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万見
- EMDB-37260: Cryo-EM structure of Myosin VI in the autoinhibited state (withou... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37260
タイトルCryo-EM structure of Myosin VI in the autoinhibited state (without SAH-extension density)
マップデータcryo-EM map of autoinhibited MyoVI without SAH-extension
試料
  • 複合体: Complex of Myosin VI and Calmodulin
    • 複合体: myosin VI
      • タンパク質・ペプチド: Unconventional myosin-VI
    • 複合体: Calmodulin
      • タンパク質・ペプチド: Calmodulin-1
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHATE ION
キーワードmyosin VI / autoinhibition / intracellular transport / MOTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Cam-PDE 1 activation / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / Sodium/Calcium exchangers / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / RHO GTPases activate PAKs ...CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Cam-PDE 1 activation / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / Sodium/Calcium exchangers / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / RHO GTPases activate PAKs / Calmodulin induced events / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / eNOS activation / regulation of secretion / Calcineurin activates NFAT / Reduction of cytosolic Ca++ levels / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Protein methylation / Ion transport by P-type ATPases / RAF activation / minus-end directed microfilament motor activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / RAS processing / unconventional myosin complex / Ca2+ pathway / RHO GTPases activate IQGAPs / Extra-nuclear estrogen signaling / FCERI mediated Ca+2 mobilization / RAF/MAP kinase cascade / PKA activation / inner ear auditory receptor cell differentiation / Smooth Muscle Contraction / actin filament-based movement / Platelet degranulation / clathrin-coated vesicle membrane / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Stimuli-sensing channels / Gap junction degradation / Trafficking of AMPA receptors / establishment of protein localization to mitochondrial membrane / Ion homeostasis / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / RHOBTB1 GTPase cycle / inner ear morphogenesis / response to corticosterone / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / organelle localization by membrane tethering / microfilament motor activity / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / autophagosome membrane docking / regulation of cardiac muscle cell action potential / nitric-oxide synthase binding / presynaptic endocytosis / regulation of synaptic vesicle exocytosis / microvillus / filamentous actin / calcineurin-mediated signaling / cytoskeletal motor activity / RHOU GTPase cycle / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / protein phosphatase activator activity / adenylate cyclase binding / endocytic vesicle / catalytic complex / regulation of synaptic vesicle endocytosis / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / postsynaptic cytosol / RHOBTB2 GTPase cycle / cellular response to interferon-beta / calcium channel inhibitor activity / phosphatidylinositol 3-kinase binding / presynaptic cytosol / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / titin binding / sperm midpiece / ruffle / clathrin-coated pit / voltage-gated potassium channel complex / calcium channel complex / regulation of heart rate / calyx of Held / autophagosome / actin filament organization / response to amphetamine / adenylate cyclase activator activity / sarcomere / regulation of cytokinesis / protein serine/threonine kinase activator activity / nitric-oxide synthase regulator activity / spindle microtubule / actin filament / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / filopodium / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / intracellular protein transport / sensory perception of sound / ADP binding / mitochondrial membrane
類似検索 - 分子機能
Myosin VI, cargo binding domain / Class VI myosin, motor domain / : / Myosin VI cargo binding domain / Myosin VI, lever arm / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) ...Myosin VI, cargo binding domain / Class VI myosin, motor domain / : / Myosin VI cargo binding domain / Myosin VI, lever arm / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / Kinesin motor domain superfamily / : / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin-1 / Unconventional myosin-VI
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å
データ登録者Niu F / Wei Z
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971131 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32170697 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Autoinhibition and activation of myosin VI revealed by its cryo-EM structure.
著者: Fengfeng Niu / Lingxuan Li / Lei Wang / Jinman Xiao / Shun Xu / Yong Liu / Leishu Lin / Cong Yu / Zhiyi Wei /
要旨: Myosin VI is the only molecular motor that moves towards the minus end along actin filaments. Numerous cellular processes require myosin VI and tight regulations of the motor's activity. Defects in ...Myosin VI is the only molecular motor that moves towards the minus end along actin filaments. Numerous cellular processes require myosin VI and tight regulations of the motor's activity. Defects in myosin VI activity are known to cause genetic diseases such as deafness and cardiomyopathy. However, the molecular mechanisms underlying the activity regulation of myosin VI remain elusive. Here, we determined the high-resolution cryo-electron microscopic structure of myosin VI in its autoinhibited state. Our structure reveals that autoinhibited myosin VI adopts a compact, monomeric conformation via extensive interactions between the head and tail domains, orchestrated by an elongated single-α-helix region resembling a "spine". This autoinhibited structure effectively blocks cargo binding sites and represses the motor's ATPase activity. Certain cargo adaptors such as GIPC can release multiple inhibitory interactions and promote motor activity, pointing to a cargo-mediated activation of the processive motor. Moreover, our structural findings allow rationalization of disease-associated mutations in myosin VI. Beyond the activity regulation mechanisms of myosin VI, our study also sheds lights on how activities of other myosin motors such as myosin VII and X might be regulated.
履歴
登録2023年8月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月21日-
マップ公開2024年2月21日-
更新2024年5月8日-
現状2024年5月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37260.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37260.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo-EM map of autoinhibited MyoVI without SAH-extension
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 440 pix.
= 363.88 Å		0.83 Å/pix.
x 440 pix.
= 363.88 Å		0.83 Å/pix.
x 440 pix.
= 363.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.827 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.0018005248 - 2.1852524
平均 (標準偏差)0.00049588 (±0.01583973)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 363.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_37260_half_map_1.map
注釈half_map_B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map A

