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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37584 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of 6-subunit Smc5/6 hinge region | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | cell cycle | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Smc5-Smc6 complex / resolution of DNA recombination intermediates / chromosome separation / DNA double-strand break attachment to nuclear envelope / SUMO ligase activity / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / chromatin looping / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / SUMO transferase activity ...Smc5-Smc6 complex / resolution of DNA recombination intermediates / chromosome separation / DNA double-strand break attachment to nuclear envelope / SUMO ligase activity / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / chromatin looping / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / SUMO transferase activity / recombinational repair / regulation of telomere maintenance / protein sumoylation / double-strand break repair via homologous recombination / nuclear envelope / single-stranded DNA binding / site of double-strand break / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / DNA repair / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Li Q / Zhang J / Zhang X / Cheng T / Wang Z / Jin D / Chen Z / Wang L | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM structures of Smc5/6 in multiple states reveal its assembly and functional mechanisms. 著者: Qian Li / Jun Zhang / Cory Haluska / Xiang Zhang / Lei Wang / Guangfeng Liu / Zhaoning Wang / Duo Jin / Tong Cheng / Hongxia Wang / Yuan Tian / Xiangxi Wang / Lei Sun / Xiaolan Zhao / Zhenguo ...著者: Qian Li / Jun Zhang / Cory Haluska / Xiang Zhang / Lei Wang / Guangfeng Liu / Zhaoning Wang / Duo Jin / Tong Cheng / Hongxia Wang / Yuan Tian / Xiangxi Wang / Lei Sun / Xiaolan Zhao / Zhenguo Chen / Lanfeng Wang / 要旨: Smc5/6 is a member of the eukaryotic structural maintenance of chromosomes (SMC) family of complexes with important roles in genome maintenance and viral restriction. However, limited structural ...Smc5/6 is a member of the eukaryotic structural maintenance of chromosomes (SMC) family of complexes with important roles in genome maintenance and viral restriction. However, limited structural understanding of Smc5/6 hinders the elucidation of its diverse functions. Here, we report cryo-EM structures of the budding yeast Smc5/6 complex in eight-subunit, six-subunit and five-subunit states. Structural maps throughout the entire length of these complexes reveal modularity and key elements in complex assembly. We show that the non-SMC element (Nse)2 subunit supports the overall shape of the complex and uses a wedge motif to aid the stability and function of the complex. The Nse6 subunit features a flexible hook region for attachment to the Smc5 and Smc6 arm regions, contributing to the DNA repair roles of the complex. Our results also suggest a structural basis for the opposite effects of the Nse1-3-4 and Nse5-6 subcomplexes in regulating Smc5/6 ATPase activity. Collectively, our integrated structural and functional data provide a framework for understanding Smc5/6 assembly and function. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37584.map.gz | 117.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37584-v30.xml emd-37584.xml | 17.7 KB 17.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_37584.png | 19.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37584.cif.gz | 6.9 KB | ||
その他 | emd_37584_half_map_1.map.gz emd_37584_half_map_2.map.gz | 116.1 MB 116.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37584 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37584 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37584_validation.pdf.gz | 737.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37584_full_validation.pdf.gz | 736.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37584_validation.xml.gz | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37584_validation.cif.gz | 16.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37584 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37584 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8wjlMC 7ylmC 7ymdC 7yqhC 8hqsC 8i13C 8i21C 8i4uC 8i4vC 8i4wC 8i4xC 8wjnC 8wjoC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37584.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.128 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37584_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37584_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 6-subunit Smc5/6 complex
