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万見
- PDB-6f0k: Alternative complex III -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f0k
タイトルAlternative complex III
要素
  • ActD
  • ActF
  • ActH
  • Cytochrome c family protein
  • Fe-S-cluster-containing hydrogenase
  • Polysulphide reductase NrfD
  • Quinol:cytochrome c oxidoreductase monoheme cytochrome subunit
キーワードMEMBRANE PROTEIN / electron transfer / quinol oxidation / respiratory chain
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NrfD family / Alternative complex III, ActD subunit / MoCo/4Fe-4S cofactor protein extended Tat translocation domain / Polysulphide reductase, NrfD / Alternative complex III, ActD subunit / Cytochrome c7-like / Cytochrome c7 and related cytochrome c / 4Fe-4S dicluster domain / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Multiheme cytochrome superfamily ...NrfD family / Alternative complex III, ActD subunit / MoCo/4Fe-4S cofactor protein extended Tat translocation domain / Polysulphide reductase, NrfD / Alternative complex III, ActD subunit / Cytochrome c7-like / Cytochrome c7 and related cytochrome c / 4Fe-4S dicluster domain / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Multiheme cytochrome superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / HEME C / IRON/SULFUR CLUSTER / Cytochrome c family protein / Fe-S-cluster-containing hydrogenase / Polysulphide reductase NrfD / DUF3341 domain-containing protein / Quinol:cytochrome c oxidoreductase monoheme cytochrome subunit / Quinol:cytochrome c oxidoreductase quinone-binding subunit 2 / LemA family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodothermus marinus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.87 Å
データ登録者Sousa, J.S. / Calisto, F. / Mills, D.J. / Pereira, M.M. / Vonck, J. / Kuehlbrandt, W.
資金援助 ポルトガル, ドイツ, 2件
組織認可番号国
Fundacao para a ciencia e tecnologiaIF/01507/2015 ポルトガル
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural basis for energy transduction by respiratory alternative complex III.
著者: Joana S Sousa / Filipa Calisto / Julian D Langer / Deryck J Mills / Patrícia N Refojo / Miguel Teixeira / Werner Kühlbrandt / Janet Vonck / Manuela M Pereira /
要旨: Electron transfer in respiratory chains generates the electrochemical potential that serves as energy source for the cell. Prokaryotes can use a wide range of electron donors and acceptors and may ...Electron transfer in respiratory chains generates the electrochemical potential that serves as energy source for the cell. Prokaryotes can use a wide range of electron donors and acceptors and may have alternative complexes performing the same catalytic reactions as the mitochondrial complexes. This is the case for the alternative complex III (ACIII), a quinol:cytochrome c/HiPIP oxidoreductase. In order to understand the catalytic mechanism of this respiratory enzyme, we determined the structure of ACIII from Rhodothermus marinus at 3.9 Å resolution by single-particle cryo-electron microscopy. ACIII presents a so-far unique structure, for which we establish the arrangement of the cofactors (four iron-sulfur clusters and six c-type hemes) and propose the location of the quinol-binding site and the presence of two putative proton pathways in the membrane. Altogether, this structure provides insights into a mechanism for energy transduction and introduces ACIII as a redox-driven proton pump.
履歴
登録2017年11月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02018年12月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.12019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB
改定 2.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4165
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c family protein
B: Fe-S-cluster-containing hydrogenase
C: Polysulphide reductase NrfD
D: ActD
E: Quinol:cytochrome c oxidoreductase monoheme cytochrome subunit
F: ActF
H: ActH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,83517
ポリマ－310,7737
非ポリマー5,06210
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: The chains were identified in the EM map
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area46050 Å2
ΔGint-435 kcal/mol
Surface area87860 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 7種, 7分子 ABCDEFH

#1: タンパク質 Cytochrome c family protein


分子量: 24245.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodothermus marinus (strain ATCC 43812 / DSM 4252 / R-10) (バクテリア)
株: ATCC 43812 / DSM 4252 / R-10 / 参照: UniProt: D0MDD4
#2: タンパク質 Fe-S-cluster-containing hydrogenase


分子量: 115382.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodothermus marinus (strain ATCC 43812 / DSM 4252 / R-10) (バクテリア)
株: ATCC 43812 / DSM 4252 / R-10 / 参照: UniProt: D0MDD5
#3: タンパク質 Polysulphide reductase NrfD


分子量: 55256.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodothermus marinus (strain ATCC 43812 / DSM 4252 / R-10) (バクテリア)
株: ATCC 43812 / DSM 4252 / R-10 / 参照: UniProt: D0MDD6
#4: タンパク質 ActD


分子量: 23796.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodothermus marinus (strain ATCC 43812 / DSM 4252 / R-10) (バクテリア)
株: ATCC 43812 / DSM 4252 / R-10 / 参照: UniProt: D0MDD7
#5: タンパク質 Quinol:cytochrome c oxidoreductase monoheme cytochrome subunit


分子量: 23336.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodothermus marinus (strain ATCC 43812 / DSM 4252 / R-10) (バクテリア)
株: ATCC 43812 / DSM 4252 / R-10 / 参照: UniProt: D0MDD8
#6: タンパク質 ActF


分子量: 48536.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodothermus marinus (strain ATCC 43812 / DSM 4252 / R-10) (バクテリア)
株: ATCC 43812 / DSM 4252 / R-10 / 参照: UniProt: D0MDD9
#7: タンパク質 ActH


分子量: 20219.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodothermus marinus (strain ATCC 43812 / DSM 4252 / R-10) (バクテリア)
株: ATCC 43812 / DSM 4252 / R-10 / 参照: UniProt: D0MKF0

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非ポリマー , 3種, 10分子

#8: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#9: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#10: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Alternative complex III / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: NATURAL
分子量値: 300 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Rhodothermus marinus (バクテリア) / 株: PRQ-62B
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 72 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: RELION / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 52386 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00940763
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.05773504
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.98816344
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0853049
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0065986

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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