ファイルemd_37260_half_map_2.map
注釈half_map_A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Myosin VI and Calmodulin

全体名称: Complex of Myosin VI and Calmodulin
要素
  • 複合体: Complex of Myosin VI and Calmodulin
    • 複合体: myosin VI
      • タンパク質・ペプチド: Unconventional myosin-VI
    • 複合体: Calmodulin
      • タンパク質・ペプチド: Calmodulin-1
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHATE ION

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超分子 #1: Complex of Myosin VI and Calmodulin

超分子名称: Complex of Myosin VI and Calmodulin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2

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超分子 #2: myosin VI

超分子名称: myosin VI / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Calmodulin

超分子名称: Calmodulin / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Calmodulin-1

分子名称: Calmodulin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 16.852545 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MADQLTEEQI AEFKEAFSLF DKDGDGTITT KELGTVMRSL GQNPTEAELQ DMINEVDADG NGTIDFPEFL TMMARKMKDT DSEEEIREA FRVFDKDGNG YISAAELRHV MTNLGEKLTD EEVDEMIREA DIDGDGQVNY EEFVQMMTAK

UniProtKB: Calmodulin-1

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分子 #2: Unconventional myosin-VI

分子名称: Unconventional myosin-VI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 148.952766 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEDGKPVWAP HPTDGFQMGN IVDIGPDSLT IEPLNQKGKT FLALINQVFP AEEDSKKDVE DNCSLMYLNE ATLLHNIKVR YSKDRIYTY VANILIAVNP YFDIPKIYSS EAIKSYQGKS LGTRPPHVFA IADKAFRDMK VLKMSQSIIV SGESGAGKTE N TKFVLRYL ...文字列:
MEDGKPVWAP HPTDGFQMGN IVDIGPDSLT IEPLNQKGKT FLALINQVFP AEEDSKKDVE DNCSLMYLNE ATLLHNIKVR YSKDRIYTY VANILIAVNP YFDIPKIYSS EAIKSYQGKS LGTRPPHVFA IADKAFRDMK VLKMSQSIIV SGESGAGKTE N TKFVLRYL TESYGTGQDI DDRIVEANPL LEAFGNAKTV RNNNSSRFGK FVEIHFNEKS SVVGGFVSHY LLEKSRICVQ GK EERNYHI FYRLCAGASE DIREKLHLSS PDNFRYLNRG CTRYFANKET DKQILQNRKS PEYLKAGSMK DPLLDDHGDF IRM CTAMKK IGLDDEEKLD LFRVVAGVLH LGNIDFEEAG STSGGCNLKN KSAQSLEYCA ELLGLDQDDL RVSLTTRVML TTAG GTKGT VIKVPLKVEQ ANNARDALAK TVYSHLFDHV VNRVNQCFPF ETSSYFIGVL DIAGFEYFEH NSFEQFCINY CNEKL QQFF NERILKEEQE LYQKEGLGVN EVHYVDNQDC IDLIEAKLVG ILDILDEENR LPQPSDQHFT SAVHQKHKDH FRLTIP RKS KLAVHRNIRD DEGFIIRHFA GAVCYETTQF VEKNNDALHM SLESLICESR DKFIRELFES STNNNKDTKQ KAGKLSF IS VGNKFKTQLN LLLDKLRSTG ASFIRCIKPN LKMTSHHFEG AQILSQLQCS GMVSVLDLMQ GGYPSRASFH ELYNMYKK Y MPDKLARLDP RLFCKALFKA LGLNENDYKF GLTKVFFRPG KFAEFDQIMK SDPDHLAELV KRVNHWLTCS RWKKVQWCS LSVIKLKNKI KYRAEACIKM QKTIRMWLCK RRHKPRIDGL VKVGTLKKRL DKFNEVVSVL KDGKPEMNKQ IKNLEISIDT LMAKIKSTM MTQEQIQKEY DALVKSSEEL LSALQKKKQQ EEEAERLRRI QEEMEKERKR REEDEKRRRK EEEERRMKLE M EAKRKQEE EERKKREDDE KRIQAEVEAQ LARQKEEESQ QQAVLEQERR DRELALRIAQ SEAELISDEA QADLALRRND GT RPKMTPE QMAKEMSEFL SRGPAVLATK AAAGTKKYDL SKWKYAELRD TINTSCDIEL LAACREEFHR RLKVYHAWKS KNK KRNTET EQRAPKSVTD YDFAPFLNNS PQQNPAAQIP ARQREIEMNR QQRFFRIPFI RPADQYKDPQ SKKKGWWYAH FDGP WIARQ MELHPDKPPI LLVAGKDDME MCELNLEETG LTRKRGAEIL PRQFEEIWER CGGIQYLQNA IESRQARPTY ATAML QSLL K

UniProtKB: Unconventional myosin-VI

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分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #6: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 10544925
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2v26

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 173658
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0)
最終 3次元分類ソフトウェア: (名称: cryoSPARC (ver. 4.0), RELION (ver. 3.1))

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

2v26

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3gn4

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6obi

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

2n12

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

2kia

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8w41:
Cryo-EM structure of Myosin VI in the autoinhibited state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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