全体 | 名称: 6-subunit Smc5/6 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: 6-subunit Smc5/6 complex
超分子 | 名称: 6-subunit Smc5/6 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
-分子 #1: Structural maintenance of chromosomes protein 6
分子 | 名称: Structural maintenance of chromosomes protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 128.199727 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MISTTISGKR PIEQVDDELL SLTAQQENEE QQQQRKRRRH QFAPMTQFNS NTLDEDSGFR SSSDVATADQ DNFLEESPSG YIKKVILRN FMCHEHFELE LGSRLNFIVG NNGSGKSAIL TAITIGLGAK ASETNRGSSL KDLIREGCYS AKIILHLDNS K YGAYQQGI ...文字列: MISTTISGKR PIEQVDDELL SLTAQQENEE QQQQRKRRRH QFAPMTQFNS NTLDEDSGFR SSSDVATADQ DNFLEESPSG YIKKVILRN FMCHEHFELE LGSRLNFIVG NNGSGKSAIL TAITIGLGAK ASETNRGSSL KDLIREGCYS AKIILHLDNS K YGAYQQGI FGNEIIVERI IKRDGPASFS LRSENGKEIS NKKKDIQTVV DYFSVPVSNP MCFLSQDAAR SFLTASTSQD KY SHFMKGT LLQEITENLL YASAIHDSAQ ENMALHLENL KSLKAEYEDA KKLLRELNQT SDLNERKMLL QAKSLWIDVA HNT DACKNL ENEISGIQQK VDEVTEKIRN RQEKIERYTS DGTTIEAQID AKVIYVNEKD SEHQNARELL RDVKSRFEKE KSNQ AEAQS NIDQGRKKVD ALNKTIAHLE EELTKEMGGD KDQMRQELEQ LEKANEKLRE VNNSLVVSLQ DVKNEERDIQ HERES ELRT ISRSIQNKKV ELQNIAKGND TFLMNFDRNM DRLLRTIEQR KNEFETPAIG PLGSLVTIRK GFEKWTRSIQ RAISSS LNA FVVSNPKDNR LFRDIMRSCG IRSNIPIVTY CLSQFDYSKG RAHGNYPTIV DALEFSKPEI ECLFVDLSRI ERIVLIE DK NEARNFLQRN PVNVNMALSL RDRRSGFQLS GGYRLDTVTY QDKIRLKVNS SSDNGTQYLK DLIEQETKEL QNIRDRYE E KLSEVRSRLK EIDGRLKSTK NEMRKTNFRM TELKMNVGKV VDTGILNSKI NERKNQEQAI ASYEAAKEEL GLKIEQIAQ EAQPIKEQYD STKLALVEAQ DELQQLKEDI NSRQSKIQKY KDDTIYYEDK KKVYLENIKK IEVNVAALKE GIQRQIQNAC AFCSKERIE NVDLPDTQEE IKRELDKVSR MIQKAEKSLG LSQEEVIALF EKCRNKYKEG QKKYMEIDEA LNRLHNSLKA R DQNYKNAE KGTCFDADMD FRASLKVRKF SGNLSFIKDT KSLEIYILTT NDEKARNVDT LSGGEKSFSQ MALLLATWKP MR SRIIALD EFDVFMDQVN RKIGTTLIVK KLKDIARTQT IIITPQDIGK IADIDSSGVS IHRMRDPERQ NNSNFYN UniProtKB: Structural maintenance of chromosomes protein 6 |
-分子 #2: Structural maintenance of chromosomes protein 5
分子 | 名称: Structural maintenance of chromosomes protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 126.237164 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MTSLIDLGRY VERTHHGEDT EPRSKRVKIA KPDLSSFQPG SIIKIRLQDF VTYTLTEFNL SPSLNMIIGP NGSGKSTFVC AVCLGLAGK PEYIGRSKKV EDFIKNGQDV SKIEITLKNS PNVTDIEYID ARDETIKITR IITRSKRRSD YLINDYQVSE S VVKTLVAQ ...文字列: MTSLIDLGRY VERTHHGEDT EPRSKRVKIA KPDLSSFQPG SIIKIRLQDF VTYTLTEFNL SPSLNMIIGP NGSGKSTFVC AVCLGLAGK PEYIGRSKKV EDFIKNGQDV SKIEITLKNS PNVTDIEYID ARDETIKITR IITRSKRRSD YLINDYQVSE S VVKTLVAQ LNIQLDNLCQ FLSQERVEEF ARLKSVKLLV ETIRSIDASL LDVLDELREL QGNEQSLQKD LDFKKAKIVH LR QESDKLR KSVESLRDFQ NKKGEIELHS QLLPYVKVKD HKEKLNIYKE EYERAKANLR AILKDKKPFA NTKKTLENQV EEL TEKCSL KTDEFLKAKE KINEIFEKLN TIRDEVIKKK NQNEYYRGRT KKLQATIIST KEDFLRSQEI LAQTHLPEKS VFED IDIKR KEIINKEGEI RDLISEIDAK ANAINHEMRS IQRQAESKTK SLTTTDKIGI LNQDQDLKEV RDAVLMVREH PEMKD KILE PPIMTVSAIN AQFAAYLAQC VDYNTSKALT VVDSDSYKLF ANPILDKFKV NLRELSSADT TPPVPAETVR DLGFEG YLS DFITGDKRVM KMLCQTSKIH TIPVSRRELT PAQIKKLITP RPNGKILFKR IIHGNRLVDI KQSAYGSKQV FPTDVSI KQ TNFYQGSIMS NEQKIRIENE IINLKNEYND RKSTLDALSN QKSGYRHELS ELASKNDDIN REAHQLNEIR KKYTMRKS T IETLREKLDQ LKREARKDVS QKIKDIDDQI QQLLLKQRHL LSKMASSMKS LKNCQKELIS TQILQFEAQN MDVSMNDVI GFFNEREADL KSQYEDKKKF VKEMRDTPEF QSWMREIRSY DQDTKEKLNK VAEKYEEEGN FNLSFVQDVL DKLESEIAMV NHDESAVTI LDQVTAELRE LEHTVPQQSK DLETIKAKLK EDHAVLEPKL DDIVSKISAR FARLFNNVGS AGAVRLEKPK D YAEWKIEI MVKFRDNAPL KKLDSHTQSG GERAVSTVLY MIALQEFTSA PFRVVDEINQ GMDSRNERIV HKAMVENACA EN TSQYFLI TPKLLTGLHY HEKMRIHCVM AGSWIPNPSE DPKMIHFGET SNYSFD UniProtKB: Structural maintenance of chromosomes protein 5 |
-分子 #3: E3 SUMO-protein ligase MMS21
分子 | 名称: E3 SUMO-protein ligase MMS21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 30.388336 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MALNDNPIPK SVPLHPKSGK YFHNLHARDL SNIYQQCYKQ IDETINQLVD STSPSTIGIE EQVADITSTY KLLSTYESES NSFDEHIKD LKKNFKQSSD ACPQIDLSTW DKYRTGELTA PKLSELYLNM PTPEPATMVN NTDTLKILKV LPYIWNDPTC V IPDLQNPA ...文字列: MALNDNPIPK SVPLHPKSGK YFHNLHARDL SNIYQQCYKQ IDETINQLVD STSPSTIGIE EQVADITSTY KLLSTYESES NSFDEHIKD LKKNFKQSSD ACPQIDLSTW DKYRTGELTA PKLSELYLNM PTPEPATMVN NTDTLKILKV LPYIWNDPTC V IPDLQNPA DEDDLQIEGG KIELTCPITC KPYEAPLISR KCNHVFDRDG IQNYLQGYTT RDCPQAACSQ VVSMRDFVRD PI MELRCKI AKMKESQEQD KRSSQAIDVL UniProtKB: E3 SUMO-protein ligase MMS21 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 179509 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |