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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3871 | ||||||||||||
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タイトル | The structure of Ebola virus nucleocapsid-like assemblies from recombinant virus-like particles (nucleoprotein, VP24,VP35,VP40) | ||||||||||||
![]() | Subtomogram averaging of nucleocapsid-like assembly formed from recombinantly expressed Ebola Nucleoprotein (NP), VP24, VP35, VP40. | ||||||||||||
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![]() | nucleocapsid / virus-like particle / VIRUS LIKE PARTICLE | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() host cell endomembrane system / symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / positive regulation of protein sumoylation / viral RNA genome packaging ...host cell endomembrane system / symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / positive regulation of protein sumoylation / viral RNA genome packaging / helical viral capsid / viral transcription / molecular sequestering activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / viral genome replication / viral budding from plasma membrane / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / viral nucleocapsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / negative regulation of gene expression / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.3 Å | ||||||||||||
![]() | Wan W / Kolesnikova L | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and assembly of the Ebola virus nucleocapsid. 著者: William Wan / Larissa Kolesnikova / Mairi Clarke / Alexander Koehler / Takeshi Noda / Stephan Becker / John A G Briggs / ![]() ![]() ![]() 要旨: Ebola and Marburg viruses are filoviruses: filamentous, enveloped viruses that cause haemorrhagic fever. Filoviruses are within the order Mononegavirales, which also includes rabies virus, measles ...Ebola and Marburg viruses are filoviruses: filamentous, enveloped viruses that cause haemorrhagic fever. Filoviruses are within the order Mononegavirales, which also includes rabies virus, measles virus, and respiratory syncytial virus. Mononegaviruses have non-segmented, single-stranded negative-sense RNA genomes that are encapsidated by nucleoprotein and other viral proteins to form a helical nucleocapsid. The nucleocapsid acts as a scaffold for virus assembly and as a template for genome transcription and replication. Insights into nucleoprotein-nucleoprotein interactions have been derived from structural studies of oligomerized, RNA-encapsidating nucleoprotein, and cryo-electron microscopy of nucleocapsid or nucleocapsid-like structures. There have been no high-resolution reconstructions of complete mononegavirus nucleocapsids. Here we apply cryo-electron tomography and subtomogram averaging to determine the structure of Ebola virus nucleocapsid within intact viruses and recombinant nucleocapsid-like assemblies. These structures reveal the identity and arrangement of the nucleocapsid components, and suggest that the formation of an extended α-helix from the disordered carboxy-terminal region of nucleoprotein-core links nucleoprotein oligomerization, nucleocapsid condensation, RNA encapsidation, and accessory protein recruitment. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 24.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.8 KB 17.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 172.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 274.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 273.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6ehmMC ![]() 8ustM ![]() 3869C ![]() 3870C ![]() 3872C ![]() 3873C ![]() 3874C ![]() 3875C ![]() 3876C ![]() 6ehlC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Subtomogram averaging of nucleocapsid-like assembly formed from recombinantly expressed Ebola Nucleoprotein (NP), VP24, VP35, VP40. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.78 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976
全体 | 名称: ![]() ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976
