complement component C1q complex binding / Specification of the neural plate border / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / sequestering of calcium ion / cementum mineralization / response to glycoside / somatic stem cell division / non-canonical Wnt signaling pathway / co-receptor binding / sarcoplasmic reticulum lumen / cardiac muscle cell fate commitment / presynapse assembly / protein folding in endoplasmic reticulum / hindbrain development / positive regulation of skeletal muscle tissue development / nuclear export signal receptor activity / dorsal/ventral neural tube patterning / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / negative regulation of intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / hormone binding / midbrain dopaminergic neuron differentiation / Wnt-protein binding / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / cardiac muscle cell differentiation / molecular sequestering activity / exocrine pancreas development / mammary gland development / post-anal tail morphogenesis / positive regulation of neural precursor cell proliferation / frizzled binding / positive regulation of hepatocyte proliferation / Class B/2 (Secretin family receptors) / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / myoblast differentiation / anterior/posterior axis specification / protein maturation by protein folding / Scavenging by Class F Receptors / Scavenging by Class A Receptors / cortical actin cytoskeleton organization / midbrain development / nuclear androgen receptor binding / inner ear morphogenesis / regulation of synapse organization / cellular response to lithium ion / response to testosterone / negative regulation of fat cell differentiation / B cell proliferation / fat cell differentiation / heart looping / Formation of paraxial mesoderm / skeletal muscle cell differentiation / positive regulation of receptor internalization / hemopoiesis / regulation of presynapse assembly / mesoderm formation / protein localization to nucleus / negative regulation of neuron differentiation / positive regulation of Wnt signaling pathway / smooth endoplasmic reticulum / canonical Wnt signaling pathway / cell fate commitment / endomembrane system / positive regulation of cell cycle / regulation of microtubule cytoskeleton organization / ERAD pathway 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||||||||
![]() | Qi X / Hu Q / Li X | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of human Wnt3a bound to WLS and CALR 著者: Qi X / Hu Q / Li X | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 78.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.3 KB 16.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 55.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 77.6 MB 77.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 941.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 940.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8tzrMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41767_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41767_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Wnt3a-WLS-CALR Complex
全体 | 名称: Wnt3a-WLS-CALR Complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Wnt3a-WLS-CALR Complex
超分子 | 名称: Wnt3a-WLS-CALR Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Protein Wnt-3a
分子 | 名称: Protein Wnt-3a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 39.421832 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MAPLGYFLLL CSLKQALGSY PIWWSLAVGP QYSSLGSQPI LCASIPGLVP KQLRFCRNYV EIMPSVAEGI KIGIQECQHQ FRGRRWNCT TVHDSLAIFG PVLDKATRES AFVHAIASAG VAFAVTRSCA EGTAAICGCS SRHQGSPGKG WKWGGCSEDI E FGGMVSRE ...文字列: MAPLGYFLLL CSLKQALGSY PIWWSLAVGP QYSSLGSQPI LCASIPGLVP KQLRFCRNYV EIMPSVAEGI KIGIQECQHQ FRGRRWNCT TVHDSLAIFG PVLDKATRES AFVHAIASAG VAFAVTRSCA EGTAAICGCS SRHQGSPGKG WKWGGCSEDI E FGGMVSRE FADARENRPD ARSAMNRHNN EAGRQAIASH MHLKCKCHGL SGSCEVKTCW WSQPDFRAIG DFLKDKYDSA SE MVVEKHR ESRGWVETLR PRYTYFKVPT ERDLVYYEAS PNFCEPNPET GSFGTRDRTC NVSSHGIDGC DLLCCGRGHN ARA ERRREK CRCVFHWCCY VSCQECTRVY DVHTCK UniProtKB: Protein Wnt-3a |
-分子 #2: Protein wntless homolog
分子 | 名称: Protein wntless homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 62.317973 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MAGAIIENMS TKKLCIVGGI LLVFQIIAFL VGGLIAPGPT TAVSYMSVKC VDARKNHHKT KWFVPWGPNH CDKIRDIEEA IPREIEAND IVFSVHIPLP HMEMSPWFQF MLFILQLDIA FKLNNQIREN AEVSMDVSLA YRDDAFAEWT EMAHERVPRK L KCTFTSPK ...文字列: MAGAIIENMS TKKLCIVGGI LLVFQIIAFL VGGLIAPGPT TAVSYMSVKC VDARKNHHKT KWFVPWGPNH CDKIRDIEEA IPREIEAND IVFSVHIPLP HMEMSPWFQF MLFILQLDIA FKLNNQIREN AEVSMDVSLA YRDDAFAEWT EMAHERVPRK L KCTFTSPK TPEHEGRYYE CDVLPFMEIG SVAHKFYLLN IRLPVNEKKK INVGIGEIKD IRLVGIHQNG GFTKVWFAMK TF LTPSIFI IMVWYWRRIT MMSRPPVLLE KVIFALGISM TFINIPVEWF SIGFDWTWML LFGDIRQGIF YAMLLSFWII FCG EHMMDQ HERNHIAGYW KQVGPIAVGS FCLFIFDMCE RGVQLTNPFY SIWTTDIGTE LAMAFIIVAG ICLCLYFLFL CFMV FQVFR NISGKQSSLP AMSKVRRLHY EGLIFRFKFL MLITLACAAM TVIFFIVSQV TEGHWKWGGV TVQVNSAFFT GIYGM WNLY VFALMFLYAP SHKNYGEDQS NGDLGVHSGE ELQLTTTITH VDGPTEIYKL TRKEAQE UniProtKB: Protein wntless homolog |
-分子 #3: Calreticulin
分子 | 名称: Calreticulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 48.198379 KDa |
配列 | 文字列: MLLSVPLLLG LLGLAVAEPA VYFKEQFLDG DGWTSRWIES KHKSDFGKFV LSSGKFYGDE EKDKGLQTSQ DARFYALSAS FEPFSNKGQ TLVVQFTVKH EQNIDCGGGY VKLFPNSLDQ TDMHGDSEYN IMFGPDICGP GTKKVHVIFN YKGKNVLINK D IRCKDDEF ...文字列: MLLSVPLLLG LLGLAVAEPA VYFKEQFLDG DGWTSRWIES KHKSDFGKFV LSSGKFYGDE EKDKGLQTSQ DARFYALSAS FEPFSNKGQ TLVVQFTVKH EQNIDCGGGY VKLFPNSLDQ TDMHGDSEYN IMFGPDICGP GTKKVHVIFN YKGKNVLINK D IRCKDDEF THLYTLIVRP DNTYEVKIDN SQVESGSLED DWDFLPPKKI KDPDASKPED WDERAKIDDP TDSKPEDWDK PE HIPDPDA KKPEDWDEEM DGEWEPPVIQ NPEYKGEWKP RQIDNPDYKG TWIHPEIDNP EYSPDPSIYA YDNFGVLGLD LWQ VKSGTI FDNFLITNDE AYAEEFGNET WGVTKAAEKQ MKDKQDEEQR LKEEEEDKKR KEEEEAEDKE DDEDKDEDEE DEED KEEDE EEDVPGQAKD EL UniProtKB: Calreticulin |
-分子 #5: PALMITOLEIC ACID
分子 | 名称: PALMITOLEIC ACID / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: PAM |
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分子量 | 理論値: 254.408 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PAM: |
-分子 #6: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...
分子 | 名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: POV |
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分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-POV: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 113802 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |