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- EMDB-4161: Cryo-EM structure of the yeast oligosaccharyltransferase (OST) complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4161
タイトルCryo-EM structure of the yeast oligosaccharyltransferase (OST) complex
マップデータNone
試料
  • 複合体: yeast oligosaccharyltransferase (OST) complex
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
  • リガンド: x 3種
キーワードOST complex / oligosaccharyltransferase / N-linked glycosylation / yeast / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Miscellaneous transport and binding events / dolichol-linked oligosaccharide biosynthetic process / protein O-linked glycosylation via mannose / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / oligosaccharyltransferase complex / protein N-linked glycosylation via asparagine / protein N-linked glycosylation / protein glycosylation / glycosyltransferase activity ...Miscellaneous transport and binding events / dolichol-linked oligosaccharide biosynthetic process / protein O-linked glycosylation via mannose / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / oligosaccharyltransferase complex / protein N-linked glycosylation via asparagine / protein N-linked glycosylation / protein glycosylation / glycosyltransferase activity / protein-disulfide reductase activity / Neutrophil degranulation / post-translational protein modification / nuclear envelope / protein-macromolecule adaptor activity / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / mitochondrion / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Ribophorin_II, C-terminal domain / : / : / OST48 middle domain / DAD/Ost2 / Oligosaccharyltransferase complex subunit / DAD family / Oligosaccharyltransferase subunit 5 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48kDa subunit ...: / Ribophorin_II, C-terminal domain / : / : / OST48 middle domain / DAD/Ost2 / Oligosaccharyltransferase complex subunit / DAD family / Oligosaccharyltransferase subunit 5 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48kDa subunit / OST48, N-terminal domain / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit Swp1 / Oligosaccaryltransferase / Oligosaccharyltransferase subunit ost4p superfamily / Oligosaccaryltransferase / Ribophorin I / Ribophorin I / Oligosaccharyl transferase complex, subunit OST3/OST6 / OST3 / OST6 family, transporter family / : / STT3/PglB/AglB core domain / : / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit WBP1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST2 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 3 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit SWP1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST5 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Wild R / Kowal J
資金援助 スイス, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationSNF Synergia Transglyco: CRSII3_147632 スイス
Swiss National Science FoundationSNF Sinergia GlycoSTART: CRSII5_173709/1 スイス
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Structure of the yeast oligosaccharyltransferase complex gives insight into eukaryotic N-glycosylation.
著者: Rebekka Wild / Julia Kowal / Jillianne Eyring / Elsy M Ngwa / Markus Aebi / Kaspar P Locher /
要旨: Oligosaccharyltransferase (OST) is an essential membrane protein complex in the endoplasmic reticulum, where it transfers an oligosaccharide from a dolichol-pyrophosphate-activated donor to ...Oligosaccharyltransferase (OST) is an essential membrane protein complex in the endoplasmic reticulum, where it transfers an oligosaccharide from a dolichol-pyrophosphate-activated donor to glycosylation sites of secretory proteins. Here we describe the atomic structure of yeast OST determined by cryo-electron microscopy, revealing a conserved subunit arrangement. The active site of the catalytic STT3 subunit points away from the center of the complex, allowing unhindered access to substrates. The dolichol-pyrophosphate moiety binds to a lipid-exposed groove of STT3, whereas two noncatalytic subunits and an ordered N-glycan form a membrane-proximal pocket for the oligosaccharide. The acceptor polypeptide site faces an oxidoreductase domain in stand-alone OST complexes or is immediately adjacent to the translocon, suggesting how eukaryotic OSTs efficiently glycosylate a large number of polypeptides before their folding.
履歴
登録2017年11月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年1月17日-
マップ公開2018年1月17日-
更新2024年12月11日-
現状2024年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.037
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.037
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ezn
  • 表面レベル: 0.037
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4161.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4161.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 319.5 Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 319.5 Å		1.07 Å/pix.
x 300 pix.
= 319.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.065 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.037 / ムービー #1: 0.037
最小 - 最大-0.16861129 - 0.29301235
平均 (標準偏差)0.00019375097 (±0.005392874)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 319.50003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0651.0651.065
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z319.500319.500319.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.1690.2930.000

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添付データ

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追加マップ: Map of OST complex in nanodisc, post-processed and masked

ファイルemd_4161_additional_1.map
注釈Map of OST complex in nanodisc, post-processed and masked
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Map of OST complex, after nanodisc subtraction, post-processed

ファイルemd_4161_additional_2.map
注釈Map of OST complex, after nanodisc subtraction, post-processed
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : yeast oligosaccharyltransferase (OST) complex

全体名称: yeast oligosaccharyltransferase (OST) complex
要素
  • 複合体: yeast oligosaccharyltransferase (OST) complex
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST2
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST4
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST5
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit WBP1
    • タンパク質・ペプチド: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit SWP1
  • リガンド: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

+
超分子 #1: yeast oligosaccharyltransferase (OST) complex

超分子名称: yeast oligosaccharyltransferase (OST) complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 54.116477 KDa
配列文字列: MRQVWFSWIV GLFLCFFNVS SAAQYEPPAT WENVDYKRTI DVSNAYISET IEITIKNIAS EPATEYFTAF ESGIFSKVSF FSAYFTNEA TFLNSQLLAN STTAPGDDGE SEIRYGIIQF PNAISPQEEV SLVIKSFYNT VGIPYPEHVG MSEEQHLLWE T NRLPLSAY ...文字列:
MRQVWFSWIV GLFLCFFNVS SAAQYEPPAT WENVDYKRTI DVSNAYISET IEITIKNIAS EPATEYFTAF ESGIFSKVSF FSAYFTNEA TFLNSQLLAN STTAPGDDGE SEIRYGIIQF PNAISPQEEV SLVIKSFYNT VGIPYPEHVG MSEEQHLLWE T NRLPLSAY DTKKASFTLI GSSSFEEYHP PNDESLLGKA NGNSFEFGPW EDIPRFSSNE TLAIVYSHNA PLNQVVNLRR DI WLSHWAS TIQFEEYYEL TNKAAKLSKG FSRLELMKQI QTQNMRQTHF VTVLDMLLPE GATDHYFTDL VGLVSTSHAE RDH FFIRPR FPIFGGWNYN FTVGWTNKLS DFLHVSSGSD EKFVASIPIL NGPPDTVYDN VELSVFLPEG AEIFDIDSPV PFTN VSIET QKSYFDLNKG HVKLTFSYRN LISQVANGQV LIKYDYPKSS FFKKPLSIAC YIFTALMGVF VLKTLNMNVT N

UniProtKB: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1

+
分子 #2: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 14.712531 KDa
配列文字列:
MAKAPKANTP KVTSTSSAVL TDFQETFKTS KRAYFAQIEK YPKLKLIDTF CFFLVLLGVI QCTFIILIRD NFPFNAFLAG FIICVGQFV LLMSLRLQLC NSFPGISKNR AFAEFIVASL ILHFVCLHFI N

UniProtKB: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST2

+
分子 #3: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 39.51816 KDa
配列文字列: MNWLFLVSLV FFCGVSTHPA LAMSSNRLLK LANKSPKKII PLKDSSFENI LAPPHENAYI VALFTATAPE IGCSLCLELE SEYDTIVAS WFDDHPDAKS SNSDTSIFFT KVNLEDPSKT IPKAFQFFQL NNVPRLFIFK PNSPSILDHS VISISTDTGS E RMKQIIQA ...文字列:
MNWLFLVSLV FFCGVSTHPA LAMSSNRLLK LANKSPKKII PLKDSSFENI LAPPHENAYI VALFTATAPE IGCSLCLELE SEYDTIVAS WFDDHPDAKS SNSDTSIFFT KVNLEDPSKT IPKAFQFFQL NNVPRLFIFK PNSPSILDHS VISISTDTGS E RMKQIIQA IKQFSQVNDF SLHLPMDWTP IITSTIITFI TVLLFKKQSK LMFSIISSRI IWATLSTFFI ICMISAYMFN QI RNTQLAG VGPKGEVMYF LPNEFQHQFA IETQVMVLIY GTLAALVVVL VKGIQFLRSH LYPETKKAYF IDAILASFCA LFI YVFFAA LTTVFTIKSP AYPFPLLRLS APFK

UniProtKB: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 3

+
分子 #4: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 3.986696 KDa
配列文字列:
MISDEQLNSL AITFGIVMMT LIVIYHAVDS TMSPKN

UniProtKB: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST4

+
分子 #5: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 9.52509 KDa
配列文字列:
MTYEQLYKEF HSSKSFQPFI HLDTQPKFAI CGLIVTLAVL SSALFAVGSK SSYIKKLFFY TILSVIGSLF AGLTTVFASN SFGVYV

UniProtKB: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST5

+
分子 #6: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 81.604539 KDa
配列文字列: MGSDRSCVLS VFQTILKLVI FVAIFGAAIS SRLFAVIKFE SIIHEFDPWF NYRATKYLVN NSFYKFLNWF DDRTWYPLGR VTGGTLYPG LMTTSAFIWH ALRNWLGLPI DIRNVCVLFA PLFSGVTAWA TYEFTKEIKD ASAGLLAAGF IAIVPGYISR S VAGSYDNE ...文字列:
MGSDRSCVLS VFQTILKLVI FVAIFGAAIS SRLFAVIKFE SIIHEFDPWF NYRATKYLVN NSFYKFLNWF DDRTWYPLGR VTGGTLYPG LMTTSAFIWH ALRNWLGLPI DIRNVCVLFA PLFSGVTAWA TYEFTKEIKD ASAGLLAAGF IAIVPGYISR S VAGSYDNE AIAITLLMVT FMFWIKAQKT GSIMHATCAA LFYFYMVSAW GGYVFITNLI PLHVFLLILM GRYSSKLYSA YT TWYAIGT VASMQIPFVG FLPIRSNDHM AALGVFGLIQ IVAFGDFVKG QISTAKFKVI MMVSLFLILV LGVVGLSALT YMG LIAPWT GRFYSLWDTN YAKIHIPIIA SVSEHQPVSW PAFFFDTHFL IWLFPAGVFL LFLDLKDEHV FVIAYSVLCS YFAG VMVRL MLTLTPVICV SAAVALSKIF DIYLDFKTSD RKYAIKPAAL LAKLIVSGSF IFYLYLFVFH STWVTRTAYS SPSVV LPSQ TPDGKLALID DFREAYYWLR MNSDEDSKVA AWWDYGYQIG GMADRTTLVD NNTWNNTHIA IVGKAMASPE EKSYEI LKE HDVDYVLVIF GGLIGFGGDD INKFLWMIRI SEGIWPEEIK ERDFYTAEGE YRVDARASET MRNSLLYKMS YKDFPQL FN GGQATDRVRQ QMITPLDVPP LDYFDEVFTS ENWMVRIYQL KKDDAQGRTL RDVGELTRSS TKTRRSIKRP ELGLRV

UniProtKB: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3

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分子 #7: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit WBP1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 49.444438 KDa
配列文字列: MRTDWNFFFC ILLQAIFVVG TQTSRTLVLY DQSTEPLEEY SVYLKDLEQR NYKLEYLDIN STSTTVDLYD KEQRLFDNII VFPTKGGKN LARQIPVKQL IKFFENEGNI LCMSSPGAVP NTIRLFLNEL GIYPSPKGHV IRDYFSPSSE ELVVSSNHLL N KYVYNARK ...文字列:
MRTDWNFFFC ILLQAIFVVG TQTSRTLVLY DQSTEPLEEY SVYLKDLEQR NYKLEYLDIN STSTTVDLYD KEQRLFDNII VFPTKGGKN LARQIPVKQL IKFFENEGNI LCMSSPGAVP NTIRLFLNEL GIYPSPKGHV IRDYFSPSSE ELVVSSNHLL N KYVYNARK SEDFVFGESS AALLENREQI VPILNAPRTS FTESKGKCNS WTSGSQGFLV VGFQNLNNAR LVWIGSSDFL KN KNQDSNQ EFAKELLKWT FNEKSVIKSV HAVHSHADGT SYDEEPYKIK DKVIYSVGFS EWNGEEWLPH IADDIQFELR QVD PYYRLT LSPSGNDSET QYYTTGEFIL PDRHGVFTFL TDYRKIGLSF TTDKDVKAIR HLANDEYPRS WEISNSWVYI SAIC GVIVA WIFFVVSFVT TSSVGKKLET FKKTN

UniProtKB: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit WBP1

+
分子 #8: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase su...

分子名称: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit SWP1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 31.682832 KDa
配列文字列: MQFFKTLAAL VSCISFVLAY VAQDVHVSFP STAGKSRVMI GKVEPRIGID ETVPTTITVE DPNEVIQVNF AIESTNKPFQ NTLLIGLPN KNLEMAFEPE IKDNGKLSMY KYRIDLAKLD AALLQEASRS PEPIKATLIL ASSTAKPKEN LFREILQLNL N FDVDHSDS ...文字列:
MQFFKTLAAL VSCISFVLAY VAQDVHVSFP STAGKSRVMI GKVEPRIGID ETVPTTITVE DPNEVIQVNF AIESTNKPFQ NTLLIGLPN KNLEMAFEPE IKDNGKLSMY KYRIDLAKLD AALLQEASRS PEPIKATLIL ASSTAKPKEN LFREILQLNL N FDVDHSDS SLVDKFGIKP EIHHIFHAEP KRVAKPIAVI FVLIIFITIL SLIVTWLNSC AAAFNNIPTG VTAVYFLGFI AT IVGFEVI FARYYLGTSI FETLFSSLYL GAPGLLTSTK FLRSFGQTI

UniProtKB: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit SWP1

+
分子 #12: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 4 / 式: CPL
分子量理論値: 758.06 Da
Chemical component information

ChemComp-CPL:
1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

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分子 #13: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

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分子 #14: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 40 sec.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Quantifoil carbon grids (300 mesh, copper) were glow discharged at 25 mA for 40 s. 3.5 ul of nanodisc-reconstituted OST sample at concentration of 0.5 mg/ml was applied onto the grid and ...詳細: Quantifoil carbon grids (300 mesh, copper) were glow discharged at 25 mA for 40 s. 3.5 ul of nanodisc-reconstituted OST sample at concentration of 0.5 mg/ml was applied onto the grid and grids were blotted for 3 s and flash-frozen in a mixture of liquid ethane and propane cooled by liquid nitrogen..
詳細OST complex reconstituted into nanodisc

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3915 / 平均露光時間: 0.25 sec. / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 486361
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Sphere
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 110091
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6ezn:
Cryo-EM structure of the yeast oligosaccharyltransferase (OST) complex

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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