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万見
- EMDB-4128: Binding of the C-terminal GQYL motif of the bacterial proteasome ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4128
タイトルBinding of the C-terminal GQYL motif of the bacterial proteasome activator Bpa to the 20S proteasome
マップデータ
試料
  • 複合体: proteasome in complex with bacterial proteasome activator
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Bacterial proteasome activator
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta
キーワードProteasome / Proteasome activator / protein degradation / complex / hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host defenses / proteasome accessory complex / zymogen binding / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / proteasome binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / proteasomal protein catabolic process ...symbiont-mediated perturbation of host defenses / proteasome accessory complex / zymogen binding / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / proteasome binding / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / proteasomal protein catabolic process / peptidoglycan-based cell wall / proteolysis involved in protein catabolic process / protein homooligomerization / modification-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial proteasome activator / Bacterial proteasome activator / Proteasome, alpha subunit, bacterial / Proteasome subunit beta, actinobacteria / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit ...Bacterial proteasome activator / Bacterial proteasome activator / Proteasome, alpha subunit, bacterial / Proteasome subunit beta, actinobacteria / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha / Bacterial proteasome activator
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Bolten M / Delley CL
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structural Analysis of the Bacterial Proteasome Activator Bpa in Complex with the 20S Proteasome.
著者: Marcel Bolten / Cyrille L Delley / Marc Leibundgut / Daniel Boehringer / Nenad Ban / Eilika Weber-Ban /
要旨: Mycobacterium tuberculosis harbors proteasomes that recruit substrates for degradation through an ubiquitin-like modification pathway. Recently, a non-ATPase activator termed Bpa (bacterial ...Mycobacterium tuberculosis harbors proteasomes that recruit substrates for degradation through an ubiquitin-like modification pathway. Recently, a non-ATPase activator termed Bpa (bacterial proteasome activator) was shown to support an alternate proteasomal degradation pathway. Here, we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of Bpa in complex with the 20S core particle (CP). For docking into the cryo-EM density, we solved the X-ray structure of Bpa, showing that it forms tight four-helix bundles arranged into a 12-membered ring with a 40 Å wide central pore and the C-terminal helix of each protomer protruding from the ring. The Bpa model was fitted into the cryo-EM map of the Bpa-CP complex, revealing its architecture and striking symmetry mismatch. The Bpa-CP interface was resolved to 3.5 Å, showing the interactions between the C-terminal GQYL motif of Bpa and the proteasome α-rings. This docking mode is related to the one observed for eukaryotic activators with features specific to the bacterial complex.
履歴
登録2016年9月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年10月26日-
マップ公開2016年11月23日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5lzp
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5lzp
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4128.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4128.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 384 pix.
= 537.6 Å		1.4 Å/pix.
x 384 pix.
= 537.6 Å		1.4 Å/pix.
x 384 pix.
= 537.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.045 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.15803975 - 0.3953664
平均 (標準偏差)0.00048098297 (±0.009622717)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 537.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.41.41.4
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z537.600537.600537.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.1580.3950.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : proteasome in complex with bacterial proteasome activator

全体名称: proteasome in complex with bacterial proteasome activator
要素
  • 複合体: proteasome in complex with bacterial proteasome activator
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Bacterial proteasome activator
    • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta

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超分子 #1: proteasome in complex with bacterial proteasome activator

超分子名称: proteasome in complex with bacterial proteasome activator
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量理論値: 930 KDa

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分子 #1: Proteasome subunit alpha

分子名称: Proteasome subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 26.024971 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SPEQAMRERS ELARKGIARA KSVVALAYAG GVLFVAENPS RSLQKISELY DRVGFAAAGK FNEFDNLRRG GIQFADTRGY AYDRRDVTG RQLANVYAQT LGTIFTEQAK PYEVELCVAE VAHYGETKRP ELYRITYDGS IADEPHFVVM GGTTEPIANA L KESYAENA ...文字列:
SPEQAMRERS ELARKGIARA KSVVALAYAG GVLFVAENPS RSLQKISELY DRVGFAAAGK FNEFDNLRRG GIQFADTRGY AYDRRDVTG RQLANVYAQT LGTIFTEQAK PYEVELCVAE VAHYGETKRP ELYRITYDGS IADEPHFVVM GGTTEPIANA L KESYAENA SLTDALRIAV AALRAGSADT SGGDQPTLGV ASLEVAVLDA NRPRRAFRRI TGSALQALLV DQESPQSDGE SS G

UniProtKB: Proteasome subunit alpha

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分子 #2: Bacterial proteasome activator

分子名称: Bacterial proteasome activator / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 19.792113 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MHHHHHHVIG LSTGSDDDDV EVIGGVDPRL IAVQENDSDE SSLTDLVEQP AKVMRIGTMI KQLLEEVRAA PLDEASRNRL RDIHATSIR ELEDGLAPEL REELDRLTLP FNEDAVPSDA ELRIAQAQLV GWLEGLFHGI QTALFAQQMA ARAQLQQMRQ G ALPPGVGK SGQHGHGTGQ YL

UniProtKB: Bacterial proteasome activator

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分子 #3: Proteasome subunit beta

分子名称: Proteasome subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
分子量理論値: 25.457504 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: ATIVALKYPG GVVMAGDRRS TQGNMISGRD VRKVYITDDY TATGIAGTAA VAVEFARLYA VELEHYEKLE GVPLTFAGKI NRLAIMVRG NLAAAMQGLL ALPLLAGYDI HASDPQSAGR IVSFDAAGGW NIEEEGYQAV GSGSLFAKSS MKKLYSQVTD G DSGLRVAV ...文字列:
ATIVALKYPG GVVMAGDRRS TQGNMISGRD VRKVYITDDY TATGIAGTAA VAVEFARLYA VELEHYEKLE GVPLTFAGKI NRLAIMVRG NLAAAMQGLL ALPLLAGYDI HASDPQSAGR IVSFDAAGGW NIEEEGYQAV GSGSLFAKSS MKKLYSQVTD G DSGLRVAV EALYDAADDD SATGGPDLVR GIFPTAVIID ADGAVDVPES RIAELARAII ESRSGADTFG SDGGEKWSHP QF EK

UniProtKB: Proteasome subunit beta

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.102 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMHEPES
150.0 mMSodium chlorideNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 22 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
詳細: Quantifoil R 2/2 with an additional thin carbon layer
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 280.5 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
詳細: Drift corrected in post-processing. 4 images per hole.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 100000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C7 (7回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 48799
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5lzp:
Binding of the C-terminal GQYL motif of the bacterial proteasome activator Bpa to the 20S proteasome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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