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万見
- EMDB-39676: Cryo-EM structure of cylindrical fiber of MyD88 TIR -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39676
タイトルCryo-EM structure of cylindrical fiber of MyD88 TIR
マップデータ
試料
  • 複合体: signaling adopter protein in a self-assembled form
    • タンパク質・ペプチド: Myeloid differentiation primary response protein MyD88
キーワードsignaling protein / innate immunity / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / MyD88 deficiency (TLR5) / TIR domain binding / ATP-dependent histone chaperone activity / Toll binding / toll-like receptor 5 signaling pathway / induced systemic resistance / regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / neutrophil-mediated killing of bacterium / leukocyte activation involved in inflammatory response ...regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 1 production / MyD88 deficiency (TLR5) / TIR domain binding / ATP-dependent histone chaperone activity / Toll binding / toll-like receptor 5 signaling pathway / induced systemic resistance / regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / neutrophil-mediated killing of bacterium / leukocyte activation involved in inflammatory response / response to molecule of fungal origin / positive regulation of lymphocyte proliferation / response to peptidoglycan / toll-like receptor 8 signaling pathway / positive regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / IRAK4 deficiency (TLR5) / establishment of endothelial intestinal barrier / MyD88 dependent cascade initiated on endosome / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / TRAF6 mediated induction of NFkB and MAP kinases upon TLR7/8 or 9 activation / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / Toll signaling pathway / Toll-like receptor binding / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / toll-like receptor TLR6:TLR2 signaling pathway / interleukin-33-mediated signaling pathway / neutrophil activation involved in immune response / microglia differentiation / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / interleukin-1 receptor binding / death receptor binding / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / MyD88 deficiency (TLR2/4) / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / interleukin-1-mediated signaling pathway / extrinsic component of plasma membrane / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of macrophage cytokine production / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / skin development / defense response to protozoan / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / response to amine / positive regulation of interleukin-17 production / immunoglobulin mediated immune response / response to amino acid / positive regulation of type I interferon production / phagocytosis / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / signaling adaptor activity / response to interleukin-1 / p75NTR recruits signalling complexes / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of interleukin-6 production / Interleukin-1 signaling / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / PIP3 activates AKT signaling / ER-Phagosome pathway / cellular response to lipopolysaccharide / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / regulation of inflammatory response / gene expression / molecular adaptor activity / defense response to virus / response to ethanol / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / defense response to Gram-positive bacterium / endosome membrane / defense response to bacterium / innate immune response / apoptotic process / positive regulation of gene expression / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myeloid differentiation primary response protein MyD88 / MyD88, death domain / TIR domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain ...Myeloid differentiation primary response protein MyD88 / MyD88, death domain / TIR domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Myeloid differentiation primary response protein MyD88
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Kasai K / Imamura K / Narita A / Makino F / Miyata T / Kato T / Namba K / Onishi H / Tochio H
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Japan Science and TechnologyJPMJCR1762 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)16H04752 日本
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: From Monomers to Oligomers: Structural Mechanism of Receptor-Triggered MyD88 Assembly in Innate Immune Signaling
著者: Kasai K / Imamura K / Uno M / Sekiyama N / Miyata T / Makino F / Yamada R / Takahashi Y / Kodera N / Namba K / Ohnishi H / Narita A / Konno H / Tochio H
履歴
登録2024年4月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月26日-
マップ公開2025年3月26日-
更新2025年3月26日-
現状2025年3月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39676.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39676.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 500 pix.
= 505. Å		1.01 Å/pix.
x 500 pix.
= 505. Å		1.01 Å/pix.
x 500 pix.
= 505. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.01 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-0.47019312 - 1.2569522
平均 (標準偏差)0.023673985 (±0.0802302)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 505.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39676_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39676_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : signaling adopter protein in a self-assembled form

全体名称: signaling adopter protein in a self-assembled form
要素
  • 複合体: signaling adopter protein in a self-assembled form
    • タンパク質・ペプチド: Myeloid differentiation primary response protein MyD88

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超分子 #1: signaling adopter protein in a self-assembled form

超分子名称: signaling adopter protein in a self-assembled form / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 5.7 kDa/nm

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分子 #1: Myeloid differentiation primary response protein MyD88

分子名称: Myeloid differentiation primary response protein MyD88
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 104 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.841775 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
PLGHMPERFD AFICYCPSDI QFVQEMIRQL EQTNYRLKLC VSDRDVLPGT CVWSIASELI EKRCRRMVVV VSDDYLQSKE CDFQTKFAL SLSPGAHQKR LIPIKYKAMK KEFPSILRFI TVCDYTNPCT KSWFWTRLAK ALSLP

UniProtKB: Myeloid differentiation primary response protein MyD88

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

濃度3.4 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES-NaOH
50.0 mMsodium chlorideNaCl
10.0 mMdithiothreitolDTT
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 5325 / 平均露光時間: 3.2 sec. / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7ber

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 26680
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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