超分子 | 名称: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Recombinantly expressed virus-like particles produced by expression of nucleoprotein, VP24, VP35, VP40. NCBI-ID: 128952 / 生物種: Ebola virus - Mayinga, Zaire, 1976 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Nucleocapsid / 直径: 280.0 Å |
-分子 #1: Nucleoprotein
分子 | 名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: Mayinga-76 |
分子量 | 理論値: 83.3875 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MDSRPQKIWM APSLTESDMD YHKILTAGLS VQQGIVRQRV IPVYQVNNLE EICQLIIQAF EAGVDFQESA DSFLLMLCLH HAYQGDYKL FLESGAVKYL EGHGFRFEVK KRDGVKRLEE LLPAVSSGKN IKRTLAAMPE EETTEANAGQ FLSFASLFLP K LVVGEKAC ...文字列: MDSRPQKIWM APSLTESDMD YHKILTAGLS VQQGIVRQRV IPVYQVNNLE EICQLIIQAF EAGVDFQESA DSFLLMLCLH HAYQGDYKL FLESGAVKYL EGHGFRFEVK KRDGVKRLEE LLPAVSSGKN IKRTLAAMPE EETTEANAGQ FLSFASLFLP K LVVGEKAC LEKVQRQIQV HAEQGLIQYP TAWQSVGHMM VIFRLMRTNF LIKFLLIHQG MHMVAGHDAN DAVISNSVAQ AR FSGLLIV KTVLDHILQK TERGVRLHPL ARTAKVKNEV NSFKAALSSL AKHGEYAPFA RLLNLSGVNN LEHGLFPQLS AIA LGVATA HGSTLAGVNV GEQYQQLREA ATEAEKQLQQ YAESRELDHL GLDDQEKKIL MNFHQKKNEI SFQQTNAMVT LRKE RLAKL TEAITAASLP KTSGHYDDDD DIPFPGPIND DDNPGHQDDD PTDSQDTTIP DVVVDPDDGS YGEYQSYSEN GMNAP DDLV LFDLDEDDED TKPVPNRSTK GGQQKNSQKG QHIEGRQTQS RPIQNVPGPH RTIHHASAPL TDNDRRNEPS GSTSPR MLT PINEEADPLD DADDETSSLP PLESDDEEQD RDGTSNRTPT VAPPAPVYRD HSEKKELPQD EQQDQDHTQE ARNQDSD NT QSEHSFEEMY RHILRSQGPF DAVLYYHMMK DEPVVFSTSD GKEYTYPDSL EEEYPPWLTE KEAMNEENRF VTLDGQQF Y WPVMNHKNKF MAILQHHQ UniProtKB: Nucleoprotein |
-分子 #2: Membrane-associated protein VP24
分子 | 名称: Membrane-associated protein VP24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: Mayinga-76 |
分子量 | 理論値: 28.250811 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MAKATGRYNL ISPKKDLEKG VVLSDLCNFL VSQTIQGWKV YWAGIEFDVT HKGMALLHRL KTNDFAPAWS MTRNLFPHLF QNPNSTIES PLWALRVILA AGIQDQLIDQ SLIEPLAGAL GLISDWLLTT NTNHFNMRTQ RVKEQLSLKM LSLIRSNILK F INKLDALH ...文字列: MAKATGRYNL ISPKKDLEKG VVLSDLCNFL VSQTIQGWKV YWAGIEFDVT HKGMALLHRL KTNDFAPAWS MTRNLFPHLF QNPNSTIES PLWALRVILA AGIQDQLIDQ SLIEPLAGAL GLISDWLLTT NTNHFNMRTQ RVKEQLSLKM LSLIRSNILK F INKLDALH VVNYNGLLSS IEIGTQNHTI IITRTNMGFL VELQEPDKSA MNRMKPGPAK FSLLHESTLK AFTQGSSTRM QS LILEFNS SLAI UniProtKB: Membrane-associated protein VP24 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | helical array |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat 2/1 3C / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 20 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS エネルギーフィルター - エネルギー下限: -10 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3708 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3708 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-5 / 平均露光時間: 2.3 sec. / 平均電子線量: 3.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | Frames were aligned using K2Align software, based off the MotionCorr algorithm. Tomograms were reconstructed with IMOD, using stripwise CTF-correction and weighted back projection. Subtomogram averaging was performed using scripts derived from TOM, AV3, and DYNAMO. | ||||||
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最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: AV3 詳細: Local resolution was estimated using moving window FSC calculations. Resolution varies from 7.3 to 15.2 Angstroms. 使用したサブトモグラム数: 1 | ||||||
抽出 | トモグラム数: 63 / 使用した粒子像数: 379428 / 参照モデル: None ソフトウェア:
詳細: Points along the helical axis were manually placed to define a spline. A cylindrical grid as defined at a given radius from the spline; grid spacing was chosen to provide ~4x oversampling. | ||||||
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: AV3 詳細: Iterative angular search was performed via maximization of a modified constrained cross-correlation function. |
-原子モデル構築 1
詳細 | Nucleoprotein model from Ebola virus nucleoprotein 1-450 was first rigid body fitted into the inner nucleoprotein densities. Densities were then subtracted, and VP24 pdb was then fit into remaining densities. All models were rigid-body fitted using UCSF Chimera. |
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精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | ![]() PDB-6ehm: ![]() PDB-8ust: |